src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 import org.biojava.dasobert.eventmodel.*;\r
  36 \r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * DOCUMENT ME!\r
  40  *\r
  41  * @author $author$\r
  42  * @version $Revision$\r
  43  */\r
  44 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  45     implements AdjustmentListener, Printable, FeatureListener\r
  46 {\r
  47   public AlignViewport av;\r
  48   OverviewPanel overviewPanel;\r
  49   SeqPanel seqPanel;\r
  50   IdPanel idPanel;\r
  51   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  52 \r
  53   /** DOCUMENT ME!! */\r
  54   public AlignFrame alignFrame;\r
  55   ScalePanel scalePanel;\r
  56   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  57   AnnotationLabels alabels;\r
  58 \r
  59   // this value is set false when selection area being dragged\r
  60   boolean fastPaint = true;\r
  61   int hextent = 0;\r
  62   int vextent = 0;\r
  63 \r
  64   /**\r
  65    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  66    *\r
  67    * @param af DOCUMENT ME!\r
  68    * @param av DOCUMENT ME!\r
  69    */\r
  70   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  71   {\r
  72     alignFrame = af;\r
  73     this.av = av;\r
  74     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  75     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  76 \r
  77     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  78 \r
  79     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  80     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  81     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  82 \r
  83     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  84     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  85 \r
  86 \r
  87     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  88     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90     fontChanged();\r
  91 \r
  92     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  93     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  94 \r
  95     setScrollValues(0, 0);\r
  96 \r
  97     adjustAnnotationHeight();\r
  98 \r
  99     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 100 \r
 101     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 105     {\r
 106       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 107       {\r
 108         if(av.cursorMode\r
 109            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
 110            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
 111         {\r
 112           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 113         }\r
 114 \r
 115         switch (evt.getKeyCode())\r
 116         {\r
 117           case 27: // escape key\r
 118             av.setSelectionGroup(null);\r
 119             repaint();\r
 120 \r
 121             break;\r
 122 \r
 123           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 124             if(av.cursorMode)\r
 125             {\r
 126               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
 127             }\r
 128             else\r
 129               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 130             break;\r
 131 \r
 132           case KeyEvent.VK_UP:\r
 133             if (av.cursorMode)\r
 134             {\r
 135               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
 136             }\r
 137             else\r
 138               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 139             break;\r
 140 \r
 141           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 142             if(av.cursorMode)\r
 143             {\r
 144               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
 145             }\r
 146             break;\r
 147 \r
 148           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 149             if (av.cursorMode)\r
 150             {\r
 151               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
 152             }\r
 153             break;\r
 154 \r
 155           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 156             if(av.cursorMode)\r
 157             {\r
 158               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 159             }\r
 160             break;\r
 161 \r
 162           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 163           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 164             if(!av.cursorMode)\r
 165             {\r
 166               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 167               seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 168             }\r
 169             else\r
 170               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 171 \r
 172             break;\r
 173 \r
 174           case KeyEvent.VK_S:\r
 175             if(av.cursorMode)\r
 176             {\r
 177               seqPanel.setCursorRow();\r
 178             }\r
 179             break;\r
 180           case KeyEvent.VK_C:\r
 181             if(av.cursorMode)\r
 182             {\r
 183               seqPanel.setCursorColumn();\r
 184             }\r
 185             break;\r
 186           case KeyEvent.VK_P:\r
 187             if(av.cursorMode)\r
 188             {\r
 189               seqPanel.setCursorPosition();\r
 190             }\r
 191             break;\r
 192 \r
 193           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 194           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 195             if(av.cursorMode)\r
 196             {\r
 197               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 198             }\r
 199             break;\r
 200 \r
 201           case KeyEvent.VK_Q:\r
 202             if(av.cursorMode)\r
 203             {\r
 204               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 205             }\r
 206             break;\r
 207           case KeyEvent.VK_M:\r
 208             if(av.cursorMode)\r
 209             {\r
 210               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 211             }\r
 212             break;\r
 213 \r
 214          case KeyEvent.VK_F2:\r
 215            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
 216            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
 217                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 218            if(av.cursorMode)\r
 219            {\r
 220              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
 221              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
 222            }\r
 223            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 224            break;\r
 225 \r
 226           case KeyEvent.VK_F1:\r
 227             try\r
 228             {\r
 229               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 230               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 231               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 232 \r
 233               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 234               hb.setCurrentID("home");\r
 235               hb.setDisplayed(true);\r
 236             }\r
 237             catch (Exception ex)\r
 238             {\r
 239               ex.printStackTrace();\r
 240             }\r
 241             break;\r
 242 \r
 243         }\r
 244       }\r
 245     });\r
 246   }\r
 247 \r
 248   public void comeBackLater(FeatureEvent evt)\r
 249   {}\r
 250 \r
 251   public void newFeatures(FeatureEvent evt)\r
 252   {\r
 253     if (evt.getFeatures().length > 0)\r
 254     {\r
 255       seqPanel.seqCanvas.fr.featuresAdded();\r
 256       repaint();\r
 257     }\r
 258     else\r
 259     {\r
 260       System.out.println("No Features found for "+evt.getDasSource().getNickname());\r
 261     }\r
 262   }\r
 263 \r
 264   /**\r
 265    * DOCUMENT ME!\r
 266    */\r
 267   public void fontChanged()\r
 268   {\r
 269     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 270     // to prevent drawing old image\r
 271     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 272 \r
 273     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 274         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 275     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 276         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 277 \r
 278     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 279     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 280     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 281 \r
 282     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 283     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 284     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 285     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 286 \r
 287     if (av.getWrapAlignment())\r
 288     {\r
 289       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 290           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 291       vscroll.setMaximum(max);\r
 292       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 293       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 294     }\r
 295     else\r
 296     {\r
 297       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 298     }\r
 299 \r
 300     if (overviewPanel != null)\r
 301       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 302 \r
 303     repaint();\r
 304   }\r
 305 \r
 306   /**\r
 307    * DOCUMENT ME!\r
 308    *\r
 309    * @return DOCUMENT ME!\r
 310    */\r
 311   public Dimension calculateIdWidth()\r
 312   {\r
 313     Container c = new Container();\r
 314 \r
 315     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 316     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 317 \r
 318     int i = 0;\r
 319     int idWidth = 0;\r
 320     String id;\r
 321 \r
 322     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 323     {\r
 324       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 325 \r
 326       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 327 \r
 328       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 329       {\r
 330         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 331       }\r
 332 \r
 333       i++;\r
 334     }\r
 335 \r
 336     // Also check annotation label widths\r
 337     i = 0;\r
 338 \r
 339     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 340     {\r
 341       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 342 \r
 343       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 344       {\r
 345         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 346 \r
 347         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 348         {\r
 349           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 350         }\r
 351 \r
 352         i++;\r
 353       }\r
 354     }\r
 355 \r
 356     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 357   }\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * DOCUMENT ME!\r
 361    *\r
 362    * @param results DOCUMENT ME!\r
 363    */\r
 364   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 365   {\r
 366     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 367 \r
 368     // do we need to scroll the panel?\r
 369     if (results != null)\r
 370     {\r
 371       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 372       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 373       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 374       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 375 \r
 376       if(!av.wrapAlignment)\r
 377       {\r
 378         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 379            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 380         {\r
 381           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 382         }\r
 383       }\r
 384       else\r
 385       {\r
 386         scrollToWrappedVisible(start);\r
 387       }\r
 388     }\r
 389   }\r
 390 \r
 391   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 392   {\r
 393     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 394     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 395     {\r
 396       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 397       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 398     }\r
 399   }\r
 400 \r
 401   /**\r
 402    * DOCUMENT ME!\r
 403    *\r
 404    * @return DOCUMENT ME!\r
 405    */\r
 406   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 407   {\r
 408     return overviewPanel;\r
 409   }\r
 410 \r
 411   /**\r
 412    * DOCUMENT ME!\r
 413    *\r
 414    * @param op DOCUMENT ME!\r
 415    */\r
 416   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 417   {\r
 418     overviewPanel = op;\r
 419   }\r
 420 \r
 421   /**\r
 422    * DOCUMENT ME!\r
 423    *\r
 424    * @param b DOCUMENT ME!\r
 425    */\r
 426   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 427   {\r
 428     if (!av.wrapAlignment)\r
 429     {\r
 430       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 431       annotationScroller.setVisible(b);\r
 432     }\r
 433     repaint();\r
 434   }\r
 435 \r
 436   public void adjustAnnotationHeight()\r
 437   {\r
 438     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 439     {\r
 440       public void run()\r
 441       {\r
 442           while(alignFrame.getHeight()==0)\r
 443           {\r
 444             Thread.yield();\r
 445           }\r
 446 \r
 447         int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 448 \r
 449         if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 450         {\r
 451           height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 452         }\r
 453 \r
 454         annotationScroller.setPreferredSize(\r
 455             new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 456                           height));\r
 457 \r
 458         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 459             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 460             height));\r
 461 \r
 462         annotationPanel.repaint();\r
 463       }\r
 464     });\r
 465   }\r
 466 \r
 467   /**\r
 468    * DOCUMENT ME!\r
 469    *\r
 470    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 471    */\r
 472   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 473   {\r
 474     av.startSeq = 0;\r
 475     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 476     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 477     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 478 \r
 479     if (wrap)\r
 480     {\r
 481       annotationScroller.setVisible(false);\r
 482       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 483     }\r
 484     else if (av.showAnnotation)\r
 485     {\r
 486       annotationScroller.setVisible(true);\r
 487       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 488     }\r
 489 \r
 490     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 491 \r
 492     repaint();\r
 493   }\r
 494 \r
 495   // return value is true if the scroll is valid\r
 496   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 497   {\r
 498     if (up)\r
 499     {\r
 500       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 501       {\r
 502         return false;\r
 503       }\r
 504 \r
 505       fastPaint = false;\r
 506       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 507     }\r
 508     else\r
 509     {\r
 510       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 511       {\r
 512         return false;\r
 513       }\r
 514 \r
 515       fastPaint = false;\r
 516       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 517     }\r
 518 \r
 519     fastPaint = true;\r
 520 \r
 521     return true;\r
 522   }\r
 523 \r
 524   /**\r
 525    * DOCUMENT ME!\r
 526    *\r
 527    * @param right DOCUMENT ME!\r
 528    *\r
 529    * @return DOCUMENT ME!\r
 530    */\r
 531   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 532   {\r
 533     if (!right)\r
 534     {\r
 535       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 536       {\r
 537         return false;\r
 538       }\r
 539 \r
 540       fastPaint = false;\r
 541       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 542     }\r
 543     else\r
 544     {\r
 545       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 546       {\r
 547         return false;\r
 548       }\r
 549 \r
 550       fastPaint = false;\r
 551       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 552     }\r
 553 \r
 554     fastPaint = true;\r
 555 \r
 556     return true;\r
 557   }\r
 558 \r
 559   /**\r
 560    * DOCUMENT ME!\r
 561    *\r
 562    * @param x DOCUMENT ME!\r
 563    * @param y DOCUMENT ME!\r
 564    */\r
 565   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 566   {\r
 567 \r
 568     int width = av.alignment.getWidth();\r
 569     int height = av.alignment.getHeight();\r
 570 \r
 571     if(av.hasHiddenColumns)\r
 572      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 573 \r
 574     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 575 \r
 576     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 577     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 578 \r
 579     if (hextent > width)\r
 580     {\r
 581       hextent = width;\r
 582     }\r
 583 \r
 584     if (vextent > height)\r
 585     {\r
 586       vextent = height;\r
 587     }\r
 588 \r
 589     if ( (hextent + x) > width)\r
 590     {\r
 591       x = width - hextent;\r
 592     }\r
 593 \r
 594     if ( (vextent + y) > height)\r
 595     {\r
 596       y = height - vextent;\r
 597     }\r
 598 \r
 599     if (y < 0)\r
 600     {\r
 601       y = 0;\r
 602     }\r
 603 \r
 604     if (x < 0)\r
 605     {\r
 606       x = 0;\r
 607     }\r
 608 \r
 609     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 610     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 611   }\r
 612 \r
 613   /**\r
 614    * DOCUMENT ME!\r
 615    *\r
 616    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 617    */\r
 618   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 619   {\r
 620     int oldX = av.getStartRes();\r
 621     int oldY = av.getStartSeq();\r
 622 \r
 623     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 624     {\r
 625       int x = hscroll.getValue();\r
 626       av.setStartRes(x);\r
 627       av.setEndRes( (x +\r
 628                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 629     }\r
 630 \r
 631     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 632     {\r
 633       int offy = vscroll.getValue();\r
 634 \r
 635       if (av.getWrapAlignment())\r
 636       {\r
 637         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 638             seqCanvas.getWidth());\r
 639         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 640         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 641       }\r
 642       else\r
 643       {\r
 644         av.setStartSeq(offy);\r
 645         av.setEndSeq(offy +\r
 646                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 647       }\r
 648     }\r
 649 \r
 650     if (overviewPanel != null)\r
 651     {\r
 652       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 653     }\r
 654 \r
 655     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 656     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 657 \r
 658     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 659     {\r
 660       repaint();\r
 661     }\r
 662     else\r
 663     {\r
 664       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 665       // larger than the visible window\r
 666       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 667         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 668       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 669         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 670 \r
 671       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 672       {\r
 673         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 674         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 675                                      scrollY);\r
 676         scalePanel.repaint();\r
 677 \r
 678         if (av.getShowAnnotation())\r
 679         {\r
 680           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 681         }\r
 682       }\r
 683     }\r
 684   }\r
 685 \r
 686   /**\r
 687    * DOCUMENT ME!\r
 688    *\r
 689    * @param g DOCUMENT ME!\r
 690    */\r
 691   public void paintComponent(Graphics g)\r
 692   {\r
 693     invalidate();\r
 694 \r
 695     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 696     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 697     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 698     validate();\r
 699 \r
 700     if (av.getWrapAlignment())\r
 701     {\r
 702       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 703           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
 704 \r
 705 \r
 706       vscroll.setMaximum(max);\r
 707       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 708       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 709     }\r
 710     else\r
 711     {\r
 712       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 713     }\r
 714 \r
 715     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 716         && overviewPanel != null)\r
 717         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 718 \r
 719   }\r
 720 \r
 721   /**\r
 722    * DOCUMENT ME!\r
 723    *\r
 724    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 725    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 726    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 727    *\r
 728    * @return DOCUMENT ME!\r
 729    *\r
 730    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 731    */\r
 732   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 733       throws PrinterException\r
 734   {\r
 735     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 736 \r
 737     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 738     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 739 \r
 740     if (av.getWrapAlignment())\r
 741     {\r
 742       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 743     }\r
 744     else\r
 745     {\r
 746       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 747     }\r
 748   }\r
 749 \r
 750   /**\r
 751    * DOCUMENT ME!\r
 752    *\r
 753    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 754    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 755    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 756    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 757    *\r
 758    * @return DOCUMENT ME!\r
 759    *\r
 760    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 761    */\r
 762   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 763       throws PrinterException\r
 764   {\r
 765     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 766     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 767     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 768 \r
 769     pg.setColor(Color.white);\r
 770     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 771     pg.setFont(av.getFont());\r
 772 \r
 773     ////////////////////////////////////\r
 774     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 775     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 776 \r
 777     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 778         1;\r
 779 \r
 780     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 781 \r
 782     /////////////////////////////\r
 783     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 784     int startRes;\r
 785 \r
 786     /////////////////////////////\r
 787     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 788     int endRes;\r
 789 \r
 790     /////////////////////////////\r
 791     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 792     int startSeq;\r
 793 \r
 794     /////////////////////////////\r
 795     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 796     int endSeq;\r
 797     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 798     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 799 \r
 800     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 801     {\r
 802       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 803     }\r
 804 \r
 805     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 806     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 807 \r
 808     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 809     {\r
 810       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 811     }\r
 812 \r
 813     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 814 \r
 815     if (av.showAnnotation)\r
 816     {\r
 817       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 818     }\r
 819 \r
 820     pagesHigh /= pheight;\r
 821 \r
 822     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 823     {\r
 824       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 825     }\r
 826 \r
 827     //draw Scale\r
 828     pg.translate(idWidth, 0);\r
 829     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 830     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 831 \r
 832     ////////////////\r
 833     // Draw the ids\r
 834     Color currentColor = null;\r
 835     Color currentTextColor = null;\r
 836 \r
 837     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 838                         Font.ITALIC,\r
 839                         av.getFont().getSize()));\r
 840     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 841     {\r
 842       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 843           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 844               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 845       {\r
 846         currentColor = Color.gray;\r
 847         currentTextColor = Color.black;\r
 848       }\r
 849       else\r
 850       {\r
 851         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 852         currentTextColor = Color.black;\r
 853       }\r
 854 \r
 855       pg.setColor(currentColor);\r
 856       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 857                   av.getCharHeight());\r
 858 \r
 859       pg.setColor(currentTextColor);\r
 860 \r
 861       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 862           ( av.getShowJVSuffix());\r
 863 \r
 864       pg.drawString(string, 0,\r
 865                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 866                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 867     }\r
 868 \r
 869     pg.setFont(av.getFont());\r
 870 \r
 871     // draw main sequence panel\r
 872     pg.translate(idWidth, 0);\r
 873     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 874 \r
 875     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 876     {\r
 877       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 878       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 879       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 880       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 881                                     1);\r
 882     }\r
 883 \r
 884     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 885   }\r
 886 \r
 887   /**\r
 888    * DOCUMENT ME!\r
 889    *\r
 890    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 891    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 892    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 893    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 894    *\r
 895    * @return DOCUMENT ME!\r
 896    *\r
 897    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 898    */\r
 899   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 900                                    int pi)\r
 901       throws PrinterException\r
 902   {\r
 903 \r
 904     int annotationHeight = 0;\r
 905     AnnotationLabels labels = null;\r
 906     if (av.showAnnotation)\r
 907     {\r
 908       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 909       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 910     }\r
 911 \r
 912     int hgap = av.charHeight;\r
 913     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 914       hgap += av.charHeight;\r
 915 \r
 916     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 917         + hgap\r
 918         + annotationHeight;\r
 919 \r
 920     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 921 \r
 922     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 923         idWidth);\r
 924 \r
 925     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 926 \r
 927     pg.setColor(Color.white);\r
 928     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 929     pg.setFont(av.getFont());\r
 930 \r
 931     ////////////////\r
 932     // Draw the ids\r
 933     pg.setColor(Color.black);\r
 934 \r
 935     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 936 \r
 937     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 938 \r
 939     int ypos = hgap;\r
 940     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 941                            av.getFont().getSize());\r
 942     pg.setFont(italic);\r
 943 \r
 944     do\r
 945     {\r
 946       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 947       {\r
 948         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 949         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 950 \r
 951         pg.drawString(string, 0,\r
 952                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 953                       (av.charHeight / 5));\r
 954       }\r
 955       if (labels != null)\r
 956       {\r
 957         pg.translate(-3,\r
 958                      ypos +\r
 959                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 960 \r
 961         pg.setFont(av.getFont());\r
 962         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 963         pg.setFont(italic);\r
 964         pg.translate(+3,\r
 965                      -ypos -\r
 966                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 967       }\r
 968 \r
 969       ypos += cHeight;\r
 970     }\r
 971     while (ypos < totalHeight);\r
 972 \r
 973     pg.translate(idWidth, 0);\r
 974 \r
 975     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 976 \r
 977     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 978     {\r
 979       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 980 \r
 981     }\r
 982     else\r
 983     {\r
 984       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 985     }\r
 986   }\r
 987 \r
 988   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 989   {\r
 990     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 991     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 992     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
 993     {\r
 994       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
 995     }\r
 996 \r
 997     if (av.getWrapAlignment())\r
 998     {\r
 999       height = getWrappedHeight();\r
1000       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1001           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1002       {\r
1003         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
1004       }\r
1005       else\r
1006 \r
1007         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1008 \r
1009     }\r
1010     else if (av.getShowAnnotation())\r
1011     {\r
1012       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
1013     }\r
1014 \r
1015     jalview.util.ImageMaker im;\r
1016     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
1017       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1018                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
1019                                         "Create PNG image from alignment",\r
1020                                         width, height, file, null);\r
1021     else\r
1022       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1023                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
1024                                        "Create EPS file from alignment",\r
1025                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
1026 \r
1027     try\r
1028     {\r
1029       if (av.getWrapAlignment())\r
1030       {\r
1031         if(im.getGraphics()!=null)\r
1032         {\r
1033           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1034           im.writeImage();\r
1035         }\r
1036       }\r
1037       else\r
1038       {\r
1039         if(im.getGraphics()!=null)\r
1040         {\r
1041           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1042           im.writeImage();\r
1043         }\r
1044       }\r
1045     }\r
1046     catch (OutOfMemoryError err)\r
1047     {\r
1048       System.out.println("########################\n"\r
1049                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
1050                          + "########################");\r
1051 \r
1052       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1053                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
1054                                             +\r
1055                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1056                                             , "Out of memory",\r
1057                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1058       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1059       System.gc();\r
1060 \r
1061     }\r
1062     catch (Exception ex)\r
1063     {\r
1064       ex.printStackTrace();\r
1065     }\r
1066   }\r
1067   /**\r
1068    * DOCUMENT ME!\r
1069    */\r
1070   public void makeEPS(File epsFile)\r
1071   {\r
1072     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1073   }\r
1074 \r
1075   /**\r
1076    * DOCUMENT ME!\r
1077    */\r
1078   public void makePNG(File pngFile)\r
1079   {\r
1080     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1081   }\r
1082 \r
1083   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1084   {\r
1085     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1086     //////////////////////////////////////////////\r
1087     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1088     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1089     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1090 \r
1091     // Gen image map\r
1092     //////////////////////////////////\r
1093     if (imgMapFile != null)\r
1094     {\r
1095       try\r
1096       {\r
1097         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1098             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1099         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1100         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1101         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1102         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1103                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1104                     + "<map name=\"Map\">");\r
1105 \r
1106         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1107         {\r
1108           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1109 \r
1110           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1111           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1112           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1113           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1114           {\r
1115             text = new StringBuffer();\r
1116             Object obj = null;\r
1117             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1118               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1119             else\r
1120               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1121                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1122 \r
1123               if (obj == null)\r
1124                   continue;\r
1125 \r
1126             String triplet = obj.toString();\r
1127             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1128             gSize = groups.length;\r
1129             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1130             {\r
1131               if(text.length()<1)\r
1132               {\r
1133                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1134                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1135                   + sy + ","\r
1136                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1137                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1138                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1139                   + alIndex + " " + triplet );\r
1140               }\r
1141 \r
1142               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1143                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1144             }\r
1145 \r
1146             if (features != null)\r
1147             {\r
1148               if(text.length()<1)\r
1149               {\r
1150                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1151                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1152                   + sy + ","\r
1153                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1154                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1155                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1156                   + alIndex + " " + triplet );\r
1157               }\r
1158                 fSize = features.length;\r
1159                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1160                 {\r
1161 \r
1162                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1163                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1164                   {\r
1165                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1166                     {\r
1167                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1168                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1169                       {\r
1170                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1171                                        features[f].getEnd());\r
1172                       }\r
1173                     }\r
1174                     else\r
1175                     {\r
1176                       text.append("<br>");\r
1177                       text.append(features[f].getType());\r
1178                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1179                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1180 \r
1181                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1182                       {\r
1183                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1184                       }\r
1185                     }\r
1186                   }\r
1187 \r
1188                 }\r
1189               }\r
1190               if(text.length()>1)\r
1191               {\r
1192                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1193                 out.println(text.toString());\r
1194               }\r
1195             }\r
1196           }\r
1197         out.println("</map></body></html>");\r
1198         out.close();\r
1199 \r
1200       }\r
1201       catch (Exception ex)\r
1202       {\r
1203         ex.printStackTrace();\r
1204       }\r
1205     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1206 \r
1207   }\r
1208 \r
1209   int getWrappedHeight()\r
1210   {\r
1211     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1212 \r
1213     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1214     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1215               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1216     {\r
1217       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1218       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - idWidth;\r
1219     }\r
1220 \r
1221     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1222         seqPanelWidth\r
1223           );\r
1224 \r
1225     int hgap = av.charHeight;\r
1226     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1227       hgap += av.charHeight;\r
1228 \r
1229     int annotationHeight = 0;\r
1230     if (av.showAnnotation)\r
1231     {\r
1232       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1233     }\r
1234 \r
1235     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1236         + hgap\r
1237         + annotationHeight;\r
1238 \r
1239     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1240 \r
1241     return height;\r
1242   }\r
1243 \r
1244   /**\r
1245    * DOCUMENT ME!\r
1246    *\r
1247    * @author $author$\r
1248    * @version $Revision$\r
1249    */\r
1250   class Preview\r
1251       extends JFrame\r
1252   {\r
1253     /**\r
1254      * Creates a new Preview object.\r
1255      *\r
1256      * @param image DOCUMENT ME!\r
1257      */\r
1258     public Preview(Image image)\r
1259     {\r
1260       setResizable(true);\r
1261       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1262       setVisible(true);\r
1263       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1264       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1265       validate();\r
1266       repaint();\r
1267     }\r
1268   }\r
1269 \r
1270   /**\r
1271    * DOCUMENT ME!\r
1272    *\r
1273    * @author $author$\r
1274    * @version $Revision$\r
1275    */\r
1276   class PreviewPanel\r
1277       extends JPanel\r
1278   {\r
1279     Image image;\r
1280 \r
1281     /**\r
1282      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1283      *\r
1284      * @param image DOCUMENT ME!\r
1285      */\r
1286     public PreviewPanel(Image image)\r
1287     {\r
1288       this.image = image;\r
1289     }\r
1290 \r
1291     /**\r
1292      * DOCUMENT ME!\r
1293      *\r
1294      * @param g DOCUMENT ME!\r
1295      */\r
1296     public void paintComponent(Graphics g)\r
1297     {\r
1298       if (image != null)\r
1299       {\r
1300         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1301       }\r
1302       else\r
1303       {\r
1304         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1305       }\r
1306     }\r
1307   }\r
1308 }\r