src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.awt.print.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.schemes.*;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class AlignmentPanel\r
  40     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  41 {\r
  42   public AlignViewport av;\r
  43   OverviewPanel overviewPanel;\r
  44   SeqPanel seqPanel;\r
  45   IdPanel idPanel;\r
  46   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  47 \r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public AlignFrame alignFrame;\r
  50   ScalePanel scalePanel;\r
  51   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  52   AnnotationLabels alabels;\r
  53 \r
  54   // this value is set false when selection area being dragged\r
  55   boolean fastPaint = true;\r
  56   int hextent = 0;\r
  57   int vextent = 0;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  61    *\r
  62    * @param af DOCUMENT ME!\r
  63    * @param av DOCUMENT ME!\r
  64    */\r
  65   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  66   {\r
  67     alignFrame = af;\r
  68     this.av = av;\r
  69     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  70     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  71 \r
  72     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  73 \r
  74     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  75     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  76     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  77 \r
  78     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  79     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  80 \r
  81     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  82     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  83 \r
  84     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  86 \r
  87     setScrollValues(0, 0);\r
  88 \r
  89     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  90 \r
  91     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  92     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  93 \r
  94     final AlignmentPanel ap = this;\r
  95     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  96     {\r
  97       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 100         {\r
 101           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 102                                  av.getSequenceSetId(),\r
 103                                  true,\r
 104                                  true);\r
 105           alignmentChanged();\r
 106         }\r
 107       }\r
 108     });\r
 109 \r
 110     fontChanged();\r
 111     adjustAnnotationHeight();\r
 112 \r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void alignmentChanged()\r
 116   {\r
 117     av.alignmentChanged(this);\r
 118 \r
 119     if (overviewPanel != null)\r
 120     {\r
 121       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 122     }\r
 123 \r
 124     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 125 \r
 126     repaint();\r
 127   }\r
 128 \r
 129   /**\r
 130    * DOCUMENT ME!\r
 131    */\r
 132   public void fontChanged()\r
 133   {\r
 134     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 135     // to prevent drawing old image\r
 136     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 137 \r
 138     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 139         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 140     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 141         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 142 \r
 143     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 144     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 145     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 146 \r
 147     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 148     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 149     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 150     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 151 \r
 152     if (overviewPanel != null)\r
 153     {\r
 154       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 155     }\r
 156 \r
 157     repaint();\r
 158   }\r
 159 \r
 160   /**\r
 161    * DOCUMENT ME!\r
 162    *\r
 163    * @return DOCUMENT ME!\r
 164    */\r
 165   public Dimension calculateIdWidth()\r
 166   {\r
 167     Container c = new Container();\r
 168 \r
 169     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 170         new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 171 \r
 172     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 173 \r
 174     int i = 0;\r
 175     int idWidth = 0;\r
 176     String id;\r
 177 \r
 178     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 179     {\r
 180       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 181 \r
 182       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 183 \r
 184       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 185       {\r
 186         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 187       }\r
 188 \r
 189       i++;\r
 190     }\r
 191 \r
 192     // Also check annotation label widths\r
 193     i = 0;\r
 194 \r
 195     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 196     {\r
 197       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 198 \r
 199       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 200       {\r
 201         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 202 \r
 203         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 204         {\r
 205           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 206         }\r
 207 \r
 208         i++;\r
 209       }\r
 210     }\r
 211 \r
 212     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 213   }\r
 214 \r
 215   /**\r
 216    * DOCUMENT ME!\r
 217    *\r
 218    * @param results DOCUMENT ME!\r
 219    */\r
 220   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 221   {\r
 222     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 223 \r
 224     // do we need to scroll the panel?\r
 225     if (results != null)\r
 226     {\r
 227       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 228       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 229       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 230       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 231 \r
 232       if (!av.wrapAlignment)\r
 233       {\r
 234         if ( (av.getStartRes() > end) || (av.getEndRes() < start) ||\r
 235             ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 236         {\r
 237           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 238         }\r
 239       }\r
 240       else\r
 241       {\r
 242         scrollToWrappedVisible(start);\r
 243       }\r
 244     }\r
 245 \r
 246     paintAlignment(true);\r
 247   }\r
 248 \r
 249   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 250   {\r
 251     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 252         getWidth());\r
 253     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 254     {\r
 255       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 256       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 257     }\r
 258   }\r
 259 \r
 260   /**\r
 261    * DOCUMENT ME!\r
 262    *\r
 263    * @return DOCUMENT ME!\r
 264    */\r
 265   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 266   {\r
 267     return overviewPanel;\r
 268   }\r
 269 \r
 270   /**\r
 271    * DOCUMENT ME!\r
 272    *\r
 273    * @param op DOCUMENT ME!\r
 274    */\r
 275   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 276   {\r
 277     overviewPanel = op;\r
 278   }\r
 279 \r
 280   /**\r
 281    * DOCUMENT ME!\r
 282    *\r
 283    * @param b DOCUMENT ME!\r
 284    */\r
 285   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 286   {\r
 287     if (!av.wrapAlignment)\r
 288     {\r
 289       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 290       annotationScroller.setVisible(b);\r
 291     }\r
 292     repaint();\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void adjustAnnotationHeight()\r
 296   {\r
 297     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 298     {\r
 299       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 300     }\r
 301 \r
 302     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight() +\r
 303         hscroll.getPreferredSize().height;\r
 304 \r
 305     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 306     {\r
 307       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 308     }\r
 309 \r
 310     hscroll.addNotify();\r
 311 \r
 312     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 313         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 314                       height + hscroll.getHeight()));\r
 315 \r
 316 \r
 317     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 318         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 319         height));\r
 320 \r
 321     repaint();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   /**\r
 325    * DOCUMENT ME!\r
 326    *\r
 327    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 328    */\r
 329   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 330   {\r
 331     av.startSeq = 0;\r
 332     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 333     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 334     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 335 \r
 336     if (wrap)\r
 337     {\r
 338       annotationScroller.setVisible(false);\r
 339       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 340     }\r
 341     else if (av.showAnnotation)\r
 342     {\r
 343       annotationScroller.setVisible(true);\r
 344       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 345     }\r
 346 \r
 347     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 348 \r
 349     repaint();\r
 350   }\r
 351 \r
 352   // return value is true if the scroll is valid\r
 353   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 354   {\r
 355     if (up)\r
 356     {\r
 357       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 358       {\r
 359         return false;\r
 360       }\r
 361 \r
 362       fastPaint = false;\r
 363       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 364     }\r
 365     else\r
 366     {\r
 367       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 368       {\r
 369         return false;\r
 370       }\r
 371 \r
 372       fastPaint = false;\r
 373       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 374     }\r
 375 \r
 376     fastPaint = true;\r
 377 \r
 378     return true;\r
 379   }\r
 380 \r
 381   /**\r
 382    * DOCUMENT ME!\r
 383    *\r
 384    * @param right DOCUMENT ME!\r
 385    *\r
 386    * @return DOCUMENT ME!\r
 387    */\r
 388   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 389   {\r
 390     if (!right)\r
 391     {\r
 392       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 393       {\r
 394         return false;\r
 395       }\r
 396 \r
 397       fastPaint = false;\r
 398       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 399     }\r
 400     else\r
 401     {\r
 402       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 403       {\r
 404         return false;\r
 405       }\r
 406 \r
 407       fastPaint = false;\r
 408       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 409     }\r
 410 \r
 411     fastPaint = true;\r
 412 \r
 413     return true;\r
 414   }\r
 415 \r
 416   /**\r
 417    * DOCUMENT ME!\r
 418    *\r
 419    * @param x DOCUMENT ME!\r
 420    * @param y DOCUMENT ME!\r
 421    */\r
 422   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 423   {\r
 424 \r
 425     int width = av.alignment.getWidth();\r
 426     int height = av.alignment.getHeight();\r
 427 \r
 428     if (av.hasHiddenColumns)\r
 429     {\r
 430       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 431     }\r
 432 \r
 433     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) - 1);\r
 434 \r
 435     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 436     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 437 \r
 438     if (hextent > width)\r
 439     {\r
 440       hextent = width;\r
 441     }\r
 442 \r
 443     if (vextent > height)\r
 444     {\r
 445       vextent = height;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     if ( (hextent + x) > width)\r
 449     {\r
 450       x = width - hextent;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     if ( (vextent + y) > height)\r
 454     {\r
 455       y = height - vextent;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     if (y < 0)\r
 459     {\r
 460       y = 0;\r
 461     }\r
 462 \r
 463     if (x < 0)\r
 464     {\r
 465       x = 0;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 469     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 470   }\r
 471 \r
 472   /**\r
 473    * DOCUMENT ME!\r
 474    *\r
 475    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 476    */\r
 477   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 478   {\r
 479 \r
 480     int oldX = av.getStartRes();\r
 481     int oldY = av.getStartSeq();\r
 482 \r
 483     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 484     {\r
 485       int x = hscroll.getValue();\r
 486       av.setStartRes(x);\r
 487       av.setEndRes( (x +\r
 488                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 489     }\r
 490 \r
 491     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 492     {\r
 493       int offy = vscroll.getValue();\r
 494 \r
 495       if (av.getWrapAlignment())\r
 496       {\r
 497         if (offy > -1)\r
 498         {\r
 499           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 500               seqCanvas.getWidth());\r
 501           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 502           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 503         }\r
 504         else\r
 505         {\r
 506           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 507           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 508           //as preference setting\r
 509           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 510           {\r
 511             public void run()\r
 512             {\r
 513               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 514             }\r
 515           });\r
 516         }\r
 517       }\r
 518       else\r
 519       {\r
 520         av.setStartSeq(offy);\r
 521         av.setEndSeq(offy +\r
 522                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 523       }\r
 524     }\r
 525 \r
 526     if (overviewPanel != null)\r
 527     {\r
 528       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 529     }\r
 530 \r
 531     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 532     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 533 \r
 534     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 535     {\r
 536       repaint();\r
 537     }\r
 538     else\r
 539     {\r
 540       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 541       // larger than the visible window\r
 542       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)\r
 543       {\r
 544         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 545       }\r
 546       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)\r
 547       {\r
 548         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 549       }\r
 550 \r
 551       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)\r
 552       {\r
 553         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 554         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 555                                      scrollY);\r
 556         scalePanel.repaint();\r
 557 \r
 558         if (av.getShowAnnotation())\r
 559         {\r
 560           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 561         }\r
 562       }\r
 563     }\r
 564   }\r
 565 \r
 566   public void paintAlignment(boolean updateOverview)\r
 567   {\r
 568     repaint();\r
 569 \r
 570     if(updateOverview)\r
 571     {\r
 572       jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 573           .sequenceColoursChanged(this);\r
 574 \r
 575       if (overviewPanel != null)\r
 576       {\r
 577         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 578       }\r
 579     }\r
 580   }\r
 581 \r
 582   /**\r
 583    * DOCUMENT ME!\r
 584    *\r
 585    * @param g DOCUMENT ME!\r
 586    */\r
 587   public void paintComponent(Graphics g)\r
 588   {\r
 589     invalidate();\r
 590 \r
 591     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 592     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 593     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 594     validate();\r
 595 \r
 596     if (av.getWrapAlignment())\r
 597     {\r
 598       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 599 \r
 600       if (av.hasHiddenColumns)\r
 601       {\r
 602         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 603       }\r
 604 \r
 605       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 606           seqCanvas.getWidth());\r
 607       if (canvasWidth > 0)\r
 608       {\r
 609         int max = maxwidth /\r
 610             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 611             getWidth()) +\r
 612             1;\r
 613         vscroll.setMaximum(max);\r
 614         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 615         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 616       }\r
 617     }\r
 618     else\r
 619     {\r
 620       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 621     }\r
 622   }\r
 623 \r
 624   /**\r
 625    * DOCUMENT ME!\r
 626    *\r
 627    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 628    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 629    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 630    *\r
 631    * @return DOCUMENT ME!\r
 632    *\r
 633    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 634    */\r
 635   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 636       throws PrinterException\r
 637   {\r
 638     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 639 \r
 640     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 641     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 642 \r
 643     if (av.getWrapAlignment())\r
 644     {\r
 645       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 646     }\r
 647     else\r
 648     {\r
 649       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 650     }\r
 651   }\r
 652 \r
 653   /**\r
 654    * DOCUMENT ME!\r
 655    *\r
 656    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 657    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 658    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 659    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 660    *\r
 661    * @return DOCUMENT ME!\r
 662    *\r
 663    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 664    */\r
 665   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 666       throws PrinterException\r
 667   {\r
 668     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 669     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 670     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 671 \r
 672     pg.setColor(Color.white);\r
 673     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 674     pg.setFont(av.getFont());\r
 675 \r
 676     ////////////////////////////////////\r
 677     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 678     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 679 \r
 680     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 681         1;\r
 682 \r
 683     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 684 \r
 685     /////////////////////////////\r
 686     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 687     int startRes;\r
 688 \r
 689     /////////////////////////////\r
 690     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 691     int endRes;\r
 692 \r
 693     /////////////////////////////\r
 694     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 695     int startSeq;\r
 696 \r
 697     /////////////////////////////\r
 698     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 699     int endSeq;\r
 700     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 701     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 702 \r
 703     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 704     {\r
 705       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 709     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 710 \r
 711     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 712     {\r
 713       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 714     }\r
 715 \r
 716     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 717 \r
 718     if (av.showAnnotation)\r
 719     {\r
 720       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 721     }\r
 722 \r
 723     pagesHigh /= pheight;\r
 724 \r
 725     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 726     {\r
 727       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     //draw Scale\r
 731     pg.translate(idWidth, 0);\r
 732     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 733     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 734 \r
 735     ////////////////\r
 736     // Draw the ids\r
 737     Color currentColor = null;\r
 738     Color currentTextColor = null;\r
 739 \r
 740     pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 741 \r
 742     SequenceI seq;\r
 743     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 744     {\r
 745       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 746       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 747           av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 748       {\r
 749         currentColor = Color.gray;\r
 750         currentTextColor = Color.black;\r
 751       }\r
 752       else\r
 753       {\r
 754         currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 755         currentTextColor = Color.black;\r
 756       }\r
 757 \r
 758       pg.setColor(currentColor);\r
 759       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 760                   av.getCharHeight());\r
 761 \r
 762       pg.setColor(currentTextColor);\r
 763 \r
 764       int xPos = 0;\r
 765       if (av.rightAlignIds)\r
 766       {\r
 767         fm = pg.getFontMetrics();\r
 768         xPos = idWidth - fm.stringWidth(\r
 769             seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
 770             ) - 4;\r
 771       }\r
 772 \r
 773       pg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 774                     xPos,\r
 775                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 776                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 777     }\r
 778 \r
 779     pg.setFont(av.getFont());\r
 780 \r
 781     // draw main sequence panel\r
 782     pg.translate(idWidth, 0);\r
 783     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 784 \r
 785     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 786     {\r
 787       pg.translate( -idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 788       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 789       pg.translate(idWidth + 3, 0);\r
 790       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 791                                     1);\r
 792     }\r
 793 \r
 794     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 795   }\r
 796 \r
 797   /**\r
 798    * DOCUMENT ME!\r
 799    *\r
 800    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 801    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 802    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 803    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 804    *\r
 805    * @return DOCUMENT ME!\r
 806    *\r
 807    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 808    */\r
 809   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 810                                    int pi)\r
 811       throws PrinterException\r
 812   {\r
 813 \r
 814     int annotationHeight = 0;\r
 815     AnnotationLabels labels = null;\r
 816     if (av.showAnnotation)\r
 817     {\r
 818       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 819       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 820     }\r
 821 \r
 822     int hgap = av.charHeight;\r
 823     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 824     {\r
 825       hgap += av.charHeight;\r
 826     }\r
 827 \r
 828     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 829         + hgap\r
 830         + annotationHeight;\r
 831 \r
 832     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 833 \r
 834     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 835     if (av.hasHiddenColumns)\r
 836     {\r
 837       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 838     }\r
 839 \r
 840     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 841         idWidth);\r
 842 \r
 843     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 844 \r
 845     pg.setColor(Color.white);\r
 846     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 847     pg.setFont(av.getFont());\r
 848 \r
 849     ////////////////\r
 850     // Draw the ids\r
 851     pg.setColor(Color.black);\r
 852 \r
 853     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 854 \r
 855     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 856 \r
 857     int ypos = hgap;\r
 858 \r
 859     do\r
 860     {\r
 861       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 862       {\r
 863         pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 864         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 865         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 866         int xPos = 0;\r
 867         if (av.rightAlignIds)\r
 868         {\r
 869           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();\r
 870           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;\r
 871         }\r
 872         pg.drawString(string, xPos,\r
 873                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 874                       (av.charHeight / 5));\r
 875       }\r
 876       if (labels != null)\r
 877       {\r
 878         pg.translate( -3,\r
 879                      ypos +\r
 880                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 881 \r
 882         pg.setFont(av.getFont());\r
 883         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 884         pg.translate( +3,\r
 885                      -ypos -\r
 886                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 887       }\r
 888 \r
 889       ypos += cHeight;\r
 890     }\r
 891     while (ypos < totalHeight);\r
 892 \r
 893     pg.translate(idWidth, 0);\r
 894 \r
 895     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 896 \r
 897     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 898     {\r
 899       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 900 \r
 901     }\r
 902     else\r
 903     {\r
 904       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 905     }\r
 906   }\r
 907 \r
 908   int getVisibleIdWidth()\r
 909   {\r
 910     return\r
 911         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 912         calculateIdWidth().width + 4;\r
 913   }\r
 914 \r
 915   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 916   {\r
 917     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 918     if (av.hasHiddenColumns)\r
 919     {\r
 920       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 921     }\r
 922 \r
 923     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 924     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 925 \r
 926     if (av.getWrapAlignment())\r
 927     {\r
 928       height = getWrappedHeight();\r
 929       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 930           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 931       {\r
 932         width = alignFrame.getWidth()\r
 933             - vscroll.getPreferredSize().width\r
 934             - alignFrame.getInsets().left\r
 935             - alignFrame.getInsets().right;\r
 936       }\r
 937       else\r
 938       {\r
 939         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 940       }\r
 941 \r
 942     }\r
 943     else if (av.getShowAnnotation())\r
 944     {\r
 945       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 946     }\r
 947 \r
 948     try\r
 949     {\r
 950 \r
 951       jalview.util.ImageMaker im;\r
 952       if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 953       {\r
 954         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 955                                          jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 956                                          "Create PNG image from alignment",\r
 957                                          width, height, file, null);\r
 958       }\r
 959       else\r
 960       {\r
 961         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 962                                          jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 963                                          "Create EPS file from alignment",\r
 964                                          width, height, file,\r
 965                                          alignFrame.getTitle());\r
 966       }\r
 967 \r
 968       if (av.getWrapAlignment())\r
 969       {\r
 970         if (im.getGraphics() != null)\r
 971         {\r
 972           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 973           im.writeImage();\r
 974         }\r
 975       }\r
 976       else\r
 977       {\r
 978         if (im.getGraphics() != null)\r
 979         {\r
 980           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 981           im.writeImage();\r
 982         }\r
 983       }\r
 984     }\r
 985     catch (OutOfMemoryError err)\r
 986     {\r
 987       System.out.println("########################\n"\r
 988                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 989                          + "########################");\r
 990 \r
 991       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 992                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 993                                             +\r
 994                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 995                                             , "Out of memory",\r
 996                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 997       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 998       System.gc();\r
 999 \r
1000     }\r
1001     catch (Exception ex)\r
1002     {\r
1003       ex.printStackTrace();\r
1004     }\r
1005   }\r
1006 \r
1007   /**\r
1008    * DOCUMENT ME!\r
1009    */\r
1010   public void makeEPS(File epsFile)\r
1011   {\r
1012     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1013   }\r
1014 \r
1015   /**\r
1016    * DOCUMENT ME!\r
1017    */\r
1018   public void makePNG(File pngFile)\r
1019   {\r
1020     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1021   }\r
1022 \r
1023   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1024   {\r
1025     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1026     //////////////////////////////////////////////\r
1027     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
1028     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1029     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1030 \r
1031     // Gen image map\r
1032     //////////////////////////////////\r
1033     if (imgMapFile != null)\r
1034     {\r
1035       try\r
1036       {\r
1037         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1038             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1039         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1040         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1041         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1042         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1043                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1044                     + "<map name=\"Map\">");\r
1045 \r
1046         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1047         {\r
1048           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1049 \r
1050           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1051           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence().\r
1052               getSequenceFeatures();\r
1053           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1054           for (res = 0; res < alwidth; res++)\r
1055           {\r
1056             text = new StringBuffer();\r
1057             Object obj = null;\r
1058             if (av.alignment.isNucleotide())\r
1059             {\r
1060               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res) +\r
1061                   "");\r
1062             }\r
1063             else\r
1064             {\r
1065               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1066                   seq.getCharAt(res) + "");\r
1067             }\r
1068 \r
1069             if (obj == null)\r
1070             {\r
1071               continue;\r
1072             }\r
1073 \r
1074             String triplet = obj.toString();\r
1075             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1076             gSize = groups.length;\r
1077             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1078             {\r
1079               if (text.length() < 1)\r
1080               {\r
1081                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1082                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1083                             + sy + ","\r
1084                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1085                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1086                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1087                             + alIndex + " " + triplet);\r
1088               }\r
1089 \r
1090               if (groups[g].getStartRes() < res && groups[g].getEndRes() > res)\r
1091               {\r
1092                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1093               }\r
1094             }\r
1095 \r
1096             if (features != null)\r
1097             {\r
1098               if (text.length() < 1)\r
1099               {\r
1100                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1101                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1102                             + sy + ","\r
1103                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1104                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1105                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1106                             + alIndex + " " + triplet);\r
1107               }\r
1108               fSize = features.length;\r
1109               for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1110               {\r
1111 \r
1112                 if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1113                     (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1114                 {\r
1115                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1116                   {\r
1117                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1118                         || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1119                     {\r
1120                       text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() +\r
1121                                   ":" +\r
1122                                   features[f].getEnd());\r
1123                     }\r
1124                   }\r
1125                   else\r
1126                   {\r
1127                     text.append("<br>");\r
1128                     text.append(features[f].getType());\r
1129                     if (features[f].getDescription() != null &&\r
1130                         !features[f].\r
1131                         getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1132                     {\r
1133                       text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1134                     }\r
1135 \r
1136                     if (features[f].getValue("status") != null)\r
1137                     {\r
1138                       text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1139                     }\r
1140                   }\r
1141                 }\r
1142 \r
1143               }\r
1144             }\r
1145             if (text.length() > 1)\r
1146             {\r
1147               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1148               out.println(text.toString());\r
1149             }\r
1150           }\r
1151         }\r
1152         out.println("</map></body></html>");\r
1153         out.close();\r
1154 \r
1155       }\r
1156       catch (Exception ex)\r
1157       {\r
1158         ex.printStackTrace();\r
1159       }\r
1160     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1161 \r
1162   }\r
1163 \r
1164   int getWrappedHeight()\r
1165   {\r
1166     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1167 \r
1168     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1169         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1170     {\r
1171       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth()\r
1172           - getVisibleIdWidth()\r
1173           - vscroll.getPreferredSize().width\r
1174           - alignFrame.getInsets().left\r
1175           - alignFrame.getInsets().right;\r
1176     }\r
1177 \r
1178     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1179         seqPanelWidth\r
1180         );\r
1181 \r
1182     int hgap = av.charHeight;\r
1183     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1184     {\r
1185       hgap += av.charHeight;\r
1186     }\r
1187 \r
1188     int annotationHeight = 0;\r
1189     if (av.showAnnotation)\r
1190     {\r
1191       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1192     }\r
1193 \r
1194     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1195         + hgap\r
1196         + annotationHeight;\r
1197 \r
1198     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1199     if (av.hasHiddenColumns)\r
1200     {\r
1201       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1202     }\r
1203 \r
1204     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1205 \r
1206     return height;\r
1207   }\r
1208 }\r