Check hiddenSequence before placing in tmp
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignmentPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import jalview.schemes.*;\r
26 \r
27 import java.awt.*;\r
28 import java.awt.event.*;\r
29 import java.awt.print.*;\r
30 \r
31 import java.io.*;\r
32 \r
33 import javax.swing.*;\r
34 \r
35 \r
36 /**\r
37  * DOCUMENT ME!\r
38  *\r
39  * @author $author$\r
40  * @version $Revision$\r
41  */\r
42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
43     implements AdjustmentListener, Printable\r
44 {\r
45   public AlignViewport av;\r
46   OverviewPanel overviewPanel;\r
47   SeqPanel seqPanel;\r
48   IdPanel idPanel;\r
49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
50 \r
51   /** DOCUMENT ME!! */\r
52   public AlignFrame alignFrame;\r
53   ScalePanel scalePanel;\r
54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
55   AnnotationLabels alabels;\r
56 \r
57   // this value is set false when selection area being dragged\r
58   boolean fastPaint = true;\r
59   int hextent = 0;\r
60   int vextent = 0;\r
61 \r
62   /**\r
63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
64    *\r
65    * @param af DOCUMENT ME!\r
66    * @param av DOCUMENT ME!\r
67    */\r
68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
69   {\r
70     alignFrame = af;\r
71     this.av = av;\r
72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
74 \r
75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
76 \r
77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
80 \r
81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
83 \r
84     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
85     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
86 \r
87     fontChanged();\r
88 \r
89     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
90    seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
91 \r
92     setScrollValues(0, 0);\r
93 \r
94     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
95 \r
96     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
97     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
98 \r
99 \r
100     adjustAnnotationHeight();\r
101 \r
102   }\r
103 \r
104 \r
105   /**\r
106    * DOCUMENT ME!\r
107    */\r
108   public void fontChanged()\r
109   {\r
110     // set idCanvas bufferedImage to null\r
111     // to prevent drawing old image\r
112     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
113 \r
114     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
115         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
116     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
117         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
118 \r
119     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
120     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
121     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
122 \r
123     Dimension d = calculateIdWidth();\r
124     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
125     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
126     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
127 \r
128     if (overviewPanel != null)\r
129       overviewPanel.setBoxPosition();\r
130 \r
131     repaint();\r
132   }\r
133 \r
134   /**\r
135    * DOCUMENT ME!\r
136    *\r
137    * @return DOCUMENT ME!\r
138    */\r
139   public Dimension calculateIdWidth()\r
140   {\r
141     Container c = new Container();\r
142 \r
143     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
144       new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
145 \r
146     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
147 \r
148     int i = 0;\r
149     int idWidth = 0;\r
150     String id;\r
151 \r
152     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
153     {\r
154       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
155 \r
156       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
157 \r
158       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
159       {\r
160         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
161       }\r
162 \r
163       i++;\r
164     }\r
165 \r
166     // Also check annotation label widths\r
167     i = 0;\r
168 \r
169     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
170     {\r
171       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
172 \r
173       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
174       {\r
175         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
176 \r
177         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
178         {\r
179           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
180         }\r
181 \r
182         i++;\r
183       }\r
184     }\r
185 \r
186     return new Dimension(idWidth, 12);\r
187   }\r
188 \r
189   /**\r
190    * DOCUMENT ME!\r
191    *\r
192    * @param results DOCUMENT ME!\r
193    */\r
194   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
195   {\r
196     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
197 \r
198     // do we need to scroll the panel?\r
199     if (results != null)\r
200     {\r
201       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
202       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
203       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
204       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
205 \r
206       if(!av.wrapAlignment)\r
207       {\r
208         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
209            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
210         {\r
211           setScrollValues(start, seqIndex);\r
212         }\r
213       }\r
214       else\r
215       {\r
216         scrollToWrappedVisible(start);\r
217       }\r
218     }\r
219   }\r
220 \r
221   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
222   {\r
223     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
224     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
225     {\r
226       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
227       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
228     }\r
229   }\r
230 \r
231   /**\r
232    * DOCUMENT ME!\r
233    *\r
234    * @return DOCUMENT ME!\r
235    */\r
236   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
237   {\r
238     return overviewPanel;\r
239   }\r
240 \r
241   /**\r
242    * DOCUMENT ME!\r
243    *\r
244    * @param op DOCUMENT ME!\r
245    */\r
246   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
247   {\r
248     overviewPanel = op;\r
249   }\r
250 \r
251   /**\r
252    * DOCUMENT ME!\r
253    *\r
254    * @param b DOCUMENT ME!\r
255    */\r
256   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
257   {\r
258     if (!av.wrapAlignment)\r
259     {\r
260       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
261       annotationScroller.setVisible(b);\r
262     }\r
263     repaint();\r
264   }\r
265 \r
266   public void adjustAnnotationHeight()\r
267   {\r
268     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
269     {\r
270       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
271     }\r
272 \r
273     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
274 \r
275     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
276     {\r
277       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
278     }\r
279 \r
280     annotationScroller.setPreferredSize(\r
281         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
282                       height));\r
283 \r
284     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
285         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
286         height));\r
287 \r
288     annotationPanel.repaint();\r
289     repaint();\r
290   }\r
291 \r
292   /**\r
293    * DOCUMENT ME!\r
294    *\r
295    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
296    */\r
297   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
298   {\r
299     av.startSeq = 0;\r
300     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
301     hscroll.setVisible(!wrap);\r
302     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
303 \r
304     if (wrap)\r
305     {\r
306       annotationScroller.setVisible(false);\r
307       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
308     }\r
309     else if (av.showAnnotation)\r
310     {\r
311       annotationScroller.setVisible(true);\r
312       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
313     }\r
314 \r
315     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
316 \r
317     repaint();\r
318   }\r
319 \r
320   // return value is true if the scroll is valid\r
321   public boolean scrollUp(boolean up)\r
322   {\r
323     if (up)\r
324     {\r
325       if (vscroll.getValue() < 1)\r
326       {\r
327         return false;\r
328       }\r
329 \r
330       fastPaint = false;\r
331       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
332     }\r
333     else\r
334     {\r
335       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
336       {\r
337         return false;\r
338       }\r
339 \r
340       fastPaint = false;\r
341       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
342     }\r
343 \r
344     fastPaint = true;\r
345 \r
346     return true;\r
347   }\r
348 \r
349   /**\r
350    * DOCUMENT ME!\r
351    *\r
352    * @param right DOCUMENT ME!\r
353    *\r
354    * @return DOCUMENT ME!\r
355    */\r
356   public boolean scrollRight(boolean right)\r
357   {\r
358     if (!right)\r
359     {\r
360       if (hscroll.getValue() < 1)\r
361       {\r
362         return false;\r
363       }\r
364 \r
365       fastPaint = false;\r
366       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
367     }\r
368     else\r
369     {\r
370       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
371       {\r
372         return false;\r
373       }\r
374 \r
375       fastPaint = false;\r
376       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
377     }\r
378 \r
379     fastPaint = true;\r
380 \r
381     return true;\r
382   }\r
383 \r
384   /**\r
385    * DOCUMENT ME!\r
386    *\r
387    * @param x DOCUMENT ME!\r
388    * @param y DOCUMENT ME!\r
389    */\r
390   public void setScrollValues(int x, int y)\r
391   {\r
392 \r
393     int width = av.alignment.getWidth();\r
394     int height = av.alignment.getHeight();\r
395 \r
396     if(av.hasHiddenColumns)\r
397      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
398 \r
399     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
400 \r
401     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
402     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
403 \r
404     if (hextent > width)\r
405     {\r
406       hextent = width;\r
407     }\r
408 \r
409     if (vextent > height)\r
410     {\r
411       vextent = height;\r
412     }\r
413 \r
414     if ( (hextent + x) > width)\r
415     {\r
416       x = width - hextent;\r
417     }\r
418 \r
419     if ( (vextent + y) > height)\r
420     {\r
421       y = height - vextent;\r
422     }\r
423 \r
424     if (y < 0)\r
425     {\r
426       y = 0;\r
427     }\r
428 \r
429     if (x < 0)\r
430     {\r
431       x = 0;\r
432     }\r
433 \r
434     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
435     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
436   }\r
437 \r
438   /**\r
439    * DOCUMENT ME!\r
440    *\r
441    * @param evt DOCUMENT ME!\r
442    */\r
443   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
444   {\r
445 \r
446     int oldX = av.getStartRes();\r
447     int oldY = av.getStartSeq();\r
448 \r
449     if (evt.getSource() == hscroll)\r
450     {\r
451       int x = hscroll.getValue();\r
452       av.setStartRes(x);\r
453       av.setEndRes( (x +\r
454                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
455     }\r
456 \r
457     if (evt.getSource() == vscroll)\r
458     {\r
459       int offy = vscroll.getValue();\r
460 \r
461       if (av.getWrapAlignment())\r
462       {\r
463         if(offy>-1)\r
464         {\r
465           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
466               seqCanvas.getWidth());\r
467           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
468           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
469         }\r
470         else\r
471         {\r
472           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
473           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
474           //as preference setting\r
475           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
476               {\r
477                 public void run()\r
478                 {\r
479                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
480                 }\r
481               });\r
482         }\r
483       }\r
484       else\r
485       {\r
486         av.setStartSeq(offy);\r
487         av.setEndSeq(offy +\r
488                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
489       }\r
490     }\r
491 \r
492     if (overviewPanel != null)\r
493     {\r
494       overviewPanel.setBoxPosition();\r
495     }\r
496 \r
497     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
498     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
499 \r
500     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
501     {\r
502       repaint();\r
503     }\r
504     else\r
505     {\r
506       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
507       // larger than the visible window\r
508       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
509         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
510       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
511         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
512 \r
513       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
514       {\r
515         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
516         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
517                                      scrollY);\r
518         scalePanel.repaint();\r
519 \r
520         if (av.getShowAnnotation())\r
521         {\r
522           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
523         }\r
524       }\r
525     }\r
526   }\r
527 \r
528   /**\r
529    * DOCUMENT ME!\r
530    *\r
531    * @param g DOCUMENT ME!\r
532    */\r
533   public void paintComponent(Graphics g)\r
534   {\r
535     invalidate();\r
536 \r
537     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
538     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
539     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
540     validate();\r
541 \r
542     if (av.getWrapAlignment())\r
543     {\r
544       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
545 \r
546       if (av.hasHiddenColumns)\r
547         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
548 \r
549       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
550             if(canvasWidth>0)\r
551       {\r
552         int max = maxwidth /\r
553             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
554             getWidth()) +\r
555             1;\r
556         vscroll.setMaximum(max);\r
557         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
558         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
559       }\r
560     }\r
561     else\r
562     {\r
563       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
564     }\r
565 \r
566     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
567         && overviewPanel != null)\r
568         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
569   }\r
570 \r
571   /**\r
572    * DOCUMENT ME!\r
573    *\r
574    * @param pg DOCUMENT ME!\r
575    * @param pf DOCUMENT ME!\r
576    * @param pi DOCUMENT ME!\r
577    *\r
578    * @return DOCUMENT ME!\r
579    *\r
580    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
581    */\r
582   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
583       throws PrinterException\r
584   {\r
585     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
586 \r
587     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
588     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
589 \r
590     if (av.getWrapAlignment())\r
591     {\r
592       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
593     }\r
594     else\r
595     {\r
596       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
597     }\r
598   }\r
599 \r
600   /**\r
601    * DOCUMENT ME!\r
602    *\r
603    * @param pg DOCUMENT ME!\r
604    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
605    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
606    * @param pi DOCUMENT ME!\r
607    *\r
608    * @return DOCUMENT ME!\r
609    *\r
610    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
611    */\r
612   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
613       throws PrinterException\r
614   {\r
615     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
616     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
617     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
618 \r
619     pg.setColor(Color.white);\r
620     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
621     pg.setFont(av.getFont());\r
622 \r
623     ////////////////////////////////////\r
624     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
625     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
626 \r
627     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
628         1;\r
629 \r
630     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
631 \r
632     /////////////////////////////\r
633     /// Only print these sequences and residues on this page\r
634     int startRes;\r
635 \r
636     /////////////////////////////\r
637     /// Only print these sequences and residues on this page\r
638     int endRes;\r
639 \r
640     /////////////////////////////\r
641     /// Only print these sequences and residues on this page\r
642     int startSeq;\r
643 \r
644     /////////////////////////////\r
645     /// Only print these sequences and residues on this page\r
646     int endSeq;\r
647     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
648     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
649 \r
650     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
651     {\r
652       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
653     }\r
654 \r
655     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
656     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
657 \r
658     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
659     {\r
660       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
661     }\r
662 \r
663     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
664 \r
665     if (av.showAnnotation)\r
666     {\r
667       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
668     }\r
669 \r
670     pagesHigh /= pheight;\r
671 \r
672     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
673     {\r
674       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
675     }\r
676 \r
677     //draw Scale\r
678     pg.translate(idWidth, 0);\r
679     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
680     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
681 \r
682     ////////////////\r
683     // Draw the ids\r
684     Color currentColor = null;\r
685     Color currentTextColor = null;\r
686 \r
687     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
688                         Font.ITALIC,\r
689                         av.getFont().getSize()));\r
690     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
691     {\r
692       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
693           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
694               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
695       {\r
696         currentColor = Color.gray;\r
697         currentTextColor = Color.black;\r
698       }\r
699       else\r
700       {\r
701         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
702         currentTextColor = Color.black;\r
703       }\r
704 \r
705       pg.setColor(currentColor);\r
706       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
707                   av.getCharHeight());\r
708 \r
709       pg.setColor(currentTextColor);\r
710 \r
711       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
712           ( av.getShowJVSuffix());\r
713 \r
714       pg.drawString(string, 0,\r
715                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
716                     (av.getCharHeight() / 5));\r
717     }\r
718 \r
719     pg.setFont(av.getFont());\r
720 \r
721     // draw main sequence panel\r
722     pg.translate(idWidth, 0);\r
723     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
724 \r
725     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
726     {\r
727       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
728       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
729       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
730       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
731                                     1);\r
732     }\r
733 \r
734     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
735   }\r
736 \r
737   /**\r
738    * DOCUMENT ME!\r
739    *\r
740    * @param pg DOCUMENT ME!\r
741    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
742    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
743    * @param pi DOCUMENT ME!\r
744    *\r
745    * @return DOCUMENT ME!\r
746    *\r
747    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
748    */\r
749   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
750                                    int pi)\r
751       throws PrinterException\r
752   {\r
753 \r
754     int annotationHeight = 0;\r
755     AnnotationLabels labels = null;\r
756     if (av.showAnnotation)\r
757     {\r
758       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
759       labels = new AnnotationLabels(av);\r
760     }\r
761 \r
762     int hgap = av.charHeight;\r
763     if (av.scaleAboveWrapped)\r
764       hgap += av.charHeight;\r
765 \r
766     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
767         + hgap\r
768         + annotationHeight;\r
769 \r
770     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
771 \r
772     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
773     if (av.hasHiddenColumns)\r
774       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
775 \r
776 \r
777     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
778         idWidth);\r
779 \r
780     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
781 \r
782     pg.setColor(Color.white);\r
783     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
784     pg.setFont(av.getFont());\r
785 \r
786     ////////////////\r
787     // Draw the ids\r
788     pg.setColor(Color.black);\r
789 \r
790     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
791 \r
792     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
793 \r
794     int ypos = hgap;\r
795     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
796                            av.getFont().getSize());\r
797     pg.setFont(italic);\r
798 \r
799     do\r
800     {\r
801       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
802       {\r
803         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
804         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
805 \r
806         pg.drawString(string, 0,\r
807                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
808                       (av.charHeight / 5));\r
809       }\r
810       if (labels != null)\r
811       {\r
812         pg.translate(-3,\r
813                      ypos +\r
814                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
815 \r
816         pg.setFont(av.getFont());\r
817         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
818         pg.setFont(italic);\r
819         pg.translate(+3,\r
820                      -ypos -\r
821                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
822       }\r
823 \r
824       ypos += cHeight;\r
825     }\r
826     while (ypos < totalHeight);\r
827 \r
828     pg.translate(idWidth, 0);\r
829 \r
830     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
831 \r
832     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
833     {\r
834       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
835 \r
836     }\r
837     else\r
838     {\r
839       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
840     }\r
841   }\r
842 \r
843   int getVisibleIdWidth()\r
844   {\r
845     return\r
846         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
847         calculateIdWidth().width + 4;\r
848   }\r
849 \r
850   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
851   {\r
852     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
853     if (av.hasHiddenColumns)\r
854       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
855 \r
856     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
857     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
858 \r
859     if (av.getWrapAlignment())\r
860     {\r
861       height = getWrappedHeight();\r
862       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
863           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
864       {\r
865         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
866       }\r
867       else\r
868         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
869 \r
870     }\r
871     else if (av.getShowAnnotation())\r
872     {\r
873       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
874     }\r
875 \r
876     try\r
877     {\r
878 \r
879     jalview.util.ImageMaker im;\r
880     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
881       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
882                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
883                                         "Create PNG image from alignment",\r
884                                         width, height, file, null);\r
885     else\r
886       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
887                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
888                                        "Create EPS file from alignment",\r
889                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
890 \r
891       if (av.getWrapAlignment())\r
892       {\r
893         if(im.getGraphics()!=null)\r
894         {\r
895           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
896           im.writeImage();\r
897         }\r
898       }\r
899       else\r
900       {\r
901         if(im.getGraphics()!=null)\r
902         {\r
903           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
904           im.writeImage();\r
905         }\r
906       }\r
907     }\r
908     catch (OutOfMemoryError err)\r
909     {\r
910       System.out.println("########################\n"\r
911                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
912                          + "########################");\r
913 \r
914       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
915                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
916                                             +\r
917                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
918                                             , "Out of memory",\r
919                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
920       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
921       System.gc();\r
922 \r
923     }\r
924     catch (Exception ex)\r
925     {\r
926       ex.printStackTrace();\r
927     }\r
928   }\r
929   /**\r
930    * DOCUMENT ME!\r
931    */\r
932   public void makeEPS(File epsFile)\r
933   {\r
934     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
935   }\r
936 \r
937   /**\r
938    * DOCUMENT ME!\r
939    */\r
940   public void makePNG(File pngFile)\r
941   {\r
942     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
943   }\r
944 \r
945   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
946   {\r
947     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
948     //////////////////////////////////////////////\r
949     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
950     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
951     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
952 \r
953     // Gen image map\r
954     //////////////////////////////////\r
955     if (imgMapFile != null)\r
956     {\r
957       try\r
958       {\r
959         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
960             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
961         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
962         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
963         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
964         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
965                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
966                     + "<map name=\"Map\">");\r
967 \r
968         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
969         {\r
970           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
971 \r
972           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
973           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
974           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
975           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
976           {\r
977             text = new StringBuffer();\r
978             Object obj = null;\r
979             if(av.alignment.isNucleotide())\r
980               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
981             else\r
982               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
983                     seq.getCharAt(res) + "");\r
984 \r
985               if (obj == null)\r
986                   continue;\r
987 \r
988             String triplet = obj.toString();\r
989             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
990             gSize = groups.length;\r
991             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
992             {\r
993               if(text.length()<1)\r
994               {\r
995                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
996                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
997                   + sy + ","\r
998                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
999                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1000                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1001                   + alIndex + " " + triplet );\r
1002               }\r
1003 \r
1004               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1005                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1006             }\r
1007 \r
1008             if (features != null)\r
1009             {\r
1010               if(text.length()<1)\r
1011               {\r
1012                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1013                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1014                   + sy + ","\r
1015                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1016                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1017                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1018                   + alIndex + " " + triplet );\r
1019               }\r
1020                 fSize = features.length;\r
1021                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1022                 {\r
1023 \r
1024                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1025                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1026                   {\r
1027                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1028                     {\r
1029                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1030                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1031                       {\r
1032                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1033                                        features[f].getEnd());\r
1034                       }\r
1035                     }\r
1036                     else\r
1037                     {\r
1038                       text.append("<br>");\r
1039                       text.append(features[f].getType());\r
1040                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1041                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1042 \r
1043                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1044                       {\r
1045                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1046                       }\r
1047                     }\r
1048                   }\r
1049 \r
1050                 }\r
1051               }\r
1052               if(text.length()>1)\r
1053               {\r
1054                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1055                 out.println(text.toString());\r
1056               }\r
1057             }\r
1058           }\r
1059         out.println("</map></body></html>");\r
1060         out.close();\r
1061 \r
1062       }\r
1063       catch (Exception ex)\r
1064       {\r
1065         ex.printStackTrace();\r
1066       }\r
1067     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1068 \r
1069   }\r
1070 \r
1071   int getWrappedHeight()\r
1072   {\r
1073     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1074 \r
1075     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1076     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1077               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1078     {\r
1079       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth();\r
1080     }\r
1081 \r
1082     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1083         seqPanelWidth\r
1084           );\r
1085 \r
1086     int hgap = av.charHeight;\r
1087     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1088       hgap += av.charHeight;\r
1089 \r
1090     int annotationHeight = 0;\r
1091     if (av.showAnnotation)\r
1092     {\r
1093       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1094     }\r
1095 \r
1096     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1097         + hgap\r
1098         + annotationHeight;\r
1099 \r
1100     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1101     if (av.hasHiddenColumns)\r
1102       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1103 \r
1104 \r
1105     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1106 \r
1107     return height;\r
1108   }\r
1109 \r
1110   /**\r
1111    * DOCUMENT ME!\r
1112    *\r
1113    * @author $author$\r
1114    * @version $Revision$\r
1115    */\r
1116   class Preview\r
1117       extends JFrame\r
1118   {\r
1119     /**\r
1120      * Creates a new Preview object.\r
1121      *\r
1122      * @param image DOCUMENT ME!\r
1123      */\r
1124     public Preview(Image image)\r
1125     {\r
1126       setResizable(true);\r
1127       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1128       setVisible(true);\r
1129       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1130       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1131       validate();\r
1132       repaint();\r
1133     }\r
1134   }\r
1135 \r
1136   /**\r
1137    * DOCUMENT ME!\r
1138    *\r
1139    * @author $author$\r
1140    * @version $Revision$\r
1141    */\r
1142   class PreviewPanel\r
1143       extends JPanel\r
1144   {\r
1145     Image image;\r
1146 \r
1147     /**\r
1148      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1149      *\r
1150      * @param image DOCUMENT ME!\r
1151      */\r
1152     public PreviewPanel(Image image)\r
1153     {\r
1154       this.image = image;\r
1155     }\r
1156 \r
1157     /**\r
1158      * DOCUMENT ME!\r
1159      *\r
1160      * @param g DOCUMENT ME!\r
1161      */\r
1162     public void paintComponent(Graphics g)\r
1163     {\r
1164       if (image != null)\r
1165       {\r
1166         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1167       }\r
1168       else\r
1169       {\r
1170         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1171       }\r
1172     }\r
1173   }\r
1174 }\r