src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  55     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  56     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  57     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  58 \r
  59     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  60     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  61 \r
  62 \r
  63     if(seqPanel.seqCanvas.getWidth()==0)\r
  64     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  65      {\r
  66        public void run()\r
  67        {\r
  68          setScrollValues(0,0);\r
  69          Dimension d = calculateIdWidth();\r
  70          d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  71          idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  72          RefreshPanels();\r
  73        }\r
  74     });\r
  75 \r
  76 \r
  77     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  78     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  79 \r
  80     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  81    {\r
  82      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  83      {\r
  84           RefreshPanels();\r
  85      }\r
  86    });\r
  87 \r
  88    setFocusable(true);\r
  89    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  90    {\r
  91      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  92      {\r
  93        switch(evt.getKeyCode())\r
  94        {\r
  95          case  27: // escape key\r
  96            av.setSelectionGroup(null);\r
  97            RefreshPanels();\r
  98            break;\r
  99          case KeyEvent.VK_X:\r
 100            if(evt.isControlDown())\r
 101            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 102            break;\r
 103          case KeyEvent.VK_C:\r
 104          if(evt.isControlDown())\r
 105            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 106            break;\r
 107          case KeyEvent.VK_V:\r
 108           if(evt.isControlDown())\r
 109            alignFrame.paste(true);\r
 110            break;\r
 111          case KeyEvent.VK_A:\r
 112          if(evt.isControlDown())\r
 113            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 114            break;\r
 115         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 116           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 117           break;\r
 118         case KeyEvent.VK_UP:\r
 119           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 120           break;\r
 121         case KeyEvent.VK_F:\r
 122          if(evt.isControlDown())\r
 123           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 124           break;\r
 125        }\r
 126      }\r
 127    });\r
 128   }\r
 129 \r
 130   Dimension calculateIdWidth()\r
 131   {\r
 132     Graphics g = this.getGraphics();\r
 133     if(g==null)\r
 134     {\r
 135       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 136       f.addNotify();\r
 137       g = f.getGraphics();\r
 138     }\r
 139 \r
 140     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 141     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 142 \r
 143        int i   = 0;\r
 144        int idWidth = 0;\r
 145        String id;\r
 146        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 147        {\r
 148          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 149          if(av.getShowFullId())\r
 150            id   = s.getDisplayId();\r
 151          else\r
 152            id = s.getName();\r
 153 \r
 154          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 155            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 156          i++;\r
 157        }\r
 158 \r
 159        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 160   }\r
 161 \r
 162 \r
 163  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 164  {\r
 165    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 166 \r
 167    // do we need to scroll the panel?\r
 168    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 169                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 170                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 171                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 172        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 173 \r
 174 \r
 175  }\r
 176 \r
 177 \r
 178  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 179  {\r
 180    return overviewPanel;\r
 181  }\r
 182 \r
 183  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 184  {\r
 185    overviewPanel = op;\r
 186  }\r
 187 \r
 188 \r
 189   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 190   {\r
 191     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 192     annotationScroller.setVisible(b);\r
 193     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 194      {\r
 195        public void run()\r
 196        {\r
 197          RefreshPanels();\r
 198        }\r
 199     });\r
 200 \r
 201   }\r
 202 \r
 203 \r
 204   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 205   {\r
 206     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 207     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 208     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 209 \r
 210     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 211     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 212     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 213     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 214 \r
 215     RefreshPanels();\r
 216 \r
 217   }\r
 218 \r
 219 \r
 220   public void setColourScheme()\r
 221   {\r
 222     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 223 \r
 224     if(av.getConservationSelected())\r
 225     {\r
 226 \r
 227        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 228        Conservation c = new Conservation("All",\r
 229                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 230                             al.getWidth() );\r
 231 \r
 232        c.calculate();\r
 233        c.verdict(false, 100);\r
 234        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 235 \r
 236        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 237 \r
 238     }\r
 239 \r
 240     RefreshPanels();\r
 241   }\r
 242 \r
 243 \r
 244   public void RefreshPanels()\r
 245   {\r
 246     requestFocus();\r
 247     invalidate();\r
 248 \r
 249     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 250     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 251     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 252 \r
 253     if (av.getWrapAlignment())\r
 254     {\r
 255       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 256           (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 257       vscroll.setValues(0, 1, 0, max);\r
 258     }\r
 259     else\r
 260     {\r
 261       if (overviewPanel != null)\r
 262         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 263       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 264     }\r
 265 \r
 266     validate();\r
 267     repaint();\r
 268   }\r
 269 \r
 270   int hextent = 0;\r
 271   int vextent = 0;\r
 272 \r
 273   // return value is true if the scroll is valid\r
 274   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 275   {\r
 276     if(up)\r
 277     {\r
 278       if(vscroll.getValue()<1)\r
 279         return false;\r
 280       fastPaint  = false;\r
 281       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 282     }\r
 283     else\r
 284     {\r
 285      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 286        return false;\r
 287       fastPaint  = false;\r
 288       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 289     }\r
 290     fastPaint = true;\r
 291     return true;\r
 292   }\r
 293 \r
 294   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 295   {\r
 296 \r
 297     if (right)\r
 298     {\r
 299       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 300         return false;\r
 301       fastPaint = false;\r
 302       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 303     }\r
 304     else\r
 305     {\r
 306       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 307         return false;\r
 308       fastPaint = false;\r
 309       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 310     }\r
 311     fastPaint = true;\r
 312     return true;\r
 313   }\r
 314 \r
 315 \r
 316   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 317   {\r
 318     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 319     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 320 \r
 321     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 322       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 323     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 324       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 325 \r
 326     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 327       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 328 \r
 329     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 330       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 331 \r
 332     if(y<0)\r
 333       y = 0;\r
 334 \r
 335     if(x<0)\r
 336       x=0;\r
 337 \r
 338     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 339     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 340 \r
 341   }\r
 342 \r
 343 \r
 344   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 345   {\r
 346     int oldX = av.getStartRes();\r
 347     int oldY = av.getStartSeq();\r
 348 \r
 349     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 350     {\r
 351       int x = hscroll.getValue();\r
 352       av.setStartRes(x);\r
 353       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 354     }\r
 355 \r
 356     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 357     {\r
 358       int offy = vscroll.getValue();\r
 359       if (av.getWrapAlignment())\r
 360       {\r
 361         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 362       }\r
 363       else\r
 364       {\r
 365         av.setStartSeq(offy);\r
 366         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 367       }\r
 368     }\r
 369 \r
 370 \r
 371     if(overviewPanel!=null)\r
 372       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 373 \r
 374     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 375       repaint();\r
 376     else\r
 377     {\r
 378       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 379                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 380       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 381       scalePanel.repaint();\r
 382       if (av.getShowAnnotation())\r
 383         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 384     }\r
 385 \r
 386   }\r
 387 \r
 388   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 389   {\r
 390     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 391 \r
 392     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 393     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 394 \r
 395     if (av.getWrapAlignment())\r
 396       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 397     else\r
 398       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 399   }\r
 400 \r
 401   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 402   {\r
 403 \r
 404     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 405 \r
 406 \r
 407     pg.setColor(Color.white);\r
 408     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 409     pg.setFont( av.getFont() );\r
 410 \r
 411     ////////////////////////////////////\r
 412     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 413     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 414     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 415     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 416     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 417 \r
 418     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 419      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 420 \r
 421     /////////////////////////////\r
 422     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 423     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 424     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 425     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 426     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 427       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 428 \r
 429      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 430      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 431      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 432        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 433 \r
 434 \r
 435     ////////////////\r
 436     //draw Scale\r
 437     pg.translate(idWidth,0);\r
 438     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 439 \r
 440     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 441     ////////////////\r
 442     // Draw the ids\r
 443     Color currentColor=null;\r
 444     Color currentTextColor=null;\r
 445     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 446     {\r
 447       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 448       {\r
 449         currentColor = Color.gray;\r
 450         currentTextColor = Color.black;\r
 451       }\r
 452       else\r
 453       {\r
 454         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 455         currentTextColor = Color.black;\r
 456       }\r
 457 \r
 458       pg.setColor(currentColor);\r
 459       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 460                               idWidth,\r
 461                               av.getCharHeight());\r
 462 \r
 463       pg.setColor(currentTextColor);\r
 464 \r
 465       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 466       if(av.getShowFullId())\r
 467         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 468 \r
 469       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 470                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 471     }\r
 472 \r
 473     // draw main sequence panel\r
 474     pg.translate(idWidth,0);\r
 475     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 476 \r
 477 \r
 478     if(av.getShowAnnotation())\r
 479       {\r
 480         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 481         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 482         pg.translate(idWidth,0);\r
 483         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 484       }\r
 485 \r
 486     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 487   }\r
 488 \r
 489 \r
 490   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 491   {\r
 492 \r
 493     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 494 \r
 495     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 496       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 497 \r
 498 \r
 499     pg.setColor(Color.white);\r
 500     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 501     pg.setFont( av.getFont() );\r
 502 \r
 503     ////////////////////////////////////\r
 504     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 505     AlignmentI da = av.alignment;\r
 506     int endy   = da.getHeight();\r
 507     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 508     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 509 \r
 510     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 511     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 512 \r
 513     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 514      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 515 \r
 516     ////////////////\r
 517     // Draw the ids\r
 518     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 519 \r
 520     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 521     pg.setColor(Color.black);\r
 522     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 523         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 524         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 525     {\r
 526       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 527       {\r
 528         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 529         String string = s.getName();\r
 530         if (av.getShowFullId())\r
 531           string = s.getDisplayId();\r
 532 \r
 533         pg.drawString(string, 0,\r
 534                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 535                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 536       }\r
 537     }\r
 538 \r
 539     // draw main sequence panel\r
 540     pg.translate(idWidth,0);\r
 541     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 542 \r
 543 \r
 544     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 545 \r
 546   }\r
 547 \r
 548 \r
 549   public void makeEPS()\r
 550   {\r
 551     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 552     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 553 \r
 554     if (!av.getWrapAlignment())\r
 555     {\r
 556       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 557       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 558     }\r
 559     if(av.getShowAnnotation())\r
 560    {\r
 561      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 562    }\r
 563 \r
 564     try\r
 565     {\r
 566       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 567           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 568       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 569       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 570       chooser.setToolTipText("Save");\r
 571 \r
 572       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 573       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 574         return;\r
 575 \r
 576       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 577       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 578       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 579 \r
 580         if (av.getWrapAlignment())\r
 581           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 582         else\r
 583           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 584 \r
 585 \r
 586         pg.flush();\r
 587         pg.close();\r
 588     }\r
 589     catch (Exception ex)\r
 590     {\r
 591       ex.printStackTrace();\r
 592     }\r
 593   }\r
 594 \r
 595   public void makePNG()\r
 596   {\r
 597       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 598       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 599 \r
 600       if (!av.getWrapAlignment())\r
 601       {\r
 602         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 603         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 604       }\r
 605 \r
 606       if(av.getShowAnnotation())\r
 607       {\r
 608         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 609       }\r
 610 \r
 611 \r
 612 System.out.println(width +" "+height);\r
 613 \r
 614     try\r
 615     {\r
 616       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 617           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 618       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 619       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 620       chooser.setToolTipText("Save");\r
 621 \r
 622       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 623       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 624         return;\r
 625 \r
 626       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 627       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 628 \r
 629       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 630       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 631 \r
 632 \r
 633         if (av.getWrapAlignment())\r
 634           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 635         else\r
 636           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 637 \r
 638         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 639         out.close();\r
 640     }\r
 641     catch (Exception ex)\r
 642     {\r
 643       ex.printStackTrace();\r
 644     }\r
 645   }\r
 646 \r
 647 }\r
 648 \r
 649 \r
 650 \r
 651 \r