src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.io.*;\r
   7 \r
   8 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
   9 {\r
  10 \r
  11   AlignViewport     av;\r
  12   OverviewPanel overviewPanel;\r
  13   public SeqPanel   seqPanel;\r
  14   public IdPanel    idPanel;\r
  15   public AlignFrame alignFrame;\r
  16   public ScalePanel scalePanel;\r
  17   public ScorePanel scorePanel;\r
  18 \r
  19   public boolean    groupEdit = false;\r
  20 \r
  21   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  22   {\r
  23     alignFrame = af;\r
  24     this.av         = av;\r
  25     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  26     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  27     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  28     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  29 \r
  30 \r
  31     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  32     idPanel.addNotify();\r
  33     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  36     setScrollValues(0,0);\r
  37 \r
  38     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  39     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  40     selectAll(false);\r
  41 \r
  42     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  43    {\r
  44        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  45      {\r
  46      //  if(!initialising)\r
  47      RefreshPanels();\r
  48      }\r
  49    });\r
  50 \r
  51   }\r
  52 \r
  53   public int countSelected()\r
  54   {\r
  55     return av.getSelection().size();\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void selectAll(boolean flag) {\r
  59     int i = 0;\r
  60     if (flag) {\r
  61       while (i < seqPanel.align.getHeight()) {\r
  62         if (! av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i))) {\r
  63           av.getSelection().addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
  64         }\r
  65         i++;\r
  66       }\r
  67     } else {\r
  68       av.getSelection().clear();\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  73  {\r
  74    return overviewPanel;\r
  75  }\r
  76 \r
  77  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  78  {\r
  79    overviewPanel = op;\r
  80  }\r
  81 \r
  82 \r
  83   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  84   {\r
  85     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  86     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  87     RefreshPanels();\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void setColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)\r
  91   {\r
  92     seqPanel.setColourScheme(cs);\r
  93     if(overviewPanel!=null)\r
  94       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  95   }\r
  96 \r
  97 \r
  98   public void RefreshPanels()\r
  99   {\r
 100 \r
 101   /*  try{\r
 102       ObjectOutputStream out = new ObjectOutputStream(new FileOutputStream("dump.dat"));\r
 103       out.writeObject( (jalview.datamodel.Alignment)av.getAlignment() );\r
 104     }catch(IOException ex){ex.printStackTrace();}*/\r
 105 \r
 106     invalidate();\r
 107     validate();\r
 108     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 109     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 110     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 111     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 112     av.getConsensus(true);\r
 113     repaint();\r
 114 \r
 115     if(overviewPanel!=null)\r
 116       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 117 \r
 118   }\r
 119 \r
 120   int hextent = 0;\r
 121   int vextent = 0;\r
 122 \r
 123   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 124   {\r
 125     hextent = (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth());\r
 126     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 127 \r
 128     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 129       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 130 \r
 131     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 132       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 133 \r
 134     if(y<0)\r
 135       y = 0;\r
 136 \r
 137     if(x<0)\r
 138       x=0;\r
 139 \r
 140     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 141     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 142     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 143     repaint();\r
 144 \r
 145   }\r
 146 \r
 147 \r
 148   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 149   {\r
 150 \r
 151     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 152     {\r
 153       int x = hscroll.getValue();\r
 154       av.setStartRes(x);\r
 155       av.setEndRes(x + (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1));\r
 156     }\r
 157 \r
 158     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 159     {\r
 160         int offy = vscroll.getValue();\r
 161         av.setStartSeq(offy);\r
 162         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 163     }\r
 164 \r
 165 \r
 166     if(overviewPanel!=null)\r
 167       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 168 \r
 169 \r
 170     repaint();\r
 171   }\r
 172 \r
 173 \r
 174 \r
 175 }\r