src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  19   public AlignFrame alignFrame;\r
  20   ScalePanel scalePanel;\r
  21   ScorePanel scorePanel;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  32 \r
  33     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     idPanel.addNotify();\r
  36     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  38     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     setScrollValues(0,0);\r
  40 \r
  41     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  42     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  43 \r
  44     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  45    {\r
  46        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  47      {\r
  48           RefreshPanels();\r
  49      }\r
  50    });\r
  51 \r
  52    hscroll.setFocusable(false);\r
  53    vscroll.setFocusable(false);\r
  54    setFocusable(true);\r
  55 \r
  56    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  57    {\r
  58      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  59      {\r
  60        if(evt.getKeyCode()==27)\r
  61        {\r
  62          av.setRubberbandGroup(null);\r
  63          RefreshPanels();\r
  64        }\r
  65      }\r
  66    });\r
  67 \r
  68 \r
  69   }\r
  70 \r
  71  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  72  {\r
  73    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  74 \r
  75    // do we need to scroll the panel?\r
  76    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  77                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  78                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  79                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
  80        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  81 \r
  82 \r
  83  }\r
  84 \r
  85 \r
  86  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  87  {\r
  88    return overviewPanel;\r
  89  }\r
  90 \r
  91  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  92  {\r
  93    overviewPanel = op;\r
  94  }\r
  95 \r
  96 \r
  97   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  98   {\r
  99     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 100     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 101 \r
 102     RefreshPanels();\r
 103     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 104     RefreshPanels();\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 108   {\r
 109     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 110     RefreshPanels();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 114   {\r
 115     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 116     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 117     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 118 \r
 119     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 120 \r
 121     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 122     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 123 \r
 124     RefreshPanels();\r
 125 \r
 126   }\r
 127 \r
 128 \r
 129   public void setColourScheme()\r
 130   {\r
 131     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 132 \r
 133     if(av.getConservationSelected())\r
 134     {\r
 135 \r
 136        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 137        Conservation c = new Conservation("All",\r
 138                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 139                             al.getWidth() );\r
 140 \r
 141        c.calculate();\r
 142        c.verdict(false, 100);\r
 143        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 144 \r
 145        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 146 \r
 147     }\r
 148 \r
 149     RefreshPanels();\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public void RefreshPanels()\r
 153   {\r
 154     requestFocus();\r
 155     invalidate();\r
 156     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 157     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 158     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 159 \r
 160     if(av.getWrapAlignment())\r
 161     {\r
 162       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 163 \r
 164       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 165       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 166       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 167     }\r
 168     else\r
 169 \r
 170     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 171     av.getConsensus(true);\r
 172     if(overviewPanel!=null)\r
 173       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 174 \r
 175     validate();\r
 176     repaint();\r
 177 \r
 178   }\r
 179 \r
 180   int hextent = 0;\r
 181   int vextent = 0;\r
 182 \r
 183   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 184   {\r
 185     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 186     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 187 \r
 188     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 189       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 190 \r
 191     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 192       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 193 \r
 194     if(y<0)\r
 195       y = 0;\r
 196 \r
 197     if(x<0)\r
 198       x=0;\r
 199 \r
 200     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 201     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 202 \r
 203 \r
 204     repaint();\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208 \r
 209   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 210   {\r
 211 \r
 212     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 213     {\r
 214       int x = hscroll.getValue();\r
 215       av.setStartRes(x);\r
 216       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 217     }\r
 218 \r
 219     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 220     {\r
 221       int offy = vscroll.getValue();\r
 222       if (av.getWrapAlignment())\r
 223       {\r
 224         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 225         // System.out.println(vscroll.getValue()+" "+ av.getChunkWidth());\r
 226       //  int resSpan = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 227      //   int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 228       //  vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 229      //   vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 230 \r
 231 \r
 232       // av.setStartSeq(  );\r
 233       }\r
 234       else\r
 235       {\r
 236         av.setStartSeq(offy);\r
 237         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 238       }\r
 239     }\r
 240 \r
 241 \r
 242     if(overviewPanel!=null)\r
 243       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 244 \r
 245     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 246     repaint();\r
 247   }\r
 248 \r
 249 \r
 250 \r
 251   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 252   {\r
 253     if(av.getWrapAlignment())\r
 254     {\r
 255      return PrintWrappedAlignment(pg, pf, pi);\r
 256     }\r
 257 \r
 258     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 259 \r
 260     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 261     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 262     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 263 \r
 264 \r
 265     pg.setColor(Color.white);\r
 266     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 267     pg.setFont( av.getFont() );\r
 268 \r
 269     ////////////////////////////////////\r
 270     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 271     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 272     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 273     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 274     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 275 \r
 276     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 277      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 278 \r
 279     /////////////////////////////\r
 280     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 281     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 282     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 283     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 284     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 285       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 286 \r
 287      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 288      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 289      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 290        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 291 \r
 292 \r
 293     ////////////////\r
 294     //draw Scale\r
 295     pg.translate(idWidth,0);\r
 296     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 297 \r
 298     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 299     ////////////////\r
 300     // Draw the ids\r
 301     Color currentColor=null;\r
 302     Color currentTextColor=null;\r
 303     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 304     {\r
 305       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 306       {\r
 307         currentColor = Color.gray;\r
 308         currentTextColor = Color.black;\r
 309       }\r
 310       else\r
 311       {\r
 312         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 313         currentTextColor = Color.black;\r
 314       }\r
 315 \r
 316       pg.setColor(currentColor);\r
 317       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 318                               idWidth,\r
 319                               av.getCharHeight());\r
 320 \r
 321       pg.setColor(currentTextColor);\r
 322 \r
 323       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 324       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 325                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 326     }\r
 327 \r
 328     // draw main sequence panel\r
 329     pg.translate(idWidth,0);\r
 330     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 331     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 332 \r
 333     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 334   }\r
 335 \r
 336   class VPanel extends javax.swing.JPanel\r
 337   {\r
 338     Image image;\r
 339     public VPanel(Image i)\r
 340     {\r
 341       image = i;\r
 342       repaint();\r
 343     }\r
 344     public void paintComponent(Graphics g)\r
 345     {\r
 346       if(image!=null)\r
 347         g.drawImage(image,0,0,this);\r
 348     }\r
 349 \r
 350   }\r
 351 \r
 352   public int PrintWrappedAlignment(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 353   {\r
 354     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 355 \r
 356     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 357     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 358     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 359 \r
 360     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 361       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 362 \r
 363     Image image = createImage(pwidth, pheight);\r
 364     pg = image.getGraphics();\r
 365 \r
 366     pg.setColor(Color.white);\r
 367     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 368     pg.setFont( av.getFont() );\r
 369 \r
 370     ////////////////////////////////////\r
 371     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 372     AlignmentI da = av.alignment;\r
 373     int endy   = da.getHeight();\r
 374     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 375     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 376 \r
 377     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 378     int totalChunks = endy / chunkHeight;\r
 379 \r
 380     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 381      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 382 \r
 383     ////////////////\r
 384     // Draw the ids\r
 385     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 386 \r
 387     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 388     pg.setColor(Color.black);\r
 389     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 390         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 391         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 392     {\r
 393       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 394       {\r
 395         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 396         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 397                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 398                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 399       }\r
 400     }\r
 401 \r
 402     // draw main sequence panel\r
 403     pg.translate(idWidth,0);\r
 404     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 405 \r
 406 \r
 407     javax.swing.JFrame frame = new javax.swing.JFrame();\r
 408     frame.setSize(image.getWidth(null), image.getHeight(null));\r
 409      frame.setVisible(true);\r
 410      frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 411    VPanel pan = new VPanel(image);\r
 412    frame.getContentPane().add(pan, BorderLayout.CENTER);\r
 413    frame.validate();\r
 414     return Printable.NO_SUCH_PAGE;//.PAGE_EXISTS;\r
 415 \r
 416   }\r
 417 }\r
 418 \r
 419 \r
 420 \r