src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.awt.image.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.awt.print.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  11 {\r
  12 \r
  13   AlignViewport     av;\r
  14   OverviewPanel overviewPanel;\r
  15   SeqPanel   seqPanel;\r
  16   IdPanel    idPanel;\r
  17   public AlignFrame alignFrame;\r
  18   ScalePanel scalePanel;\r
  19   ScorePanel scorePanel;\r
  20 \r
  21   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  22   {\r
  23     alignFrame = af;\r
  24     this.av         = av;\r
  25     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  26     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  27     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  28     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  29 \r
  30     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  31     idPanel.addNotify();\r
  32     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  33     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     setScrollValues(0,0);\r
  36 \r
  37     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  38     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  39 \r
  40     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  41    {\r
  42        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  43      {\r
  44           RefreshPanels();\r
  45      }\r
  46    });\r
  47   }\r
  48 \r
  49  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  50  {\r
  51    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  52 \r
  53    // do we need to scroll the panel?\r
  54    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  55                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  56                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  57                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
  58        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  59 \r
  60 \r
  61  }\r
  62 \r
  63 \r
  64  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  65  {\r
  66    return overviewPanel;\r
  67  }\r
  68 \r
  69  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  70  {\r
  71    overviewPanel = op;\r
  72  }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  76   {\r
  77     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  78     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  79     RefreshPanels();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  83   {\r
  84       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  85       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  86 \r
  87       hscroll.setVisible(!wrap);\r
  88       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
  89       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
  90   }\r
  91 \r
  92 \r
  93   public void setColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs, boolean conservation)\r
  94   {\r
  95     seqPanel.setColourScheme(cs, conservation);\r
  96 \r
  97     av.setGlobalColourScheme(cs);\r
  98 \r
  99     if(overviewPanel!=null)\r
 100       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 101   }\r
 102 \r
 103 \r
 104   public void RefreshPanels()\r
 105   {\r
 106     invalidate();\r
 107     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 108     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 109     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 110     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 111     av.getConsensus(true);\r
 112     repaint();\r
 113     validate();\r
 114     if(overviewPanel!=null)\r
 115       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 116 \r
 117   }\r
 118 \r
 119   int hextent = 0;\r
 120   int vextent = 0;\r
 121 \r
 122   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 123   {\r
 124     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 125     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 126 \r
 127     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 128       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 129 \r
 130     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 131       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 132 \r
 133     if(y<0)\r
 134       y = 0;\r
 135 \r
 136     if(x<0)\r
 137       x=0;\r
 138 \r
 139     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 140     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 141     repaint();\r
 142 \r
 143   }\r
 144 \r
 145 \r
 146   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 147   {\r
 148 \r
 149     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 150     {\r
 151       int x = hscroll.getValue();\r
 152       av.setStartRes(x);\r
 153       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 154     }\r
 155 \r
 156     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 157     {\r
 158         int offy = vscroll.getValue();\r
 159         av.setStartSeq(offy);\r
 160         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 161     }\r
 162 \r
 163 \r
 164     if(overviewPanel!=null)\r
 165       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 166 \r
 167     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 168     repaint();\r
 169   }\r
 170 \r
 171 \r
 172   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 173   {\r
 174 \r
 175     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 176 \r
 177     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 178     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 179     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 180 \r
 181     pg.setColor(Color.white);\r
 182     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 183     pg.setFont( av.getFont() );\r
 184 \r
 185     ////////////////////////////////////\r
 186     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 187     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 188     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 189     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 190     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 191 \r
 192     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 193      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 194 \r
 195     /////////////////////////////\r
 196     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 197     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 198     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 199     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 200     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 201       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 202 \r
 203      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 204      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 205      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 206        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 207 \r
 208 \r
 209     ////////////////\r
 210     //draw Scale\r
 211     pg.translate(idWidth,0);\r
 212     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 213 \r
 214     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 215     ////////////////\r
 216     // Draw the ids\r
 217     Color currentColor=null;\r
 218     Color currentTextColor=null;\r
 219     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 220     {\r
 221       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 222       {\r
 223         currentColor = Color.gray;\r
 224         currentTextColor = Color.black;\r
 225       }\r
 226       else\r
 227       {\r
 228         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 229         currentTextColor = Color.black;\r
 230       }\r
 231 \r
 232       pg.setColor(currentColor);\r
 233       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 234                               idWidth,\r
 235                               av.getCharHeight());\r
 236 \r
 237       pg.setColor(currentTextColor);\r
 238 \r
 239       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 240       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 241                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 242     }\r
 243 \r
 244     // draw main sequence panel\r
 245     pg.translate(idWidth,0);\r
 246     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 247     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 248 \r
 249     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 250   }\r
 251 \r
 252 }\r
 253 \r
 254 \r
 255 \r