src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     adjustAnnotationHeight();\r
  96 \r
  97     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  98 \r
  99     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 100     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 101 \r
 102     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 103     {\r
 104       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 105       {\r
 106         if(av.cursorMode\r
 107            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
 108            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
 109         {\r
 110           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 111         }\r
 112 \r
 113         switch (evt.getKeyCode())\r
 114         {\r
 115           case 27: // escape key\r
 116             alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 117 \r
 118             break;\r
 119 \r
 120           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 121             if(av.cursorMode)\r
 122             {\r
 123               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
 124             }\r
 125             else\r
 126               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 127             break;\r
 128 \r
 129           case KeyEvent.VK_UP:\r
 130             if (av.cursorMode)\r
 131             {\r
 132               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
 133             }\r
 134             else\r
 135               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 136             break;\r
 137 \r
 138           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 139             if(av.cursorMode)\r
 140             {\r
 141               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
 142             }\r
 143             break;\r
 144 \r
 145           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 146             if (av.cursorMode)\r
 147             {\r
 148               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
 149             }\r
 150             break;\r
 151 \r
 152           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 153             if(av.cursorMode)\r
 154             {\r
 155               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 156             }\r
 157             break;\r
 158 \r
 159           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 160           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 161             if(!av.cursorMode)\r
 162             {\r
 163               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 164             }\r
 165             else\r
 166               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 167 \r
 168             break;\r
 169 \r
 170           case KeyEvent.VK_S:\r
 171             if(av.cursorMode)\r
 172             {\r
 173               seqPanel.setCursorRow();\r
 174             }\r
 175             break;\r
 176           case KeyEvent.VK_C:\r
 177             if(av.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 178             {\r
 179               seqPanel.setCursorColumn();\r
 180             }\r
 181             break;\r
 182           case KeyEvent.VK_P:\r
 183             if(av.cursorMode)\r
 184             {\r
 185               seqPanel.setCursorPosition();\r
 186             }\r
 187             break;\r
 188 \r
 189           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 190           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 191             if(av.cursorMode)\r
 192             {\r
 193               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 194             }\r
 195             break;\r
 196 \r
 197           case KeyEvent.VK_Q:\r
 198             if(av.cursorMode)\r
 199             {\r
 200               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 201             }\r
 202             break;\r
 203           case KeyEvent.VK_M:\r
 204             if(av.cursorMode)\r
 205             {\r
 206               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 207             }\r
 208             break;\r
 209 \r
 210          case KeyEvent.VK_F2:\r
 211            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
 212            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
 213                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 214            if(av.cursorMode)\r
 215            {\r
 216              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
 217              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
 218            }\r
 219            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 220            break;\r
 221 \r
 222           case KeyEvent.VK_F1:\r
 223             try\r
 224             {\r
 225               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 226               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 227               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 228 \r
 229               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 230               hb.setCurrentID("home");\r
 231               hb.setDisplayed(true);\r
 232             }\r
 233             catch (Exception ex)\r
 234             {\r
 235               ex.printStackTrace();\r
 236             }\r
 237             break;\r
 238           case KeyEvent.VK_H:\r
 239           {\r
 240             boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 241             boolean toggleCols = !evt.isAltDown();\r
 242             boolean hide = false;\r
 243 \r
 244             SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 245             if(toggleSeqs)\r
 246              {\r
 247                if(sg != null && sg.getSize(false) != av.alignment.getHeight())\r
 248                {\r
 249                  alignFrame.hideSelSequences_actionPerformed(null);\r
 250                  hide = true;\r
 251                }\r
 252                else\r
 253                  alignFrame.showAllSeqs_actionPerformed(null);\r
 254              }\r
 255 \r
 256              if (toggleCols)\r
 257              {\r
 258                if(av.colSel.getSelected().size() > 0)\r
 259                  alignFrame.hideSelColumns_actionPerformed(null);\r
 260                else if(!hide)\r
 261                  alignFrame.showAllColumns_actionPerformed(null);\r
 262              }\r
 263             break;\r
 264           }\r
 265 \r
 266         }\r
 267       }\r
 268     });\r
 269   }\r
 270 \r
 271   /**\r
 272    * DOCUMENT ME!\r
 273    */\r
 274   public void fontChanged()\r
 275   {\r
 276     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 277     // to prevent drawing old image\r
 278     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 279 \r
 280     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 281         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 282     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 283         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 284 \r
 285     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 286     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 287     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 288 \r
 289     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 290     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 291     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 292     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 293 \r
 294     if (av.getWrapAlignment())\r
 295     {\r
 296       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 297           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 298       vscroll.setMaximum(max);\r
 299       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 300       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 301     }\r
 302     else\r
 303     {\r
 304       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 305     }\r
 306 \r
 307     if (overviewPanel != null)\r
 308       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 309 \r
 310     repaint();\r
 311   }\r
 312 \r
 313   /**\r
 314    * DOCUMENT ME!\r
 315    *\r
 316    * @return DOCUMENT ME!\r
 317    */\r
 318   public Dimension calculateIdWidth()\r
 319   {\r
 320     Container c = new Container();\r
 321 \r
 322     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 323     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 324 \r
 325     int i = 0;\r
 326     int idWidth = 0;\r
 327     String id;\r
 328 \r
 329     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 330     {\r
 331       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 332 \r
 333       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 334 \r
 335       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 336       {\r
 337         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 338       }\r
 339 \r
 340       i++;\r
 341     }\r
 342 \r
 343     // Also check annotation label widths\r
 344     i = 0;\r
 345 \r
 346     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 347     {\r
 348       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 349 \r
 350       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 351       {\r
 352         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 353 \r
 354         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 355         {\r
 356           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 357         }\r
 358 \r
 359         i++;\r
 360       }\r
 361     }\r
 362 \r
 363     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 364   }\r
 365 \r
 366   /**\r
 367    * DOCUMENT ME!\r
 368    *\r
 369    * @param results DOCUMENT ME!\r
 370    */\r
 371   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 372   {\r
 373     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 374 \r
 375     // do we need to scroll the panel?\r
 376     if (results != null)\r
 377     {\r
 378       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 379       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 380       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 381       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 382 \r
 383       if(!av.wrapAlignment)\r
 384       {\r
 385         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 386            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 387         {\r
 388           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 389         }\r
 390       }\r
 391       else\r
 392       {\r
 393         scrollToWrappedVisible(start);\r
 394       }\r
 395     }\r
 396   }\r
 397 \r
 398   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 399   {\r
 400     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 401     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 402     {\r
 403       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 404       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 405     }\r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * DOCUMENT ME!\r
 410    *\r
 411    * @return DOCUMENT ME!\r
 412    */\r
 413   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 414   {\r
 415     return overviewPanel;\r
 416   }\r
 417 \r
 418   /**\r
 419    * DOCUMENT ME!\r
 420    *\r
 421    * @param op DOCUMENT ME!\r
 422    */\r
 423   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 424   {\r
 425     overviewPanel = op;\r
 426   }\r
 427 \r
 428   /**\r
 429    * DOCUMENT ME!\r
 430    *\r
 431    * @param b DOCUMENT ME!\r
 432    */\r
 433   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 434   {\r
 435     if (!av.wrapAlignment)\r
 436     {\r
 437       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 438       annotationScroller.setVisible(b);\r
 439     }\r
 440     repaint();\r
 441   }\r
 442 \r
 443   public void adjustAnnotationHeight()\r
 444   {\r
 445     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 446     {\r
 447       public void run()\r
 448       {\r
 449           while(alignFrame.getHeight()==0)\r
 450           {\r
 451             Thread.yield();\r
 452           }\r
 453 \r
 454         int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 455 \r
 456         if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 457         {\r
 458           height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 459         }\r
 460 \r
 461         annotationScroller.setPreferredSize(\r
 462             new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 463                           height));\r
 464 \r
 465         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 466             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 467             height));\r
 468 \r
 469         annotationPanel.repaint();\r
 470       }\r
 471     });\r
 472   }\r
 473 \r
 474   /**\r
 475    * DOCUMENT ME!\r
 476    *\r
 477    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 478    */\r
 479   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 480   {\r
 481     av.startSeq = 0;\r
 482     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 483     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 484     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 485 \r
 486     if (wrap)\r
 487     {\r
 488       annotationScroller.setVisible(false);\r
 489       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 490     }\r
 491     else if (av.showAnnotation)\r
 492     {\r
 493       annotationScroller.setVisible(true);\r
 494       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 495     }\r
 496 \r
 497     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 498 \r
 499     repaint();\r
 500   }\r
 501 \r
 502   // return value is true if the scroll is valid\r
 503   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 504   {\r
 505     if (up)\r
 506     {\r
 507       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 508       {\r
 509         return false;\r
 510       }\r
 511 \r
 512       fastPaint = false;\r
 513       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 514     }\r
 515     else\r
 516     {\r
 517       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 518       {\r
 519         return false;\r
 520       }\r
 521 \r
 522       fastPaint = false;\r
 523       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 524     }\r
 525 \r
 526     fastPaint = true;\r
 527 \r
 528     return true;\r
 529   }\r
 530 \r
 531   /**\r
 532    * DOCUMENT ME!\r
 533    *\r
 534    * @param right DOCUMENT ME!\r
 535    *\r
 536    * @return DOCUMENT ME!\r
 537    */\r
 538   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 539   {\r
 540     if (!right)\r
 541     {\r
 542       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 543       {\r
 544         return false;\r
 545       }\r
 546 \r
 547       fastPaint = false;\r
 548       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 549     }\r
 550     else\r
 551     {\r
 552       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 553       {\r
 554         return false;\r
 555       }\r
 556 \r
 557       fastPaint = false;\r
 558       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 559     }\r
 560 \r
 561     fastPaint = true;\r
 562 \r
 563     return true;\r
 564   }\r
 565 \r
 566   /**\r
 567    * DOCUMENT ME!\r
 568    *\r
 569    * @param x DOCUMENT ME!\r
 570    * @param y DOCUMENT ME!\r
 571    */\r
 572   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 573   {\r
 574 \r
 575     int width = av.alignment.getWidth();\r
 576     int height = av.alignment.getHeight();\r
 577 \r
 578     if(av.hasHiddenColumns)\r
 579      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 580 \r
 581     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 582 \r
 583     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 584     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 585 \r
 586     if (hextent > width)\r
 587     {\r
 588       hextent = width;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     if (vextent > height)\r
 592     {\r
 593       vextent = height;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     if ( (hextent + x) > width)\r
 597     {\r
 598       x = width - hextent;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     if ( (vextent + y) > height)\r
 602     {\r
 603       y = height - vextent;\r
 604     }\r
 605 \r
 606     if (y < 0)\r
 607     {\r
 608       y = 0;\r
 609     }\r
 610 \r
 611     if (x < 0)\r
 612     {\r
 613       x = 0;\r
 614     }\r
 615 \r
 616     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 617     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 618   }\r
 619 \r
 620   /**\r
 621    * DOCUMENT ME!\r
 622    *\r
 623    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 624    */\r
 625   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 626   {\r
 627 \r
 628     int oldX = av.getStartRes();\r
 629     int oldY = av.getStartSeq();\r
 630 \r
 631     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 632     {\r
 633       int x = hscroll.getValue();\r
 634       av.setStartRes(x);\r
 635       av.setEndRes( (x +\r
 636                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 637     }\r
 638 \r
 639     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 640     {\r
 641       int offy = vscroll.getValue();\r
 642 \r
 643       if (av.getWrapAlignment())\r
 644       {\r
 645         if(offy>-1)\r
 646         {\r
 647           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 648               seqCanvas.getWidth());\r
 649           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 650           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 651         }\r
 652         else\r
 653         {\r
 654           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 655           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 656           //as preference setting\r
 657           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 658               {\r
 659                 public void run()\r
 660                 {\r
 661                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 662                 }\r
 663               });\r
 664         }\r
 665       }\r
 666       else\r
 667       {\r
 668         av.setStartSeq(offy);\r
 669         av.setEndSeq(offy +\r
 670                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 671       }\r
 672     }\r
 673 \r
 674     if (overviewPanel != null)\r
 675     {\r
 676       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 677     }\r
 678 \r
 679     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 680     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 681 \r
 682     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 683     {\r
 684       repaint();\r
 685     }\r
 686     else\r
 687     {\r
 688       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 689       // larger than the visible window\r
 690       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 691         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 692       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 693         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 694 \r
 695       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 696       {\r
 697         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 698         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 699                                      scrollY);\r
 700         scalePanel.repaint();\r
 701 \r
 702         if (av.getShowAnnotation())\r
 703         {\r
 704           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 705         }\r
 706       }\r
 707     }\r
 708   }\r
 709 \r
 710   /**\r
 711    * DOCUMENT ME!\r
 712    *\r
 713    * @param g DOCUMENT ME!\r
 714    */\r
 715   public void paintComponent(Graphics g)\r
 716   {\r
 717     invalidate();\r
 718 \r
 719     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 720     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 721     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 722     validate();\r
 723 \r
 724     if (av.getWrapAlignment())\r
 725     {\r
 726       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 727 \r
 728       if (av.hasHiddenColumns)\r
 729         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 730 \r
 731       int max = maxwidth /\r
 732           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +\r
 733           1;\r
 734 \r
 735 \r
 736       vscroll.setMaximum(max);\r
 737       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 738       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 739     }\r
 740     else\r
 741     {\r
 742       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 743     }\r
 744 \r
 745     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 746         && overviewPanel != null)\r
 747         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 748 \r
 749   }\r
 750 \r
 751   /**\r
 752    * DOCUMENT ME!\r
 753    *\r
 754    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 755    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 756    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 757    *\r
 758    * @return DOCUMENT ME!\r
 759    *\r
 760    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 761    */\r
 762   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 763       throws PrinterException\r
 764   {\r
 765     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 766 \r
 767     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 768     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 769 \r
 770     if (av.getWrapAlignment())\r
 771     {\r
 772       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 773     }\r
 774     else\r
 775     {\r
 776       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 777     }\r
 778   }\r
 779 \r
 780   /**\r
 781    * DOCUMENT ME!\r
 782    *\r
 783    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 784    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 785    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 786    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 787    *\r
 788    * @return DOCUMENT ME!\r
 789    *\r
 790    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 791    */\r
 792   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 793       throws PrinterException\r
 794   {\r
 795     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 796     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 797     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 798 \r
 799     pg.setColor(Color.white);\r
 800     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 801     pg.setFont(av.getFont());\r
 802 \r
 803     ////////////////////////////////////\r
 804     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 805     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 806 \r
 807     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 808         1;\r
 809 \r
 810     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 811 \r
 812     /////////////////////////////\r
 813     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 814     int startRes;\r
 815 \r
 816     /////////////////////////////\r
 817     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 818     int endRes;\r
 819 \r
 820     /////////////////////////////\r
 821     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 822     int startSeq;\r
 823 \r
 824     /////////////////////////////\r
 825     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 826     int endSeq;\r
 827     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 828     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 829 \r
 830     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 831     {\r
 832       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 833     }\r
 834 \r
 835     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 836     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 837 \r
 838     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 839     {\r
 840       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 841     }\r
 842 \r
 843     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 844 \r
 845     if (av.showAnnotation)\r
 846     {\r
 847       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 848     }\r
 849 \r
 850     pagesHigh /= pheight;\r
 851 \r
 852     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 853     {\r
 854       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 855     }\r
 856 \r
 857     //draw Scale\r
 858     pg.translate(idWidth, 0);\r
 859     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 860     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 861 \r
 862     ////////////////\r
 863     // Draw the ids\r
 864     Color currentColor = null;\r
 865     Color currentTextColor = null;\r
 866 \r
 867     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 868                         Font.ITALIC,\r
 869                         av.getFont().getSize()));\r
 870     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 871     {\r
 872       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 873           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 874               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 875       {\r
 876         currentColor = Color.gray;\r
 877         currentTextColor = Color.black;\r
 878       }\r
 879       else\r
 880       {\r
 881         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 882         currentTextColor = Color.black;\r
 883       }\r
 884 \r
 885       pg.setColor(currentColor);\r
 886       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 887                   av.getCharHeight());\r
 888 \r
 889       pg.setColor(currentTextColor);\r
 890 \r
 891       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 892           ( av.getShowJVSuffix());\r
 893 \r
 894       pg.drawString(string, 0,\r
 895                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 896                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 897     }\r
 898 \r
 899     pg.setFont(av.getFont());\r
 900 \r
 901     // draw main sequence panel\r
 902     pg.translate(idWidth, 0);\r
 903     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 904 \r
 905     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 906     {\r
 907       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 908       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 909       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 910       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 911                                     1);\r
 912     }\r
 913 \r
 914     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 915   }\r
 916 \r
 917   /**\r
 918    * DOCUMENT ME!\r
 919    *\r
 920    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 921    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 922    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 923    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 924    *\r
 925    * @return DOCUMENT ME!\r
 926    *\r
 927    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 928    */\r
 929   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 930                                    int pi)\r
 931       throws PrinterException\r
 932   {\r
 933 \r
 934     int annotationHeight = 0;\r
 935     AnnotationLabels labels = null;\r
 936     if (av.showAnnotation)\r
 937     {\r
 938       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 939       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 940     }\r
 941 \r
 942     int hgap = av.charHeight;\r
 943     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 944       hgap += av.charHeight;\r
 945 \r
 946     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 947         + hgap\r
 948         + annotationHeight;\r
 949 \r
 950     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 951 \r
 952     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 953     if (av.hasHiddenColumns)\r
 954       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 955 \r
 956 \r
 957     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 958         idWidth);\r
 959 \r
 960     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 961 \r
 962     pg.setColor(Color.white);\r
 963     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 964     pg.setFont(av.getFont());\r
 965 \r
 966     ////////////////\r
 967     // Draw the ids\r
 968     pg.setColor(Color.black);\r
 969 \r
 970     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 971 \r
 972     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 973 \r
 974     int ypos = hgap;\r
 975     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 976                            av.getFont().getSize());\r
 977     pg.setFont(italic);\r
 978 \r
 979     do\r
 980     {\r
 981       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 982       {\r
 983         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 984         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 985 \r
 986         pg.drawString(string, 0,\r
 987                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 988                       (av.charHeight / 5));\r
 989       }\r
 990       if (labels != null)\r
 991       {\r
 992         pg.translate(-3,\r
 993                      ypos +\r
 994                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 995 \r
 996         pg.setFont(av.getFont());\r
 997         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 998         pg.setFont(italic);\r
 999         pg.translate(+3,\r
1000                      -ypos -\r
1001                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
1002       }\r
1003 \r
1004       ypos += cHeight;\r
1005     }\r
1006     while (ypos < totalHeight);\r
1007 \r
1008     pg.translate(idWidth, 0);\r
1009 \r
1010     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
1011 \r
1012     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
1013     {\r
1014       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
1015 \r
1016     }\r
1017     else\r
1018     {\r
1019       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
1020     }\r
1021   }\r
1022 \r
1023   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
1024   {\r
1025     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1026     if (av.hasHiddenColumns)\r
1027       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
1028 \r
1029     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1030     int width = idPanel.getWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
1031     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
1032     {\r
1033       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
1034     }\r
1035 \r
1036     if (av.getWrapAlignment())\r
1037     {\r
1038       height = getWrappedHeight();\r
1039       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1040           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1041       {\r
1042         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
1043       }\r
1044       else\r
1045         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1046 \r
1047     }\r
1048     else if (av.getShowAnnotation())\r
1049     {\r
1050       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
1051     }\r
1052 \r
1053     jalview.util.ImageMaker im;\r
1054     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
1055       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1056                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
1057                                         "Create PNG image from alignment",\r
1058                                         width, height, file, null);\r
1059     else\r
1060       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1061                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
1062                                        "Create EPS file from alignment",\r
1063                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
1064 \r
1065     try\r
1066     {\r
1067       if (av.getWrapAlignment())\r
1068       {\r
1069         if(im.getGraphics()!=null)\r
1070         {\r
1071           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1072           im.writeImage();\r
1073         }\r
1074       }\r
1075       else\r
1076       {\r
1077         if(im.getGraphics()!=null)\r
1078         {\r
1079           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1080           im.writeImage();\r
1081         }\r
1082       }\r
1083     }\r
1084     catch (OutOfMemoryError err)\r
1085     {\r
1086       System.out.println("########################\n"\r
1087                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
1088                          + "########################");\r
1089 \r
1090       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1091                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
1092                                             +\r
1093                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1094                                             , "Out of memory",\r
1095                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1096       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1097       System.gc();\r
1098 \r
1099     }\r
1100     catch (Exception ex)\r
1101     {\r
1102       ex.printStackTrace();\r
1103     }\r
1104   }\r
1105   /**\r
1106    * DOCUMENT ME!\r
1107    */\r
1108   public void makeEPS(File epsFile)\r
1109   {\r
1110     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1111   }\r
1112 \r
1113   /**\r
1114    * DOCUMENT ME!\r
1115    */\r
1116   public void makePNG(File pngFile)\r
1117   {\r
1118     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1119   }\r
1120 \r
1121   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1122   {\r
1123     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1124     //////////////////////////////////////////////\r
1125     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1126     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1127     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1128 \r
1129     // Gen image map\r
1130     //////////////////////////////////\r
1131     if (imgMapFile != null)\r
1132     {\r
1133       try\r
1134       {\r
1135         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1136             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1137         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1138         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1139         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1140         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1141                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1142                     + "<map name=\"Map\">");\r
1143 \r
1144         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1145         {\r
1146           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1147 \r
1148           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1149           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1150           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1151           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1152           {\r
1153             text = new StringBuffer();\r
1154             Object obj = null;\r
1155             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1156               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1157             else\r
1158               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1159                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1160 \r
1161               if (obj == null)\r
1162                   continue;\r
1163 \r
1164             String triplet = obj.toString();\r
1165             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1166             gSize = groups.length;\r
1167             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1168             {\r
1169               if(text.length()<1)\r
1170               {\r
1171                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1172                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1173                   + sy + ","\r
1174                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1175                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1176                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1177                   + alIndex + " " + triplet );\r
1178               }\r
1179 \r
1180               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1181                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1182             }\r
1183 \r
1184             if (features != null)\r
1185             {\r
1186               if(text.length()<1)\r
1187               {\r
1188                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1189                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1190                   + sy + ","\r
1191                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1192                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1193                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1194                   + alIndex + " " + triplet );\r
1195               }\r
1196                 fSize = features.length;\r
1197                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1198                 {\r
1199 \r
1200                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1201                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1202                   {\r
1203                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1204                     {\r
1205                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1206                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1207                       {\r
1208                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1209                                        features[f].getEnd());\r
1210                       }\r
1211                     }\r
1212                     else\r
1213                     {\r
1214                       text.append("<br>");\r
1215                       text.append(features[f].getType());\r
1216                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1217                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1218 \r
1219                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1220                       {\r
1221                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1222                       }\r
1223                     }\r
1224                   }\r
1225 \r
1226                 }\r
1227               }\r
1228               if(text.length()>1)\r
1229               {\r
1230                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1231                 out.println(text.toString());\r
1232               }\r
1233             }\r
1234           }\r
1235         out.println("</map></body></html>");\r
1236         out.close();\r
1237 \r
1238       }\r
1239       catch (Exception ex)\r
1240       {\r
1241         ex.printStackTrace();\r
1242       }\r
1243     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1244 \r
1245   }\r
1246 \r
1247   int getWrappedHeight()\r
1248   {\r
1249     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1250 \r
1251     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1252     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1253               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1254     {\r
1255       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1256       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - idWidth;\r
1257     }\r
1258 \r
1259     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1260         seqPanelWidth\r
1261           );\r
1262 \r
1263     int hgap = av.charHeight;\r
1264     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1265       hgap += av.charHeight;\r
1266 \r
1267     int annotationHeight = 0;\r
1268     if (av.showAnnotation)\r
1269     {\r
1270       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1271     }\r
1272 \r
1273     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1274         + hgap\r
1275         + annotationHeight;\r
1276 \r
1277     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1278     if (av.hasHiddenColumns)\r
1279       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1280 \r
1281 \r
1282     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1283 \r
1284     return height;\r
1285   }\r
1286 \r
1287   /**\r
1288    * DOCUMENT ME!\r
1289    *\r
1290    * @author $author$\r
1291    * @version $Revision$\r
1292    */\r
1293   class Preview\r
1294       extends JFrame\r
1295   {\r
1296     /**\r
1297      * Creates a new Preview object.\r
1298      *\r
1299      * @param image DOCUMENT ME!\r
1300      */\r
1301     public Preview(Image image)\r
1302     {\r
1303       setResizable(true);\r
1304       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1305       setVisible(true);\r
1306       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1307       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1308       validate();\r
1309       repaint();\r
1310     }\r
1311   }\r
1312 \r
1313   /**\r
1314    * DOCUMENT ME!\r
1315    *\r
1316    * @author $author$\r
1317    * @version $Revision$\r
1318    */\r
1319   class PreviewPanel\r
1320       extends JPanel\r
1321   {\r
1322     Image image;\r
1323 \r
1324     /**\r
1325      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1326      *\r
1327      * @param image DOCUMENT ME!\r
1328      */\r
1329     public PreviewPanel(Image image)\r
1330     {\r
1331       this.image = image;\r
1332     }\r
1333 \r
1334     /**\r
1335      * DOCUMENT ME!\r
1336      *\r
1337      * @param g DOCUMENT ME!\r
1338      */\r
1339     public void paintComponent(Graphics g)\r
1340     {\r
1341       if (image != null)\r
1342       {\r
1343         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1344       }\r
1345       else\r
1346       {\r
1347         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1348       }\r
1349     }\r
1350   }\r
1351 }\r