src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  96     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  97                                                  getPreferredSize());\r
  98     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  99                                         getPreferredSize());\r
 100     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 101 \r
 102     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104 \r
 105     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106     {\r
 107       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108       {\r
 109         switch (evt.getKeyCode())\r
 110         {\r
 111           case 27: // escape key\r
 112             av.setSelectionGroup(null);\r
 113             repaint();\r
 114 \r
 115             break;\r
 116 \r
 117           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120             break;\r
 121 \r
 122           case KeyEvent.VK_UP:\r
 123             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125             break;\r
 126 \r
 127           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130             break;\r
 131 \r
 132           case KeyEvent.VK_P:\r
 133             seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 134             break;\r
 135           case KeyEvent.VK_L:\r
 136             seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 137             break;\r
 138         }\r
 139       }\r
 140     });\r
 141   }\r
 142 \r
 143   /**\r
 144    * DOCUMENT ME!\r
 145    */\r
 146   public void fontChanged()\r
 147   {\r
 148     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 149     // to prevent drawing old image\r
 150     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 151 \r
 152     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 153         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 154     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156 \r
 157     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 158     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 159     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 160 \r
 161     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 162     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 163     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 164     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 165 \r
 166     if (av.getWrapAlignment())\r
 167     {\r
 168       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 169           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 170       vscroll.setMaximum(max);\r
 171       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 172       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 173     }\r
 174     else\r
 175     {\r
 176       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 177     }\r
 178 \r
 179     if (overviewPanel != null)\r
 180       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 181 \r
 182     repaint();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   /**\r
 186    * DOCUMENT ME!\r
 187    *\r
 188    * @return DOCUMENT ME!\r
 189    */\r
 190   public Dimension calculateIdWidth()\r
 191   {\r
 192     Container c = new Container();\r
 193 \r
 194     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 195     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 196 \r
 197     int i = 0;\r
 198     int idWidth = 0;\r
 199     String id;\r
 200 \r
 201     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 202     {\r
 203       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 204 \r
 205       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 206 \r
 207       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 208       {\r
 209         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 210       }\r
 211 \r
 212       i++;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     // Also check annotation label widths\r
 216     i = 0;\r
 217 \r
 218     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 219     {\r
 220       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 221 \r
 222       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 223       {\r
 224         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 225 \r
 226         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 227         {\r
 228           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 229         }\r
 230 \r
 231         i++;\r
 232       }\r
 233     }\r
 234 \r
 235     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   /**\r
 239    * DOCUMENT ME!\r
 240    *\r
 241    * @param results DOCUMENT ME!\r
 242    */\r
 243   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 244   {\r
 245     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 246 \r
 247     // do we need to scroll the panel?\r
 248     if (results != null)\r
 249     {\r
 250       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 251       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 252       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 253       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 254 \r
 255       if(!av.wrapAlignment)\r
 256       {\r
 257         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 258            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 259         {\r
 260           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 261         }\r
 262       }\r
 263       else\r
 264       {\r
 265         int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 266         if( start<av.getStartRes() || start>(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 267         {\r
 268           vscroll.setValue(start / cwidth);\r
 269           av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 270         }\r
 271       }\r
 272     }\r
 273   }\r
 274 \r
 275   /**\r
 276    * DOCUMENT ME!\r
 277    *\r
 278    * @return DOCUMENT ME!\r
 279    */\r
 280   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 281   {\r
 282     return overviewPanel;\r
 283   }\r
 284 \r
 285   /**\r
 286    * DOCUMENT ME!\r
 287    *\r
 288    * @param op DOCUMENT ME!\r
 289    */\r
 290   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 291   {\r
 292     overviewPanel = op;\r
 293   }\r
 294 \r
 295   /**\r
 296    * DOCUMENT ME!\r
 297    *\r
 298    * @param b DOCUMENT ME!\r
 299    */\r
 300   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 301   {\r
 302     if (!av.wrapAlignment)\r
 303     {\r
 304       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 305       annotationScroller.setVisible(b);\r
 306     }\r
 307     repaint();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   /**\r
 311    * DOCUMENT ME!\r
 312    *\r
 313    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 314    */\r
 315   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 316   {\r
 317     av.startSeq = 0;\r
 318     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 319     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 320     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 321 \r
 322     if (wrap)\r
 323     {\r
 324       annotationScroller.setVisible(false);\r
 325       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 326     }\r
 327     else if (av.showAnnotation)\r
 328     {\r
 329       annotationScroller.setVisible(true);\r
 330       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 331     }\r
 332 \r
 333     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 334 \r
 335     repaint();\r
 336   }\r
 337 \r
 338   // return value is true if the scroll is valid\r
 339   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 340   {\r
 341     if (up)\r
 342     {\r
 343       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 344       {\r
 345         return false;\r
 346       }\r
 347 \r
 348       fastPaint = false;\r
 349       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 350     }\r
 351     else\r
 352     {\r
 353       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 354       {\r
 355         return false;\r
 356       }\r
 357 \r
 358       fastPaint = false;\r
 359       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 360     }\r
 361 \r
 362     fastPaint = true;\r
 363 \r
 364     return true;\r
 365   }\r
 366 \r
 367   /**\r
 368    * DOCUMENT ME!\r
 369    *\r
 370    * @param right DOCUMENT ME!\r
 371    *\r
 372    * @return DOCUMENT ME!\r
 373    */\r
 374   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 375   {\r
 376     if (right)\r
 377     {\r
 378       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 379       {\r
 380         return false;\r
 381       }\r
 382 \r
 383       fastPaint = false;\r
 384       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 385     }\r
 386     else\r
 387     {\r
 388       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 389       {\r
 390         return false;\r
 391       }\r
 392 \r
 393       fastPaint = false;\r
 394       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 395     }\r
 396 \r
 397     fastPaint = true;\r
 398 \r
 399     return true;\r
 400   }\r
 401 \r
 402   /**\r
 403    * DOCUMENT ME!\r
 404    *\r
 405    * @param x DOCUMENT ME!\r
 406    * @param y DOCUMENT ME!\r
 407    */\r
 408   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 409   {\r
 410 \r
 411     int width = av.alignment.getWidth();\r
 412     int height = av.alignment.getHeight();\r
 413 \r
 414     if(av.hasHiddenColumns)\r
 415      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 416 \r
 417     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 418 \r
 419     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 420     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 421 \r
 422     if (hextent > width)\r
 423     {\r
 424       hextent = width;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     if (vextent > height)\r
 428     {\r
 429       vextent = height;\r
 430     }\r
 431 \r
 432     if ( (hextent + x) > width)\r
 433     {\r
 434       x = width - hextent;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     if ( (vextent + y) > height)\r
 438     {\r
 439       y = height - vextent;\r
 440     }\r
 441 \r
 442     if (y < 0)\r
 443     {\r
 444       y = 0;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     if (x < 0)\r
 448     {\r
 449       x = 0;\r
 450     }\r
 451 \r
 452     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 453     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 454   }\r
 455 \r
 456   /**\r
 457    * DOCUMENT ME!\r
 458    *\r
 459    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 460    */\r
 461   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 462   {\r
 463     int oldX = av.getStartRes();\r
 464     int oldY = av.getStartSeq();\r
 465 \r
 466     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 467     {\r
 468       int x = hscroll.getValue();\r
 469       av.setStartRes(x);\r
 470       av.setEndRes( (x +\r
 471                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 472     }\r
 473 \r
 474     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 475     {\r
 476       int offy = vscroll.getValue();\r
 477 \r
 478       if (av.getWrapAlignment())\r
 479       {\r
 480         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 481             seqCanvas.getWidth());\r
 482         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 483         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 484       }\r
 485       else\r
 486       {\r
 487         av.setStartSeq(offy);\r
 488         av.setEndSeq(offy +\r
 489                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 490       }\r
 491     }\r
 492 \r
 493     if (overviewPanel != null)\r
 494     {\r
 495       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 496     }\r
 497 \r
 498     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 499     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 500 \r
 501     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 502     {\r
 503       repaint();\r
 504     }\r
 505     else\r
 506     {\r
 507       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 508       // larger than the visible window\r
 509       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 510         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 511       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 512         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 513 \r
 514       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 515       {\r
 516         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 517         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 518                                      scrollY);\r
 519         scalePanel.repaint();\r
 520 \r
 521         if (av.getShowAnnotation())\r
 522         {\r
 523           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 524         }\r
 525       }\r
 526     }\r
 527   }\r
 528 \r
 529   /**\r
 530    * DOCUMENT ME!\r
 531    *\r
 532    * @param g DOCUMENT ME!\r
 533    */\r
 534   public void paintComponent(Graphics g)\r
 535   {\r
 536     invalidate();\r
 537 \r
 538     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 539     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 540     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 541     validate();\r
 542 \r
 543     if (av.getWrapAlignment())\r
 544     {\r
 545       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 546           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
 547 \r
 548 \r
 549       vscroll.setMaximum(max);\r
 550       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 551       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 552     }\r
 553     else\r
 554     {\r
 555       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 556     }\r
 557 \r
 558     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 559         && overviewPanel != null)\r
 560         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 561 \r
 562   }\r
 563 \r
 564   /**\r
 565    * DOCUMENT ME!\r
 566    *\r
 567    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 568    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 569    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 570    *\r
 571    * @return DOCUMENT ME!\r
 572    *\r
 573    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 574    */\r
 575   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 576       throws PrinterException\r
 577   {\r
 578     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 579 \r
 580     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 581     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 582 \r
 583     if (av.getWrapAlignment())\r
 584     {\r
 585       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 586     }\r
 587     else\r
 588     {\r
 589       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 590     }\r
 591   }\r
 592 \r
 593   /**\r
 594    * DOCUMENT ME!\r
 595    *\r
 596    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 597    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 598    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 599    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 600    *\r
 601    * @return DOCUMENT ME!\r
 602    *\r
 603    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 604    */\r
 605   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 606       throws PrinterException\r
 607   {\r
 608     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 609     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 610     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 611 \r
 612     pg.setColor(Color.white);\r
 613     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 614     pg.setFont(av.getFont());\r
 615 \r
 616     ////////////////////////////////////\r
 617     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 618     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 619 \r
 620     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 621         1;\r
 622 \r
 623     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 624 \r
 625     /////////////////////////////\r
 626     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 627     int startRes;\r
 628 \r
 629     /////////////////////////////\r
 630     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 631     int endRes;\r
 632 \r
 633     /////////////////////////////\r
 634     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 635     int startSeq;\r
 636 \r
 637     /////////////////////////////\r
 638     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 639     int endSeq;\r
 640     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 641     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 642 \r
 643     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 644     {\r
 645       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 646     }\r
 647 \r
 648     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 649     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 650 \r
 651     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 652     {\r
 653       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 654     }\r
 655 \r
 656     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 657 \r
 658     if (av.showAnnotation)\r
 659     {\r
 660       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 661     }\r
 662 \r
 663     pagesHigh /= pheight;\r
 664 \r
 665     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 666     {\r
 667       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 668     }\r
 669 \r
 670     //draw Scale\r
 671     pg.translate(idWidth, 0);\r
 672     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 673     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 674 \r
 675     ////////////////\r
 676     // Draw the ids\r
 677     Color currentColor = null;\r
 678     Color currentTextColor = null;\r
 679 \r
 680     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 681                         Font.ITALIC,\r
 682                         av.getFont().getSize()));\r
 683     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 684     {\r
 685       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 686           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 687               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 688       {\r
 689         currentColor = Color.gray;\r
 690         currentTextColor = Color.black;\r
 691       }\r
 692       else\r
 693       {\r
 694         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 695         currentTextColor = Color.black;\r
 696       }\r
 697 \r
 698       pg.setColor(currentColor);\r
 699       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 700                   av.getCharHeight());\r
 701 \r
 702       pg.setColor(currentTextColor);\r
 703 \r
 704       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 705           ( av.getShowJVSuffix());\r
 706 \r
 707       pg.drawString(string, 0,\r
 708                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 709                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 710     }\r
 711 \r
 712     pg.setFont(av.getFont());\r
 713 \r
 714     // draw main sequence panel\r
 715     pg.translate(idWidth, 0);\r
 716     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 717 \r
 718     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 719     {\r
 720       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 721       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 722       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 723       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 724                                     1);\r
 725     }\r
 726 \r
 727     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 728   }\r
 729 \r
 730   /**\r
 731    * DOCUMENT ME!\r
 732    *\r
 733    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 734    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 735    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 736    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 737    *\r
 738    * @return DOCUMENT ME!\r
 739    *\r
 740    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 741    */\r
 742   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 743                                    int pi)\r
 744       throws PrinterException\r
 745   {\r
 746 \r
 747     int annotationHeight = 0;\r
 748     AnnotationLabels labels = null;\r
 749     if (av.showAnnotation)\r
 750     {\r
 751       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 752       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 753     }\r
 754 \r
 755     int hgap = av.charHeight;\r
 756     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 757       hgap += av.charHeight;\r
 758 \r
 759     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 760         + hgap\r
 761         + annotationHeight;\r
 762 \r
 763     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 764 \r
 765     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 766         idWidth);\r
 767 \r
 768     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 769 \r
 770     pg.setColor(Color.white);\r
 771     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 772     pg.setFont(av.getFont());\r
 773 \r
 774     ////////////////\r
 775     // Draw the ids\r
 776     pg.setColor(Color.black);\r
 777 \r
 778     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 779 \r
 780     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 781 \r
 782     int ypos = hgap;\r
 783     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 784                            av.getFont().getSize());\r
 785     pg.setFont(italic);\r
 786 \r
 787     do\r
 788     {\r
 789       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 790       {\r
 791         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 792         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 793 \r
 794         pg.drawString(string, 0,\r
 795                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 796                       (av.charHeight / 5));\r
 797       }\r
 798       if (labels != null)\r
 799       {\r
 800         pg.translate(-3,\r
 801                      ypos +\r
 802                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 803 \r
 804         pg.setFont(av.getFont());\r
 805         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 806         pg.setFont(italic);\r
 807         pg.translate(+3,\r
 808                      -ypos -\r
 809                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 810       }\r
 811 \r
 812       ypos += cHeight;\r
 813     }\r
 814     while (ypos < totalHeight);\r
 815 \r
 816     pg.translate(idWidth, 0);\r
 817 \r
 818     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 819 \r
 820     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 821     {\r
 822       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 823 \r
 824     }\r
 825     else\r
 826     {\r
 827       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 828     }\r
 829   }\r
 830 \r
 831   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 832   {\r
 833     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 834     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 835 \r
 836     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
 837     {\r
 838       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
 839     }\r
 840 \r
 841     if (av.getWrapAlignment())\r
 842     {\r
 843       height = getWrappedHeight();\r
 844       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 845     }\r
 846     else if (av.getShowAnnotation())\r
 847     {\r
 848       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 849     }\r
 850 \r
 851     jalview.util.ImageMaker im;\r
 852     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 853       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 854                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 855                                         "Create PNG image from alignment",\r
 856                                         width, height, file, null);\r
 857     else\r
 858       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 859                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 860                                        "Create EPS file from alignment",\r
 861                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 862 \r
 863     try\r
 864     {\r
 865       if (av.getWrapAlignment())\r
 866       {\r
 867         if(im.getGraphics()!=null)\r
 868         {\r
 869           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 870           im.writeImage();\r
 871         }\r
 872       }\r
 873       else\r
 874       {\r
 875         if(im.getGraphics()!=null)\r
 876         {\r
 877           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 878           im.writeImage();\r
 879         }\r
 880       }\r
 881     }\r
 882     catch (OutOfMemoryError err)\r
 883     {\r
 884       System.out.println("########################\n"\r
 885                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 886                          + "########################");\r
 887 \r
 888       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 889                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 890                                             +\r
 891                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 892                                             , "Out of memory",\r
 893                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 894       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 895       System.gc();\r
 896 \r
 897     }\r
 898     catch (Exception ex)\r
 899     {\r
 900       ex.printStackTrace();\r
 901     }\r
 902   }\r
 903   /**\r
 904    * DOCUMENT ME!\r
 905    */\r
 906   public void makeEPS(File epsFile)\r
 907   {\r
 908     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 909   }\r
 910 \r
 911   /**\r
 912    * DOCUMENT ME!\r
 913    */\r
 914   public void makePNG(File pngFile)\r
 915   {\r
 916     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 917   }\r
 918 \r
 919   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 920   {\r
 921     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 922     //////////////////////////////////////////////\r
 923     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 924     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 925     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 926 \r
 927     // Gen image map\r
 928     //////////////////////////////////\r
 929     if (imgMapFile != null)\r
 930     {\r
 931       try\r
 932       {\r
 933         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 934             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 935         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 936         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 937         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 938         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 939                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 940                     + "<map name=\"Map\">");\r
 941 \r
 942         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 943         {\r
 944           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 945 \r
 946           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 947           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 948           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 949           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
 950           {\r
 951             text = new StringBuffer();\r
 952             Object obj = null;\r
 953             if(av.alignment.isNucleotide())\r
 954               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
 955             else\r
 956               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 957                     seq.getCharAt(res) + "");\r
 958 \r
 959               if (obj == null)\r
 960                   continue;\r
 961 \r
 962             String triplet = obj.toString();\r
 963             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 964             gSize = groups.length;\r
 965             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 966             {\r
 967               if(text.length()<1)\r
 968               {\r
 969                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 970                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 971                   + sy + ","\r
 972                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 973                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 974                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 975                   + alIndex + " " + triplet );\r
 976               }\r
 977 \r
 978               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
 979                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
 980             }\r
 981 \r
 982             if (features != null)\r
 983             {\r
 984               if(text.length()<1)\r
 985               {\r
 986                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 987                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 988                   + sy + ","\r
 989                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 990                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 991                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 992                   + alIndex + " " + triplet );\r
 993               }\r
 994                 fSize = features.length;\r
 995                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
 996                 {\r
 997 \r
 998                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
 999                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1000                   {\r
1001                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1002                     {\r
1003                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1004                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1005                       {\r
1006                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1007                                        features[f].getEnd());\r
1008                       }\r
1009                     }\r
1010                     else\r
1011                     {\r
1012                       text.append("<br>");\r
1013                       text.append(features[f].getType());\r
1014                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1015                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1016 \r
1017                       if (features[f].getStatus() != null && features[f].getStatus().length()>0)\r
1018                       {\r
1019                         text.append(" (" + features[f].getStatus() + ")");\r
1020                       }\r
1021                     }\r
1022                   }\r
1023 \r
1024                 }\r
1025               }\r
1026               if(text.length()>1)\r
1027               {\r
1028                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1029                 out.println(text.toString());\r
1030               }\r
1031             }\r
1032           }\r
1033         out.println("</map></body></html>");\r
1034         out.close();\r
1035 \r
1036       }\r
1037       catch (Exception ex)\r
1038       {\r
1039         ex.printStackTrace();\r
1040       }\r
1041     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1042 \r
1043   }\r
1044 \r
1045   int getWrappedHeight()\r
1046   {\r
1047 \r
1048     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1049         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1050 \r
1051     int hgap = av.charHeight;\r
1052     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1053       hgap += av.charHeight;\r
1054 \r
1055     int annotationHeight = 0;\r
1056     if (av.showAnnotation)\r
1057     {\r
1058       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1059     }\r
1060 \r
1061     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1062         + hgap\r
1063         + annotationHeight;\r
1064 \r
1065     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1066 \r
1067     return height;\r
1068   }\r
1069 \r
1070   /**\r
1071    * DOCUMENT ME!\r
1072    *\r
1073    * @author $author$\r
1074    * @version $Revision$\r
1075    */\r
1076   class Preview\r
1077       extends JFrame\r
1078   {\r
1079     /**\r
1080      * Creates a new Preview object.\r
1081      *\r
1082      * @param image DOCUMENT ME!\r
1083      */\r
1084     public Preview(Image image)\r
1085     {\r
1086       setResizable(true);\r
1087       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1088       setVisible(true);\r
1089       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1090       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1091       validate();\r
1092       repaint();\r
1093     }\r
1094   }\r
1095 \r
1096   /**\r
1097    * DOCUMENT ME!\r
1098    *\r
1099    * @author $author$\r
1100    * @version $Revision$\r
1101    */\r
1102   class PreviewPanel\r
1103       extends JPanel\r
1104   {\r
1105     Image image;\r
1106 \r
1107     /**\r
1108      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1109      *\r
1110      * @param image DOCUMENT ME!\r
1111      */\r
1112     public PreviewPanel(Image image)\r
1113     {\r
1114       this.image = image;\r
1115     }\r
1116 \r
1117     /**\r
1118      * DOCUMENT ME!\r
1119      *\r
1120      * @param g DOCUMENT ME!\r
1121      */\r
1122     public void paintComponent(Graphics g)\r
1123     {\r
1124       if (image != null)\r
1125       {\r
1126         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1127       }\r
1128       else\r
1129       {\r
1130         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1131       }\r
1132     }\r
1133   }\r
1134 }\r