src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.awt.image.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.awt.print.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  11 {\r
  12 \r
  13   AlignViewport     av;\r
  14   OverviewPanel overviewPanel;\r
  15   SeqPanel   seqPanel;\r
  16   IdPanel    idPanel;\r
  17   public AlignFrame alignFrame;\r
  18   ScalePanel scalePanel;\r
  19   ScorePanel scorePanel;\r
  20 \r
  21   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  22   {\r
  23     alignFrame = af;\r
  24     this.av         = av;\r
  25     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  26     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  27     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  28     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  29 \r
  30     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  31     idPanel.addNotify();\r
  32     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  33     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     setScrollValues(0,0);\r
  36 \r
  37     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  38     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  39 \r
  40     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  41    {\r
  42        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  43      {\r
  44           RefreshPanels();\r
  45      }\r
  46    });\r
  47   }\r
  48 \r
  49  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  50  {\r
  51    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  52 \r
  53    // do we need to scroll the panel?\r
  54    if(av.getStartSeq()>results[0] || av.getEndSeq()<results[0]  || av.getStartRes()>results[1] || av.getEndRes()<results[2])\r
  55        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  56 \r
  57 \r
  58  }\r
  59 \r
  60 \r
  61  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  62  {\r
  63    return overviewPanel;\r
  64  }\r
  65 \r
  66  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  67  {\r
  68    overviewPanel = op;\r
  69  }\r
  70 \r
  71 \r
  72   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  73   {\r
  74     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  75     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  76     RefreshPanels();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  80   {\r
  81       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  82       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  83 \r
  84       hscroll.setVisible(!wrap);\r
  85       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
  86       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
  87   }\r
  88 \r
  89 \r
  90   public void setColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs, boolean conservation)\r
  91   {\r
  92     seqPanel.setColourScheme(cs, conservation);\r
  93     if(overviewPanel!=null)\r
  94       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  95   }\r
  96 \r
  97 \r
  98   public void RefreshPanels()\r
  99   {\r
 100     invalidate();\r
 101     validate();\r
 102     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 103     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 104     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 105     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 106     av.getConsensus(true);\r
 107     repaint();\r
 108 \r
 109     if(overviewPanel!=null)\r
 110       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114   int hextent = 0;\r
 115   int vextent = 0;\r
 116 \r
 117   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 118   {\r
 119     hextent = (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth());\r
 120     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 121 \r
 122     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 123       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 124 \r
 125     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 126       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 127 \r
 128     if(y<0)\r
 129       y = 0;\r
 130 \r
 131     if(x<0)\r
 132       x=0;\r
 133 \r
 134     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 135     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 136     repaint();\r
 137 \r
 138   }\r
 139 \r
 140 \r
 141   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 142   {\r
 143 \r
 144     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 145     {\r
 146       int x = hscroll.getValue();\r
 147       av.setStartRes(x);\r
 148       av.setEndRes(x + (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1));\r
 149     }\r
 150 \r
 151     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 152     {\r
 153         int offy = vscroll.getValue();\r
 154         av.setStartSeq(offy);\r
 155         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 156     }\r
 157 \r
 158 \r
 159     if(overviewPanel!=null)\r
 160       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 161 \r
 162     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 163     repaint();\r
 164   }\r
 165 \r
 166 \r
 167   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 168   {\r
 169 \r
 170     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 171 \r
 172     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 173     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 174     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 175 \r
 176     //BufferedImage printImage = new BufferedImage(pwidth,pheight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 177    // Graphics pg = printImage.getGraphics();\r
 178     pg.setColor(Color.white);\r
 179     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 180     pg.setFont( av.getFont() );\r
 181 \r
 182     ////////////////////////////////////\r
 183     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 184     int totalRes = (int)((pwidth - idWidth)/av.getCharWidth());\r
 185     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 186     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 187     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 188 \r
 189     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 190      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 191 \r
 192     /////////////////////////////\r
 193     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 194     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 195     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 196     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 197     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 198       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 199 \r
 200      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 201      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 202      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 203        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 204 \r
 205 \r
 206     ////////////////\r
 207     //draw Scale\r
 208     pg.translate(idWidth,0);\r
 209     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 210 \r
 211     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 212     ////////////////\r
 213     // Draw the ids\r
 214     Color currentColor=null;\r
 215     Color currentTextColor=null;\r
 216     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 217     {\r
 218       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 219       {\r
 220         currentColor = Color.gray;\r
 221         currentTextColor = Color.black;\r
 222       }\r
 223       else\r
 224       {\r
 225         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 226         currentTextColor = Color.black;\r
 227       }\r
 228 \r
 229       pg.setColor(currentColor);\r
 230       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 231                               getWidth(),\r
 232                               av.getCharHeight());\r
 233 \r
 234       pg.setColor(currentTextColor);\r
 235 \r
 236       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 237       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 238                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 239     }\r
 240 \r
 241     // draw main sequence panel\r
 242     pg.translate(idWidth,0);\r
 243     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 244 \r
 245     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 246   }\r
 247 }\r
 248 \r