src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  17 {\r
  18 \r
  19   AlignViewport     av;\r
  20   OverviewPanel overviewPanel;\r
  21   SeqPanel   seqPanel;\r
  22   IdPanel    idPanel;\r
  23   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  24   public AlignFrame alignFrame;\r
  25   ScalePanel scalePanel;\r
  26   ScorePanel scorePanel;\r
  27 \r
  28   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  29   {\r
  30     alignFrame = af;\r
  31     this.av         = av;\r
  32     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  33     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  34     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  35     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  36     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  37 \r
  38     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  40     idPanel.addNotify();\r
  41     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  42     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     setScrollValues(0,0);\r
  45 \r
  46     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  47     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  48 \r
  49     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  50    {\r
  51      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  52      {\r
  53           RefreshPanels();\r
  54      }\r
  55    });\r
  56 \r
  57 \r
  58    hscroll.setFocusable(false);\r
  59    vscroll.setFocusable(false);\r
  60    setFocusable(true);\r
  61 \r
  62    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  63    {\r
  64      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  65      {\r
  66        switch(evt.getKeyCode())\r
  67        {\r
  68          case  27: // escape key\r
  69            av.setRubberbandGroup(null);\r
  70            RefreshPanels();\r
  71            break;\r
  72          case KeyEvent.VK_X:\r
  73            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  74            break;\r
  75          case KeyEvent.VK_C:\r
  76            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  77            break;\r
  78          case KeyEvent.VK_V:\r
  79            alignFrame.paste(true);\r
  80            break;\r
  81          case KeyEvent.VK_A:\r
  82            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  83            break;\r
  84         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  85           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  86           break;\r
  87         case KeyEvent.VK_UP:\r
  88           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  89           break;\r
  90         case KeyEvent.VK_F:\r
  91           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  92           break;\r
  93        }\r
  94      }\r
  95    });\r
  96   }\r
  97 \r
  98 \r
  99  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 100  {\r
 101    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 102 \r
 103    // do we need to scroll the panel?\r
 104    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 105                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 106                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 107                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 108        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 109 \r
 110 \r
 111  }\r
 112 \r
 113 \r
 114  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 115  {\r
 116    return overviewPanel;\r
 117  }\r
 118 \r
 119  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 120  {\r
 121    overviewPanel = op;\r
 122  }\r
 123 \r
 124 \r
 125   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 126   {\r
 127     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 128     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 129 \r
 130     RefreshPanels();\r
 131     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 132     RefreshPanels();\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 136   {\r
 137     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 138     RefreshPanels();\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 142   {\r
 143     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 144     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 145     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 146 \r
 147     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 148 \r
 149     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 150     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 151 \r
 152     RefreshPanels();\r
 153 \r
 154   }\r
 155 \r
 156 \r
 157   public void setColourScheme()\r
 158   {\r
 159     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 160 \r
 161     if(av.getConservationSelected())\r
 162     {\r
 163 \r
 164        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 165        Conservation c = new Conservation("All",\r
 166                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 167                             al.getWidth() );\r
 168 \r
 169        c.calculate();\r
 170        c.verdict(false, 100);\r
 171        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 172 \r
 173        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 174 \r
 175     }\r
 176 \r
 177     RefreshPanels();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void RefreshPanels()\r
 181   {\r
 182     requestFocus();\r
 183     invalidate();\r
 184     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 185 \r
 186     if(av.getWrapAlignment())\r
 187     {\r
 188       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 189 \r
 190       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 191       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 192       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 193     }\r
 194     else\r
 195 \r
 196     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 197     av.getConsensus(true);\r
 198     if(overviewPanel!=null)\r
 199       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 200 \r
 201     validate();\r
 202     repaint();\r
 203 \r
 204   }\r
 205 \r
 206   int hextent = 0;\r
 207   int vextent = 0;\r
 208 \r
 209   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 210   {\r
 211     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 212     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 213 \r
 214     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 215       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 216 \r
 217     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 218       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 219 \r
 220     if(y<0)\r
 221       y = 0;\r
 222 \r
 223     if(x<0)\r
 224       x=0;\r
 225 \r
 226     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 227     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 228 \r
 229 \r
 230     repaint();\r
 231 \r
 232   }\r
 233 \r
 234 \r
 235   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 236   {\r
 237 \r
 238     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 239     {\r
 240       int x = hscroll.getValue();\r
 241       av.setStartRes(x);\r
 242       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 243     }\r
 244 \r
 245     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 246     {\r
 247       int offy = vscroll.getValue();\r
 248       if (av.getWrapAlignment())\r
 249       {\r
 250         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 251       }\r
 252       else\r
 253       {\r
 254         av.setStartSeq(offy);\r
 255         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 256       }\r
 257     }\r
 258 \r
 259 \r
 260     if(overviewPanel!=null)\r
 261       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 262 \r
 263     repaint();\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 267   {\r
 268     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 269 \r
 270     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 271     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 272 \r
 273     if (av.getWrapAlignment())\r
 274       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 275     else\r
 276       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 277   }\r
 278 \r
 279   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 280   {\r
 281 \r
 282     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 283 \r
 284 \r
 285     pg.setColor(Color.white);\r
 286     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 287     pg.setFont( av.getFont() );\r
 288 \r
 289     ////////////////////////////////////\r
 290     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 291     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 292     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 293     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 294     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 295 \r
 296     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 297      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 298 \r
 299     /////////////////////////////\r
 300     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 301     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 302     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 303     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 304     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 305       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 306 \r
 307      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 308      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 309      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 310        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 311 \r
 312 \r
 313     ////////////////\r
 314     //draw Scale\r
 315     pg.translate(idWidth,0);\r
 316     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 317 \r
 318     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 319     ////////////////\r
 320     // Draw the ids\r
 321     Color currentColor=null;\r
 322     Color currentTextColor=null;\r
 323     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 324     {\r
 325       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 326       {\r
 327         currentColor = Color.gray;\r
 328         currentTextColor = Color.black;\r
 329       }\r
 330       else\r
 331       {\r
 332         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 333         currentTextColor = Color.black;\r
 334       }\r
 335 \r
 336       pg.setColor(currentColor);\r
 337       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 338                               idWidth,\r
 339                               av.getCharHeight());\r
 340 \r
 341       pg.setColor(currentTextColor);\r
 342 \r
 343       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 344       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 345                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 346     }\r
 347 \r
 348     // draw main sequence panel\r
 349     pg.translate(idWidth,0);\r
 350     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 351     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 352 \r
 353     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 354   }\r
 355 \r
 356 \r
 357   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 358   {\r
 359 \r
 360     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 361 \r
 362     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 363       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 364 \r
 365 \r
 366     pg.setColor(Color.white);\r
 367     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 368     pg.setFont( av.getFont() );\r
 369 \r
 370     ////////////////////////////////////\r
 371     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 372     AlignmentI da = av.alignment;\r
 373     int endy   = da.getHeight();\r
 374     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 375     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 376 \r
 377     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 378     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 379 \r
 380     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 381      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 382 \r
 383     ////////////////\r
 384     // Draw the ids\r
 385     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 386 \r
 387     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 388     pg.setColor(Color.black);\r
 389     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 390         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 391         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 392     {\r
 393       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 394       {\r
 395         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 396         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 397                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 398                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 399       }\r
 400     }\r
 401 \r
 402     // draw main sequence panel\r
 403     pg.translate(idWidth,0);\r
 404     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 405 \r
 406 \r
 407     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 408 \r
 409   }\r
 410 \r
 411   public void makeJPG(int width, int height)\r
 412   {\r
 413     try\r
 414     {\r
 415 \r
 416       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 417                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 418       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
 419 \r
 420       try\r
 421       {\r
 422         if (av.getWrapAlignment())\r
 423           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 424         else\r
 425           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 426       }\r
 427       catch (Exception ex)\r
 428       {}\r
 429 \r
 430       javax.swing.JFileChooser chooser = new javax.swing.JFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 431           "LAST_DIRECTORY"));\r
 432       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
 433       chooser.setToolTipText("Save");\r
 434 \r
 435       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 436       if (value == javax.swing.JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 437       {\r
 438 \r
 439         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 440         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
 441         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
 442         param.setQuality(1.0f, true);\r
 443 \r
 444         jie.encode(bi, param);\r
 445         out.close();\r
 446       }\r
 447 \r
 448     }\r
 449     catch (IOException ex)\r
 450     {\r
 451       System.out.println("ex Writing image ");\r
 452     }\r
 453   }\r
 454 \r
 455 }\r
 456 \r
 457 \r
 458 \r