src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  30 \r
  31 import java.awt.*;\r
  32 import java.awt.event.*;\r
  33 import java.awt.image.*;\r
  34 import java.awt.print.*;\r
  35 \r
  36 import java.io.*;\r
  37 \r
  38 import javax.imageio.*;\r
  39 \r
  40 import javax.swing.*;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * DOCUMENT ME!\r
  45  *\r
  46  * @author $author$\r
  47  * @version $Revision$\r
  48  */\r
  49 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  50     implements AdjustmentListener, Printable\r
  51 {\r
  52     AlignViewport av;\r
  53     OverviewPanel overviewPanel;\r
  54     SeqPanel seqPanel;\r
  55     IdPanel idPanel;\r
  56     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  57 \r
  58     /** DOCUMENT ME!! */\r
  59     public AlignFrame alignFrame;\r
  60     ScalePanel scalePanel;\r
  61     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  62     AnnotationLabels alabels;\r
  63 \r
  64     // this value is set false when selection area being dragged\r
  65     boolean fastPaint = true;\r
  66     int hextent = 0;\r
  67     int vextent = 0;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  71      *\r
  72      * @param af DOCUMENT ME!\r
  73      * @param av DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  76     {\r
  77         alignFrame = af;\r
  78         this.av = av;\r
  79         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  80         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  81 \r
  82         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  83 \r
  84         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  86         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  89         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  90 \r
  91         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  92         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  93         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  94         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         fontChanged();\r
  97 \r
  98         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  99         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 100 \r
 101         setScrollValues(0, 0);\r
 102 \r
 103         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 105 \r
 106         setFocusable(true);\r
 107         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 108             {\r
 109                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110                 {\r
 111                     switch (evt.getKeyCode())\r
 112                     {\r
 113                     case 27: // escape key\r
 114                         av.setSelectionGroup(null);\r
 115                         repaint();\r
 116 \r
 117                         break;\r
 118 \r
 119                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 120                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 121 \r
 122                         break;\r
 123 \r
 124                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 125                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 126 \r
 127                         break;\r
 128 \r
 129                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 130                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 131                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 132                       break;\r
 133                     }\r
 134 \r
 135                 }\r
 136             });\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      */\r
 142     public void fontChanged()\r
 143     {\r
 144         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 145         // to prevent drawing old image\r
 146         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 147 \r
 148         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 151                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 152 \r
 153         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 154         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 155 \r
 156         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 157         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 158         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 159         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 160         repaint();\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      *\r
 166      * @return DOCUMENT ME!\r
 167      */\r
 168     public Dimension calculateIdWidth()\r
 169     {\r
 170         Graphics g = this.getGraphics();\r
 171 \r
 172         if (g == null)\r
 173         {\r
 174             javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 175             f.addNotify();\r
 176             g = f.getGraphics();\r
 177         }\r
 178 \r
 179         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 180         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 181 \r
 182         int i = 0;\r
 183         int idWidth = 0;\r
 184         String id;\r
 185 \r
 186         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 187         {\r
 188             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 189 \r
 190             if (av.getShowFullId())\r
 191             {\r
 192                 id = s.getDisplayId();\r
 193             }\r
 194             else\r
 195             {\r
 196                 id = s.getName();\r
 197             }\r
 198 \r
 199             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 200             {\r
 201                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 202             }\r
 203 \r
 204             i++;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         // Also check annotation label widths\r
 208         i = 0;\r
 209 \r
 210         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 211         {\r
 212             fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 213 \r
 214             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 215             {\r
 216                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 217 \r
 218                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 219                 {\r
 220                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 221                 }\r
 222 \r
 223                 i++;\r
 224             }\r
 225         }\r
 226 \r
 227         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 228     }\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * DOCUMENT ME!\r
 232      *\r
 233      * @param results DOCUMENT ME!\r
 234      */\r
 235     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 236     {\r
 237         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 238 \r
 239         // do we need to scroll the panel?\r
 240         if (results != null)\r
 241         {\r
 242             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 243             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 244             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 245 \r
 246             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 247                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 248                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 249             {\r
 250                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 251             }\r
 252         }\r
 253     }\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * DOCUMENT ME!\r
 257      *\r
 258      * @return DOCUMENT ME!\r
 259      */\r
 260     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 261     {\r
 262         return overviewPanel;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * DOCUMENT ME!\r
 267      *\r
 268      * @param op DOCUMENT ME!\r
 269      */\r
 270     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 271     {\r
 272         overviewPanel = op;\r
 273     }\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * DOCUMENT ME!\r
 277      *\r
 278      * @param b DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 281     {\r
 282         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 283         annotationScroller.setVisible(b);\r
 284     }\r
 285 \r
 286     /**\r
 287      * DOCUMENT ME!\r
 288      *\r
 289      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 290      */\r
 291     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 292     {\r
 293         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 294         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 295         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 296 \r
 297         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 298         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 299         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 300         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 301 \r
 302         repaint();\r
 303     }\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * DOCUMENT ME!\r
 307      */\r
 308     public void setColourScheme()\r
 309     {\r
 310         ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 311 \r
 312         if (av.getConservationSelected())\r
 313         {\r
 314             Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 315             Conservation c = new Conservation("All",\r
 316                     ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 317                     al.getWidth());\r
 318 \r
 319             c.calculate();\r
 320             c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 321 \r
 322             ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 323 \r
 324             av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 325         }\r
 326 \r
 327         repaint();\r
 328     }\r
 329 \r
 330     // return value is true if the scroll is valid\r
 331     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 332     {\r
 333         if (up)\r
 334         {\r
 335             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 336             {\r
 337                 return false;\r
 338             }\r
 339 \r
 340             fastPaint = false;\r
 341             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 342         }\r
 343         else\r
 344         {\r
 345             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 346             {\r
 347                 return false;\r
 348             }\r
 349 \r
 350             fastPaint = false;\r
 351             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 352         }\r
 353 \r
 354         fastPaint = true;\r
 355 \r
 356         return true;\r
 357     }\r
 358 \r
 359     /**\r
 360      * DOCUMENT ME!\r
 361      *\r
 362      * @param right DOCUMENT ME!\r
 363      *\r
 364      * @return DOCUMENT ME!\r
 365      */\r
 366     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 367     {\r
 368         if (right)\r
 369         {\r
 370             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 371             {\r
 372                 return false;\r
 373             }\r
 374 \r
 375             fastPaint = false;\r
 376             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 377         }\r
 378         else\r
 379         {\r
 380             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 381             {\r
 382                 return false;\r
 383             }\r
 384 \r
 385             fastPaint = false;\r
 386             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 387         }\r
 388 \r
 389         fastPaint = true;\r
 390 \r
 391         return true;\r
 392     }\r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * DOCUMENT ME!\r
 396      *\r
 397      * @param x DOCUMENT ME!\r
 398      * @param y DOCUMENT ME!\r
 399      */\r
 400     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 401     {\r
 402         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 403             1);\r
 404 \r
 405         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 406         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 407 \r
 408         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 409         {\r
 410             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 411         }\r
 412 \r
 413         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 414         {\r
 415             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 416         }\r
 417 \r
 418         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 419         {\r
 420             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 421         }\r
 422 \r
 423         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 424         {\r
 425             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 426         }\r
 427 \r
 428         if (y < 0)\r
 429         {\r
 430             y = 0;\r
 431         }\r
 432 \r
 433         if (x < 0)\r
 434         {\r
 435             x = 0;\r
 436         }\r
 437 \r
 438         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 439         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 440     }\r
 441 \r
 442     public void this_mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 443     {\r
 444       if(e.getWheelRotation()>0)\r
 445         scrollUp(false);\r
 446       else\r
 447         scrollUp(true);\r
 448     }\r
 449 \r
 450 \r
 451     /**\r
 452      * DOCUMENT ME!\r
 453      *\r
 454      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 455      */\r
 456     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 457     {\r
 458         int oldX = av.getStartRes();\r
 459         int oldY = av.getStartSeq();\r
 460 \r
 461         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 462         {\r
 463             int x = hscroll.getValue();\r
 464             av.setStartRes(x);\r
 465             av.setEndRes((x +\r
 466                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 467         }\r
 468 \r
 469         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 470         {\r
 471             int offy = vscroll.getValue();\r
 472 \r
 473             if (av.getWrapAlignment())\r
 474             {\r
 475                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 476                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 477                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 478             }\r
 479             else\r
 480             {\r
 481                 av.setStartSeq(offy);\r
 482                 av.setEndSeq(offy +\r
 483                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 484             }\r
 485         }\r
 486 \r
 487         if (overviewPanel != null)\r
 488         {\r
 489             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 490         }\r
 491 \r
 492         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 493         {\r
 494             repaint();\r
 495         }\r
 496         else\r
 497         {\r
 498             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 499             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 500                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 501 \r
 502             scalePanel.repaint();\r
 503 \r
 504             if (av.getShowAnnotation())\r
 505             {\r
 506                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 507             }\r
 508         }\r
 509     }\r
 510 \r
 511     /**\r
 512      * DOCUMENT ME!\r
 513      *\r
 514      * @param g DOCUMENT ME!\r
 515      */\r
 516     public void paintComponent(Graphics g)\r
 517     {\r
 518         invalidate();\r
 519 \r
 520         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 521         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 522         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 523         validate();\r
 524 \r
 525         if (av.getWrapAlignment())\r
 526         {\r
 527             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 528             vscroll.setMaximum(max);\r
 529             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 530             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 531         }\r
 532         else\r
 533         {\r
 534             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 535         }\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 542      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 543      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 544      *\r
 545      * @return DOCUMENT ME!\r
 546      *\r
 547      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 548      */\r
 549     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 550         throws PrinterException\r
 551     {\r
 552         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 553 \r
 554         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 555         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 556 \r
 557         if (av.getWrapAlignment())\r
 558         {\r
 559             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 560         }\r
 561         else\r
 562         {\r
 563             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 564         }\r
 565     }\r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * DOCUMENT ME!\r
 569      *\r
 570      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 571      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 572      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 573      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 574      *\r
 575      * @return DOCUMENT ME!\r
 576      *\r
 577      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 578      */\r
 579     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 580         throws PrinterException\r
 581     {\r
 582         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 583         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 584         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 585 \r
 586         pg.setColor(Color.white);\r
 587         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 588         pg.setFont(av.getFont());\r
 589 \r
 590         ////////////////////////////////////\r
 591         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 592         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 593 \r
 594         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 595             1;\r
 596 \r
 597         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 598 \r
 599         /////////////////////////////\r
 600         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 601         int startRes;\r
 602 \r
 603         /////////////////////////////\r
 604         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 605         int endRes;\r
 606 \r
 607         /////////////////////////////\r
 608         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 609         int startSeq;\r
 610 \r
 611         /////////////////////////////\r
 612         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 613         int endSeq;\r
 614         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 615         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 616 \r
 617         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 618         {\r
 619             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 620         }\r
 621 \r
 622         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 623         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 624 \r
 625         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 626         {\r
 627             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 628         }\r
 629 \r
 630         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 631 \r
 632         if (av.showAnnotation)\r
 633         {\r
 634             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 635         }\r
 636 \r
 637         pagesHigh /= pheight;\r
 638 \r
 639         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 640         {\r
 641             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 642         }\r
 643 \r
 644         //draw Scale\r
 645         pg.translate(idWidth, 0);\r
 646         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 647         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 648 \r
 649         ////////////////\r
 650         // Draw the ids\r
 651         Color currentColor = null;\r
 652         Color currentTextColor = null;\r
 653 \r
 654         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 655         {\r
 656             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 657                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 658                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 659             {\r
 660                 currentColor = Color.gray;\r
 661                 currentTextColor = Color.black;\r
 662             }\r
 663             else\r
 664             {\r
 665                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 666                 currentTextColor = Color.black;\r
 667             }\r
 668 \r
 669             pg.setColor(currentColor);\r
 670             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 671                 av.getCharHeight());\r
 672 \r
 673             pg.setColor(currentTextColor);\r
 674 \r
 675             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 676 \r
 677             if (av.getShowFullId())\r
 678             {\r
 679                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 680             }\r
 681 \r
 682             pg.drawString(string, 0,\r
 683                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 684                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 685         }\r
 686 \r
 687         // draw main sequence panel\r
 688         pg.translate(idWidth, 0);\r
 689         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 690             startRes, startSeq, 0);\r
 691 \r
 692         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 693         {\r
 694             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 695             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 696             pg.translate(idWidth, 0);\r
 697             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 698                 1);\r
 699         }\r
 700 \r
 701         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 702     }\r
 703 \r
 704     /**\r
 705      * DOCUMENT ME!\r
 706      *\r
 707      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 708      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 709      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 710      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 711      *\r
 712      * @return DOCUMENT ME!\r
 713      *\r
 714      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 715      */\r
 716     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 717         int pi) throws PrinterException\r
 718     {\r
 719         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 720 \r
 721         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 722                 idWidth);\r
 723         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 724                 1) * av.charHeight;\r
 725 \r
 726         pg.setColor(Color.white);\r
 727         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 728         pg.setFont(av.getFont());\r
 729 \r
 730         ////////////////\r
 731         // Draw the ids\r
 732         pg.setColor(Color.black);\r
 733 \r
 734         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 735 \r
 736         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 737 \r
 738         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 739 \r
 740         do\r
 741         {\r
 742             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 743             {\r
 744                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 745                 String string = s.getName();\r
 746 \r
 747                 if (av.getShowFullId())\r
 748                 {\r
 749                     string = s.getDisplayId();\r
 750                 }\r
 751 \r
 752                 pg.drawString(string, 0,\r
 753                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 754                     (av.charHeight / 5));\r
 755             }\r
 756 \r
 757             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 758         }\r
 759         while (ypos < totalHeight);\r
 760 \r
 761         pg.translate(idWidth, 0);\r
 762 \r
 763         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 764 \r
 765         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 766         {\r
 767             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 768         }\r
 769         else\r
 770         {\r
 771             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 772         }\r
 773     }\r
 774 \r
 775     /**\r
 776      * DOCUMENT ME!\r
 777      */\r
 778     public void makeEPS(File epsFile)\r
 779     {\r
 780         if(epsFile == null)\r
 781         {\r
 782           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 783               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 784                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 785                                  {"eps"},\r
 786                                  new String[]\r
 787                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 788                                  "Encapsulated Postscript");\r
 789           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 790           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 791           chooser.setToolTipText("Save");\r
 792 \r
 793           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 794 \r
 795           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 796           {\r
 797             return;\r
 798           }\r
 799 \r
 800           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 801 \r
 802           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 803                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 804         }\r
 805 \r
 806         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 807         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 808 \r
 809         if (av.getWrapAlignment())\r
 810         {\r
 811           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 812               av.chunkHeight;\r
 813           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 814 \r
 815         }\r
 816 \r
 817 \r
 818         if (av.getShowAnnotation())\r
 819         {\r
 820             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 821         }\r
 822 \r
 823         try\r
 824          {\r
 825             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 826             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 827                     height);\r
 828 \r
 829             if (av.getWrapAlignment())\r
 830             {\r
 831                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 832             }\r
 833             else\r
 834             {\r
 835                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 836             }\r
 837 \r
 838             pg.flush();\r
 839             pg.close();\r
 840         }\r
 841         catch (Exception ex)\r
 842         {\r
 843             ex.printStackTrace();\r
 844         }\r
 845     }\r
 846 \r
 847 \r
 848     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 849     {\r
 850       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 851       //////////////////////////////////////////////\r
 852       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 853       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 854       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 855 \r
 856         // Gen image map\r
 857          //////////////////////////////////\r
 858          if(imgMapFile!=null)\r
 859          {\r
 860            try\r
 861            {\r
 862              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 863              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 864              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 865                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 866                        +"<map name=\"Map\">");\r
 867 \r
 868              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 869              {\r
 870                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 871                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 872                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 873                {\r
 874                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 875                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 876                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 877                  {\r
 878                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 879                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 880                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 881                    if (obj == null)\r
 882                      continue;\r
 883 \r
 884                    String triplet = obj.toString();\r
 885 \r
 886                    out.println(\r
 887                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 888                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 889                        + sy + ","\r
 890                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 891                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 892                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 893                        + alIndex + " " + triplet +\r
 894                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 895                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 896                        + " href=\"#\">");\r
 897                  }\r
 898                }\r
 899              }\r
 900 \r
 901              out.println("</map></body></html>");\r
 902              out.close();\r
 903 \r
 904            }\r
 905            catch (Exception ex)\r
 906            {\r
 907              ex.printStackTrace();\r
 908            }\r
 909          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 910 \r
 911     }\r
 912 \r
 913     /**\r
 914      * DOCUMENT ME!\r
 915      */\r
 916     public void makePNG(File pngFile)\r
 917     {\r
 918       if(pngFile==null)\r
 919       {\r
 920         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 921             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 922                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 923                                {"png"},\r
 924                                new String[]\r
 925                                {"Portable network graphics"},\r
 926                                "Portable network graphics");\r
 927         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 928         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 929         chooser.setToolTipText("Save");\r
 930 \r
 931         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 932 \r
 933         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 934         {\r
 935           return;\r
 936         }\r
 937 \r
 938         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 939 \r
 940         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 941                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 942       }\r
 943 \r
 944 \r
 945 \r
 946       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 947       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 948 \r
 949       if (av.getWrapAlignment())\r
 950       {\r
 951         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 952             av.chunkHeight;\r
 953         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 954 \r
 955       }\r
 956 \r
 957 \r
 958         if (av.getShowAnnotation())\r
 959         {\r
 960             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 961         }\r
 962 \r
 963         try\r
 964         {\r
 965 \r
 966             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 967 \r
 968             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 969                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 970             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 971 \r
 972             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 973                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 974 \r
 975             if (av.getWrapAlignment())\r
 976             {\r
 977                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 978             }\r
 979             else\r
 980             {\r
 981                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 982             }\r
 983 \r
 984             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 985             out.close();\r
 986         }\r
 987         catch(OutOfMemoryError err)\r
 988         {\r
 989           System.out.println("########################\n"\r
 990                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 991                              +"########################");\r
 992         }\r
 993         catch (Exception ex)\r
 994         {\r
 995             ex.printStackTrace();\r
 996         }\r
 997     }\r
 998 }\r
 999 \r
1000 \r
1001 /**\r
1002  * DOCUMENT ME!\r
1003  *\r
1004  * @author $author$\r
1005  * @version $Revision$\r
1006  */\r
1007 class Preview extends JFrame\r
1008 {\r
1009     /**\r
1010      * Creates a new Preview object.\r
1011      *\r
1012      * @param image DOCUMENT ME!\r
1013      */\r
1014     public Preview(Image image)\r
1015     {\r
1016         setResizable(true);\r
1017         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1018         setVisible(true);\r
1019         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1020         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1021         validate();\r
1022         repaint();\r
1023     }\r
1024 }\r
1025 \r
1026 \r
1027 /**\r
1028  * DOCUMENT ME!\r
1029  *\r
1030  * @author $author$\r
1031  * @version $Revision$\r
1032  */\r
1033 class PreviewPanel extends JPanel\r
1034 {\r
1035     Image image;\r
1036 \r
1037     /**\r
1038      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1039      *\r
1040      * @param image DOCUMENT ME!\r
1041      */\r
1042     public PreviewPanel(Image image)\r
1043     {\r
1044         this.image = image;\r
1045     }\r
1046 \r
1047     /**\r
1048      * DOCUMENT ME!\r
1049      *\r
1050      * @param g DOCUMENT ME!\r
1051      */\r
1052     public void paintComponent(Graphics g)\r
1053     {\r
1054         if (image != null)\r
1055         {\r
1056             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1057         }\r
1058         else\r
1059         {\r
1060             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1061         }\r
1062     }\r
1063 }\r