src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SearchResults;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  32 import jalview.math.AlignmentDimension;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Container;
  40 import java.awt.Dimension;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  45 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  46 import java.awt.print.PageFormat;
  47 import java.awt.print.Printable;
  48 import java.awt.print.PrinterException;
  49 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  50 import java.beans.PropertyChangeListener;
  51 import java.io.File;
  52 import java.io.FileWriter;
  53 import java.io.PrintWriter;
  54
  55 import javax.swing.SwingUtilities;
  56
  57 /**
  58  * DOCUMENT ME!
  59  *
  60  * @author $author$
  61  * @version $Revision: 1.161 $
  62  */
  63 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  64         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel
  65 {
  66   public AlignViewport av;
  67
  68   OverviewPanel overviewPanel;
  69
  70   private SeqPanel seqPanel;
  71
  72   private IdPanel idPanel;
  73
  74   private boolean headless;
  75   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  76
  77   /** DOCUMENT ME!! */
  78   public AlignFrame alignFrame;
  79
  80   private ScalePanel scalePanel;
  81
  82   private AnnotationPanel annotationPanel;
  83
  84   private AnnotationLabels alabels;
  85
  86   // this value is set false when selection area being dragged
  87   boolean fastPaint = true;
  88
  89   int hextent = 0;
  90
  91   int vextent = 0;
  92
  93   /**
  94    * Creates a new AlignmentPanel object.
  95    *
  96    * @param af
  97    *          DOCUMENT ME!
  98    * @param av
  99    *          DOCUMENT ME!
 100    */
 101   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 102   {
 103     alignFrame = af;
 104     this.av = av;
 105     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 106     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 107
 108     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 109
 110     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 111     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 112     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 113
 114     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 115     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 116
 117     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 118     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 119
 120     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 121     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 122
 123     setScrollValues(0, 0);
 124
 125     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 126
 127     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 128     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 129
 130     final AlignmentPanel ap = this;
 131     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()
 132     {
 133       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 134       {
 135         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 136         {
 137           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 138           alignmentChanged();
 139         }
 140       }
 141     });
 142     fontChanged();
 143     adjustAnnotationHeight();
 144
 145   }
 146
 147   public void alignmentChanged()
 148   {
 149     av.alignmentChanged(this);
 150
 151     alignFrame.updateEditMenuBar();
 152
 153     paintAlignment(true);
 154
 155   }
 156
 157   /**
 158    * DOCUMENT ME!
 159    */
 160   public void fontChanged()
 161   {
 162     // set idCanvas bufferedImage to null
 163     // to prevent drawing old image
 164     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 165
 166     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.getCharHeight()
 167             + fm.getDescent()));
 168     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av
 169             .getCharHeight()
 170             + fm.getDescent()));
 171
 172     getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 173     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 174     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 175
 176     Dimension d = calculateIdWidth();
 177     d.setSize(d.width + 4, d.height);
 178     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 179     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 180
 181     if (overviewPanel != null)
 182     {
 183       overviewPanel.setBoxPosition();
 184     }
 185
 186     repaint();
 187   }
 188
 189   /**
 190    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 191    * and any bounds on label width set in preferences.
 192    *
 193    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 194    *         that should be used.
 195    */
 196   public Dimension calculateIdWidth()
 197   {
 198     // calculate sensible default width when no preference is available
 199
 200     int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 201     int maxwidth = Math.max(20,
 202             Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3));
 203     return calculateIdWidth(maxwidth);
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 208    * and any bounds on label width set in preferences.
 209    *
 210    * @param maxwidth
 211    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 212    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 213    *         that should be used.
 214    */
 215   public Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 216   {
 217     Container c = new Container();
 218
 219     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(new Font(av.font.getName(),
 220             Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 221
 222     AlignmentI al = av.getAlignment();
 223     int i = 0;
 224     int idWidth = 0;
 225     String id;
 226
 227     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 228     {
 229       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 230
 231       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 232
 233       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 234       {
 235         idWidth = fm.stringWidth(id);
 236       }
 237
 238       i++;
 239     }
 240
 241     // Also check annotation label widths
 242     i = 0;
 243
 244     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 245     {
 246       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 247
 248       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 249       {
 250         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 251
 252         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 253         {
 254           idWidth = fm.stringWidth(label);
 255         }
 256
 257         i++;
 258       }
 259     }
 260
 261     return new Dimension(maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth,
 262             idWidth), 12);
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Highlight the given results on the alignment.
 267    *
 268    */
 269   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 270   {
 271     scrollToPosition(results);
 272     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 273   }
 274
 275   /**
 276    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 277    * (if any) and redraw the overview
 278    *
 279    * @param results
 280    */
 281   public boolean scrollToPosition(SearchResults results)
 282   {
 283     return scrollToPosition(results, true);
 284   }
 285
 286   /**
 287    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 288    * (if any)
 289    *
 290    * @param results
 291    * @param redrawOverview
 292    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 293    * @return false if results were not found
 294    */
 295   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 296           boolean redrawOverview)
 297   {
 298     int startv, endv, starts, ends, width;
 299     // TODO: properly locate search results in view when large numbers of hidden
 300     // columns exist before highlighted region
 301     // do we need to scroll the panel?
 302     // TODO: tons of nullpointereexceptions raised here.
 303     if (results != null && results.getSize() > 0 && av != null
 304             && av.getAlignment() != null)
 305     {
 306       int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 307       if (seqIndex == -1)
 308       {
 309         return false;
 310       }
 311       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 312
 313       int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 314       if (r == null)
 315       {
 316         return false;
 317       }
 318       int start = r[0];
 319       int end = r[1];
 320       // System.err.println("Seq : "+seqIndex+" Scroll to "+start+","+end); //
 321       // DEBUG
 322       if (start < 0)
 323       {
 324         return false;
 325       }
 326       if (end == seq.getEnd())
 327       {
 328         return false;
 329       }
 330       if (av.hasHiddenColumns())
 331       {
 332         start = av.getColumnSelection().findColumnPosition(start);
 333         end = av.getColumnSelection().findColumnPosition(end);
 334         if (start == end)
 335         {
 336           if (!av.getColumnSelection().isVisible(r[0]))
 337           {
 338             // don't scroll - position isn't visible
 339             return false;
 340           }
 341         }
 342       }
 343       if (!av.getWrapAlignment())
 344       {
 345         if ((startv = av.getStartRes()) >= start)
 346         {
 347           setScrollValues(start - 1, seqIndex);
 348         }
 349         else if ((endv = av.getEndRes()) <= end)
 350         {
 351           setScrollValues(startv + 1 + end - endv, seqIndex);
 352         }
 353         else if ((starts = av.getStartSeq()) > seqIndex)
 354         {
 355           setScrollValues(av.getStartRes(), seqIndex);
 356         }
 357         else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex)
 358         {
 359           setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 360         }
 361       }
 362       else
 363       {
 364         scrollToWrappedVisible(start);
 365       }
 366     }
 367     if (redrawOverview && overviewPanel != null)
 368     {
 369       overviewPanel.setBoxPosition();
 370     }
 371     paintAlignment(redrawOverview);
 372     return true;
 373   }
 374
 375   void scrollToWrappedVisible(int res)
 376   {
 377     int cwidth = getSeqPanel().seqCanvas
 378             .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 379     if (res < av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 380     {
 381       vscroll.setValue((res / cwidth));
 382       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 383     }
 384
 385   }
 386
 387   /**
 388    * DOCUMENT ME!
 389    *
 390    * @return DOCUMENT ME!
 391    */
 392   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 393   {
 394     return overviewPanel;
 395   }
 396
 397   /**
 398    * DOCUMENT ME!
 399    *
 400    * @param op
 401    *          DOCUMENT ME!
 402    */
 403   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 404   {
 405     overviewPanel = op;
 406   }
 407
 408   /**
 409    *
 410    * @param b
 411    *          Hide or show annotation panel
 412    *
 413    */
 414   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 415   {
 416     if (!av.getWrapAlignment())
 417     {
 418       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 419       annotationScroller.setVisible(b);
 420     }
 421     repaint();
 422   }
 423
 424   /**
 425    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 426    * ensuring the alignment is still visible.
 427    */
 428   public void adjustAnnotationHeight()
 429   {
 430     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 431     // this is called after loading new annotation onto alignment
 432     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 433     {
 434       System.out.println("NEEDS FIXING");
 435     }
 436     validateAnnotationDimensions(true);
 437     addNotify();
 438     paintAlignment(true);
 439   }
 440
 441   /**
 442    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 443    * need to do repaints/notifys afterwards.
 444    */
 445   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 446   {
 447     int height = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 448
 449     int theight = av.getCharHeight()
 450             * (av.getAlignment().getHeight() + (!av.hasHiddenRows() ? 0
 451                     : av.getAlignment().getHiddenSequences().getSize()));
 452     float sscaling = (float) (theight / (1.0 * theight + height));
 453     float ascaling = (float) (height * 1.0 / alignFrame.getHeight());
 454     int rheight = alignFrame.getHeight() - height - av.getCharHeight();
 455     if (adjustPanelHeight)
 456     {
 457       // NOTE: this logic is different in the applet. Need a better algorithm to
 458       // define behaviour
 459       // try and set height according to alignment
 460       if (ascaling > 0 && sscaling < 0.5)
 461       {
 462         // if the alignment is too big then
 463         // default is 0.5 split
 464         height = alignFrame.getHeight() / 2;
 465       }
 466       else
 467       {
 468         // if space for more than one sequence row left when annotation is fully
 469         // displayed then set height to annotation height
 470         // otherwise, leave at least two lines of sequence shown.
 471         height = (rheight > av.getCharHeight()) ? height
 472                 : (-av.getCharHeight() * 3 + (int) (alignFrame.getHeight() * (1 - sscaling)));
 473       }
 474     }
 475     else
 476     {
 477       // maintain same window layout whilst updating sliders
 478       height = annotationScroller.getSize().height;
 479     }
 480     hscroll.addNotify();
 481
 482     annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(annotationScroller
 483             .getWidth(), height));
 484
 485     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 486             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), height));
 487     annotationScroller.validate();// repaint();
 488     annotationScroller.addNotify();
 489   }
 490
 491   /**
 492    * DOCUMENT ME!
 493    *
 494    * @param wrap
 495    *          DOCUMENT ME!
 496    */
 497   public void setWrapAlignment(boolean wrap)
 498   {
 499     av.startSeq = 0;
 500     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 501     hscroll.setVisible(!wrap);
 502     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 503
 504     if (wrap)
 505     {
 506       annotationScroller.setVisible(false);
 507       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 508     }
 509     else if (av.isShowAnnotation())
 510     {
 511       annotationScroller.setVisible(true);
 512       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 513     }
 514
 515     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 516
 517     repaint();
 518   }
 519
 520   // return value is true if the scroll is valid
 521   public boolean scrollUp(boolean up)
 522   {
 523     if (up)
 524     {
 525       if (vscroll.getValue() < 1)
 526       {
 527         return false;
 528       }
 529
 530       fastPaint = false;
 531       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);
 532     }
 533     else
 534     {
 535       if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())
 536       {
 537         return false;
 538       }
 539
 540       fastPaint = false;
 541       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);
 542     }
 543
 544     fastPaint = true;
 545
 546     return true;
 547   }
 548
 549   /**
 550    * DOCUMENT ME!
 551    *
 552    * @param right
 553    *          DOCUMENT ME!
 554    *
 555    * @return DOCUMENT ME!
 556    */
 557   public boolean scrollRight(boolean right)
 558   {
 559     if (!right)
 560     {
 561       if (hscroll.getValue() < 1)
 562       {
 563         return false;
 564       }
 565
 566       fastPaint = false;
 567       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);
 568     }
 569     else
 570     {
 571       if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())
 572       {
 573         return false;
 574       }
 575
 576       fastPaint = false;
 577       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);
 578     }
 579
 580     fastPaint = true;
 581
 582     return true;
 583   }
 584
 585   /**
 586    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 587    *
 588    * @param x
 589    *          visible column to scroll to DOCUMENT ME!
 590    * @param y
 591    *          visible row to scroll to
 592    *
 593    */
 594   public void setScrollValues(int x, int y)
 595   {
 596     // System.err.println("Scroll to "+x+","+y);
 597     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 598     {
 599       return;
 600     }
 601     int width = av.getAlignment().getWidth();
 602     int height = av.getAlignment().getHeight();
 603
 604     if (av.hasHiddenColumns())
 605     {
 606       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 607     }
 608
 609     av.setEndRes((x + (getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av
 610             .getCharWidth())) - 1);
 611
 612     hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 613     vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 614
 615     if (hextent > width)
 616     {
 617       hextent = width;
 618     }
 619
 620     if (vextent > height)
 621     {
 622       vextent = height;
 623     }
 624
 625     if ((hextent + x) > width)
 626     {
 627       x = width - hextent;
 628     }
 629
 630     if ((vextent + y) > height)
 631     {
 632       y = height - vextent;
 633     }
 634
 635     if (y < 0)
 636     {
 637       y = 0;
 638     }
 639
 640     if (x < 0)
 641     {
 642       x = 0;
 643     }
 644
 645     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 646     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 647   }
 648
 649   /**
 650    * DOCUMENT ME!
 651    *
 652    * @param evt
 653    *          DOCUMENT ME!
 654    */
 655   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 656   {
 657
 658     int oldX = av.getStartRes();
 659     int oldY = av.getStartSeq();
 660
 661     if (evt.getSource() == hscroll)
 662     {
 663       int x = hscroll.getValue();
 664       av.setStartRes(x);
 665       av.setEndRes((x + (getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);
 666     }
 667
 668     if (evt.getSource() == vscroll)
 669     {
 670       int offy = vscroll.getValue();
 671
 672       if (av.getWrapAlignment())
 673       {
 674         if (offy > -1)
 675         {
 676           int rowSize = getSeqPanel().seqCanvas
 677                   .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 678           av.setStartRes(offy * rowSize);
 679           av.setEndRes((offy + 1) * rowSize);
 680         }
 681         else
 682         {
 683           // This is only called if file loaded is a jar file that
 684           // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 685           // as preference setting
 686           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 687           {
 688             public void run()
 689             {
 690               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 691             }
 692           });
 693         }
 694       }
 695       else
 696       {
 697         av.setStartSeq(offy);
 698         av.setEndSeq(offy
 699                 + (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));
 700       }
 701     }
 702
 703     if (overviewPanel != null)
 704     {
 705       overviewPanel.setBoxPosition();
 706     }
 707
 708     int scrollX = av.startRes - oldX;
 709     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 710
 711     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)
 712     {
 713       repaint();
 714     }
 715     else
 716     {
 717       // Make sure we're not trying to draw a panel
 718       // larger than the visible window
 719       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 720       {
 721         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 722       }
 723       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 724       {
 725         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 726       }
 727
 728       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)
 729       {
 730         getIdPanel().getIdCanvas().fastPaint(scrollY);
 731         getSeqPanel().seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 732         getScalePanel().repaint();
 733
 734         if (av.isShowAnnotation() && scrollX != 0)
 735         {
 736           getAnnotationPanel().fastPaint(scrollX);
 737         }
 738       }
 739     }
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Repaint the alignment including the annotations and overview panels (if
 744    * shown).
 745    */
 746   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 747   {
 748     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 749             av.isShowAutocalculatedAbove());
 750     sorter.sort(getAlignment()
 751             .getAlignmentAnnotation(),
 752             av.getSortAnnotationsBy());
 753     repaint();
 754
 755     if (updateOverview)
 756     {
 757       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 758
 759       if (overviewPanel != null)
 760       {
 761         overviewPanel.updateOverviewImage();
 762       }
 763     }
 764   }
 765
 766   /**
 767    * DOCUMENT ME!
 768    *
 769    * @param g
 770    *          DOCUMENT ME!
 771    */
 772   public void paintComponent(Graphics g)
 773   {
 774     invalidate();
 775
 776     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 777     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 778     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 779     validate();
 780
 781     if (av.getWrapAlignment())
 782     {
 783       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 784
 785       if (av.hasHiddenColumns())
 786       {
 787         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 788       }
 789
 790       int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas
 791               .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 792       if (canvasWidth > 0)
 793       {
 794         int max = maxwidth
 795                 / getSeqPanel().seqCanvas
 796                         .getWrappedCanvasWidth(getSeqPanel().seqCanvas
 797                                 .getWidth()) + 1;
 798         vscroll.setMaximum(max);
 799         vscroll.setUnitIncrement(1);
 800         vscroll.setVisibleAmount(1);
 801       }
 802     }
 803     else
 804     {
 805       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 806     }
 807   }
 808
 809   /**
 810    * DOCUMENT ME!
 811    *
 812    * @param pg
 813    *          DOCUMENT ME!
 814    * @param pf
 815    *          DOCUMENT ME!
 816    * @param pi
 817    *          DOCUMENT ME!
 818    *
 819    * @return DOCUMENT ME!
 820    *
 821    * @throws PrinterException
 822    *           DOCUMENT ME!
 823    */
 824   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 825           throws PrinterException
 826   {
 827     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 828
 829     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 830     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 831
 832     if (av.getWrapAlignment())
 833     {
 834       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);
 835     }
 836     else
 837     {
 838       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);
 839     }
 840   }
 841
 842   /**
 843    * DOCUMENT ME!
 844    *
 845    * @param pg
 846    *          DOCUMENT ME!
 847    * @param pwidth
 848    *          DOCUMENT ME!
 849    * @param pheight
 850    *          DOCUMENT ME!
 851    * @param pi
 852    *          DOCUMENT ME!
 853    *
 854    * @return DOCUMENT ME!
 855    *
 856    * @throws PrinterException
 857    *           DOCUMENT ME!
 858    */
 859   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)
 860           throws PrinterException
 861   {
 862     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 863     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 864     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
 865
 866     pg.setColor(Color.white);
 867     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
 868     pg.setFont(av.getFont());
 869
 870     // //////////////////////////////////
 871     // / How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 872     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 873
 874     int totalSeq = (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight() - 1;
 875
 876     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;
 877
 878     // ///////////////////////////
 879     // / Only print these sequences and residues on this page
 880     int startRes;
 881
 882     // ///////////////////////////
 883     // / Only print these sequences and residues on this page
 884     int endRes;
 885
 886     // ///////////////////////////
 887     // / Only print these sequences and residues on this page
 888     int startSeq;
 889
 890     // ///////////////////////////
 891     // / Only print these sequences and residues on this page
 892     int endSeq;
 893     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;
 894     endRes = (startRes + totalRes) - 1;
 895
 896     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))
 897     {
 898       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 899     }
 900
 901     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;
 902     endSeq = startSeq + totalSeq;
 903
 904     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())
 905     {
 906       endSeq = av.getAlignment().getHeight();
 907     }
 908
 909     int pagesHigh = ((av.getAlignment().getHeight() / totalSeq) + 1)
 910             * pheight;
 911
 912     if (av.isShowAnnotation())
 913     {
 914       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
 915     }
 916
 917     pagesHigh /= pheight;
 918
 919     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))
 920     {
 921       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 922     }
 923
 924     // draw Scale
 925     pg.translate(idWidth, 0);
 926     getScalePanel().drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth,
 927             scaleHeight);
 928     pg.translate(-idWidth, scaleHeight);
 929
 930     // //////////////
 931     // Draw the ids
 932     Color currentColor = null;
 933     Color currentTextColor = null;
 934
 935     pg.setFont(getIdPanel().getIdCanvas().getIdfont());
 936
 937     SequenceI seq;
 938     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 939     {
 940       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 941       if ((av.getSelectionGroup() != null)
 942               && av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 943       {
 944         currentColor = Color.gray;
 945         currentTextColor = Color.black;
 946       }
 947       else
 948       {
 949         currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 950         currentTextColor = Color.black;
 951       }
 952
 953       pg.setColor(currentColor);
 954       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.getCharHeight(), idWidth,
 955               av.getCharHeight());
 956
 957       pg.setColor(currentTextColor);
 958
 959       int xPos = 0;
 960       if (av.isRightAlignIds())
 961       {
 962         fm = pg.getFontMetrics();
 963         xPos = idWidth
 964                 - fm.stringWidth(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()))
 965                 - 4;
 966       }
 967
 968       pg.drawString(
 969               seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),
 970               xPos,
 971               (((i - startSeq) * av.getCharHeight()) + av.getCharHeight())
 972                       - (av.getCharHeight() / 5));
 973     }
 974
 975     pg.setFont(av.getFont());
 976
 977     // draw main sequence panel
 978     pg.translate(idWidth, 0);
 979     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 980
 981     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == av.getAlignment().getHeight()))
 982     {
 983       // draw annotation - need to offset for current scroll position
 984       int offset = -getAlabels().getScrollOffset();
 985       pg.translate(0, offset);
 986       pg.translate(-idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight()
 987               + 3);
 988       getAlabels().drawComponent(pg, idWidth);
 989       pg.translate(idWidth + 3, 0);
 990       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
 991               pg, -1, startRes, endRes + 1);
 992       pg.translate(0, -offset);
 993     }
 994
 995     return Printable.PAGE_EXISTS;
 996   }
 997
 998   /**
 999    * DOCUMENT ME!
1000    *
1001    * @param pg
1002    *          DOCUMENT ME!
1003    * @param pwidth
1004    *          DOCUMENT ME!
1005    * @param pheight
1006    *          DOCUMENT ME!
1007    * @param pi
1008    *          DOCUMENT ME!
1009    *
1010    * @return DOCUMENT ME!
1011    *
1012    * @throws PrinterException
1013    *           DOCUMENT ME!
1014    */
1015   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,
1016           int pi) throws PrinterException
1017   {
1018
1019     int annotationHeight = 0;
1020     AnnotationLabels labels = null;
1021     if (av.isShowAnnotation())
1022     {
1023       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1024       labels = new AnnotationLabels(av);
1025     }
1026
1027     int hgap = av.getCharHeight();
1028     if (av.getScaleAboveWrapped())
1029     {
1030       hgap += av.getCharHeight();
1031     }
1032
1033     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1034             + annotationHeight;
1035
1036     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1037
1038     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1039     if (av.hasHiddenColumns())
1040     {
1041       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1042     }
1043
1044     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth
1045             - idWidth);
1046
1047     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1048
1049     pg.setColor(Color.white);
1050     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);
1051     pg.setFont(av.getFont());
1052
1053     // //////////////
1054     // Draw the ids
1055     pg.setColor(Color.black);
1056
1057     pg.translate(0, -pi * pheight);
1058
1059     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);
1060
1061     int ypos = hgap;
1062
1063     do
1064     {
1065       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
1066       {
1067         pg.setFont(getIdPanel().getIdCanvas().getIdfont());
1068         SequenceI s = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1069         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
1070         int xPos = 0;
1071         if (av.isRightAlignIds())
1072         {
1073           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();
1074           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;
1075         }
1076         pg.drawString(string, xPos,
1077                 ((i * av.getCharHeight()) + ypos + av.getCharHeight())
1078                         - (av.getCharHeight() / 5));
1079       }
1080       if (labels != null)
1081       {
1082         pg.translate(-3, ypos
1083  + (av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()));
1084
1085         pg.setFont(av.getFont());
1086         labels.drawComponent(pg, idWidth);
1087         pg.translate(+3, -ypos
1088                         - (av.getAlignment().getHeight() * av
1089                                 .getCharHeight()));
1090       }
1091
1092       ypos += cHeight;
1093     } while (ypos < totalHeight);
1094
1095     pg.translate(idWidth, 0);
1096
1097     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight,
1098             0);
1099
1100     if ((pi * pheight) < totalHeight)
1101     {
1102       return Printable.PAGE_EXISTS;
1103
1104     }
1105     else
1106     {
1107       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1108     }
1109   }
1110
1111   /**
1112    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1113    * displayed using default settings
1114    *
1115    * @return
1116    */
1117   public int getVisibleIdWidth()
1118   {
1119     return getVisibleIdWidth(true);
1120   }
1121
1122   /**
1123    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1124    * displayed using default settings
1125    *
1126    * @param onscreen
1127    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1128    *          be returned
1129    * @return
1130    */
1131   public int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1132   {
1133     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1134     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1135     {
1136       return calculateIdWidth(-1).width + 4;
1137     }
1138     Integer idwidth = null;
1139     if (onscreen
1140             || (idwidth = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH")) == null)
1141     {
1142       return (getIdPanel().getWidth() > 0 ? getIdPanel().getWidth()
1143               : calculateIdWidth().width + 4);
1144     }
1145     return idwidth.intValue() + 4;
1146   }
1147
1148   void makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type, File file)
1149   {
1150     long progress = System.currentTimeMillis();
1151     headless = (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
1152             .getProperty("java.awt.headless").equals("true"));
1153     if (alignFrame != null && !headless)
1154     {
1155       alignFrame.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1156               "status.saving_file",
1157               new String[]
1158               { type.getLabel() }), progress);
1159     }
1160     try
1161     {
1162       AlignmentDimension aDimension = getAlignmentDimension();
1163       try
1164       {
1165         jalview.util.ImageMaker im;
1166         final String imageAction, imageTitle;
1167         if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
1168         {
1169           imageAction = "Create PNG image from alignment";
1170           imageTitle = null;
1171         }
1172         else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
1173         {
1174           imageAction = "Create EPS file from alignment";
1175           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1176         }
1177         else
1178         {
1179           imageAction = "Create SVG file from alignment";
1180           imageTitle = alignFrame.getTitle();
1181         }
1182
1183         im = new jalview.util.ImageMaker(this, type, imageAction,
1184                 aDimension.getWidth(), aDimension.getHeight(), file,
1185                 imageTitle);
1186         if (av.getWrapAlignment())
1187         {
1188           if (im.getGraphics() != null)
1189           {
1190             printWrappedAlignment(im.getGraphics(), aDimension.getWidth(),
1191                     aDimension.getHeight(), 0);
1192             im.writeImage();
1193           }
1194         }
1195         else
1196         {
1197           if (im.getGraphics() != null)
1198           {
1199             printUnwrapped(im.getGraphics(), aDimension.getWidth(),
1200                     aDimension.getHeight(), 0);
1201             im.writeImage();
1202           }
1203         }
1204       } catch (OutOfMemoryError err)
1205       {
1206         // Be noisy here.
1207         System.out.println("########################\n" + "OUT OF MEMORY "
1208                 + file + "\n" + "########################");
1209         new OOMWarning("Creating Image for " + file, err);
1210         // System.out.println("Create IMAGE: " + err);
1211       } catch (Exception ex)
1212       {
1213         ex.printStackTrace();
1214       }
1215     } finally
1216     {
1217       if (alignFrame != null && !headless)
1218       {
1219         alignFrame.setProgressBar(MessageManager.getString("status.export_complete"), progress);
1220       }
1221     }
1222   }
1223
1224   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1225   {
1226     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1227     if (av.hasHiddenColumns())
1228     {
1229       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);
1230     }
1231
1232     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1233             + getScalePanel().getHeight();
1234     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1235
1236     if (av.getWrapAlignment())
1237     {
1238       height = getWrappedHeight();
1239       if (headless)
1240       {
1241         // need to obtain default alignment width and then add in any
1242         // additional allowance for id margin
1243         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1244         // offscreen idWith
1245         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1246                 - alignFrame.getInsets().left
1247                 - alignFrame.getInsets().right - getVisibleIdWidth()
1248                 + getVisibleIdWidth(false);
1249       }
1250       else
1251       {
1252         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1253       }
1254
1255     }
1256     else if (av.isShowAnnotation())
1257     {
1258       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1259     }
1260     return new AlignmentDimension(width, height);
1261
1262   }
1263
1264   /**
1265    * DOCUMENT ME!
1266    */
1267   public void makeEPS(File epsFile)
1268   {
1269     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, epsFile);
1270   }
1271
1272   /**
1273    * DOCUMENT ME!
1274    */
1275   public void makePNG(File pngFile)
1276   {
1277     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, pngFile);
1278   }
1279
1280   public void makeSVG(File svgFile)
1281   {
1282     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, svgFile);
1283   }
1284   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1285   {
1286     // /////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS
1287     // ////////////////////////////////////////////
1288     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1289     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1290     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1291
1292     // Gen image map
1293     // ////////////////////////////////
1294     if (imgMapFile != null)
1295     {
1296       try
1297       {
1298         int s, sSize = av.getAlignment().getHeight(), res, alwidth = av
1299                 .getAlignment().getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;
1300         StringBuffer text = new StringBuffer();
1301         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1302         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());
1303         out.println("<img src=\"" + imageName
1304                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1305                 + "<map name=\"Map\">");
1306
1307         for (s = 0; s < sSize; s++)
1308         {
1309           sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1310
1311           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1312           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence()
1313                   .getSequenceFeatures();
1314           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1315           for (res = 0; res < alwidth; res++)
1316           {
1317             text = new StringBuffer();
1318             Object obj = null;
1319             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1320             {
1321               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)
1322                       + "");
1323             }
1324             else
1325             {
1326               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(seq.getCharAt(res)
1327                       + "");
1328             }
1329
1330             if (obj == null)
1331             {
1332               continue;
1333             }
1334
1335             String triplet = obj.toString();
1336             int alIndex = seq.findPosition(res);
1337             gSize = groups.length;
1338             for (g = 0; g < gSize; g++)
1339             {
1340               if (text.length() < 1)
1341               {
1342                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1343                         + (idWidth + res * av.getCharWidth()) + "," + sy
1344                         + "," + (idWidth + (res + 1) * av.getCharWidth())
1345                         + ","
1346                         + (av.getCharHeight() + sy) + "\""
1347                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1348                         + triplet);
1349               }
1350
1351               if (groups[g].getStartRes() < res
1352                       && groups[g].getEndRes() > res)
1353               {
1354                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");
1355               }
1356             }
1357
1358             if (features != null)
1359             {
1360               if (text.length() < 1)
1361               {
1362                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""
1363                         + (idWidth + res * av.getCharWidth()) + "," + sy
1364                         + "," + (idWidth + (res + 1) * av.getCharWidth())
1365                         + ","
1366                         + (av.getCharHeight() + sy) + "\""
1367                         + " onMouseOver=\"toolTip('" + alIndex + " "
1368                         + triplet);
1369               }
1370               fSize = features.length;
1371               for (f = 0; f < fSize; f++)
1372               {
1373
1374                 if ((features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res))
1375                         && (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))
1376                 {
1377                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))
1378                   {
1379                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)
1380                             || features[f].getEnd() == seq
1381                                     .findPosition(res))
1382                     {
1383                       text.append("<br>disulfide bond "
1384                               + features[f].getBegin() + ":"
1385                               + features[f].getEnd());
1386                     }
1387                   }
1388                   else
1389                   {
1390                     text.append("<br>");
1391                     text.append(features[f].getType());
1392                     if (features[f].getDescription() != null
1393                             && !features[f].getType().equals(
1394                                     features[f].getDescription()))
1395                     {
1396                       text.append(" " + features[f].getDescription());
1397                     }
1398
1399                     if (features[f].getValue("status") != null)
1400                     {
1401                       text.append(" (" + features[f].getValue("status")
1402                               + ")");
1403                     }
1404                   }
1405                 }
1406
1407               }
1408             }
1409             if (text.length() > 1)
1410             {
1411               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1412               out.println(text.toString());
1413             }
1414           }
1415         }
1416         out.println("</map></body></html>");
1417         out.close();
1418
1419       } catch (Exception ex)
1420       {
1421         ex.printStackTrace();
1422       }
1423     } // /////////END OF IMAGE MAP
1424
1425   }
1426
1427   int getWrappedHeight()
1428   {
1429     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1430
1431     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1432             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1433     {
1434       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1435               - vscroll.getPreferredSize().width
1436               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1437     }
1438
1439     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1440             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1441
1442     int hgap = av.getCharHeight();
1443     if (av.getScaleAboveWrapped())
1444     {
1445       hgap += av.getCharHeight();
1446     }
1447
1448     int annotationHeight = 0;
1449     if (av.isShowAnnotation())
1450     {
1451       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1452     }
1453
1454     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1455             + annotationHeight;
1456
1457     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1458     if (av.hasHiddenColumns())
1459     {
1460       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
1461     }
1462
1463     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1464
1465     return height;
1466   }
1467
1468   /**
1469    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1470    * alignment data.
1471    */
1472   public void closePanel()
1473   {
1474     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1475     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1476     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1477     if (av != null)
1478     {
1479       jalview.structure.StructureSelectionManager ssm = av
1480               .getStructureSelectionManager();
1481       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1482       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1483       av.setAlignment(null);
1484       av = null;
1485     }
1486     else
1487     {
1488       if (Cache.log.isDebugEnabled())
1489       {
1490         Cache.log.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1491       }
1492     }
1493   }
1494
1495   /**
1496    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1497    */
1498   public void updateAnnotation()
1499   {
1500     updateAnnotation(false, false);
1501   }
1502
1503   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1504   {
1505     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1506   }
1507
1508   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1509           boolean preserveNewGroupSettings)
1510   {
1511     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1512             preserveNewGroupSettings);
1513     adjustAnnotationHeight();
1514   }
1515
1516   @Override
1517   public AlignmentI getAlignment()
1518   {
1519     return av.getAlignment();
1520   }
1521
1522
1523   @Override
1524   public String getViewName()
1525   {
1526     return av.viewName;
1527   }
1528
1529   /**
1530    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1531    *
1532    * @param b
1533    */
1534   public void setSelected(boolean b)
1535   {
1536     try
1537     {
1538       alignFrame.setSelected(b);
1539     } catch (Exception ex)
1540     {
1541     }
1542     ;
1543
1544     if (b)
1545     {
1546       alignFrame.setDisplayedView(this);
1547     }
1548   }
1549
1550   @Override
1551   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1552   {
1553     return av.getStructureSelectionManager();
1554   }
1555
1556   @Override
1557   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1558   {
1559     new OOMWarning(string, error, this);
1560   }
1561
1562   @Override
1563   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1564   {
1565
1566     return new FeatureRenderer(this);
1567   }
1568   @Override
1569   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1570   {
1571     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1572   }
1573   public void updateFeatureRenderer(jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1574   {
1575     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1576   }
1577
1578   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1579   {
1580     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1581     {
1582       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1583     }
1584   }
1585
1586   public ScalePanel getScalePanel()
1587   {
1588     return scalePanel;
1589   }
1590
1591   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1592   {
1593     this.scalePanel = scalePanel;
1594   }
1595
1596   public SeqPanel getSeqPanel()
1597   {
1598     return seqPanel;
1599   }
1600
1601   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1602   {
1603     this.seqPanel = seqPanel;
1604   }
1605
1606   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1607   {
1608     return annotationPanel;
1609   }
1610
1611   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1612   {
1613     this.annotationPanel = annotationPanel;
1614   }
1615
1616   public AnnotationLabels getAlabels()
1617   {
1618     return alabels;
1619   }
1620
1621   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1622   {
1623     this.alabels = alabels;
1624   }
1625
1626   public IdPanel getIdPanel()
1627   {
1628     return idPanel;
1629   }
1630
1631   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1632   {
1633     this.idPanel = idPanel;
1634   }
1635 }