src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  17 {\r
  18 \r
  19   AlignViewport     av;\r
  20   OverviewPanel overviewPanel;\r
  21   SeqPanel   seqPanel;\r
  22   IdPanel    idPanel;\r
  23   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  24   public AlignFrame alignFrame;\r
  25   ScalePanel scalePanel;\r
  26   ScorePanel scorePanel;\r
  27 \r
  28   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  29   {\r
  30     alignFrame = af;\r
  31     this.av         = av;\r
  32     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  33     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  34     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  35     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  36     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  37 \r
  38     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  40     idPanel.addNotify();\r
  41 \r
  42     javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
  43     f.addNotify();\r
  44     FontMetrics fm = f.getGraphics().getFontMetrics(av.font);\r
  45     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
  46 \r
  47     int i   = 0;\r
  48     int idWidth = 0;\r
  49     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
  50     {\r
  51       SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
  52       String str   = s.getDisplayId();\r
  53       if (fm.stringWidth(str) > idWidth)\r
  54         idWidth = fm.stringWidth(str);\r
  55       i++;\r
  56     }\r
  57     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(idWidth, 12));\r
  58 \r
  59     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  60     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  61     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  62     setScrollValues(0,0);\r
  63 \r
  64     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  65     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  66 \r
  67     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  68    {\r
  69      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  70      {\r
  71           RefreshPanels();\r
  72      }\r
  73    });\r
  74 \r
  75 \r
  76   // hscroll.setFocusable(false);\r
  77   // vscroll.setFocusable(false);\r
  78    setFocusable(true);\r
  79 \r
  80    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  81    {\r
  82      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  83      {\r
  84        switch(evt.getKeyCode())\r
  85        {\r
  86          case  27: // escape key\r
  87            av.setSelectionGroup(null);\r
  88            RefreshPanels();\r
  89            break;\r
  90          case KeyEvent.VK_X:\r
  91            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  92            break;\r
  93          case KeyEvent.VK_C:\r
  94            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  95            break;\r
  96          case KeyEvent.VK_V:\r
  97            alignFrame.paste(true);\r
  98            break;\r
  99          case KeyEvent.VK_A:\r
 100            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 101            break;\r
 102         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 103           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 104           break;\r
 105         case KeyEvent.VK_UP:\r
 106           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 107           break;\r
 108         case KeyEvent.VK_F:\r
 109           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 110           break;\r
 111        }\r
 112      }\r
 113    });\r
 114   }\r
 115 \r
 116 \r
 117  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 118  {\r
 119    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 120 \r
 121    // do we need to scroll the panel?\r
 122    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 123                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 124                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 125                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 126        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 127 \r
 128 \r
 129  }\r
 130 \r
 131 \r
 132  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 133  {\r
 134    return overviewPanel;\r
 135  }\r
 136 \r
 137  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 138  {\r
 139    overviewPanel = op;\r
 140  }\r
 141 \r
 142 \r
 143   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 144   {\r
 145     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 146     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 147 \r
 148     RefreshPanels();\r
 149     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 150     RefreshPanels();\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 154   {\r
 155     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 156     RefreshPanels();\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 160   {\r
 161     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 162     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 163     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 164 \r
 165     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 166 \r
 167     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 168     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 169 \r
 170     RefreshPanels();\r
 171 \r
 172   }\r
 173 \r
 174 \r
 175   public void setColourScheme()\r
 176   {\r
 177     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 178 \r
 179     if(av.getConservationSelected())\r
 180     {\r
 181 \r
 182        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 183        Conservation c = new Conservation("All",\r
 184                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 185                             al.getWidth() );\r
 186 \r
 187        c.calculate();\r
 188        c.verdict(false, 100);\r
 189        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 190 \r
 191        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 192 \r
 193     }\r
 194 \r
 195     RefreshPanels();\r
 196   }\r
 197 \r
 198   public void RefreshPanels()\r
 199   {\r
 200               requestFocus();\r
 201               invalidate();\r
 202               idPanelHolder.setPreferredSize(idPanel.idCanvas.getPreferredSize());\r
 203               if(idPanel.idCanvas.getPreferredSize()!=null)\r
 204                 hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(idPanel.idCanvas.getPreferredSize().width, 12));\r
 205               idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 206                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 207               scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 208                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 209               if (av.getWrapAlignment())\r
 210               {\r
 211                 int max = av.alignment.getWidth() /\r
 212                     (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 213 \r
 214                 int h = (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 215                 vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / h;\r
 216                 vscroll.setValues(0, vextent, 0, max);\r
 217               }\r
 218               else\r
 219 \r
 220                 setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 221               av.getConsensus(true);\r
 222               if (overviewPanel != null)\r
 223                 overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 224 \r
 225           validate();\r
 226           repaint();\r
 227   }\r
 228   int hextent = 0;\r
 229   int vextent = 0;\r
 230 \r
 231 \r
 232   // return value is true if the scroll is valid\r
 233   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 234   {\r
 235     if(up)\r
 236     {\r
 237       if(vscroll.getValue()<1)\r
 238         return false;\r
 239       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 240     }\r
 241     else\r
 242     {\r
 243      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 244        return false;\r
 245       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 246     }\r
 247 \r
 248     return true;\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 252   {\r
 253     if(right)\r
 254    {\r
 255      if(hscroll.getValue()<1)\r
 256        return false;\r
 257      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 258    }\r
 259    else\r
 260    {\r
 261     if(hextent+hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 262       return false;\r
 263      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 264    }\r
 265 \r
 266    return true;\r
 267  }\r
 268 \r
 269 \r
 270   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 271   {\r
 272     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 273     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 274 \r
 275     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 276       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 277 \r
 278     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 279       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 280 \r
 281     if(y<0)\r
 282       y = 0;\r
 283 \r
 284     if(x<0)\r
 285       x=0;\r
 286 \r
 287     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 288     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 289 \r
 290 \r
 291     repaint();\r
 292 \r
 293   }\r
 294 \r
 295 \r
 296   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 297   {\r
 298 \r
 299     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 300     {\r
 301       int x = hscroll.getValue();\r
 302       av.setStartRes(x);\r
 303       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 304     }\r
 305 \r
 306     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 307     {\r
 308       int offy = vscroll.getValue();\r
 309       if (av.getWrapAlignment())\r
 310       {\r
 311         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 312       }\r
 313       else\r
 314       {\r
 315         av.setStartSeq(offy);\r
 316         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 317       }\r
 318     }\r
 319 \r
 320 \r
 321     if(overviewPanel!=null)\r
 322       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 323 \r
 324     repaint();\r
 325   }\r
 326 \r
 327   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 328   {\r
 329     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 330 \r
 331     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 332     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 333 \r
 334     if (av.getWrapAlignment())\r
 335       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 336     else\r
 337       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 338   }\r
 339 \r
 340   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 341   {\r
 342 \r
 343     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 344 \r
 345 \r
 346     pg.setColor(Color.white);\r
 347     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 348     pg.setFont( av.getFont() );\r
 349 \r
 350     ////////////////////////////////////\r
 351     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 352     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 353     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 354     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 355     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 356 \r
 357     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 358      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 359 \r
 360     /////////////////////////////\r
 361     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 362     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 363     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 364     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 365     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 366       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 367 \r
 368      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 369      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 370      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 371        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 372 \r
 373 \r
 374     ////////////////\r
 375     //draw Scale\r
 376     pg.translate(idWidth,0);\r
 377     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 378 \r
 379     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 380     ////////////////\r
 381     // Draw the ids\r
 382     Color currentColor=null;\r
 383     Color currentTextColor=null;\r
 384     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 385     {\r
 386       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 387       {\r
 388         currentColor = Color.gray;\r
 389         currentTextColor = Color.black;\r
 390       }\r
 391       else\r
 392       {\r
 393         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 394         currentTextColor = Color.black;\r
 395       }\r
 396 \r
 397       pg.setColor(currentColor);\r
 398       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 399                               idWidth,\r
 400                               av.getCharHeight());\r
 401 \r
 402       pg.setColor(currentTextColor);\r
 403 \r
 404       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 405       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 406                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 407     }\r
 408 \r
 409     // draw main sequence panel\r
 410     pg.translate(idWidth,0);\r
 411     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 412     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 413 \r
 414     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 415   }\r
 416 \r
 417 \r
 418   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 419   {\r
 420 \r
 421     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 422 \r
 423     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 424       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 425 \r
 426 \r
 427     pg.setColor(Color.white);\r
 428     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 429     pg.setFont( av.getFont() );\r
 430 \r
 431     ////////////////////////////////////\r
 432     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 433     AlignmentI da = av.alignment;\r
 434     int endy   = da.getHeight();\r
 435     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 436     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 437 \r
 438     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 439     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 440 \r
 441     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 442      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 443 \r
 444     ////////////////\r
 445     // Draw the ids\r
 446     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 447 \r
 448     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 449     pg.setColor(Color.black);\r
 450     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 451         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 452         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 453     {\r
 454       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 455       {\r
 456         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 457         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 458                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 459                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 460       }\r
 461     }\r
 462 \r
 463     // draw main sequence panel\r
 464     pg.translate(idWidth,0);\r
 465     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 466 \r
 467 \r
 468     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 469 \r
 470   }\r
 471 \r
 472   public void makeJPG(int width, int height)\r
 473   {\r
 474     try\r
 475     {\r
 476 \r
 477       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 478                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 479       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
 480 \r
 481       try\r
 482       {\r
 483         if (av.getWrapAlignment())\r
 484           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 485         else\r
 486           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 487       }\r
 488       catch (Exception ex)\r
 489       {}\r
 490 \r
 491       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 492           "LAST_DIRECTORY"));\r
 493       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 494       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
 495       chooser.setToolTipText("Save");\r
 496 \r
 497       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 498       if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 499       {\r
 500 \r
 501         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 502         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
 503         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
 504         param.setQuality(1.0f, true);\r
 505 \r
 506         jie.encode(bi, param);\r
 507         out.close();\r
 508       }\r
 509 \r
 510     }\r
 511     catch (IOException ex)\r
 512     {\r
 513       System.out.println("ex Writing image ");\r
 514     }\r
 515   }\r
 516 \r
 517 }\r
 518 \r
 519 \r
 520 \r