src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  19   public AlignFrame alignFrame;\r
  20   ScalePanel scalePanel;\r
  21   ScorePanel scorePanel;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  32 \r
  33     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     idPanel.addNotify();\r
  36     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  38     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     setScrollValues(0,0);\r
  40 \r
  41     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  42     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  43 \r
  44     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  45    {\r
  46        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  47      {\r
  48           RefreshPanels();\r
  49      }\r
  50    });\r
  51   }\r
  52 \r
  53  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  54  {\r
  55    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  56 \r
  57    // do we need to scroll the panel?\r
  58    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  59                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  60                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  61                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
  62        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  63 \r
  64 \r
  65  }\r
  66 \r
  67 \r
  68  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  69  {\r
  70    return overviewPanel;\r
  71  }\r
  72 \r
  73  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  74  {\r
  75    overviewPanel = op;\r
  76  }\r
  77 \r
  78 \r
  79   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  80   {\r
  81     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  82     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  83 \r
  84     RefreshPanels();\r
  85     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
  86     RefreshPanels();\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
  90   {\r
  91     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
  92     RefreshPanels();\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  96   {\r
  97       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  98       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  99 \r
 100       hscroll.setVisible(!wrap);\r
 101       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 102       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 103   }\r
 104 \r
 105 \r
 106   public void setColourScheme()\r
 107   {\r
 108     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 109 \r
 110     if(av.getConservationSelected())\r
 111     {\r
 112 \r
 113        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 114        Conservation c = new Conservation("All",\r
 115                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 116                             al.getWidth() );\r
 117 \r
 118        c.calculate();\r
 119        c.verdict(false, 100);\r
 120        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 121 \r
 122        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 123 \r
 124     }\r
 125 \r
 126     RefreshPanels();\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void RefreshPanels()\r
 130   {\r
 131 \r
 132     invalidate();\r
 133     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 134     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 135     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 136     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 137     av.getConsensus(true);\r
 138     if(overviewPanel!=null)\r
 139       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 140 \r
 141     validate();\r
 142     repaint();\r
 143   }\r
 144 \r
 145   int hextent = 0;\r
 146   int vextent = 0;\r
 147 \r
 148   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 149   {\r
 150     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 151     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 152 \r
 153     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 154       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 155 \r
 156     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 157       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 158 \r
 159     if(y<0)\r
 160       y = 0;\r
 161 \r
 162     if(x<0)\r
 163       x=0;\r
 164 \r
 165     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 166     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 167 \r
 168 \r
 169     repaint();\r
 170 \r
 171   }\r
 172 \r
 173 \r
 174   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 175   {\r
 176 \r
 177     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 178     {\r
 179       int x = hscroll.getValue();\r
 180       av.setStartRes(x);\r
 181       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 182     }\r
 183 \r
 184     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 185     {\r
 186         int offy = vscroll.getValue();\r
 187         av.setStartSeq(offy);\r
 188         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 189     }\r
 190 \r
 191 \r
 192     if(overviewPanel!=null)\r
 193       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 194 \r
 195     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 196     repaint();\r
 197   }\r
 198 \r
 199 \r
 200   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 201   {\r
 202 \r
 203     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 204 \r
 205     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 206     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 207     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 208 \r
 209     pg.setColor(Color.white);\r
 210     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 211     pg.setFont( av.getFont() );\r
 212 \r
 213     ////////////////////////////////////\r
 214     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 215     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 216     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 217     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 218     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 219 \r
 220     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 221      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 222 \r
 223     /////////////////////////////\r
 224     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 225     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 226     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 227     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 228     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 229       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 230 \r
 231      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 232      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 233      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 234        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 235 \r
 236 \r
 237     ////////////////\r
 238     //draw Scale\r
 239     pg.translate(idWidth,0);\r
 240     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 241 \r
 242     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 243     ////////////////\r
 244     // Draw the ids\r
 245     Color currentColor=null;\r
 246     Color currentTextColor=null;\r
 247     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 248     {\r
 249       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 250       {\r
 251         currentColor = Color.gray;\r
 252         currentTextColor = Color.black;\r
 253       }\r
 254       else\r
 255       {\r
 256         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 257         currentTextColor = Color.black;\r
 258       }\r
 259 \r
 260       pg.setColor(currentColor);\r
 261       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 262                               idWidth,\r
 263                               av.getCharHeight());\r
 264 \r
 265       pg.setColor(currentTextColor);\r
 266 \r
 267       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 268       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 269                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 270     }\r
 271 \r
 272     // draw main sequence panel\r
 273     pg.translate(idWidth,0);\r
 274     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 275     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 276 \r
 277     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 278   }\r
 279 \r
 280 }\r
 281 \r
 282 \r
 283 \r