src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.awt.image.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.awt.print.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  11 {\r
  12 \r
  13   AlignViewport     av;\r
  14   OverviewPanel overviewPanel;\r
  15   SeqPanel   seqPanel;\r
  16   IdPanel    idPanel;\r
  17   public AlignFrame alignFrame;\r
  18   ScalePanel scalePanel;\r
  19   ScorePanel scorePanel;\r
  20 \r
  21   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  22   {\r
  23     alignFrame = af;\r
  24     this.av         = av;\r
  25     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  26     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  27     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  28     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  29 \r
  30     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  31     idPanel.addNotify();\r
  32     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  33     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     setScrollValues(0,0);\r
  36 \r
  37     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  38     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  39 \r
  40     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  41    {\r
  42        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  43      {\r
  44           RefreshPanels();\r
  45      }\r
  46    });\r
  47   }\r
  48 \r
  49  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  50  {\r
  51    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  52 \r
  53    // do we need to scroll the panel?\r
  54    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  55                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  56                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  57                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
  58        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  59 \r
  60 \r
  61  }\r
  62 \r
  63 \r
  64  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  65  {\r
  66    return overviewPanel;\r
  67  }\r
  68 \r
  69  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  70  {\r
  71    overviewPanel = op;\r
  72  }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  76   {\r
  77     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  78     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  79     RefreshPanels();\r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  83   {\r
  84       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  85       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  86 \r
  87       hscroll.setVisible(!wrap);\r
  88       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
  89       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
  90   }\r
  91 \r
  92 \r
  93   public void setColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs, boolean conservation)\r
  94   {\r
  95     seqPanel.setColourScheme(cs, conservation);\r
  96     if(overviewPanel!=null)\r
  97       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  98   }\r
  99 \r
 100 \r
 101   public void RefreshPanels()\r
 102   {\r
 103     invalidate();\r
 104     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 105     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 106     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 107     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 108     av.getConsensus(true);\r
 109     repaint();\r
 110     validate();\r
 111     if(overviewPanel!=null)\r
 112       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   int hextent = 0;\r
 117   int vextent = 0;\r
 118 \r
 119   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 120   {\r
 121     hextent = (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth());\r
 122     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 123 \r
 124     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 125       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 126 \r
 127     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 128       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 129 \r
 130     if(y<0)\r
 131       y = 0;\r
 132 \r
 133     if(x<0)\r
 134       x=0;\r
 135 \r
 136     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 137     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 138     repaint();\r
 139 \r
 140   }\r
 141 \r
 142 \r
 143   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 144   {\r
 145 \r
 146     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 147     {\r
 148       int x = hscroll.getValue();\r
 149       av.setStartRes(x);\r
 150       av.setEndRes(x + (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1));\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 154     {\r
 155         int offy = vscroll.getValue();\r
 156         av.setStartSeq(offy);\r
 157         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 158     }\r
 159 \r
 160 \r
 161     if(overviewPanel!=null)\r
 162       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 163 \r
 164     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 165     repaint();\r
 166   }\r
 167 \r
 168 \r
 169   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 170   {\r
 171 \r
 172     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 173 \r
 174     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 175     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 176     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 177 \r
 178     //BufferedImage printImage = new BufferedImage(pwidth,pheight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 179    // Graphics pg = printImage.getGraphics();\r
 180     pg.setColor(Color.white);\r
 181     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 182     pg.setFont( av.getFont() );\r
 183 \r
 184     ////////////////////////////////////\r
 185     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 186     int totalRes = (int)((pwidth - idWidth)/av.getCharWidth());\r
 187     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 188     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 189     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 190 \r
 191     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 192      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 193 \r
 194     /////////////////////////////\r
 195     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 196     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 197     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 198     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 199     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 200       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 201 \r
 202      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 203      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 204      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 205        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 206 \r
 207 \r
 208     ////////////////\r
 209     //draw Scale\r
 210     pg.translate(idWidth,0);\r
 211     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 212 \r
 213     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 214     ////////////////\r
 215     // Draw the ids\r
 216     Color currentColor=null;\r
 217     Color currentTextColor=null;\r
 218     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 219     {\r
 220       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 221       {\r
 222         currentColor = Color.gray;\r
 223         currentTextColor = Color.black;\r
 224       }\r
 225       else\r
 226       {\r
 227         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 228         currentTextColor = Color.black;\r
 229       }\r
 230 \r
 231       pg.setColor(currentColor);\r
 232       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 233                               getWidth(),\r
 234                               av.getCharHeight());\r
 235 \r
 236       pg.setColor(currentTextColor);\r
 237 \r
 238       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 239       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 240                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 241     }\r
 242 \r
 243     // draw main sequence panel\r
 244     pg.translate(idWidth,0);\r
 245     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 246 \r
 247     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 248   }\r
 249 }\r
 250 \r