src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 \r
   7 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener\r
   8 {\r
   9 \r
  10   AlignViewport     av;\r
  11   OverviewPanel overviewPanel;\r
  12   SeqPanel   seqPanel;\r
  13   IdPanel    idPanel;\r
  14   public AlignFrame alignFrame;\r
  15   ScalePanel scalePanel;\r
  16   ScorePanel scorePanel;\r
  17 \r
  18   public boolean    groupEdit = false;\r
  19 \r
  20   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  21   {\r
  22     alignFrame = af;\r
  23     this.av         = av;\r
  24     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  25     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  26     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  27     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  28 \r
  29     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  30     idPanel.addNotify();\r
  31     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  32     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  33     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     setScrollValues(0,0);\r
  35 \r
  36     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  37     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  38     selectAll(false);\r
  39 \r
  40     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  41    {\r
  42        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  43      {\r
  44           RefreshPanels();\r
  45      }\r
  46    });\r
  47 \r
  48   }\r
  49 \r
  50   public int countSelected()\r
  51   {\r
  52     return av.getSelection().size();\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void selectAll(boolean flag) {\r
  56     int i = 0;\r
  57     if (flag) {\r
  58       while (i < av.getAlignment().getHeight()) {\r
  59         if (! av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i))) {\r
  60           av.getSelection().addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
  61         }\r
  62         i++;\r
  63       }\r
  64     } else {\r
  65       av.getSelection().clear();\r
  66     }\r
  67   }\r
  68 \r
  69  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  70  {\r
  71    return overviewPanel;\r
  72  }\r
  73 \r
  74  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  75  {\r
  76    overviewPanel = op;\r
  77  }\r
  78 \r
  79 \r
  80   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  81   {\r
  82     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  83     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  84     RefreshPanels();\r
  85   }\r
  86 \r
  87   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  88   {\r
  89 \r
  90       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  91       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  92 \r
  93       hscroll.setVisible(!wrap);\r
  94       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
  95       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99 \r
 100   public void setColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs, boolean conservation)\r
 101   {\r
 102     seqPanel.setColourScheme(cs, conservation);\r
 103     if(overviewPanel!=null)\r
 104       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public void RefreshPanels()\r
 109   {\r
 110     invalidate();\r
 111     validate();\r
 112     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 113     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 114     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 115     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 116     av.getConsensus(true);\r
 117     repaint();\r
 118 \r
 119     if(overviewPanel!=null)\r
 120       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124   int hextent = 0;\r
 125   int vextent = 0;\r
 126 \r
 127   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 128   {\r
 129     hextent = (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth());\r
 130     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 131 \r
 132     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 133       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 134 \r
 135     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 136       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 137 \r
 138     if(y<0)\r
 139       y = 0;\r
 140 \r
 141     if(x<0)\r
 142       x=0;\r
 143 \r
 144     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 145     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 146     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 147     repaint();\r
 148 \r
 149   }\r
 150 \r
 151 \r
 152   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 153   {\r
 154 \r
 155     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 156     {\r
 157       int x = hscroll.getValue();\r
 158       av.setStartRes(x);\r
 159       av.setEndRes(x + (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1));\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 163     {\r
 164         int offy = vscroll.getValue();\r
 165         av.setStartSeq(offy);\r
 166         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 167     }\r
 168 \r
 169 \r
 170     if(overviewPanel!=null)\r
 171       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 172 \r
 173 \r
 174     repaint();\r
 175   }\r
 176 \r
 177 \r
 178 \r
 179 }\r