resized scale panel
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignmentPanel.java
1 package jalview.gui;\r
2 \r
3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
4 import jalview.schemes.*;\r
5 import jalview.analysis.*;\r
6 import jalview.datamodel.*;\r
7 import java.awt.*;\r
8 import java.awt.event.*;\r
9 import java.awt.print.*;\r
10 \r
11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
12 import java.io.*;\r
13 import java.awt.image.*;\r
14 \r
15 \r
16 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
17 {\r
18 \r
19   AlignViewport     av;\r
20   OverviewPanel overviewPanel;\r
21   SeqPanel   seqPanel;\r
22   IdPanel    idPanel;\r
23   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
24   public AlignFrame alignFrame;\r
25   ScalePanel scalePanel;\r
26   ScorePanel scorePanel;\r
27 \r
28   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
29   {\r
30     alignFrame = af;\r
31     this.av         = av;\r
32     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
33     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
34     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
35     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
36     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
37 \r
38     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
40     idPanel.addNotify();\r
41     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
42     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
44     setScrollValues(0,0);\r
45 \r
46     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
47     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
48 \r
49     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
50    {\r
51      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
52      {\r
53           RefreshPanels();\r
54      }\r
55    });\r
56 \r
57 \r
58    hscroll.setFocusable(false);\r
59    vscroll.setFocusable(false);\r
60    setFocusable(true);\r
61 \r
62    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
63    {\r
64      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
65      {\r
66        switch(evt.getKeyCode())\r
67        {\r
68          case  27: // escape key\r
69            av.setRubberbandGroup(null);\r
70            av.getSelection().clear();\r
71            RefreshPanels();\r
72            break;\r
73          case KeyEvent.VK_X:\r
74            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
75            break;\r
76          case KeyEvent.VK_C:\r
77            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
78            break;\r
79          case KeyEvent.VK_V:\r
80            alignFrame.paste(true);\r
81            break;\r
82          case KeyEvent.VK_A:\r
83            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
84            break;\r
85         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
86           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
87           break;\r
88         case KeyEvent.VK_UP:\r
89           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
90           break;\r
91         case KeyEvent.VK_F:\r
92           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
93           break;\r
94        }\r
95      }\r
96    });\r
97   }\r
98 \r
99 \r
100  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
101  {\r
102    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
103 \r
104    // do we need to scroll the panel?\r
105    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
106                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
107                         || av.getStartRes()>results[1]\r
108                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
109        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
110 \r
111 \r
112  }\r
113 \r
114 \r
115  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
116  {\r
117    return overviewPanel;\r
118  }\r
119 \r
120  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
121  {\r
122    overviewPanel = op;\r
123  }\r
124 \r
125 \r
126   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
127   {\r
128     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
129     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
130 \r
131     RefreshPanels();\r
132     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
133     RefreshPanels();\r
134   }\r
135 \r
136   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
137   {\r
138     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
139     RefreshPanels();\r
140   }\r
141 \r
142   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
143   {\r
144     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
145     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
146     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
147 \r
148     hscroll.setVisible(!wrap);\r
149 \r
150     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
151     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
152 \r
153     RefreshPanels();\r
154 \r
155   }\r
156 \r
157 \r
158   public void setColourScheme()\r
159   {\r
160     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
161 \r
162     if(av.getConservationSelected())\r
163     {\r
164 \r
165        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
166        Conservation c = new Conservation("All",\r
167                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
168                             al.getWidth() );\r
169 \r
170        c.calculate();\r
171        c.verdict(false, 100);\r
172        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
173 \r
174        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
175 \r
176     }\r
177 \r
178     RefreshPanels();\r
179   }\r
180 \r
181   public void RefreshPanels()\r
182   {\r
183     requestFocus();\r
184     invalidate();\r
185     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
186     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(500, av.charHeight/2 +12));\r
187     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(500, av.charHeight/2 +12));\r
188     if(av.getWrapAlignment())\r
189     {\r
190       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
191 \r
192       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
193       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
194       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
195     }\r
196     else\r
197 \r
198     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
199     av.getConsensus(true);\r
200     if(overviewPanel!=null)\r
201       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
202 \r
203     validate();\r
204     repaint();\r
205 \r
206   }\r
207 \r
208   int hextent = 0;\r
209   int vextent = 0;\r
210 \r
211   public void setScrollValues(int x, int y)\r
212   {\r
213     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
214     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
215 \r
216     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
217       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
218 \r
219     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
220       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
221 \r
222     if(y<0)\r
223       y = 0;\r
224 \r
225     if(x<0)\r
226       x=0;\r
227 \r
228     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
229     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
230 \r
231 \r
232     repaint();\r
233 \r
234   }\r
235 \r
236 \r
237   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
238   {\r
239 \r
240     if (evt.getSource() == hscroll)\r
241     {\r
242       int x = hscroll.getValue();\r
243       av.setStartRes(x);\r
244       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
245     }\r
246 \r
247     if (evt.getSource() == vscroll)\r
248     {\r
249       int offy = vscroll.getValue();\r
250       if (av.getWrapAlignment())\r
251       {\r
252         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
253       }\r
254       else\r
255       {\r
256         av.setStartSeq(offy);\r
257         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
258       }\r
259     }\r
260 \r
261 \r
262     if(overviewPanel!=null)\r
263       overviewPanel.setBoxPosition();\r
264 \r
265     repaint();\r
266   }\r
267 \r
268   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
269   {\r
270     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
271 \r
272     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
273     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
274 \r
275     if (av.getWrapAlignment())\r
276       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
277     else\r
278       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
279   }\r
280 \r
281   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
282   {\r
283 \r
284     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
285 \r
286 \r
287     pg.setColor(Color.white);\r
288     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
289     pg.setFont( av.getFont() );\r
290 \r
291     ////////////////////////////////////\r
292     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
293     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
294     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
295     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
296     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
297 \r
298     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
299      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
300 \r
301     /////////////////////////////\r
302     /// Only print these sequences and residues on this page\r
303     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
304     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
305     endRes = startRes + totalRes-1;\r
306     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
307       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
308 \r
309      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
310      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
311      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
312        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
313 \r
314 \r
315     ////////////////\r
316     //draw Scale\r
317     pg.translate(idWidth,0);\r
318     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
319 \r
320     pg.translate(-idWidth, 30);\r
321     ////////////////\r
322     // Draw the ids\r
323     Color currentColor=null;\r
324     Color currentTextColor=null;\r
325     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
326     {\r
327       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
328       {\r
329         currentColor = Color.gray;\r
330         currentTextColor = Color.black;\r
331       }\r
332       else\r
333       {\r
334         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
335         currentTextColor = Color.black;\r
336       }\r
337 \r
338       pg.setColor(currentColor);\r
339       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
340                               idWidth,\r
341                               av.getCharHeight());\r
342 \r
343       pg.setColor(currentTextColor);\r
344 \r
345       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
346       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
347                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
348     }\r
349 \r
350     // draw main sequence panel\r
351     pg.translate(idWidth,0);\r
352     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
353     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
354 \r
355     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
356   }\r
357 \r
358 \r
359   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
360   {\r
361 \r
362     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
363 \r
364     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
365       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
366 \r
367 \r
368     pg.setColor(Color.white);\r
369     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
370     pg.setFont( av.getFont() );\r
371 \r
372     ////////////////////////////////////\r
373     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
374     AlignmentI da = av.alignment;\r
375     int endy   = da.getHeight();\r
376     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
377     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
378 \r
379     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
380     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
381 \r
382     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
383      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
384 \r
385     ////////////////\r
386     // Draw the ids\r
387     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
388 \r
389     int row = pi*noChunksOnPage;\r
390     pg.setColor(Color.black);\r
391     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
392         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
393         ypos += chunkHeight, row++ )\r
394     {\r
395       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
396       {\r
397         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
398         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
399                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
400                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
401       }\r
402     }\r
403 \r
404     // draw main sequence panel\r
405     pg.translate(idWidth,0);\r
406     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
407 \r
408 \r
409     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
410 \r
411   }\r
412 \r
413   public void makeJPG(int width, int height)\r
414   {\r
415     try\r
416     {\r
417 \r
418       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
419                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
420       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
421 \r
422       try\r
423       {\r
424         if (av.getWrapAlignment())\r
425           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
426         else\r
427           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
428       }\r
429       catch (Exception ex)\r
430       {}\r
431 \r
432       javax.swing.JFileChooser chooser = new javax.swing.JFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
433           "LAST_DIRECTORY"));\r
434       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
435       chooser.setToolTipText("Save");\r
436 \r
437       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
438       if (value == javax.swing.JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
439       {\r
440 \r
441         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
442         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
443         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
444         param.setQuality(1.0f, true);\r
445 \r
446         jie.encode(bi, param);\r
447         out.close();\r
448       }\r
449 \r
450     }\r
451     catch (IOException ex)\r
452     {\r
453       System.out.println("ex Writing image ");\r
454     }\r
455   }\r
456 \r
457 }\r
458 \r
459 \r
460 \r