src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     public AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 105             {\r
 106                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 107                 {\r
 108                     switch (evt.getKeyCode())\r
 109                     {\r
 110                     case 27: // escape key\r
 111                         av.setSelectionGroup(null);\r
 112                         repaint();\r
 113 \r
 114                         break;\r
 115 \r
 116                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 117                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 118 \r
 119                         break;\r
 120 \r
 121                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 122                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 123 \r
 124                         break;\r
 125 \r
 126                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 127                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 128                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 129                       break;\r
 130 \r
 131                     case KeyEvent.VK_P:\r
 132                       seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 133                       break;\r
 134                     case KeyEvent.VK_L:\r
 135                       seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 136                       break;\r
 137                     }\r
 138                 }\r
 139             });\r
 140     }\r
 141 \r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     public void fontChanged()\r
 147     {\r
 148         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 149         // to prevent drawing old image\r
 150         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 151 \r
 152         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 153                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 154         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156 \r
 157         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 158         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 159         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 160 \r
 161         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 162         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 163         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 164         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 165 \r
 166         if (av.getWrapAlignment())\r
 167         {\r
 168           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 169               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 170           vscroll.setMaximum(max);\r
 171           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 172           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 173         }\r
 174         else\r
 175         {\r
 176           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 177         }\r
 178 \r
 179         if(overviewPanel!=null)\r
 180           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 181 \r
 182         repaint();\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      *\r
 188      * @return DOCUMENT ME!\r
 189      */\r
 190     public Dimension calculateIdWidth()\r
 191     {\r
 192       Container c = new Container();\r
 193 \r
 194         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 195         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 196 \r
 197         int i = 0;\r
 198         int idWidth = 0;\r
 199         String id;\r
 200 \r
 201         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 202         {\r
 203             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 204 \r
 205             if (av.getShowFullId())\r
 206             {\r
 207                 id = s.getDisplayId();\r
 208             }\r
 209             else\r
 210             {\r
 211                 id = s.getName();\r
 212             }\r
 213 \r
 214             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 215             {\r
 216                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 217             }\r
 218 \r
 219             i++;\r
 220         }\r
 221 \r
 222         // Also check annotation label widths\r
 223         i = 0;\r
 224 \r
 225         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 226         {\r
 227             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 228 \r
 229             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 230             {\r
 231                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 232 \r
 233                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 234                 {\r
 235                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 236                 }\r
 237 \r
 238                 i++;\r
 239             }\r
 240         }\r
 241 \r
 242         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 243     }\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * DOCUMENT ME!\r
 247      *\r
 248      * @param results DOCUMENT ME!\r
 249      */\r
 250     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 251     {\r
 252         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 253 \r
 254         // do we need to scroll the panel?\r
 255         if (results != null)\r
 256         {\r
 257             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 258             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 259             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 260 \r
 261             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 262                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 263                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 264             {\r
 265                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 266             }\r
 267         }\r
 268     }\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * DOCUMENT ME!\r
 272      *\r
 273      * @return DOCUMENT ME!\r
 274      */\r
 275     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 276     {\r
 277         return overviewPanel;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * DOCUMENT ME!\r
 282      *\r
 283      * @param op DOCUMENT ME!\r
 284      */\r
 285     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 286     {\r
 287         overviewPanel = op;\r
 288     }\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * DOCUMENT ME!\r
 292      *\r
 293      * @param b DOCUMENT ME!\r
 294      */\r
 295     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 296     {\r
 297       if (!av.wrapAlignment)\r
 298       {\r
 299         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 300         annotationScroller.setVisible(b);\r
 301       }\r
 302       repaint();\r
 303     }\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * DOCUMENT ME!\r
 307      *\r
 308      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 309      */\r
 310     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 311     {\r
 312         av.startSeq = 0;\r
 313         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 314         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 315         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 316 \r
 317        if(wrap)\r
 318        {\r
 319          annotationScroller.setVisible(false);\r
 320          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 321        }\r
 322        else if(av.showAnnotation)\r
 323        {\r
 324          annotationScroller.setVisible(true);\r
 325          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 326        }\r
 327 \r
 328        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 329 \r
 330         repaint();\r
 331     }\r
 332 \r
 333 \r
 334     // return value is true if the scroll is valid\r
 335     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 336     {\r
 337         if (up)\r
 338         {\r
 339             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 340             {\r
 341                 return false;\r
 342             }\r
 343 \r
 344             fastPaint = false;\r
 345             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 350             {\r
 351                 return false;\r
 352             }\r
 353 \r
 354             fastPaint = false;\r
 355             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 356         }\r
 357 \r
 358         fastPaint = true;\r
 359 \r
 360         return true;\r
 361     }\r
 362 \r
 363     /**\r
 364      * DOCUMENT ME!\r
 365      *\r
 366      * @param right DOCUMENT ME!\r
 367      *\r
 368      * @return DOCUMENT ME!\r
 369      */\r
 370     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 371     {\r
 372         if (right)\r
 373         {\r
 374             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 375             {\r
 376                 return false;\r
 377             }\r
 378 \r
 379             fastPaint = false;\r
 380             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 381         }\r
 382         else\r
 383         {\r
 384             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 385             {\r
 386                 return false;\r
 387             }\r
 388 \r
 389             fastPaint = false;\r
 390             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 391         }\r
 392 \r
 393         fastPaint = true;\r
 394 \r
 395         return true;\r
 396     }\r
 397 \r
 398     /**\r
 399      * DOCUMENT ME!\r
 400      *\r
 401      * @param x DOCUMENT ME!\r
 402      * @param y DOCUMENT ME!\r
 403      */\r
 404     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 405     {\r
 406         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 407             1);\r
 408 \r
 409         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 410         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 411 \r
 412         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 413         {\r
 414             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 415         }\r
 416 \r
 417         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 418         {\r
 419             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 420         }\r
 421 \r
 422         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 423         {\r
 424             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 425         }\r
 426 \r
 427         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 428         {\r
 429             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 430         }\r
 431 \r
 432         if (y < 0)\r
 433         {\r
 434             y = 0;\r
 435         }\r
 436 \r
 437         if (x < 0)\r
 438         {\r
 439             x = 0;\r
 440         }\r
 441 \r
 442         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 443         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 444     }\r
 445 \r
 446 \r
 447     /**\r
 448      * DOCUMENT ME!\r
 449      *\r
 450      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 451      */\r
 452     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 453     {\r
 454 \r
 455         int oldX = av.getStartRes();\r
 456         int oldY = av.getStartSeq();\r
 457 \r
 458         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 459         {\r
 460             int x = hscroll.getValue();\r
 461             av.setStartRes(x);\r
 462             av.setEndRes((x +\r
 463                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 464         }\r
 465 \r
 466         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 467         {\r
 468             int offy = vscroll.getValue();\r
 469 \r
 470             if (av.getWrapAlignment())\r
 471             {\r
 472                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 473                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 474                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 475             }\r
 476             else\r
 477             {\r
 478                 av.setStartSeq(offy);\r
 479                 av.setEndSeq(offy +\r
 480                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 481             }\r
 482         }\r
 483 \r
 484         if (overviewPanel != null)\r
 485         {\r
 486             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 487         }\r
 488 \r
 489         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 490         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 491 \r
 492         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 493             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 494              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 495              || av.getWrapAlignment()\r
 496              || !fastPaint)\r
 497         {\r
 498           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 499           repaint();\r
 500         }\r
 501         else\r
 502         {\r
 503             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 504             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 505 \r
 506             scalePanel.repaint();\r
 507 \r
 508             if (av.getShowAnnotation())\r
 509             {\r
 510                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 511             }\r
 512         }\r
 513     }\r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * DOCUMENT ME!\r
 517      *\r
 518      * @param g DOCUMENT ME!\r
 519      */\r
 520     public void paintComponent(Graphics g)\r
 521     {\r
 522         invalidate();\r
 523 \r
 524         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 525         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 526         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 527         validate();\r
 528 \r
 529         if (av.getWrapAlignment())\r
 530         {\r
 531             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 532             vscroll.setMaximum(max);\r
 533             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 534             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 535         }\r
 536         else\r
 537         {\r
 538             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 539         }\r
 540     }\r
 541 \r
 542     /**\r
 543      * DOCUMENT ME!\r
 544      *\r
 545      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 546      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 547      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 548      *\r
 549      * @return DOCUMENT ME!\r
 550      *\r
 551      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 552      */\r
 553     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 554         throws PrinterException\r
 555     {\r
 556         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 557 \r
 558         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 559         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 560 \r
 561         if (av.getWrapAlignment())\r
 562         {\r
 563             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 564         }\r
 565         else\r
 566         {\r
 567             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 568         }\r
 569     }\r
 570 \r
 571     /**\r
 572      * DOCUMENT ME!\r
 573      *\r
 574      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 575      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 576      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 577      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 578      *\r
 579      * @return DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 582      */\r
 583     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 584         throws PrinterException\r
 585     {\r
 586         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 587         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 588         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 589 \r
 590         pg.setColor(Color.white);\r
 591         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 592         pg.setFont(av.getFont());\r
 593 \r
 594         ////////////////////////////////////\r
 595         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 596         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 597 \r
 598         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 599             1;\r
 600 \r
 601         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 602 \r
 603         /////////////////////////////\r
 604         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 605         int startRes;\r
 606 \r
 607         /////////////////////////////\r
 608         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 609         int endRes;\r
 610 \r
 611         /////////////////////////////\r
 612         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 613         int startSeq;\r
 614 \r
 615         /////////////////////////////\r
 616         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 617         int endSeq;\r
 618         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 619         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 620 \r
 621         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 622         {\r
 623             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 624         }\r
 625 \r
 626         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 627         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 628 \r
 629         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 630         {\r
 631             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 632         }\r
 633 \r
 634         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 635 \r
 636         if (av.showAnnotation)\r
 637         {\r
 638             pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 639         }\r
 640 \r
 641         pagesHigh /= pheight;\r
 642 \r
 643         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 644         {\r
 645             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 646         }\r
 647 \r
 648         //draw Scale\r
 649         pg.translate(idWidth, 0);\r
 650         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 651         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 652 \r
 653         ////////////////\r
 654         // Draw the ids\r
 655         Color currentColor = null;\r
 656         Color currentTextColor = null;\r
 657 \r
 658         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 659         {\r
 660             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 661                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 662                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 663             {\r
 664                 currentColor = Color.gray;\r
 665                 currentTextColor = Color.black;\r
 666             }\r
 667             else\r
 668             {\r
 669                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 670                 currentTextColor = Color.black;\r
 671             }\r
 672 \r
 673             pg.setColor(currentColor);\r
 674             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 675                 av.getCharHeight());\r
 676 \r
 677             pg.setColor(currentTextColor);\r
 678 \r
 679             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 680 \r
 681             if (av.getShowFullId())\r
 682             {\r
 683                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 684             }\r
 685 \r
 686             pg.drawString(string, 0,\r
 687                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 688                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 689         }\r
 690 \r
 691         // draw main sequence panel\r
 692         pg.translate(idWidth, 0);\r
 693         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 694             startRes, startSeq, 0);\r
 695 \r
 696         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 697         {\r
 698             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight +3);\r
 699             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg, idWidth);\r
 700             pg.translate(idWidth, 0);\r
 701             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 702                 1);\r
 703         }\r
 704 \r
 705         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     /**\r
 709      * DOCUMENT ME!\r
 710      *\r
 711      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 712      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 713      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 714      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 715      *\r
 716      * @return DOCUMENT ME!\r
 717      *\r
 718      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 719      */\r
 720     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 721         int pi) throws PrinterException\r
 722     {\r
 723 \r
 724       int annotationHeight = 0;\r
 725       AnnotationLabels labels = null;\r
 726       if (av.showAnnotation)\r
 727       {\r
 728         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 729         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 730       }\r
 731 \r
 732       int hgap = av.charHeight;\r
 733       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 734         hgap += av.charHeight;\r
 735 \r
 736       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 737           + hgap\r
 738           + annotationHeight;\r
 739 \r
 740 \r
 741       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 742 \r
 743         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 744                 idWidth);\r
 745 \r
 746         int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth +1);\r
 747 \r
 748         pg.setColor(Color.white);\r
 749         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 750         pg.setFont(av.getFont());\r
 751 \r
 752 \r
 753         ////////////////\r
 754         // Draw the ids\r
 755         pg.setColor(Color.black);\r
 756 \r
 757         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 758 \r
 759         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 760 \r
 761         int ypos = hgap;\r
 762         Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 763                              av.getFont().getSize());\r
 764         pg.setFont(italic);\r
 765 \r
 766 \r
 767         do\r
 768         {\r
 769           for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 770           {\r
 771             SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 772             String string = s.getName();\r
 773 \r
 774             if (av.getShowFullId())\r
 775             {\r
 776               string = s.getDisplayId();\r
 777             }\r
 778 \r
 779             pg.drawString(string, 0,\r
 780                           ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 781                           (av.charHeight / 5));\r
 782           }\r
 783             if (labels != null)\r
 784             {\r
 785               pg.translate(0,\r
 786                            ypos +\r
 787                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 788 \r
 789               pg.setFont(av.getFont());\r
 790               labels.drawComponent( pg, idWidth );\r
 791               pg.setFont(italic);\r
 792               pg.translate(0,\r
 793                            -ypos -\r
 794                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 795             }\r
 796 \r
 797             ypos += cHeight;\r
 798         }\r
 799         while (ypos < totalHeight);\r
 800 \r
 801         pg.translate(idWidth, 0);\r
 802 \r
 803         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 804 \r
 805         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 806         {\r
 807             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 808 \r
 809         }\r
 810      else\r
 811         {\r
 812             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 813         }\r
 814     }\r
 815 \r
 816     /**\r
 817      * DOCUMENT ME!\r
 818      */\r
 819     public void makeEPS(File epsFile)\r
 820     {\r
 821       boolean accurateText = true;\r
 822 \r
 823       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 824           "Prompt each time");\r
 825 \r
 826       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 827       // Prompt for EPS rendering style\r
 828       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 829           && !\r
 830           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 831            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 832       {\r
 833         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 834         renderStyle = eps.getValue();\r
 835 \r
 836         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
 837           return;\r
 838 \r
 839         renderStyle = eps.getValue();\r
 840       }\r
 841 \r
 842       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 843       {\r
 844         accurateText = false;\r
 845       }\r
 846 \r
 847 \r
 848         if(epsFile == null)\r
 849         {\r
 850           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 851               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 852                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 853                                  {"eps"},\r
 854                                  new String[]\r
 855                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 856                                  "Encapsulated Postscript");\r
 857           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 858           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 859           chooser.setToolTipText("Save");\r
 860 \r
 861           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 862 \r
 863           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 864           {\r
 865             return;\r
 866           }\r
 867 \r
 868           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 869 \r
 870           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 871                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 872         }\r
 873 \r
 874 \r
 875         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 876         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 877 \r
 878 \r
 879         if (av.getWrapAlignment())\r
 880         {\r
 881           height = getWrappedHeight();\r
 882           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 883         }\r
 884         else if (av.getShowAnnotation())\r
 885         {\r
 886           height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 887         }\r
 888 \r
 889 \r
 890         try\r
 891          {\r
 892            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 893            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 894                                                 height);\r
 895 \r
 896            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 897 \r
 898            if (av.getWrapAlignment())\r
 899            {\r
 900                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 901             }\r
 902             else\r
 903             {\r
 904                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 905             }\r
 906 \r
 907             pg.flush();\r
 908             pg.close();\r
 909           }\r
 910           catch (OutOfMemoryError err)\r
 911           {\r
 912             System.out.println("########################\n"\r
 913                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
 914                                + "########################");\r
 915 \r
 916             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 917                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
 918                                                   +\r
 919                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 920                                                   , "Out of memory",\r
 921                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 922             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
 923             System.gc();\r
 924           }\r
 925         catch (Exception ex)\r
 926         {\r
 927             ex.printStackTrace();\r
 928         }\r
 929     }\r
 930 \r
 931 \r
 932     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 933     {\r
 934       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 935       //////////////////////////////////////////////\r
 936       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 937       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 938       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 939 \r
 940         // Gen image map\r
 941          //////////////////////////////////\r
 942          if(imgMapFile!=null)\r
 943          {\r
 944            try\r
 945            {\r
 946              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 947              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 948              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 949                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 950                        +"<map name=\"Map\">");\r
 951 \r
 952              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 953              {\r
 954                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 955                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 956                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 957                {\r
 958                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 959                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 960                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 961                  {\r
 962                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 963                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 964                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 965                    if (obj == null)\r
 966                      continue;\r
 967 \r
 968                    String triplet = obj.toString();\r
 969 \r
 970                    out.println(\r
 971                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 972                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 973                        + sy + ","\r
 974                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 975                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 976                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 977                        + alIndex + " " + triplet +\r
 978                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 979                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 980                        + " href=\"#\">");\r
 981                  }\r
 982                }\r
 983              }\r
 984 \r
 985              out.println("</map></body></html>");\r
 986              out.close();\r
 987 \r
 988            }\r
 989            catch (Exception ex)\r
 990            {\r
 991              ex.printStackTrace();\r
 992            }\r
 993          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 994 \r
 995     }\r
 996 \r
 997     int getWrappedHeight()\r
 998     {\r
 999 \r
1000       int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1001         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1002 \r
1003       int hgap = av.charHeight;\r
1004       if (av.scaleAboveWrapped)\r
1005         hgap += av.charHeight;\r
1006 \r
1007       int annotationHeight = 0;\r
1008       if (av.showAnnotation)\r
1009       {\r
1010         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1011       }\r
1012 \r
1013       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1014           + hgap\r
1015           + annotationHeight;\r
1016 \r
1017 \r
1018       int height =  ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1019 \r
1020       return height;\r
1021     }\r
1022 \r
1023     /**\r
1024      * DOCUMENT ME!\r
1025      */\r
1026     public void makePNG(File pngFile)\r
1027     {\r
1028       if(pngFile==null)\r
1029       {\r
1030         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
1031             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
1032                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
1033                                {"png"},\r
1034                                new String[]\r
1035                                {"Portable network graphics"},\r
1036                                "Portable network graphics");\r
1037         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1038         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
1039         chooser.setToolTipText("Save");\r
1040 \r
1041         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1042 \r
1043         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1044         {\r
1045           return;\r
1046         }\r
1047 \r
1048         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
1049 \r
1050         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
1051                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
1052       }\r
1053 \r
1054 \r
1055 \r
1056       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1057       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
1058 \r
1059       if (av.getWrapAlignment())\r
1060       {\r
1061         height = getWrappedHeight();\r
1062         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1063       }\r
1064       else if (av.getShowAnnotation())\r
1065         {\r
1066             height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
1067         }\r
1068 \r
1069         try\r
1070         {\r
1071 \r
1072             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1073 \r
1074             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1075                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1076             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1077 \r
1078             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1079                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1080 \r
1081             if (av.getWrapAlignment())\r
1082             {\r
1083                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1084             }\r
1085             else\r
1086             {\r
1087                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1088             }\r
1089 \r
1090             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1091             out.close();\r
1092         }\r
1093         catch (OutOfMemoryError err)\r
1094         {\r
1095           System.out.println("########################\n"\r
1096                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1097                              + "########################");\r
1098 \r
1099           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1100                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1101                                                 +\r
1102                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1103                                                 , "Out of memory",\r
1104                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1105           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1106           System.gc();\r
1107 \r
1108         }\r
1109         catch (Exception ex)\r
1110         {\r
1111             ex.printStackTrace();\r
1112         }\r
1113     }\r
1114 }\r
1115 \r
1116 \r
1117 /**\r
1118  * DOCUMENT ME!\r
1119  *\r
1120  * @author $author$\r
1121  * @version $Revision$\r
1122  */\r
1123 class Preview extends JFrame\r
1124 {\r
1125     /**\r
1126      * Creates a new Preview object.\r
1127      *\r
1128      * @param image DOCUMENT ME!\r
1129      */\r
1130     public Preview(Image image)\r
1131     {\r
1132         setResizable(true);\r
1133         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1134         setVisible(true);\r
1135         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1136         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1137         validate();\r
1138         repaint();\r
1139     }\r
1140 }\r
1141 \r
1142 \r
1143 /**\r
1144  * DOCUMENT ME!\r
1145  *\r
1146  * @author $author$\r
1147  * @version $Revision$\r
1148  */\r
1149 class PreviewPanel extends JPanel\r
1150 {\r
1151     Image image;\r
1152 \r
1153     /**\r
1154      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1155      *\r
1156      * @param image DOCUMENT ME!\r
1157      */\r
1158     public PreviewPanel(Image image)\r
1159     {\r
1160         this.image = image;\r
1161     }\r
1162 \r
1163     /**\r
1164      * DOCUMENT ME!\r
1165      *\r
1166      * @param g DOCUMENT ME!\r
1167      */\r
1168     public void paintComponent(Graphics g)\r
1169     {\r
1170         if (image != null)\r
1171         {\r
1172             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1173         }\r
1174         else\r
1175         {\r
1176             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1177         }\r
1178     }\r
1179 }\r