src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  17 {\r
  18 \r
  19   AlignViewport     av;\r
  20   OverviewPanel overviewPanel;\r
  21   SeqPanel   seqPanel;\r
  22   IdPanel    idPanel;\r
  23   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  24   public AlignFrame alignFrame;\r
  25   ScalePanel scalePanel;\r
  26   ScorePanel scorePanel;\r
  27 \r
  28   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  29   {\r
  30     alignFrame = af;\r
  31     this.av         = av;\r
  32     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  33     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  34     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  35     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  36     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  37 \r
  38     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  40     idPanel.addNotify();\r
  41     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  42     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     setScrollValues(0,0);\r
  45 \r
  46     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  47     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  48 \r
  49     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  50    {\r
  51      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  52      {\r
  53           RefreshPanels();\r
  54      }\r
  55    });\r
  56 \r
  57 \r
  58   // hscroll.setFocusable(false);\r
  59   // vscroll.setFocusable(false);\r
  60    setFocusable(true);\r
  61 \r
  62    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  63    {\r
  64      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  65      {\r
  66        switch(evt.getKeyCode())\r
  67        {\r
  68          case  27: // escape key\r
  69            av.setSelectionGroup(null);\r
  70            RefreshPanels();\r
  71            break;\r
  72          case KeyEvent.VK_X:\r
  73            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  74            break;\r
  75          case KeyEvent.VK_C:\r
  76            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  77            break;\r
  78          case KeyEvent.VK_V:\r
  79            alignFrame.paste(true);\r
  80            break;\r
  81          case KeyEvent.VK_A:\r
  82            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  83            break;\r
  84         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  85           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  86           break;\r
  87         case KeyEvent.VK_UP:\r
  88           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  89           break;\r
  90         case KeyEvent.VK_F:\r
  91           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  92           break;\r
  93        }\r
  94      }\r
  95    });\r
  96   }\r
  97 \r
  98 \r
  99  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 100  {\r
 101    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 102 \r
 103    // do we need to scroll the panel?\r
 104    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 105                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 106                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 107                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 108        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 109 \r
 110 \r
 111  }\r
 112 \r
 113 \r
 114  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 115  {\r
 116    return overviewPanel;\r
 117  }\r
 118 \r
 119  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 120  {\r
 121    overviewPanel = op;\r
 122  }\r
 123 \r
 124 \r
 125   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 126   {\r
 127     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 128     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 129 \r
 130     RefreshPanels();\r
 131     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 132     RefreshPanels();\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 136   {\r
 137     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 138     RefreshPanels();\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 142   {\r
 143     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 144     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 145     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 146 \r
 147     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 148 \r
 149     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 150     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 151 \r
 152     RefreshPanels();\r
 153 \r
 154   }\r
 155 \r
 156 \r
 157   public void setColourScheme()\r
 158   {\r
 159     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 160 \r
 161     if(av.getConservationSelected())\r
 162     {\r
 163 \r
 164        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 165        Conservation c = new Conservation("All",\r
 166                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 167                             al.getWidth() );\r
 168 \r
 169        c.calculate();\r
 170        c.verdict(false, 100);\r
 171        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 172 \r
 173        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 174 \r
 175     }\r
 176 \r
 177     RefreshPanels();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void RefreshPanels()\r
 181   {\r
 182     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 183           {\r
 184             public void run()\r
 185             {\r
 186 \r
 187               requestFocus();\r
 188               invalidate();\r
 189               idPanelHolder.setPreferredSize(idPanel.idCanvas.getPreferredSize());\r
 190               hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(idPanel.idCanvas.\r
 191                   getPreferredSize().width, 12));\r
 192               idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 193                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 194               scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 195                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 196               if (av.getWrapAlignment())\r
 197               {\r
 198                 int max = av.alignment.getWidth() /\r
 199                     (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 200 \r
 201                 int h = (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 202                 vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / h;\r
 203                 vscroll.setValues(0, vextent, 0, max);\r
 204               }\r
 205               else\r
 206 \r
 207                 setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 208               av.getConsensus(true);\r
 209               if (overviewPanel != null)\r
 210                 overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 211 \r
 212             }\r
 213           });\r
 214 \r
 215           validate();\r
 216           repaint();\r
 217   }\r
 218   int hextent = 0;\r
 219   int vextent = 0;\r
 220 \r
 221 \r
 222   // return value is true if the scroll is valid\r
 223   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 224   {\r
 225     if(up)\r
 226     {\r
 227       if(vscroll.getValue()<1)\r
 228         return false;\r
 229       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 230     }\r
 231     else\r
 232     {\r
 233      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 234        return false;\r
 235       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 236     }\r
 237 \r
 238     return true;\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 242   {\r
 243     if(right)\r
 244    {\r
 245      if(hscroll.getValue()<1)\r
 246        return false;\r
 247      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 248    }\r
 249    else\r
 250    {\r
 251     if(hextent+hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 252       return false;\r
 253      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 254    }\r
 255 \r
 256    return true;\r
 257  }\r
 258 \r
 259 \r
 260   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 261   {\r
 262     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 263     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 264 \r
 265     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 266       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 267 \r
 268     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 269       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 270 \r
 271     if(y<0)\r
 272       y = 0;\r
 273 \r
 274     if(x<0)\r
 275       x=0;\r
 276 \r
 277     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 278     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 279 \r
 280 \r
 281     repaint();\r
 282 \r
 283   }\r
 284 \r
 285 \r
 286   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 287   {\r
 288 \r
 289     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 290     {\r
 291       int x = hscroll.getValue();\r
 292       av.setStartRes(x);\r
 293       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 294     }\r
 295 \r
 296     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 297     {\r
 298       int offy = vscroll.getValue();\r
 299       if (av.getWrapAlignment())\r
 300       {\r
 301         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 302       }\r
 303       else\r
 304       {\r
 305         av.setStartSeq(offy);\r
 306         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 307       }\r
 308     }\r
 309 \r
 310 \r
 311     if(overviewPanel!=null)\r
 312       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 313 \r
 314     repaint();\r
 315   }\r
 316 \r
 317   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 318   {\r
 319     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 320 \r
 321     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 322     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 323 \r
 324     if (av.getWrapAlignment())\r
 325       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 326     else\r
 327       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 328   }\r
 329 \r
 330   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 331   {\r
 332 \r
 333     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 334 \r
 335 \r
 336     pg.setColor(Color.white);\r
 337     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 338     pg.setFont( av.getFont() );\r
 339 \r
 340     ////////////////////////////////////\r
 341     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 342     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 343     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 344     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 345     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 346 \r
 347     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 348      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 349 \r
 350     /////////////////////////////\r
 351     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 352     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 353     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 354     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 355     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 356       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 357 \r
 358      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 359      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 360      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 361        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 362 \r
 363 \r
 364     ////////////////\r
 365     //draw Scale\r
 366     pg.translate(idWidth,0);\r
 367     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 368 \r
 369     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 370     ////////////////\r
 371     // Draw the ids\r
 372     Color currentColor=null;\r
 373     Color currentTextColor=null;\r
 374     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 375     {\r
 376       if (av.alignment.findGroup(av.getAlignment().getSequenceAt(i))==null)\r
 377       {\r
 378         currentColor = Color.gray;\r
 379         currentTextColor = Color.black;\r
 380       }\r
 381       else\r
 382       {\r
 383         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 384         currentTextColor = Color.black;\r
 385       }\r
 386 \r
 387       pg.setColor(currentColor);\r
 388       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 389                               idWidth,\r
 390                               av.getCharHeight());\r
 391 \r
 392       pg.setColor(currentTextColor);\r
 393 \r
 394       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 395       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 396                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 397     }\r
 398 \r
 399     // draw main sequence panel\r
 400     pg.translate(idWidth,0);\r
 401     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 402     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 403 \r
 404     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 405   }\r
 406 \r
 407 \r
 408   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 409   {\r
 410 \r
 411     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 412 \r
 413     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 414       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 415 \r
 416 \r
 417     pg.setColor(Color.white);\r
 418     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 419     pg.setFont( av.getFont() );\r
 420 \r
 421     ////////////////////////////////////\r
 422     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 423     AlignmentI da = av.alignment;\r
 424     int endy   = da.getHeight();\r
 425     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 426     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 427 \r
 428     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 429     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 430 \r
 431     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 432      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 433 \r
 434     ////////////////\r
 435     // Draw the ids\r
 436     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 437 \r
 438     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 439     pg.setColor(Color.black);\r
 440     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 441         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 442         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 443     {\r
 444       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 445       {\r
 446         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 447         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 448                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 449                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 450       }\r
 451     }\r
 452 \r
 453     // draw main sequence panel\r
 454     pg.translate(idWidth,0);\r
 455     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 456 \r
 457 \r
 458     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 459 \r
 460   }\r
 461 \r
 462   public void makeJPG(int width, int height)\r
 463   {\r
 464     try\r
 465     {\r
 466 \r
 467       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 468                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 469       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
 470 \r
 471       try\r
 472       {\r
 473         if (av.getWrapAlignment())\r
 474           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 475         else\r
 476           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 477       }\r
 478       catch (Exception ex)\r
 479       {}\r
 480 \r
 481       javax.swing.JFileChooser chooser = new javax.swing.JFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 482           "LAST_DIRECTORY"));\r
 483       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 484       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
 485       chooser.setToolTipText("Save");\r
 486 \r
 487       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 488       if (value == javax.swing.JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 489       {\r
 490 \r
 491         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 492         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
 493         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
 494         param.setQuality(1.0f, true);\r
 495 \r
 496         jie.encode(bi, param);\r
 497         out.close();\r
 498       }\r
 499 \r
 500     }\r
 501     catch (IOException ex)\r
 502     {\r
 503       System.out.println("ex Writing image ");\r
 504     }\r
 505   }\r
 506 \r
 507 }\r
 508 \r
 509 \r
 510 \r