src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  85                                                  getPreferredSize());\r
  86     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  87     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  88     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90     fontChanged();\r
  91 \r
  92     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  93     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  94 \r
  95     setScrollValues(0, 0);\r
  96 \r
  97     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  98     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  99                                                  getPreferredSize());\r
 100     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
 101                                         getPreferredSize());\r
 102     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 103 \r
 104     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 105     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 106 \r
 107     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 108     {\r
 109       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110       {\r
 111         switch (evt.getKeyCode())\r
 112         {\r
 113           case 27: // escape key\r
 114             av.setSelectionGroup(null);\r
 115             repaint();\r
 116 \r
 117             break;\r
 118 \r
 119           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 120             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 121 \r
 122             break;\r
 123 \r
 124           case KeyEvent.VK_UP:\r
 125             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 126 \r
 127             break;\r
 128 \r
 129           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 130           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 131             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 132             break;\r
 133 \r
 134           case KeyEvent.VK_P:\r
 135             seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 136             break;\r
 137           case KeyEvent.VK_L:\r
 138             seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 139             break;\r
 140         }\r
 141       }\r
 142     });\r
 143   }\r
 144 \r
 145   /**\r
 146    * DOCUMENT ME!\r
 147    */\r
 148   public void fontChanged()\r
 149   {\r
 150     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 151     // to prevent drawing old image\r
 152     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 153 \r
 154     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 157         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 158 \r
 159     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 160     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 161     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 162 \r
 163     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 164     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 165     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 166     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 167 \r
 168     if (av.getWrapAlignment())\r
 169     {\r
 170       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 171           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 172       vscroll.setMaximum(max);\r
 173       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 174       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 175     }\r
 176     else\r
 177     {\r
 178       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 179     }\r
 180 \r
 181     if (overviewPanel != null)\r
 182       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 183 \r
 184     repaint();\r
 185   }\r
 186 \r
 187   /**\r
 188    * DOCUMENT ME!\r
 189    *\r
 190    * @return DOCUMENT ME!\r
 191    */\r
 192   public Dimension calculateIdWidth()\r
 193   {\r
 194     Container c = new Container();\r
 195 \r
 196     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 197     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 198 \r
 199     int i = 0;\r
 200     int idWidth = 0;\r
 201     String id;\r
 202 \r
 203     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 204     {\r
 205       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 206 \r
 207       id = s.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 208 \r
 209       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 210       {\r
 211         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 212       }\r
 213 \r
 214       i++;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     // Also check annotation label widths\r
 218     i = 0;\r
 219 \r
 220     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 221     {\r
 222       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 223 \r
 224       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 225       {\r
 226         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 227 \r
 228         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 229         {\r
 230           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 231         }\r
 232 \r
 233         i++;\r
 234       }\r
 235     }\r
 236 \r
 237     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 238   }\r
 239 \r
 240   /**\r
 241    * DOCUMENT ME!\r
 242    *\r
 243    * @param results DOCUMENT ME!\r
 244    */\r
 245   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 246   {\r
 247     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 248 \r
 249     // do we need to scroll the panel?\r
 250     if (results != null)\r
 251     {\r
 252       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 253       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 254       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 255 \r
 256       if ( (av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 257           ( (av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 258            (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 259       {\r
 260         setScrollValues(start, results[0]);\r
 261       }\r
 262     }\r
 263   }\r
 264 \r
 265   /**\r
 266    * DOCUMENT ME!\r
 267    *\r
 268    * @return DOCUMENT ME!\r
 269    */\r
 270   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 271   {\r
 272     return overviewPanel;\r
 273   }\r
 274 \r
 275   /**\r
 276    * DOCUMENT ME!\r
 277    *\r
 278    * @param op DOCUMENT ME!\r
 279    */\r
 280   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 281   {\r
 282     overviewPanel = op;\r
 283   }\r
 284 \r
 285   /**\r
 286    * DOCUMENT ME!\r
 287    *\r
 288    * @param b DOCUMENT ME!\r
 289    */\r
 290   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 291   {\r
 292     if (!av.wrapAlignment)\r
 293     {\r
 294       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 295       annotationScroller.setVisible(b);\r
 296     }\r
 297     repaint();\r
 298   }\r
 299 \r
 300   /**\r
 301    * DOCUMENT ME!\r
 302    *\r
 303    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 304    */\r
 305   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 306   {\r
 307     av.startSeq = 0;\r
 308     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 309     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 310     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 311 \r
 312     if (wrap)\r
 313     {\r
 314       annotationScroller.setVisible(false);\r
 315       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 316     }\r
 317     else if (av.showAnnotation)\r
 318     {\r
 319       annotationScroller.setVisible(true);\r
 320       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 321     }\r
 322 \r
 323     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 324 \r
 325     repaint();\r
 326   }\r
 327 \r
 328   // return value is true if the scroll is valid\r
 329   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 330   {\r
 331     if (up)\r
 332     {\r
 333       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 334       {\r
 335         return false;\r
 336       }\r
 337 \r
 338       fastPaint = false;\r
 339       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 340     }\r
 341     else\r
 342     {\r
 343       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 344       {\r
 345         return false;\r
 346       }\r
 347 \r
 348       fastPaint = false;\r
 349       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 350     }\r
 351 \r
 352     fastPaint = true;\r
 353 \r
 354     return true;\r
 355   }\r
 356 \r
 357   /**\r
 358    * DOCUMENT ME!\r
 359    *\r
 360    * @param right DOCUMENT ME!\r
 361    *\r
 362    * @return DOCUMENT ME!\r
 363    */\r
 364   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 365   {\r
 366     if (right)\r
 367     {\r
 368       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 369       {\r
 370         return false;\r
 371       }\r
 372 \r
 373       fastPaint = false;\r
 374       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 375     }\r
 376     else\r
 377     {\r
 378       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 379       {\r
 380         return false;\r
 381       }\r
 382 \r
 383       fastPaint = false;\r
 384       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 385     }\r
 386 \r
 387     fastPaint = true;\r
 388 \r
 389     return true;\r
 390   }\r
 391 \r
 392   /**\r
 393    * DOCUMENT ME!\r
 394    *\r
 395    * @param x DOCUMENT ME!\r
 396    * @param y DOCUMENT ME!\r
 397    */\r
 398   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 399   {\r
 400     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 401                  1);\r
 402 \r
 403     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 404     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 405 \r
 406     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 407     {\r
 408       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 409     }\r
 410 \r
 411     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 412     {\r
 413       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 414     }\r
 415 \r
 416     if ( (hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 417     {\r
 418       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 419     }\r
 420 \r
 421     if ( (vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 422     {\r
 423       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 424     }\r
 425 \r
 426     if (y < 0)\r
 427     {\r
 428       y = 0;\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if (x < 0)\r
 432     {\r
 433       x = 0;\r
 434     }\r
 435 \r
 436     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 437     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 438   }\r
 439 \r
 440   /**\r
 441    * DOCUMENT ME!\r
 442    *\r
 443    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 444    */\r
 445   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 446   {\r
 447 \r
 448     int oldX = av.getStartRes();\r
 449     int oldY = av.getStartSeq();\r
 450 \r
 451     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 452     {\r
 453       int x = hscroll.getValue();\r
 454       av.setStartRes(x);\r
 455       av.setEndRes( (x +\r
 456                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 457     }\r
 458 \r
 459     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 460     {\r
 461       int offy = vscroll.getValue();\r
 462 \r
 463       if (av.getWrapAlignment())\r
 464       {\r
 465         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 466             seqCanvas.getWidth());\r
 467         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 468         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 469       }\r
 470       else\r
 471       {\r
 472         av.setStartSeq(offy);\r
 473         av.setEndSeq(offy +\r
 474                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 475       }\r
 476     }\r
 477 \r
 478     if (overviewPanel != null)\r
 479     {\r
 480       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 481     }\r
 482 \r
 483     int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 484     int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 485 \r
 486     if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 487         (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 488          || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 489         || av.getWrapAlignment()\r
 490         || !fastPaint)\r
 491     {\r
 492       // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 493       repaint();\r
 494     }\r
 495     else\r
 496     {\r
 497       idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 498       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 499 \r
 500       scalePanel.repaint();\r
 501 \r
 502       if (av.getShowAnnotation())\r
 503       {\r
 504         annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 505       }\r
 506     }\r
 507   }\r
 508 \r
 509   /**\r
 510    * DOCUMENT ME!\r
 511    *\r
 512    * @param g DOCUMENT ME!\r
 513    */\r
 514   public void paintComponent(Graphics g)\r
 515   {\r
 516     invalidate();\r
 517 \r
 518     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 519     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 520     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 521     validate();\r
 522 \r
 523     if (av.getWrapAlignment())\r
 524     {\r
 525       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 526           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 527       vscroll.setMaximum(max);\r
 528       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 529       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 530     }\r
 531     else\r
 532     {\r
 533       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 534     }\r
 535   }\r
 536 \r
 537   /**\r
 538    * DOCUMENT ME!\r
 539    *\r
 540    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 541    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 542    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 543    *\r
 544    * @return DOCUMENT ME!\r
 545    *\r
 546    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 547    */\r
 548   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 549       throws PrinterException\r
 550   {\r
 551     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 552 \r
 553     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 554     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 555 \r
 556     if (av.getWrapAlignment())\r
 557     {\r
 558       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 559     }\r
 560     else\r
 561     {\r
 562       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 563     }\r
 564   }\r
 565 \r
 566   /**\r
 567    * DOCUMENT ME!\r
 568    *\r
 569    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 570    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 571    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 572    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 573    *\r
 574    * @return DOCUMENT ME!\r
 575    *\r
 576    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 577    */\r
 578   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 579       throws PrinterException\r
 580   {\r
 581     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 582     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 583     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 584 \r
 585     pg.setColor(Color.white);\r
 586     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 587     pg.setFont(av.getFont());\r
 588 \r
 589     ////////////////////////////////////\r
 590     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 591     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 592 \r
 593     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 594         1;\r
 595 \r
 596     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 597 \r
 598     /////////////////////////////\r
 599     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 600     int startRes;\r
 601 \r
 602     /////////////////////////////\r
 603     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 604     int endRes;\r
 605 \r
 606     /////////////////////////////\r
 607     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 608     int startSeq;\r
 609 \r
 610     /////////////////////////////\r
 611     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 612     int endSeq;\r
 613     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 614     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 615 \r
 616     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 617     {\r
 618       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 622     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 623 \r
 624     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 625     {\r
 626       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 627     }\r
 628 \r
 629     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 630 \r
 631     if (av.showAnnotation)\r
 632     {\r
 633       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 634     }\r
 635 \r
 636     pagesHigh /= pheight;\r
 637 \r
 638     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 639     {\r
 640       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     //draw Scale\r
 644     pg.translate(idWidth, 0);\r
 645     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 646     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 647 \r
 648     ////////////////\r
 649     // Draw the ids\r
 650     Color currentColor = null;\r
 651     Color currentTextColor = null;\r
 652 \r
 653     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 654     {\r
 655       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 656           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 657               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 658       {\r
 659         currentColor = Color.gray;\r
 660         currentTextColor = Color.black;\r
 661       }\r
 662       else\r
 663       {\r
 664         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 665         currentTextColor = Color.black;\r
 666       }\r
 667 \r
 668       pg.setColor(currentColor);\r
 669       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 670                   av.getCharHeight());\r
 671 \r
 672       pg.setColor(currentTextColor);\r
 673 \r
 674       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 675           (av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 676 \r
 677       pg.drawString(string, 0,\r
 678                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 679                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 680     }\r
 681 \r
 682     // draw main sequence panel\r
 683     pg.translate(idWidth, 0);\r
 684     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 685                                  startRes, startSeq, 0);\r
 686 \r
 687     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 688     {\r
 689       pg.translate( -idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 690       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 691       pg.translate(idWidth, 0);\r
 692       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 693                                     1);\r
 694     }\r
 695 \r
 696     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 697   }\r
 698 \r
 699   /**\r
 700    * DOCUMENT ME!\r
 701    *\r
 702    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 703    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 704    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 705    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 706    *\r
 707    * @return DOCUMENT ME!\r
 708    *\r
 709    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 710    */\r
 711   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 712                                    int pi)\r
 713       throws PrinterException\r
 714   {\r
 715 \r
 716     int annotationHeight = 0;\r
 717     AnnotationLabels labels = null;\r
 718     if (av.showAnnotation)\r
 719     {\r
 720       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 721       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 722     }\r
 723 \r
 724     int hgap = av.charHeight;\r
 725     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 726       hgap += av.charHeight;\r
 727 \r
 728     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 729         + hgap\r
 730         + annotationHeight;\r
 731 \r
 732     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 733 \r
 734     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 735         idWidth);\r
 736 \r
 737     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 738 \r
 739     pg.setColor(Color.white);\r
 740     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 741     pg.setFont(av.getFont());\r
 742 \r
 743     ////////////////\r
 744     // Draw the ids\r
 745     pg.setColor(Color.black);\r
 746 \r
 747     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 748 \r
 749     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 750 \r
 751     int ypos = hgap;\r
 752     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 753                            av.getFont().getSize());\r
 754     pg.setFont(italic);\r
 755 \r
 756     do\r
 757     {\r
 758       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 759       {\r
 760         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 761         String string = s.getDisplayId(av.getShowDBPrefix(), av.getShowJVSuffix());\r
 762 \r
 763         pg.drawString(string, 0,\r
 764                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 765                       (av.charHeight / 5));\r
 766       }\r
 767       if (labels != null)\r
 768       {\r
 769         pg.translate(0,\r
 770                      ypos +\r
 771                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 772 \r
 773         pg.setFont(av.getFont());\r
 774         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 775         pg.setFont(italic);\r
 776         pg.translate(0,\r
 777                      -ypos -\r
 778                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 779       }\r
 780 \r
 781       ypos += cHeight;\r
 782     }\r
 783     while (ypos < totalHeight);\r
 784 \r
 785     pg.translate(idWidth, 0);\r
 786 \r
 787     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 788 \r
 789     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 790     {\r
 791       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 792 \r
 793     }\r
 794     else\r
 795     {\r
 796       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 797     }\r
 798   }\r
 799 \r
 800   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 801   {\r
 802     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 803     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 804 \r
 805     if (av.getWrapAlignment())\r
 806     {\r
 807       height = getWrappedHeight();\r
 808       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 809     }\r
 810     else if (av.getShowAnnotation())\r
 811     {\r
 812       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 813     }\r
 814 \r
 815     jalview.util.ImageMaker im;\r
 816     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 817       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 818                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 819                                         "Create PNG image from alignment",\r
 820                                         width, height, file, null);\r
 821     else\r
 822       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 823                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 824                                        "Create EPS file from alignment",\r
 825                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 826 \r
 827     try\r
 828     {\r
 829       if (av.getWrapAlignment())\r
 830       {\r
 831         if(im.getGraphics()!=null)\r
 832           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 833       }\r
 834       else\r
 835       {\r
 836         if(im.getGraphics()!=null)\r
 837           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 838       }\r
 839 \r
 840       im.writeImage();\r
 841     }\r
 842     catch (OutOfMemoryError err)\r
 843     {\r
 844       System.out.println("########################\n"\r
 845                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 846                          + "########################");\r
 847 \r
 848       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 849                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 850                                             +\r
 851                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 852                                             , "Out of memory",\r
 853                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 854       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 855       System.gc();\r
 856 \r
 857     }\r
 858     catch (Exception ex)\r
 859     {\r
 860       ex.printStackTrace();\r
 861     }\r
 862   }\r
 863   /**\r
 864    * DOCUMENT ME!\r
 865    */\r
 866   public void makeEPS(File epsFile)\r
 867   {\r
 868     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 869   }\r
 870 \r
 871   /**\r
 872    * DOCUMENT ME!\r
 873    */\r
 874   public void makePNG(File pngFile)\r
 875   {\r
 876     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 877   }\r
 878 \r
 879   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 880   {\r
 881     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 882     //////////////////////////////////////////////\r
 883     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 884     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 885     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 886 \r
 887     // Gen image map\r
 888     //////////////////////////////////\r
 889     if (imgMapFile != null)\r
 890     {\r
 891       try\r
 892       {\r
 893         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 894         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 895         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 896                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 897                     + "<map name=\"Map\">");\r
 898 \r
 899         for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 900         {\r
 901           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 902           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 903           for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 904           {\r
 905             int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 906             for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 907                  res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 908             {\r
 909               int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 910               Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 911                   seq.getCharAt(res) + "");\r
 912               if (obj == null)\r
 913                 continue;\r
 914 \r
 915               String triplet = obj.toString();\r
 916 \r
 917               out.println(\r
 918                   "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 919                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 920                   + sy + ","\r
 921                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 922                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 923                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 924                   + alIndex + " " + triplet +\r
 925                   "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 926                   "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 927                   + " href=\"#\">");\r
 928             }\r
 929           }\r
 930         }\r
 931 \r
 932         out.println("</map></body></html>");\r
 933         out.close();\r
 934 \r
 935       }\r
 936       catch (Exception ex)\r
 937       {\r
 938         ex.printStackTrace();\r
 939       }\r
 940     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
 941 \r
 942   }\r
 943 \r
 944   int getWrappedHeight()\r
 945   {\r
 946 \r
 947     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
 948         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 949 \r
 950     int hgap = av.charHeight;\r
 951     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 952       hgap += av.charHeight;\r
 953 \r
 954     int annotationHeight = 0;\r
 955     if (av.showAnnotation)\r
 956     {\r
 957       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 958     }\r
 959 \r
 960     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 961         + hgap\r
 962         + annotationHeight;\r
 963 \r
 964     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
 965 \r
 966     return height;\r
 967   }\r
 968 \r
 969   /**\r
 970    * DOCUMENT ME!\r
 971    *\r
 972    * @author $author$\r
 973    * @version $Revision$\r
 974    */\r
 975   class Preview\r
 976       extends JFrame\r
 977   {\r
 978     /**\r
 979      * Creates a new Preview object.\r
 980      *\r
 981      * @param image DOCUMENT ME!\r
 982      */\r
 983     public Preview(Image image)\r
 984     {\r
 985       setResizable(true);\r
 986       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 987       setVisible(true);\r
 988       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 989       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 990       validate();\r
 991       repaint();\r
 992     }\r
 993   }\r
 994 \r
 995   /**\r
 996    * DOCUMENT ME!\r
 997    *\r
 998    * @author $author$\r
 999    * @version $Revision$\r
1000    */\r
1001   class PreviewPanel\r
1002       extends JPanel\r
1003   {\r
1004     Image image;\r
1005 \r
1006     /**\r
1007      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1008      *\r
1009      * @param image DOCUMENT ME!\r
1010      */\r
1011     public PreviewPanel(Image image)\r
1012     {\r
1013       this.image = image;\r
1014     }\r
1015 \r
1016     /**\r
1017      * DOCUMENT ME!\r
1018      *\r
1019      * @param g DOCUMENT ME!\r
1020      */\r
1021     public void paintComponent(Graphics g)\r
1022     {\r
1023       if (image != null)\r
1024       {\r
1025         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1026       }\r
1027       else\r
1028       {\r
1029         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1030       }\r
1031     }\r
1032   }\r
1033 }\r