src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131                     }\r
 132 \r
 133                 }\r
 134             });\r
 135     }\r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public void fontChanged()\r
 141     {\r
 142         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 143         // to prevent drawing old image\r
 144         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 145 \r
 146         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 147                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 148         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150 \r
 151         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 152         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 153         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 154 \r
 155         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 156         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 157         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 158         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 159 \r
 160         if (av.getWrapAlignment())\r
 161         {\r
 162           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 163               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 164           vscroll.setMaximum(max);\r
 165           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 166           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 167         }\r
 168         else\r
 169         {\r
 170           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 171         }\r
 172 \r
 173         if(overviewPanel!=null)\r
 174           overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 175 \r
 176         repaint();\r
 177     }\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * DOCUMENT ME!\r
 181      *\r
 182      * @return DOCUMENT ME!\r
 183      */\r
 184     public Dimension calculateIdWidth()\r
 185     {\r
 186       Container c = new Container();\r
 187 \r
 188         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 189         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 190 \r
 191         int i = 0;\r
 192         int idWidth = 0;\r
 193         String id;\r
 194 \r
 195         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 196         {\r
 197             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 198 \r
 199             if (av.getShowFullId())\r
 200             {\r
 201                 id = s.getDisplayId();\r
 202             }\r
 203             else\r
 204             {\r
 205                 id = s.getName();\r
 206             }\r
 207 \r
 208             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 209             {\r
 210                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 211             }\r
 212 \r
 213             i++;\r
 214         }\r
 215 \r
 216         // Also check annotation label widths\r
 217         i = 0;\r
 218 \r
 219         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 220         {\r
 221             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 222 \r
 223             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 224             {\r
 225                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 226 \r
 227                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 228                 {\r
 229                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 230                 }\r
 231 \r
 232                 i++;\r
 233             }\r
 234         }\r
 235 \r
 236         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * DOCUMENT ME!\r
 241      *\r
 242      * @param results DOCUMENT ME!\r
 243      */\r
 244     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 245     {\r
 246         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 247 \r
 248         // do we need to scroll the panel?\r
 249         if (results != null)\r
 250         {\r
 251             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 252             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 253             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 254 \r
 255             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 256                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 257                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 258             {\r
 259                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 260             }\r
 261         }\r
 262     }\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * DOCUMENT ME!\r
 266      *\r
 267      * @return DOCUMENT ME!\r
 268      */\r
 269     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 270     {\r
 271         return overviewPanel;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * DOCUMENT ME!\r
 276      *\r
 277      * @param op DOCUMENT ME!\r
 278      */\r
 279     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 280     {\r
 281         overviewPanel = op;\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * DOCUMENT ME!\r
 286      *\r
 287      * @param b DOCUMENT ME!\r
 288      */\r
 289     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 290     {\r
 291         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 292         annotationScroller.setVisible(b);\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * DOCUMENT ME!\r
 297      *\r
 298      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 299      */\r
 300     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 301     {\r
 302         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 303         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 304         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 305 \r
 306         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 307         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 308         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 309         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 310 \r
 311         repaint();\r
 312     }\r
 313 \r
 314 \r
 315     // return value is true if the scroll is valid\r
 316     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 317     {\r
 318         if (up)\r
 319         {\r
 320             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 321             {\r
 322                 return false;\r
 323             }\r
 324 \r
 325             fastPaint = false;\r
 326             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 327         }\r
 328         else\r
 329         {\r
 330             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 331             {\r
 332                 return false;\r
 333             }\r
 334 \r
 335             fastPaint = false;\r
 336             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 337         }\r
 338 \r
 339         fastPaint = true;\r
 340 \r
 341         return true;\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * DOCUMENT ME!\r
 346      *\r
 347      * @param right DOCUMENT ME!\r
 348      *\r
 349      * @return DOCUMENT ME!\r
 350      */\r
 351     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 352     {\r
 353         if (right)\r
 354         {\r
 355             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 356             {\r
 357                 return false;\r
 358             }\r
 359 \r
 360             fastPaint = false;\r
 361             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 362         }\r
 363         else\r
 364         {\r
 365             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 366             {\r
 367                 return false;\r
 368             }\r
 369 \r
 370             fastPaint = false;\r
 371             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 372         }\r
 373 \r
 374         fastPaint = true;\r
 375 \r
 376         return true;\r
 377     }\r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * DOCUMENT ME!\r
 381      *\r
 382      * @param x DOCUMENT ME!\r
 383      * @param y DOCUMENT ME!\r
 384      */\r
 385     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 386     {\r
 387         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 388             1);\r
 389 \r
 390         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 391         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 392 \r
 393         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 394         {\r
 395             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 396         }\r
 397 \r
 398         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 399         {\r
 400             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 401         }\r
 402 \r
 403         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 404         {\r
 405             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 406         }\r
 407 \r
 408         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 409         {\r
 410             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 411         }\r
 412 \r
 413         if (y < 0)\r
 414         {\r
 415             y = 0;\r
 416         }\r
 417 \r
 418         if (x < 0)\r
 419         {\r
 420             x = 0;\r
 421         }\r
 422 \r
 423         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 424         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 425     }\r
 426 \r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * DOCUMENT ME!\r
 430      *\r
 431      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 432      */\r
 433     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 434     {\r
 435         int oldX = av.getStartRes();\r
 436         int oldY = av.getStartSeq();\r
 437 \r
 438         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 439         {\r
 440             int x = hscroll.getValue();\r
 441             av.setStartRes(x);\r
 442             av.setEndRes((x +\r
 443                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 444         }\r
 445 \r
 446         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 447         {\r
 448             int offy = vscroll.getValue();\r
 449 \r
 450             if (av.getWrapAlignment())\r
 451             {\r
 452                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 453                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 454                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 455             }\r
 456             else\r
 457             {\r
 458                 av.setStartSeq(offy);\r
 459                 av.setEndSeq(offy +\r
 460                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 461             }\r
 462         }\r
 463 \r
 464         if (overviewPanel != null)\r
 465         {\r
 466             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 467         }\r
 468 \r
 469         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 470         {\r
 471             repaint();\r
 472         }\r
 473         else\r
 474         {\r
 475             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 476             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 477                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 478 \r
 479             scalePanel.repaint();\r
 480 \r
 481             if (av.getShowAnnotation())\r
 482             {\r
 483                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 484             }\r
 485         }\r
 486     }\r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * DOCUMENT ME!\r
 490      *\r
 491      * @param g DOCUMENT ME!\r
 492      */\r
 493     public void paintComponent(Graphics g)\r
 494     {\r
 495         invalidate();\r
 496 \r
 497         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 498         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 499         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 500         validate();\r
 501 \r
 502         if (av.getWrapAlignment())\r
 503         {\r
 504             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 505             vscroll.setMaximum(max);\r
 506             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 507             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 508         }\r
 509         else\r
 510         {\r
 511             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 512         }\r
 513     }\r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * DOCUMENT ME!\r
 517      *\r
 518      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 519      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 520      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 521      *\r
 522      * @return DOCUMENT ME!\r
 523      *\r
 524      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 525      */\r
 526     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 527         throws PrinterException\r
 528     {\r
 529         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 530 \r
 531         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 532         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 533 \r
 534         if (av.getWrapAlignment())\r
 535         {\r
 536             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 537         }\r
 538         else\r
 539         {\r
 540             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 541         }\r
 542     }\r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * DOCUMENT ME!\r
 546      *\r
 547      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 548      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 549      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 550      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 551      *\r
 552      * @return DOCUMENT ME!\r
 553      *\r
 554      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 555      */\r
 556     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 557         throws PrinterException\r
 558     {\r
 559         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 560         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 561         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 562 \r
 563         pg.setColor(Color.white);\r
 564         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 565         pg.setFont(av.getFont());\r
 566 \r
 567         ////////////////////////////////////\r
 568         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 569         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 570 \r
 571         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 572             1;\r
 573 \r
 574         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 575 \r
 576         /////////////////////////////\r
 577         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 578         int startRes;\r
 579 \r
 580         /////////////////////////////\r
 581         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 582         int endRes;\r
 583 \r
 584         /////////////////////////////\r
 585         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 586         int startSeq;\r
 587 \r
 588         /////////////////////////////\r
 589         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 590         int endSeq;\r
 591         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 592         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 593 \r
 594         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 595         {\r
 596             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 597         }\r
 598 \r
 599         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 600         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 601 \r
 602         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 603         {\r
 604             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 605         }\r
 606 \r
 607         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 608 \r
 609         if (av.showAnnotation)\r
 610         {\r
 611             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 612         }\r
 613 \r
 614         pagesHigh /= pheight;\r
 615 \r
 616         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 617         {\r
 618             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 619         }\r
 620 \r
 621         //draw Scale\r
 622         pg.translate(idWidth, 0);\r
 623         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 624         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 625 \r
 626         ////////////////\r
 627         // Draw the ids\r
 628         Color currentColor = null;\r
 629         Color currentTextColor = null;\r
 630 \r
 631         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 632         {\r
 633             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 634                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 635                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 636             {\r
 637                 currentColor = Color.gray;\r
 638                 currentTextColor = Color.black;\r
 639             }\r
 640             else\r
 641             {\r
 642                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 643                 currentTextColor = Color.black;\r
 644             }\r
 645 \r
 646             pg.setColor(currentColor);\r
 647             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 648                 av.getCharHeight());\r
 649 \r
 650             pg.setColor(currentTextColor);\r
 651 \r
 652             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 653 \r
 654             if (av.getShowFullId())\r
 655             {\r
 656                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 657             }\r
 658 \r
 659             pg.drawString(string, 0,\r
 660                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 661                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 662         }\r
 663 \r
 664         // draw main sequence panel\r
 665         pg.translate(idWidth, 0);\r
 666         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 667             startRes, startSeq, 0);\r
 668 \r
 669         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 670         {\r
 671             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 672             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 673             pg.translate(idWidth, 0);\r
 674             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 675                 1);\r
 676         }\r
 677 \r
 678         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     /**\r
 682      * DOCUMENT ME!\r
 683      *\r
 684      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 685      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 686      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 687      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 688      *\r
 689      * @return DOCUMENT ME!\r
 690      *\r
 691      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 692      */\r
 693     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 694         int pi) throws PrinterException\r
 695     {\r
 696         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 697 \r
 698         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 699                 idWidth);\r
 700         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 701                 1) * av.charHeight;\r
 702 \r
 703         pg.setColor(Color.white);\r
 704         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 705         pg.setFont(av.getFont());\r
 706 \r
 707         ////////////////\r
 708         // Draw the ids\r
 709         pg.setColor(Color.black);\r
 710 \r
 711         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 712 \r
 713         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 714 \r
 715         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 716 \r
 717         do\r
 718         {\r
 719             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 720             {\r
 721                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 722                 String string = s.getName();\r
 723 \r
 724                 if (av.getShowFullId())\r
 725                 {\r
 726                     string = s.getDisplayId();\r
 727                 }\r
 728 \r
 729                 pg.drawString(string, 0,\r
 730                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 731                     (av.charHeight / 5));\r
 732             }\r
 733 \r
 734             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 735         }\r
 736         while (ypos < totalHeight);\r
 737 \r
 738         pg.translate(idWidth, 0);\r
 739 \r
 740         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 741 \r
 742         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 743         {\r
 744             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 745         }\r
 746         else\r
 747         {\r
 748             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 749         }\r
 750     }\r
 751 \r
 752     /**\r
 753      * DOCUMENT ME!\r
 754      */\r
 755     public void makeEPS(File epsFile)\r
 756     {\r
 757         if(epsFile == null)\r
 758         {\r
 759           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 760               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 761                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 762                                  {"eps"},\r
 763                                  new String[]\r
 764                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 765                                  "Encapsulated Postscript");\r
 766           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 767           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 768           chooser.setToolTipText("Save");\r
 769 \r
 770           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 771 \r
 772           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 773           {\r
 774             return;\r
 775           }\r
 776 \r
 777           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 778 \r
 779           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 780                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 781         }\r
 782 \r
 783         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 784         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 785 \r
 786         if (av.getWrapAlignment())\r
 787         {\r
 788           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 789               av.chunkHeight;\r
 790           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 791 \r
 792         }\r
 793 \r
 794 \r
 795         if (av.getShowAnnotation())\r
 796         {\r
 797             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 798         }\r
 799 \r
 800         try\r
 801          {\r
 802             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 803             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 804                     height);\r
 805 \r
 806             if (av.getWrapAlignment())\r
 807             {\r
 808                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 809             }\r
 810             else\r
 811             {\r
 812                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 813             }\r
 814 \r
 815             pg.flush();\r
 816             pg.close();\r
 817         }\r
 818         catch (Exception ex)\r
 819         {\r
 820             ex.printStackTrace();\r
 821         }\r
 822     }\r
 823 \r
 824 \r
 825     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 826     {\r
 827       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 828       //////////////////////////////////////////////\r
 829       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 830       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 831       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 832 \r
 833         // Gen image map\r
 834          //////////////////////////////////\r
 835          if(imgMapFile!=null)\r
 836          {\r
 837            try\r
 838            {\r
 839              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 840              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 841              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 842                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 843                        +"<map name=\"Map\">");\r
 844 \r
 845              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 846              {\r
 847                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 848                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 849                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 850                {\r
 851                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 852                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 853                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 854                  {\r
 855                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 856                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 857                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 858                    if (obj == null)\r
 859                      continue;\r
 860 \r
 861                    String triplet = obj.toString();\r
 862 \r
 863                    out.println(\r
 864                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 865                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 866                        + sy + ","\r
 867                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 868                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 869                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 870                        + alIndex + " " + triplet +\r
 871                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 872                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 873                        + " href=\"#\">");\r
 874                  }\r
 875                }\r
 876              }\r
 877 \r
 878              out.println("</map></body></html>");\r
 879              out.close();\r
 880 \r
 881            }\r
 882            catch (Exception ex)\r
 883            {\r
 884              ex.printStackTrace();\r
 885            }\r
 886          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 887 \r
 888     }\r
 889 \r
 890     /**\r
 891      * DOCUMENT ME!\r
 892      */\r
 893     public void makePNG(File pngFile)\r
 894     {\r
 895       if(pngFile==null)\r
 896       {\r
 897         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 898             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 899                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 900                                {"png"},\r
 901                                new String[]\r
 902                                {"Portable network graphics"},\r
 903                                "Portable network graphics");\r
 904         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 905         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 906         chooser.setToolTipText("Save");\r
 907 \r
 908         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 909 \r
 910         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 911         {\r
 912           return;\r
 913         }\r
 914 \r
 915         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 916 \r
 917         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 918                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 919       }\r
 920 \r
 921 \r
 922 \r
 923       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 924       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 925 \r
 926       if (av.getWrapAlignment())\r
 927       {\r
 928         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 929             av.chunkHeight;\r
 930         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 931 \r
 932       }\r
 933 \r
 934 \r
 935         if (av.getShowAnnotation())\r
 936         {\r
 937             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 938         }\r
 939 \r
 940         try\r
 941         {\r
 942 \r
 943             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 944 \r
 945             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 946                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 947             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 948 \r
 949             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 950                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 951 \r
 952             if (av.getWrapAlignment())\r
 953             {\r
 954                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 955             }\r
 956             else\r
 957             {\r
 958                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 959             }\r
 960 \r
 961             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 962             out.close();\r
 963         }\r
 964         catch(OutOfMemoryError err)\r
 965         {\r
 966           System.out.println("########################\n"\r
 967                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 968                              +"########################");\r
 969         }\r
 970         catch (Exception ex)\r
 971         {\r
 972             ex.printStackTrace();\r
 973         }\r
 974     }\r
 975 }\r
 976 \r
 977 \r
 978 /**\r
 979  * DOCUMENT ME!\r
 980  *\r
 981  * @author $author$\r
 982  * @version $Revision$\r
 983  */\r
 984 class Preview extends JFrame\r
 985 {\r
 986     /**\r
 987      * Creates a new Preview object.\r
 988      *\r
 989      * @param image DOCUMENT ME!\r
 990      */\r
 991     public Preview(Image image)\r
 992     {\r
 993         setResizable(true);\r
 994         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 995         setVisible(true);\r
 996         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 997         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 998         validate();\r
 999         repaint();\r
1000     }\r
1001 }\r
1002 \r
1003 \r
1004 /**\r
1005  * DOCUMENT ME!\r
1006  *\r
1007  * @author $author$\r
1008  * @version $Revision$\r
1009  */\r
1010 class PreviewPanel extends JPanel\r
1011 {\r
1012     Image image;\r
1013 \r
1014     /**\r
1015      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1016      *\r
1017      * @param image DOCUMENT ME!\r
1018      */\r
1019     public PreviewPanel(Image image)\r
1020     {\r
1021         this.image = image;\r
1022     }\r
1023 \r
1024     /**\r
1025      * DOCUMENT ME!\r
1026      *\r
1027      * @param g DOCUMENT ME!\r
1028      */\r
1029     public void paintComponent(Graphics g)\r
1030     {\r
1031         if (image != null)\r
1032         {\r
1033             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1034         }\r
1035         else\r
1036         {\r
1037             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1038         }\r
1039     }\r
1040 }\r