src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     public AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 102         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
 103         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
 104                                             getPreferredSize());\r
 105         setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 106 \r
 107 \r
 108         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 109         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 110 \r
 111         af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 112             {\r
 113                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 114                 {\r
 115                     switch (evt.getKeyCode())\r
 116                     {\r
 117                     case 27: // escape key\r
 118                         av.setSelectionGroup(null);\r
 119                         repaint();\r
 120 \r
 121                         break;\r
 122 \r
 123                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 124                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 125 \r
 126                         break;\r
 127 \r
 128                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 129                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 130 \r
 131                         break;\r
 132 \r
 133                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 134                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 135                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 136                       break;\r
 137 \r
 138                     case KeyEvent.VK_P:\r
 139                       seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 140                       break;\r
 141                     case KeyEvent.VK_L:\r
 142                       seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 143                       break;\r
 144                     }\r
 145                 }\r
 146             });\r
 147     }\r
 148 \r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * DOCUMENT ME!\r
 152      */\r
 153     public void fontChanged()\r
 154     {\r
 155         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 156         // to prevent drawing old image\r
 157         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 158 \r
 159         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 160                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 161         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 162                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 163 \r
 164         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 165         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 166         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 167 \r
 168         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 169         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 170         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 171         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 172 \r
 173         if (av.getWrapAlignment())\r
 174         {\r
 175           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 176               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 177           vscroll.setMaximum(max);\r
 178           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 179           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 180         }\r
 181         else\r
 182         {\r
 183           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 184         }\r
 185 \r
 186         if(overviewPanel!=null)\r
 187           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 188 \r
 189         repaint();\r
 190     }\r
 191 \r
 192     /**\r
 193      * DOCUMENT ME!\r
 194      *\r
 195      * @return DOCUMENT ME!\r
 196      */\r
 197     public Dimension calculateIdWidth()\r
 198     {\r
 199       Container c = new Container();\r
 200 \r
 201         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 202         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 203 \r
 204         int i = 0;\r
 205         int idWidth = 0;\r
 206         String id;\r
 207 \r
 208         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 209         {\r
 210             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 211 \r
 212             if (av.getShowFullId())\r
 213             {\r
 214                 id = s.getDisplayId();\r
 215             }\r
 216             else\r
 217             {\r
 218                 id = s.getName();\r
 219             }\r
 220 \r
 221             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 222             {\r
 223                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 224             }\r
 225 \r
 226             i++;\r
 227         }\r
 228 \r
 229         // Also check annotation label widths\r
 230         i = 0;\r
 231 \r
 232         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 233         {\r
 234             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 235 \r
 236             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 237             {\r
 238                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 239 \r
 240                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 241                 {\r
 242                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 243                 }\r
 244 \r
 245                 i++;\r
 246             }\r
 247         }\r
 248 \r
 249         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 250     }\r
 251 \r
 252     /**\r
 253      * DOCUMENT ME!\r
 254      *\r
 255      * @param results DOCUMENT ME!\r
 256      */\r
 257     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 258     {\r
 259         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 260 \r
 261         // do we need to scroll the panel?\r
 262         if (results != null)\r
 263         {\r
 264             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 265             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 266             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 267 \r
 268             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 269                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 270                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 271             {\r
 272                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 273             }\r
 274         }\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      *\r
 280      * @return DOCUMENT ME!\r
 281      */\r
 282     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 283     {\r
 284         return overviewPanel;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     /**\r
 288      * DOCUMENT ME!\r
 289      *\r
 290      * @param op DOCUMENT ME!\r
 291      */\r
 292     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 293     {\r
 294         overviewPanel = op;\r
 295     }\r
 296 \r
 297     /**\r
 298      * DOCUMENT ME!\r
 299      *\r
 300      * @param b DOCUMENT ME!\r
 301      */\r
 302     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 303     {\r
 304       if (!av.wrapAlignment)\r
 305       {\r
 306         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 307         annotationScroller.setVisible(b);\r
 308       }\r
 309       repaint();\r
 310     }\r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * DOCUMENT ME!\r
 314      *\r
 315      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 316      */\r
 317     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 318     {\r
 319         av.startSeq = 0;\r
 320         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 321         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 322         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 323 \r
 324        if(wrap)\r
 325        {\r
 326          annotationScroller.setVisible(false);\r
 327          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 328        }\r
 329        else if(av.showAnnotation)\r
 330        {\r
 331          annotationScroller.setVisible(true);\r
 332          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 333        }\r
 334 \r
 335        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 336 \r
 337         repaint();\r
 338     }\r
 339 \r
 340 \r
 341     // return value is true if the scroll is valid\r
 342     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 343     {\r
 344         if (up)\r
 345         {\r
 346             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 347             {\r
 348                 return false;\r
 349             }\r
 350 \r
 351             fastPaint = false;\r
 352             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 353         }\r
 354         else\r
 355         {\r
 356             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 357             {\r
 358                 return false;\r
 359             }\r
 360 \r
 361             fastPaint = false;\r
 362             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 363         }\r
 364 \r
 365         fastPaint = true;\r
 366 \r
 367         return true;\r
 368     }\r
 369 \r
 370     /**\r
 371      * DOCUMENT ME!\r
 372      *\r
 373      * @param right DOCUMENT ME!\r
 374      *\r
 375      * @return DOCUMENT ME!\r
 376      */\r
 377     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 378     {\r
 379         if (right)\r
 380         {\r
 381             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 382             {\r
 383                 return false;\r
 384             }\r
 385 \r
 386             fastPaint = false;\r
 387             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 388         }\r
 389         else\r
 390         {\r
 391             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 392             {\r
 393                 return false;\r
 394             }\r
 395 \r
 396             fastPaint = false;\r
 397             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 398         }\r
 399 \r
 400         fastPaint = true;\r
 401 \r
 402         return true;\r
 403     }\r
 404 \r
 405     /**\r
 406      * DOCUMENT ME!\r
 407      *\r
 408      * @param x DOCUMENT ME!\r
 409      * @param y DOCUMENT ME!\r
 410      */\r
 411     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 412     {\r
 413         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 414             1);\r
 415 \r
 416         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 417         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 418 \r
 419         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 420         {\r
 421             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 422         }\r
 423 \r
 424         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 425         {\r
 426             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 430         {\r
 431             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 432         }\r
 433 \r
 434         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 435         {\r
 436             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 437         }\r
 438 \r
 439         if (y < 0)\r
 440         {\r
 441             y = 0;\r
 442         }\r
 443 \r
 444         if (x < 0)\r
 445         {\r
 446             x = 0;\r
 447         }\r
 448 \r
 449         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 450         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 451     }\r
 452 \r
 453 \r
 454     /**\r
 455      * DOCUMENT ME!\r
 456      *\r
 457      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 458      */\r
 459     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 460     {\r
 461 \r
 462         int oldX = av.getStartRes();\r
 463         int oldY = av.getStartSeq();\r
 464 \r
 465         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 466         {\r
 467             int x = hscroll.getValue();\r
 468             av.setStartRes(x);\r
 469             av.setEndRes((x +\r
 470                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 471         }\r
 472 \r
 473         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 474         {\r
 475             int offy = vscroll.getValue();\r
 476 \r
 477             if (av.getWrapAlignment())\r
 478             {\r
 479                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 480                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 481                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 482             }\r
 483             else\r
 484             {\r
 485                 av.setStartSeq(offy);\r
 486                 av.setEndSeq(offy +\r
 487                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 488             }\r
 489         }\r
 490 \r
 491         if (overviewPanel != null)\r
 492         {\r
 493             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 494         }\r
 495 \r
 496         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 497         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 498 \r
 499         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 500             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 501              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 502              || av.getWrapAlignment()\r
 503              || !fastPaint)\r
 504         {\r
 505           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 506           repaint();\r
 507         }\r
 508         else\r
 509         {\r
 510             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 511             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 512 \r
 513             scalePanel.repaint();\r
 514 \r
 515             if (av.getShowAnnotation())\r
 516             {\r
 517                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 518             }\r
 519         }\r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @param g DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     public void paintComponent(Graphics g)\r
 528     {\r
 529         invalidate();\r
 530 \r
 531         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 532         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 533         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 534         validate();\r
 535 \r
 536         if (av.getWrapAlignment())\r
 537         {\r
 538             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 539             vscroll.setMaximum(max);\r
 540             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 541             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 542         }\r
 543         else\r
 544         {\r
 545             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 546         }\r
 547     }\r
 548 \r
 549     /**\r
 550      * DOCUMENT ME!\r
 551      *\r
 552      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 553      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 554      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 555      *\r
 556      * @return DOCUMENT ME!\r
 557      *\r
 558      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 559      */\r
 560     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 561         throws PrinterException\r
 562     {\r
 563         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 564 \r
 565         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 566         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 567 \r
 568         if (av.getWrapAlignment())\r
 569         {\r
 570             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 571         }\r
 572         else\r
 573         {\r
 574             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 575         }\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 582      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 583      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 584      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 585      *\r
 586      * @return DOCUMENT ME!\r
 587      *\r
 588      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 589      */\r
 590     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 591         throws PrinterException\r
 592     {\r
 593         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 594         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 595         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 596 \r
 597         pg.setColor(Color.white);\r
 598         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 599         pg.setFont(av.getFont());\r
 600 \r
 601         ////////////////////////////////////\r
 602         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 603         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 604 \r
 605         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 606             1;\r
 607 \r
 608         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 609 \r
 610         /////////////////////////////\r
 611         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 612         int startRes;\r
 613 \r
 614         /////////////////////////////\r
 615         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 616         int endRes;\r
 617 \r
 618         /////////////////////////////\r
 619         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 620         int startSeq;\r
 621 \r
 622         /////////////////////////////\r
 623         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 624         int endSeq;\r
 625         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 626         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 627 \r
 628         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 629         {\r
 630             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 631         }\r
 632 \r
 633         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 634         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 635 \r
 636         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 637         {\r
 638             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 639         }\r
 640 \r
 641         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 642 \r
 643         if (av.showAnnotation)\r
 644         {\r
 645             pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 646         }\r
 647 \r
 648         pagesHigh /= pheight;\r
 649 \r
 650         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 651         {\r
 652             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 653         }\r
 654 \r
 655         //draw Scale\r
 656         pg.translate(idWidth, 0);\r
 657         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 658         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 659 \r
 660         ////////////////\r
 661         // Draw the ids\r
 662         Color currentColor = null;\r
 663         Color currentTextColor = null;\r
 664 \r
 665         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 666         {\r
 667             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 668                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 669                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 670             {\r
 671                 currentColor = Color.gray;\r
 672                 currentTextColor = Color.black;\r
 673             }\r
 674             else\r
 675             {\r
 676                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 677                 currentTextColor = Color.black;\r
 678             }\r
 679 \r
 680             pg.setColor(currentColor);\r
 681             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 682                 av.getCharHeight());\r
 683 \r
 684             pg.setColor(currentTextColor);\r
 685 \r
 686             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 687 \r
 688             if (av.getShowFullId())\r
 689             {\r
 690                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 691             }\r
 692 \r
 693             pg.drawString(string, 0,\r
 694                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 695                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 696         }\r
 697 \r
 698         // draw main sequence panel\r
 699         pg.translate(idWidth, 0);\r
 700         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 701             startRes, startSeq, 0);\r
 702 \r
 703         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 704         {\r
 705             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight +3);\r
 706             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg, idWidth);\r
 707             pg.translate(idWidth, 0);\r
 708             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 709                 1);\r
 710         }\r
 711 \r
 712         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 713     }\r
 714 \r
 715     /**\r
 716      * DOCUMENT ME!\r
 717      *\r
 718      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 719      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 720      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 721      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 722      *\r
 723      * @return DOCUMENT ME!\r
 724      *\r
 725      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 726      */\r
 727     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 728         int pi) throws PrinterException\r
 729     {\r
 730 \r
 731       int annotationHeight = 0;\r
 732       AnnotationLabels labels = null;\r
 733       if (av.showAnnotation)\r
 734       {\r
 735         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 736         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 737       }\r
 738 \r
 739       int hgap = av.charHeight;\r
 740       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 741         hgap += av.charHeight;\r
 742 \r
 743       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 744           + hgap\r
 745           + annotationHeight;\r
 746 \r
 747 \r
 748       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 749 \r
 750         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 751                 idWidth);\r
 752 \r
 753         int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth +1);\r
 754 \r
 755         pg.setColor(Color.white);\r
 756         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 757         pg.setFont(av.getFont());\r
 758 \r
 759 \r
 760         ////////////////\r
 761         // Draw the ids\r
 762         pg.setColor(Color.black);\r
 763 \r
 764         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 765 \r
 766         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 767 \r
 768         int ypos = hgap;\r
 769         Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 770                              av.getFont().getSize());\r
 771         pg.setFont(italic);\r
 772 \r
 773 \r
 774         do\r
 775         {\r
 776           for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 777           {\r
 778             SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 779             String string = s.getName();\r
 780 \r
 781             if (av.getShowFullId())\r
 782             {\r
 783               string = s.getDisplayId();\r
 784             }\r
 785 \r
 786             pg.drawString(string, 0,\r
 787                           ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 788                           (av.charHeight / 5));\r
 789           }\r
 790             if (labels != null)\r
 791             {\r
 792               pg.translate(0,\r
 793                            ypos +\r
 794                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 795 \r
 796               pg.setFont(av.getFont());\r
 797               labels.drawComponent( pg, idWidth );\r
 798               pg.setFont(italic);\r
 799               pg.translate(0,\r
 800                            -ypos -\r
 801                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 802             }\r
 803 \r
 804             ypos += cHeight;\r
 805         }\r
 806         while (ypos < totalHeight);\r
 807 \r
 808         pg.translate(idWidth, 0);\r
 809 \r
 810         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 811 \r
 812         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 813         {\r
 814             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 815 \r
 816         }\r
 817      else\r
 818         {\r
 819             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 820         }\r
 821     }\r
 822 \r
 823     /**\r
 824      * DOCUMENT ME!\r
 825      */\r
 826     public void makeEPS(File epsFile)\r
 827     {\r
 828       boolean accurateText = true;\r
 829 \r
 830       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 831           "Prompt each time");\r
 832 \r
 833       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 834       // Prompt for EPS rendering style\r
 835       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 836           && !\r
 837           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 838            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 839       {\r
 840         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 841         renderStyle = eps.getValue();\r
 842 \r
 843         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
 844           return;\r
 845 \r
 846         renderStyle = eps.getValue();\r
 847       }\r
 848 \r
 849       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 850       {\r
 851         accurateText = false;\r
 852       }\r
 853 \r
 854 \r
 855         if(epsFile == null)\r
 856         {\r
 857           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 858               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 859                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 860                                  {"eps"},\r
 861                                  new String[]\r
 862                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 863                                  "Encapsulated Postscript");\r
 864           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 865           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 866           chooser.setToolTipText("Save");\r
 867 \r
 868           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 869 \r
 870           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 871           {\r
 872             return;\r
 873           }\r
 874 \r
 875           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 876 \r
 877           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 878                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 879         }\r
 880 \r
 881 \r
 882         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 883         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 884 \r
 885 \r
 886         if (av.getWrapAlignment())\r
 887         {\r
 888           height = getWrappedHeight();\r
 889           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 890         }\r
 891         else if (av.getShowAnnotation())\r
 892         {\r
 893           height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 894         }\r
 895 \r
 896 \r
 897         try\r
 898          {\r
 899            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 900            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 901                                                 height);\r
 902 \r
 903            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 904 \r
 905            if (av.getWrapAlignment())\r
 906            {\r
 907                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 908             }\r
 909             else\r
 910             {\r
 911                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 912             }\r
 913 \r
 914             pg.flush();\r
 915             pg.close();\r
 916           }\r
 917           catch (OutOfMemoryError err)\r
 918           {\r
 919             System.out.println("########################\n"\r
 920                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
 921                                + "########################");\r
 922 \r
 923             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 924                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
 925                                                   +\r
 926                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 927                                                   , "Out of memory",\r
 928                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 929             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
 930             System.gc();\r
 931           }\r
 932         catch (Exception ex)\r
 933         {\r
 934             ex.printStackTrace();\r
 935         }\r
 936     }\r
 937 \r
 938 \r
 939     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 940     {\r
 941       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 942       //////////////////////////////////////////////\r
 943       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 944       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 945       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 946 \r
 947         // Gen image map\r
 948          //////////////////////////////////\r
 949          if(imgMapFile!=null)\r
 950          {\r
 951            try\r
 952            {\r
 953              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 954              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 955              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 956                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 957                        +"<map name=\"Map\">");\r
 958 \r
 959              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 960              {\r
 961                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 962                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 963                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 964                {\r
 965                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 966                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 967                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 968                  {\r
 969                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 970                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 971                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 972                    if (obj == null)\r
 973                      continue;\r
 974 \r
 975                    String triplet = obj.toString();\r
 976 \r
 977                    out.println(\r
 978                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 979                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 980                        + sy + ","\r
 981                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 982                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 983                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 984                        + alIndex + " " + triplet +\r
 985                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 986                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 987                        + " href=\"#\">");\r
 988                  }\r
 989                }\r
 990              }\r
 991 \r
 992              out.println("</map></body></html>");\r
 993              out.close();\r
 994 \r
 995            }\r
 996            catch (Exception ex)\r
 997            {\r
 998              ex.printStackTrace();\r
 999            }\r
1000          }///////////END OF IMAGE MAP\r
1001 \r
1002     }\r
1003 \r
1004     int getWrappedHeight()\r
1005     {\r
1006 \r
1007       int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1008         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1009 \r
1010       int hgap = av.charHeight;\r
1011       if (av.scaleAboveWrapped)\r
1012         hgap += av.charHeight;\r
1013 \r
1014       int annotationHeight = 0;\r
1015       if (av.showAnnotation)\r
1016       {\r
1017         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1018       }\r
1019 \r
1020       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1021           + hgap\r
1022           + annotationHeight;\r
1023 \r
1024 \r
1025       int height =  ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1026 \r
1027       return height;\r
1028     }\r
1029 \r
1030     /**\r
1031      * DOCUMENT ME!\r
1032      */\r
1033     public void makePNG(File pngFile)\r
1034     {\r
1035       if(pngFile==null)\r
1036       {\r
1037         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
1038             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
1039                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
1040                                {"png"},\r
1041                                new String[]\r
1042                                {"Portable network graphics"},\r
1043                                "Portable network graphics");\r
1044         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1045         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
1046         chooser.setToolTipText("Save");\r
1047 \r
1048         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1049 \r
1050         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1051         {\r
1052           return;\r
1053         }\r
1054 \r
1055         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
1056 \r
1057         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
1058                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
1059       }\r
1060 \r
1061 \r
1062 \r
1063       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1064       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
1065 \r
1066       if (av.getWrapAlignment())\r
1067       {\r
1068         height = getWrappedHeight();\r
1069         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1070       }\r
1071       else if (av.getShowAnnotation())\r
1072         {\r
1073             height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
1074         }\r
1075 \r
1076         try\r
1077         {\r
1078 \r
1079             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1080 \r
1081             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1082                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1083             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1084 \r
1085             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1086                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1087 \r
1088             if (av.getWrapAlignment())\r
1089             {\r
1090                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1091             }\r
1092             else\r
1093             {\r
1094                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1095             }\r
1096 \r
1097             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1098             out.close();\r
1099         }\r
1100         catch (OutOfMemoryError err)\r
1101         {\r
1102           System.out.println("########################\n"\r
1103                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1104                              + "########################");\r
1105 \r
1106           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1107                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1108                                                 +\r
1109                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1110                                                 , "Out of memory",\r
1111                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1112           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1113           System.gc();\r
1114 \r
1115         }\r
1116         catch (Exception ex)\r
1117         {\r
1118             ex.printStackTrace();\r
1119         }\r
1120     }\r
1121 }\r
1122 \r
1123 \r
1124 /**\r
1125  * DOCUMENT ME!\r
1126  *\r
1127  * @author $author$\r
1128  * @version $Revision$\r
1129  */\r
1130 class Preview extends JFrame\r
1131 {\r
1132     /**\r
1133      * Creates a new Preview object.\r
1134      *\r
1135      * @param image DOCUMENT ME!\r
1136      */\r
1137     public Preview(Image image)\r
1138     {\r
1139         setResizable(true);\r
1140         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1141         setVisible(true);\r
1142         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1143         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1144         validate();\r
1145         repaint();\r
1146     }\r
1147 }\r
1148 \r
1149 \r
1150 /**\r
1151  * DOCUMENT ME!\r
1152  *\r
1153  * @author $author$\r
1154  * @version $Revision$\r
1155  */\r
1156 class PreviewPanel extends JPanel\r
1157 {\r
1158     Image image;\r
1159 \r
1160     /**\r
1161      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1162      *\r
1163      * @param image DOCUMENT ME!\r
1164      */\r
1165     public PreviewPanel(Image image)\r
1166     {\r
1167         this.image = image;\r
1168     }\r
1169 \r
1170     /**\r
1171      * DOCUMENT ME!\r
1172      *\r
1173      * @param g DOCUMENT ME!\r
1174      */\r
1175     public void paintComponent(Graphics g)\r
1176     {\r
1177         if (image != null)\r
1178         {\r
1179             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1180         }\r
1181         else\r
1182         {\r
1183             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1184         }\r
1185     }\r
1186 }\r