src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  55     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  56     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  57     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  58 \r
  59     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  60     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  61 \r
  62     setScrollValues(0, 0);\r
  63 \r
  64     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  65     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  66 \r
  67     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  68    {\r
  69      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  70      {\r
  71           repaint();\r
  72      }\r
  73    });\r
  74 \r
  75    setFocusable(true);\r
  76    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  77    {\r
  78      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  79      {\r
  80        switch(evt.getKeyCode())\r
  81        {\r
  82          case  27: // escape key\r
  83            av.setSelectionGroup(null);\r
  84            repaint();\r
  85            break;\r
  86          case KeyEvent.VK_X:\r
  87            if(evt.isControlDown())\r
  88            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  89            break;\r
  90          case KeyEvent.VK_C:\r
  91          if(evt.isControlDown())\r
  92            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  93            break;\r
  94          case KeyEvent.VK_V:\r
  95           if(evt.isControlDown())\r
  96            alignFrame.paste(true);\r
  97            break;\r
  98          case KeyEvent.VK_A:\r
  99          if(evt.isControlDown())\r
 100            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 101            break;\r
 102         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 103           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 104           break;\r
 105         case KeyEvent.VK_UP:\r
 106           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 107           break;\r
 108         case KeyEvent.VK_F:\r
 109          if(evt.isControlDown())\r
 110           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 111           break;\r
 112        }\r
 113      }\r
 114    });\r
 115   }\r
 116 \r
 117   Dimension calculateIdWidth()\r
 118   {\r
 119     Graphics g = this.getGraphics();\r
 120     if(g==null)\r
 121     {\r
 122       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 123       f.addNotify();\r
 124       g = f.getGraphics();\r
 125     }\r
 126 \r
 127     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 128     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 129 \r
 130        int i   = 0;\r
 131        int idWidth = 0;\r
 132        String id;\r
 133        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 134        {\r
 135          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 136          if(av.getShowFullId())\r
 137            id   = s.getDisplayId();\r
 138          else\r
 139            id = s.getName();\r
 140 \r
 141          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 142            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 143          i++;\r
 144        }\r
 145 \r
 146        // Also check annotation label widths\r
 147        i=0;\r
 148        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 149        {\r
 150          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 151          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 152          {\r
 153            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 154            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 155              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 156            i++;\r
 157          }\r
 158        }\r
 159 \r
 160        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 161   }\r
 162 \r
 163 \r
 164  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 165  {\r
 166    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 167 \r
 168    // do we need to scroll the panel?\r
 169    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 170                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 171                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 172                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 173        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 174 \r
 175 \r
 176  }\r
 177 \r
 178 \r
 179  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 180  {\r
 181    return overviewPanel;\r
 182  }\r
 183 \r
 184  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 185  {\r
 186    overviewPanel = op;\r
 187  }\r
 188 \r
 189 \r
 190   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 191   {\r
 192     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 193     annotationScroller.setVisible(b);\r
 194   }\r
 195 \r
 196 \r
 197   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 198   {\r
 199     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 200     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 201     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 202 \r
 203     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 204     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 205     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 206     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 207 \r
 208     repaint();\r
 209 \r
 210   }\r
 211 \r
 212 \r
 213   public void setColourScheme()\r
 214   {\r
 215     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 216 \r
 217     if(av.getConservationSelected())\r
 218     {\r
 219 \r
 220        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 221        Conservation c = new Conservation("All",\r
 222                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 223                             al.getWidth() );\r
 224 \r
 225        c.calculate();\r
 226        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 227        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 228 \r
 229        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 230 \r
 231     }\r
 232 \r
 233     repaint();\r
 234   }\r
 235 \r
 236 \r
 237   int hextent = 0;\r
 238   int vextent = 0;\r
 239 \r
 240   // return value is true if the scroll is valid\r
 241   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 242   {\r
 243     if(up)\r
 244     {\r
 245       if(vscroll.getValue()<1)\r
 246         return false;\r
 247       fastPaint  = false;\r
 248       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 249     }\r
 250     else\r
 251     {\r
 252      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 253        return false;\r
 254       fastPaint  = false;\r
 255       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 256     }\r
 257     fastPaint = true;\r
 258     return true;\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 262   {\r
 263 \r
 264     if (right)\r
 265     {\r
 266       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 267         return false;\r
 268       fastPaint = false;\r
 269       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 270     }\r
 271     else\r
 272     {\r
 273       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 274         return false;\r
 275       fastPaint = false;\r
 276       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 277     }\r
 278     fastPaint = true;\r
 279     return true;\r
 280   }\r
 281 \r
 282 \r
 283   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 284   {\r
 285     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 286     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 287 \r
 288     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 289       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 290     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 291       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 292 \r
 293     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 294       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 295 \r
 296     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 297       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 298 \r
 299     if(y<0)\r
 300       y = 0;\r
 301 \r
 302     if(x<0)\r
 303       x=0;\r
 304 \r
 305     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 306     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 307 \r
 308   }\r
 309 \r
 310 \r
 311   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 312   {\r
 313     int oldX = av.getStartRes();\r
 314     int oldY = av.getStartSeq();\r
 315 \r
 316     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 317     {\r
 318       int x = hscroll.getValue();\r
 319       av.setStartRes(x);\r
 320       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 321     }\r
 322 \r
 323     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 324     {\r
 325       int offy = vscroll.getValue();\r
 326       if (av.getWrapAlignment())\r
 327       {\r
 328         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 329         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 330         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 331       }\r
 332       else\r
 333       {\r
 334         av.setStartSeq(offy);\r
 335         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 336       }\r
 337     }\r
 338 \r
 339 \r
 340     if(overviewPanel!=null)\r
 341       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 342 \r
 343     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 344       repaint();\r
 345     else\r
 346     {\r
 347       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 348                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 349       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 350       scalePanel.repaint();\r
 351       if (av.getShowAnnotation())\r
 352         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 353     }\r
 354 \r
 355   }\r
 356 \r
 357   public void paintComponent(Graphics g)\r
 358   {\r
 359     invalidate();\r
 360 \r
 361     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 362     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 363     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 364 \r
 365     if (av.getWrapAlignment())\r
 366     {\r
 367       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 368       vscroll.setMaximum(max);\r
 369       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 370     }\r
 371     else\r
 372     {\r
 373       if (overviewPanel != null)\r
 374         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 375       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 376     }\r
 377 \r
 378     validate();\r
 379 \r
 380   }\r
 381 \r
 382   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 383   {\r
 384     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 385 \r
 386     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 387     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 388 \r
 389     if (av.getWrapAlignment())\r
 390       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 391     else\r
 392       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 393   }\r
 394 \r
 395   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 396   {\r
 397 \r
 398     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 399 \r
 400 \r
 401     pg.setColor(Color.white);\r
 402     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 403     pg.setFont( av.getFont() );\r
 404 \r
 405     ////////////////////////////////////\r
 406     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 407     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 408     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 409     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 410     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 411 \r
 412     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 413      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 414 \r
 415     /////////////////////////////\r
 416     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 417     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 418     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 419     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 420     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 421       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 422 \r
 423      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 424      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 425      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 426        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 427 \r
 428 \r
 429     ////////////////\r
 430     //draw Scale\r
 431     pg.translate(idWidth,0);\r
 432     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 433 \r
 434     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 435     ////////////////\r
 436     // Draw the ids\r
 437     Color currentColor=null;\r
 438     Color currentTextColor=null;\r
 439     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 440     {\r
 441       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 442       {\r
 443         currentColor = Color.gray;\r
 444         currentTextColor = Color.black;\r
 445       }\r
 446       else\r
 447       {\r
 448         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 449         currentTextColor = Color.black;\r
 450       }\r
 451 \r
 452       pg.setColor(currentColor);\r
 453       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 454                               idWidth,\r
 455                               av.getCharHeight());\r
 456 \r
 457       pg.setColor(currentTextColor);\r
 458 \r
 459       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 460       if(av.getShowFullId())\r
 461         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 462 \r
 463       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 464                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 465     }\r
 466 \r
 467     // draw main sequence panel\r
 468     pg.translate(idWidth,0);\r
 469     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 470 \r
 471 \r
 472     if(av.getShowAnnotation())\r
 473       {\r
 474         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 475         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 476         pg.translate(idWidth,0);\r
 477         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 478       }\r
 479 \r
 480     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 481   }\r
 482 \r
 483 \r
 484   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 485   {\r
 486 \r
 487     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 488 \r
 489     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 490       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 491 \r
 492 \r
 493     pg.setColor(Color.white);\r
 494     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 495     pg.setFont( av.getFont() );\r
 496 \r
 497     ////////////////////////////////////\r
 498     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 499     AlignmentI da = av.alignment;\r
 500     int endy   = da.getHeight();\r
 501     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 502     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 503 \r
 504     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 505     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 506 \r
 507     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 508      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 509 \r
 510     ////////////////\r
 511     // Draw the ids\r
 512     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 513 \r
 514     pg.setColor(Color.black);\r
 515 \r
 516     int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 517     // Draw the rest of the panels\r
 518 \r
 519     for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.getEndRes(); row<av.alignment.getWidth();\r
 520         ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 521     {\r
 522       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 523       {\r
 524         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 525         String string = s.getName();\r
 526         if (av.getShowFullId())\r
 527           string = s.getDisplayId();\r
 528 \r
 529         pg.drawString(string, 0,\r
 530                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 531                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 532       }\r
 533     }\r
 534 \r
 535     // draw main sequence panel\r
 536     pg.translate(idWidth,0);\r
 537     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 538 \r
 539 \r
 540     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 541 \r
 542   }\r
 543 \r
 544 \r
 545   public void makeEPS()\r
 546   {\r
 547     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 548     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 549 \r
 550     if (!av.getWrapAlignment())\r
 551     {\r
 552       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 553       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 554     }\r
 555     if(av.getShowAnnotation())\r
 556    {\r
 557      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 558    }\r
 559 \r
 560     try\r
 561     {\r
 562       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 563           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 564       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 565       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 566       chooser.setToolTipText("Save");\r
 567 \r
 568       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 569       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 570         return;\r
 571 \r
 572       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 573       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 574       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 575 \r
 576         if (av.getWrapAlignment())\r
 577           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 578         else\r
 579           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 580 \r
 581 \r
 582         pg.flush();\r
 583         pg.close();\r
 584     }\r
 585     catch (Exception ex)\r
 586     {\r
 587       ex.printStackTrace();\r
 588     }\r
 589   }\r
 590 \r
 591   public void makePNG()\r
 592   {\r
 593       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 594       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 595 \r
 596       if (!av.getWrapAlignment())\r
 597       {\r
 598         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 599         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 600       }\r
 601 \r
 602       if(av.getShowAnnotation())\r
 603       {\r
 604         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 605       }\r
 606 \r
 607 \r
 608 System.out.println(width +" "+height);\r
 609 \r
 610     try\r
 611     {\r
 612       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 613           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 614       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 615       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 616       chooser.setToolTipText("Save");\r
 617 \r
 618       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 619       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 620         return;\r
 621 \r
 622       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 623       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 624 \r
 625       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 626       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 627 \r
 628 \r
 629         if (av.getWrapAlignment())\r
 630           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 631         else\r
 632           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 633 \r
 634         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 635         out.close();\r
 636     }\r
 637     catch (Exception ex)\r
 638     {\r
 639       ex.printStackTrace();\r
 640     }\r
 641   }\r
 642 \r
 643 }\r
 644 \r
 645 \r
 646 \r
 647 \r