src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     fontChanged();\r
  55 \r
  56     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  57     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  58 \r
  59     setScrollValues(0, 0);\r
  60 \r
  61     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  62     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  63 \r
  64    setFocusable(true);\r
  65    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  66    {\r
  67      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  68      {\r
  69        switch(evt.getKeyCode())\r
  70        {\r
  71          case  27: // escape key\r
  72            av.setSelectionGroup(null);\r
  73            repaint();\r
  74            break;\r
  75          case KeyEvent.VK_X:\r
  76            if(evt.isControlDown())\r
  77            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  78            break;\r
  79          case KeyEvent.VK_C:\r
  80          if(evt.isControlDown())\r
  81            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  82            break;\r
  83          case KeyEvent.VK_V:\r
  84           if(evt.isControlDown())\r
  85            alignFrame.paste(true);\r
  86            break;\r
  87          case KeyEvent.VK_A:\r
  88          if(evt.isControlDown())\r
  89            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  90            break;\r
  91         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  92           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  93           break;\r
  94         case KeyEvent.VK_UP:\r
  95           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  96           break;\r
  97         case KeyEvent.VK_F:\r
  98          if(evt.isControlDown())\r
  99           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 100           break;\r
 101        }\r
 102      }\r
 103    });\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void fontChanged()\r
 107   {\r
 108     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 109     // to prevent drawing old image\r
 110     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 111     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 112     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 113     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 114     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 115     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 116     repaint();\r
 117   }\r
 118 \r
 119 \r
 120   Dimension calculateIdWidth()\r
 121   {\r
 122     Graphics g = this.getGraphics();\r
 123     if(g==null)\r
 124     {\r
 125       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 126       f.addNotify();\r
 127       g = f.getGraphics();\r
 128     }\r
 129 \r
 130     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 131     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 132 \r
 133        int i   = 0;\r
 134        int idWidth = 0;\r
 135        String id;\r
 136        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 137        {\r
 138          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 139          if(av.getShowFullId())\r
 140            id   = s.getDisplayId();\r
 141          else\r
 142            id = s.getName();\r
 143 \r
 144          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 145            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 146          i++;\r
 147        }\r
 148 \r
 149        // Also check annotation label widths\r
 150        i=0;\r
 151        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 152        {\r
 153          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 154          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 155          {\r
 156            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 157            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 158              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 159            i++;\r
 160          }\r
 161        }\r
 162 \r
 163        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 164   }\r
 165 \r
 166 \r
 167  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 168  {\r
 169    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 170 \r
 171    // do we need to scroll the panel?\r
 172    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 173                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 174                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 175                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 176        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 177 \r
 178 \r
 179  }\r
 180 \r
 181 \r
 182  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 183  {\r
 184    return overviewPanel;\r
 185  }\r
 186 \r
 187  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 188  {\r
 189    overviewPanel = op;\r
 190  }\r
 191 \r
 192 \r
 193   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 194   {\r
 195     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 196     annotationScroller.setVisible(b);\r
 197   }\r
 198 \r
 199 \r
 200   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 201   {\r
 202     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 203     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 204     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 205 \r
 206     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 207     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 208     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 209     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 210 \r
 211     repaint();\r
 212 \r
 213   }\r
 214 \r
 215 \r
 216   public void setColourScheme()\r
 217   {\r
 218     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 219 \r
 220     if(av.getConservationSelected())\r
 221     {\r
 222 \r
 223        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 224        Conservation c = new Conservation("All",\r
 225                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 226                             al.getWidth() );\r
 227 \r
 228        c.calculate();\r
 229        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 230        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 231 \r
 232        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 233 \r
 234     }\r
 235 \r
 236     repaint();\r
 237   }\r
 238 \r
 239 \r
 240   int hextent = 0;\r
 241   int vextent = 0;\r
 242 \r
 243   // return value is true if the scroll is valid\r
 244   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 245   {\r
 246     if(up)\r
 247     {\r
 248       if(vscroll.getValue()<1)\r
 249         return false;\r
 250       fastPaint  = false;\r
 251       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 252     }\r
 253     else\r
 254     {\r
 255      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 256        return false;\r
 257       fastPaint  = false;\r
 258       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 259     }\r
 260     fastPaint = true;\r
 261     return true;\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 265   {\r
 266 \r
 267     if (right)\r
 268     {\r
 269       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 270         return false;\r
 271       fastPaint = false;\r
 272       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 273     }\r
 274     else\r
 275     {\r
 276       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 277         return false;\r
 278       fastPaint = false;\r
 279       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 280     }\r
 281     fastPaint = true;\r
 282     return true;\r
 283   }\r
 284 \r
 285 \r
 286   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 287   {\r
 288     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 289 \r
 290     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 291     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 292 \r
 293     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 294       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 295     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 296       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 297 \r
 298     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 299       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 300 \r
 301     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 302       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 303 \r
 304     if(y<0)\r
 305       y = 0;\r
 306 \r
 307     if(x<0)\r
 308       x=0;\r
 309 \r
 310     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 311     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 312 \r
 313 \r
 314 \r
 315   }\r
 316 \r
 317 \r
 318   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 319   {\r
 320     int oldX = av.getStartRes();\r
 321     int oldY = av.getStartSeq();\r
 322 \r
 323     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 324     {\r
 325       int x = hscroll.getValue();\r
 326       av.setStartRes(x);\r
 327       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 328     }\r
 329 \r
 330     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 331     {\r
 332       int offy = vscroll.getValue();\r
 333       if (av.getWrapAlignment())\r
 334       {\r
 335         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 336         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 337         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 338       }\r
 339       else\r
 340       {\r
 341         av.setStartSeq(offy);\r
 342         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 343       }\r
 344     }\r
 345 \r
 346     if(overviewPanel!=null)\r
 347       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 348 \r
 349     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 350       repaint();\r
 351     else\r
 352     {\r
 353       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 354       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 355                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 356 \r
 357       scalePanel.repaint();\r
 358       if (av.getShowAnnotation())\r
 359         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 360     }\r
 361 \r
 362   }\r
 363 \r
 364 \r
 365   public void paintComponent(Graphics g)\r
 366   {\r
 367     invalidate();\r
 368     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 369     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 370     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 371     validate();\r
 372 \r
 373     if (av.getWrapAlignment())\r
 374     {\r
 375       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 376       vscroll.setMaximum(max);\r
 377       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 378       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 379     }\r
 380     else\r
 381     {\r
 382       if (overviewPanel != null)\r
 383         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 384       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 385     }\r
 386 \r
 387 \r
 388 \r
 389   }\r
 390 \r
 391   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 392   {\r
 393     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 394 \r
 395     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 396     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 397 \r
 398     if (av.getWrapAlignment())\r
 399       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 400     else\r
 401       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 402   }\r
 403 \r
 404   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 405   {\r
 406 \r
 407     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 408 \r
 409 \r
 410     pg.setColor(Color.white);\r
 411     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 412     pg.setFont( av.getFont() );\r
 413 \r
 414     ////////////////////////////////////\r
 415     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 416     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 417     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 418     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 419     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 420 \r
 421     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 422      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 423 \r
 424     /////////////////////////////\r
 425     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 426     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 427     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 428     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 429     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 430       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 431 \r
 432      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 433      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 434      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 435        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 436 \r
 437 \r
 438     ////////////////\r
 439     //draw Scale\r
 440     pg.translate(idWidth,0);\r
 441     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 442 \r
 443     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 444     ////////////////\r
 445     // Draw the ids\r
 446     Color currentColor=null;\r
 447     Color currentTextColor=null;\r
 448     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 449     {\r
 450       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 451       {\r
 452         currentColor = Color.gray;\r
 453         currentTextColor = Color.black;\r
 454       }\r
 455       else\r
 456       {\r
 457         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 458         currentTextColor = Color.black;\r
 459       }\r
 460 \r
 461       pg.setColor(currentColor);\r
 462       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 463                               idWidth,\r
 464                               av.getCharHeight());\r
 465 \r
 466       pg.setColor(currentTextColor);\r
 467 \r
 468       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 469       if(av.getShowFullId())\r
 470         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 471 \r
 472       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 473                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 474     }\r
 475 \r
 476     // draw main sequence panel\r
 477     pg.translate(idWidth,0);\r
 478     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 479 \r
 480 \r
 481     if(av.getShowAnnotation())\r
 482       {\r
 483         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 484         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 485         pg.translate(idWidth,0);\r
 486         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 487       }\r
 488 \r
 489     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 490   }\r
 491 \r
 492 \r
 493   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 494   {\r
 495 \r
 496     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 497 \r
 498     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 499       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 500 \r
 501 \r
 502     pg.setColor(Color.white);\r
 503     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 504     pg.setFont( av.getFont() );\r
 505 \r
 506     ////////////////////////////////////\r
 507     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 508     AlignmentI da = av.alignment;\r
 509     int endy   = da.getHeight();\r
 510     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 511     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 512 \r
 513     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 514     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 515 \r
 516     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 517      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 518 \r
 519     ////////////////\r
 520     // Draw the ids\r
 521 //    pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 522 \r
 523     pg.setColor(Color.black);\r
 524 \r
 525     int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 526     for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.getEndRes()-rowSize;\r
 527               ypos <= pheight && row<av.alignment.getWidth();\r
 528               ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 529     {\r
 530       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 531       {\r
 532         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 533         String string = s.getName();\r
 534         if (av.getShowFullId())\r
 535           string = s.getDisplayId();\r
 536 \r
 537         pg.drawString(string, 0,\r
 538                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 539                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 540       }\r
 541     }\r
 542 \r
 543     // draw main sequence panel\r
 544     pg.translate(idWidth,0);\r
 545     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 546 \r
 547 \r
 548     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 549 \r
 550   }\r
 551 \r
 552 \r
 553   public void makeEPS()\r
 554   {\r
 555     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 556     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 557 \r
 558     if (!av.getWrapAlignment())\r
 559     {\r
 560       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 561       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 562     }\r
 563     if(av.getShowAnnotation())\r
 564    {\r
 565      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 566    }\r
 567 \r
 568     try\r
 569     {\r
 570       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 571           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 572       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 573       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 574       chooser.setToolTipText("Save");\r
 575 \r
 576       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 577       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 578         return;\r
 579 \r
 580       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 581       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 582       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 583 \r
 584         if (av.getWrapAlignment())\r
 585           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 586         else\r
 587           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 588 \r
 589 \r
 590         pg.flush();\r
 591         pg.close();\r
 592     }\r
 593     catch (Exception ex)\r
 594     {\r
 595       ex.printStackTrace();\r
 596     }\r
 597   }\r
 598 \r
 599   public void makePNG()\r
 600   {\r
 601       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 602       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 603 \r
 604       if (!av.getWrapAlignment())\r
 605       {\r
 606         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 607         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 608       }\r
 609 \r
 610       if(av.getShowAnnotation())\r
 611       {\r
 612         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 613       }\r
 614 \r
 615 \r
 616 \r
 617     try\r
 618     {\r
 619       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 620           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 621       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 622       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 623       chooser.setToolTipText("Save");\r
 624 \r
 625       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 626       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 627         return;\r
 628 \r
 629       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 630       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 631 \r
 632       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 633       Graphics2D png = (Graphics2D)bi.getGraphics();\r
 634 \r
 635       png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 636 \r
 637         if (av.getWrapAlignment())\r
 638           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 639         else\r
 640           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 641 \r
 642         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 643         out.close();\r
 644     }\r
 645     catch (Exception ex)\r
 646     {\r
 647       ex.printStackTrace();\r
 648     }\r
 649   }\r
 650 \r
 651 }\r
 652 \r
 653 \r
 654 \r
 655 \r