src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  55     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  56     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  57     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  58 \r
  59     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  60     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  61 \r
  62 \r
  63     if(seqPanel.seqCanvas.getWidth()==0)\r
  64     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  65      {\r
  66        public void run()\r
  67        {\r
  68          setScrollValues(0,0);\r
  69          Dimension d = calculateIdWidth();\r
  70          d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  71          idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  72          RefreshPanels();\r
  73        }\r
  74     });\r
  75 \r
  76 \r
  77     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  78     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  79 \r
  80     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  81    {\r
  82      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  83      {\r
  84           RefreshPanels();\r
  85      }\r
  86    });\r
  87 \r
  88    setFocusable(true);\r
  89    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  90    {\r
  91      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  92      {\r
  93        switch(evt.getKeyCode())\r
  94        {\r
  95          case  27: // escape key\r
  96            av.setSelectionGroup(null);\r
  97            RefreshPanels();\r
  98            break;\r
  99          case KeyEvent.VK_X:\r
 100            if(evt.isControlDown())\r
 101            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 102            break;\r
 103          case KeyEvent.VK_C:\r
 104          if(evt.isControlDown())\r
 105            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 106            break;\r
 107          case KeyEvent.VK_V:\r
 108           if(evt.isControlDown())\r
 109            alignFrame.paste(true);\r
 110            break;\r
 111          case KeyEvent.VK_A:\r
 112          if(evt.isControlDown())\r
 113            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 114            break;\r
 115         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 116           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 117           break;\r
 118         case KeyEvent.VK_UP:\r
 119           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 120           break;\r
 121         case KeyEvent.VK_F:\r
 122          if(evt.isControlDown())\r
 123           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 124           break;\r
 125        }\r
 126      }\r
 127    });\r
 128   }\r
 129 \r
 130   Dimension calculateIdWidth()\r
 131   {\r
 132     Graphics g = this.getGraphics();\r
 133     if(g==null)\r
 134     {\r
 135       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 136       f.addNotify();\r
 137       g = f.getGraphics();\r
 138     }\r
 139 \r
 140     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 141     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 142 \r
 143        int i   = 0;\r
 144        int idWidth = 0;\r
 145        String id;\r
 146        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 147        {\r
 148          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 149          if(av.getShowFullId())\r
 150            id   = s.getDisplayId();\r
 151          else\r
 152            id = s.getName();\r
 153 \r
 154          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 155            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 156          i++;\r
 157        }\r
 158 \r
 159        // Also check annotation label widths\r
 160        i=0;\r
 161        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 162        {\r
 163          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 164          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 165          {\r
 166            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 167            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 168              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 169            i++;\r
 170          }\r
 171        }\r
 172 \r
 173        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 174   }\r
 175 \r
 176 \r
 177  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 178  {\r
 179    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 180 \r
 181    // do we need to scroll the panel?\r
 182    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 183                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 184                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 185                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 186        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 187 \r
 188 \r
 189  }\r
 190 \r
 191 \r
 192  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 193  {\r
 194    return overviewPanel;\r
 195  }\r
 196 \r
 197  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 198  {\r
 199    overviewPanel = op;\r
 200  }\r
 201 \r
 202 \r
 203   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 204   {\r
 205     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 206     annotationScroller.setVisible(b);\r
 207     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 208      {\r
 209        public void run()\r
 210        {\r
 211          RefreshPanels();\r
 212        }\r
 213     });\r
 214 \r
 215   }\r
 216 \r
 217 \r
 218   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 219   {\r
 220     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 221     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 222     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 223 \r
 224     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 225     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 226     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 227     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 228     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 229      {\r
 230        public void run()\r
 231        {\r
 232          RefreshPanels();\r
 233        }\r
 234     });\r
 235 \r
 236   }\r
 237 \r
 238 \r
 239   public void setColourScheme()\r
 240   {\r
 241     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 242 \r
 243     if(av.getConservationSelected())\r
 244     {\r
 245 \r
 246        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 247        Conservation c = new Conservation("All",\r
 248                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 249                             al.getWidth() );\r
 250 \r
 251        c.calculate();\r
 252        c.verdict(false, 100);\r
 253        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 254 \r
 255        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 256 \r
 257     }\r
 258 \r
 259     RefreshPanels();\r
 260   }\r
 261 \r
 262 \r
 263   public void RefreshPanels()\r
 264   {\r
 265     requestFocus();\r
 266     invalidate();\r
 267 \r
 268     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 269     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 270     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 271 \r
 272     if (av.getWrapAlignment())\r
 273     {\r
 274       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 275       vscroll.setValues(0, 1, 0, max);\r
 276     }\r
 277     else\r
 278     {\r
 279       if (overviewPanel != null)\r
 280         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 281       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 282     }\r
 283 \r
 284     validate();\r
 285     repaint();\r
 286   }\r
 287 \r
 288   int hextent = 0;\r
 289   int vextent = 0;\r
 290 \r
 291   // return value is true if the scroll is valid\r
 292   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 293   {\r
 294     if(up)\r
 295     {\r
 296       if(vscroll.getValue()<1)\r
 297         return false;\r
 298       fastPaint  = false;\r
 299       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 300     }\r
 301     else\r
 302     {\r
 303      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 304        return false;\r
 305       fastPaint  = false;\r
 306       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 307     }\r
 308     fastPaint = true;\r
 309     return true;\r
 310   }\r
 311 \r
 312   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 313   {\r
 314 \r
 315     if (right)\r
 316     {\r
 317       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 318         return false;\r
 319       fastPaint = false;\r
 320       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 321     }\r
 322     else\r
 323     {\r
 324       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 325         return false;\r
 326       fastPaint = false;\r
 327       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 328     }\r
 329     fastPaint = true;\r
 330     return true;\r
 331   }\r
 332 \r
 333 \r
 334   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 335   {\r
 336     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 337     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 338 \r
 339     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 340       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 341     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 342       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 343 \r
 344     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 345       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 346 \r
 347     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 348       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 349 \r
 350     if(y<0)\r
 351       y = 0;\r
 352 \r
 353     if(x<0)\r
 354       x=0;\r
 355 \r
 356     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 357     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 358 \r
 359   }\r
 360 \r
 361 \r
 362   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 363   {\r
 364     int oldX = av.getStartRes();\r
 365     int oldY = av.getStartSeq();\r
 366 \r
 367     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 368     {\r
 369       int x = hscroll.getValue();\r
 370       av.setStartRes(x);\r
 371       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 372     }\r
 373 \r
 374     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 375     {\r
 376       int offy = vscroll.getValue();\r
 377       if (av.getWrapAlignment())\r
 378       {\r
 379         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 380         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 381         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 382       }\r
 383       else\r
 384       {\r
 385         av.setStartSeq(offy);\r
 386         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 387       }\r
 388     }\r
 389 \r
 390 \r
 391     if(overviewPanel!=null)\r
 392       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 393 \r
 394     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 395       repaint();\r
 396     else\r
 397     {\r
 398       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 399                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 400       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 401       scalePanel.repaint();\r
 402       if (av.getShowAnnotation())\r
 403         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 404     }\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 409   {\r
 410     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 411 \r
 412     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 413     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 414 \r
 415     if (av.getWrapAlignment())\r
 416       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 417     else\r
 418       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 419   }\r
 420 \r
 421   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 422   {\r
 423 \r
 424     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 425 \r
 426 \r
 427     pg.setColor(Color.white);\r
 428     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 429     pg.setFont( av.getFont() );\r
 430 \r
 431     ////////////////////////////////////\r
 432     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 433     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 434     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 435     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 436     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 437 \r
 438     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 439      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 440 \r
 441     /////////////////////////////\r
 442     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 443     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 444     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 445     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 446     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 447       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 448 \r
 449      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 450      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 451      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 452        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 453 \r
 454 \r
 455     ////////////////\r
 456     //draw Scale\r
 457     pg.translate(idWidth,0);\r
 458     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 459 \r
 460     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 461     ////////////////\r
 462     // Draw the ids\r
 463     Color currentColor=null;\r
 464     Color currentTextColor=null;\r
 465     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 466     {\r
 467       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 468       {\r
 469         currentColor = Color.gray;\r
 470         currentTextColor = Color.black;\r
 471       }\r
 472       else\r
 473       {\r
 474         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 475         currentTextColor = Color.black;\r
 476       }\r
 477 \r
 478       pg.setColor(currentColor);\r
 479       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 480                               idWidth,\r
 481                               av.getCharHeight());\r
 482 \r
 483       pg.setColor(currentTextColor);\r
 484 \r
 485       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 486       if(av.getShowFullId())\r
 487         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 488 \r
 489       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 490                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 491     }\r
 492 \r
 493     // draw main sequence panel\r
 494     pg.translate(idWidth,0);\r
 495     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 496 \r
 497 \r
 498     if(av.getShowAnnotation())\r
 499       {\r
 500         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 501         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 502         pg.translate(idWidth,0);\r
 503         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 504       }\r
 505 \r
 506     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 507   }\r
 508 \r
 509 \r
 510   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 511   {\r
 512 \r
 513     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 514 \r
 515     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 516       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 517 \r
 518 \r
 519     pg.setColor(Color.white);\r
 520     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 521     pg.setFont( av.getFont() );\r
 522 \r
 523     ////////////////////////////////////\r
 524     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 525     AlignmentI da = av.alignment;\r
 526     int endy   = da.getHeight();\r
 527     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 528     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 529 \r
 530     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 531     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 532 \r
 533     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 534      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 535 \r
 536     ////////////////\r
 537     // Draw the ids\r
 538     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 539 \r
 540     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 541     pg.setColor(Color.black);\r
 542     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 543         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 544         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 545     {\r
 546       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 547       {\r
 548         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 549         String string = s.getName();\r
 550         if (av.getShowFullId())\r
 551           string = s.getDisplayId();\r
 552 \r
 553         pg.drawString(string, 0,\r
 554                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 555                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 556       }\r
 557     }\r
 558 \r
 559     // draw main sequence panel\r
 560     pg.translate(idWidth,0);\r
 561     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 562 \r
 563 \r
 564     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 565 \r
 566   }\r
 567 \r
 568 \r
 569   public void makeEPS()\r
 570   {\r
 571     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 572     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 573 \r
 574     if (!av.getWrapAlignment())\r
 575     {\r
 576       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 577       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 578     }\r
 579     if(av.getShowAnnotation())\r
 580    {\r
 581      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 582    }\r
 583 \r
 584     try\r
 585     {\r
 586       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 587           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 588       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 589       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 590       chooser.setToolTipText("Save");\r
 591 \r
 592       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 593       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 594         return;\r
 595 \r
 596       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 597       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 598       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 599 \r
 600         if (av.getWrapAlignment())\r
 601           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 602         else\r
 603           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 604 \r
 605 \r
 606         pg.flush();\r
 607         pg.close();\r
 608     }\r
 609     catch (Exception ex)\r
 610     {\r
 611       ex.printStackTrace();\r
 612     }\r
 613   }\r
 614 \r
 615   public void makePNG()\r
 616   {\r
 617       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 618       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 619 \r
 620       if (!av.getWrapAlignment())\r
 621       {\r
 622         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 623         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 624       }\r
 625 \r
 626       if(av.getShowAnnotation())\r
 627       {\r
 628         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 629       }\r
 630 \r
 631 \r
 632 System.out.println(width +" "+height);\r
 633 \r
 634     try\r
 635     {\r
 636       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 637           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 638       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 639       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 640       chooser.setToolTipText("Save");\r
 641 \r
 642       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 643       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 644         return;\r
 645 \r
 646       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 647       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 648 \r
 649       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 650       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 651 \r
 652 \r
 653         if (av.getWrapAlignment())\r
 654           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 655         else\r
 656           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 657 \r
 658         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 659         out.close();\r
 660     }\r
 661     catch (Exception ex)\r
 662     {\r
 663       ex.printStackTrace();\r
 664     }\r
 665   }\r
 666 \r
 667 }\r
 668 \r
 669 \r
 670 \r
 671 \r