SetAnnotationVisible - ignore if wrapped
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignmentPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import jalview.schemes.*;\r
26 \r
27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
28 \r
29 import java.awt.*;\r
30 import java.awt.event.*;\r
31 import java.awt.image.*;\r
32 import java.awt.print.*;\r
33 \r
34 import java.io.*;\r
35 \r
36 import javax.imageio.*;\r
37 \r
38 import javax.swing.*;\r
39 \r
40 \r
41 /**\r
42  * DOCUMENT ME!\r
43  *\r
44  * @author $author$\r
45  * @version $Revision$\r
46  */\r
47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
48     implements AdjustmentListener, Printable\r
49 {\r
50     public AlignViewport av;\r
51     OverviewPanel overviewPanel;\r
52     SeqPanel seqPanel;\r
53     IdPanel idPanel;\r
54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
55 \r
56     /** DOCUMENT ME!! */\r
57     public AlignFrame alignFrame;\r
58     ScalePanel scalePanel;\r
59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
60     AnnotationLabels alabels;\r
61 \r
62     // this value is set false when selection area being dragged\r
63     boolean fastPaint = true;\r
64     int hextent = 0;\r
65     int vextent = 0;\r
66 \r
67     /**\r
68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
69      *\r
70      * @param af DOCUMENT ME!\r
71      * @param av DOCUMENT ME!\r
72      */\r
73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
74     {\r
75         alignFrame = af;\r
76         this.av = av;\r
77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
79 \r
80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
81 \r
82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
85 \r
86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
88 \r
89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
93 \r
94         fontChanged();\r
95 \r
96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
98 \r
99         setScrollValues(0, 0);\r
100 \r
101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
103 \r
104         setFocusable(true);\r
105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
106             {\r
107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
108                 {\r
109                     switch (evt.getKeyCode())\r
110                     {\r
111                     case 27: // escape key\r
112                         av.setSelectionGroup(null);\r
113                         repaint();\r
114 \r
115                         break;\r
116 \r
117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
119 \r
120                         break;\r
121 \r
122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
124 \r
125                         break;\r
126 \r
127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
130                       break;\r
131                     }\r
132 \r
133                 }\r
134             });\r
135     }\r
136 \r
137 \r
138     /**\r
139      * DOCUMENT ME!\r
140      */\r
141     public void fontChanged()\r
142     {\r
143         // set idCanvas bufferedImage to null\r
144         // to prevent drawing old image\r
145         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
146 \r
147         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
148                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
149         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
150                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
151 \r
152         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
153         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
154         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
155 \r
156         Dimension d = calculateIdWidth();\r
157         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
158         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
159         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
160 \r
161         if (av.getWrapAlignment())\r
162         {\r
163           int max = av.alignment.getWidth() /\r
164               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
165           vscroll.setMaximum(max);\r
166           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
167           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
168         }\r
169         else\r
170         {\r
171           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
172         }\r
173 \r
174         if(overviewPanel!=null)\r
175           overviewPanel.setBoxPosition();\r
176 \r
177         repaint();\r
178     }\r
179 \r
180     /**\r
181      * DOCUMENT ME!\r
182      *\r
183      * @return DOCUMENT ME!\r
184      */\r
185     public Dimension calculateIdWidth()\r
186     {\r
187       Container c = new Container();\r
188 \r
189         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
190         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
191 \r
192         int i = 0;\r
193         int idWidth = 0;\r
194         String id;\r
195 \r
196         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
197         {\r
198             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
199 \r
200             if (av.getShowFullId())\r
201             {\r
202                 id = s.getDisplayId();\r
203             }\r
204             else\r
205             {\r
206                 id = s.getName();\r
207             }\r
208 \r
209             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
210             {\r
211                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
212             }\r
213 \r
214             i++;\r
215         }\r
216 \r
217         // Also check annotation label widths\r
218         i = 0;\r
219 \r
220         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
221         {\r
222             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
223 \r
224             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
225             {\r
226                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
227 \r
228                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
229                 {\r
230                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
231                 }\r
232 \r
233                 i++;\r
234             }\r
235         }\r
236 \r
237         return new Dimension(idWidth, 12);\r
238     }\r
239 \r
240     /**\r
241      * DOCUMENT ME!\r
242      *\r
243      * @param results DOCUMENT ME!\r
244      */\r
245     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
246     {\r
247         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
248 \r
249         // do we need to scroll the panel?\r
250         if (results != null)\r
251         {\r
252             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
253             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
254             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
255 \r
256             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
257                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
258                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
259             {\r
260                 setScrollValues(start, results[0]);\r
261             }\r
262         }\r
263     }\r
264 \r
265     /**\r
266      * DOCUMENT ME!\r
267      *\r
268      * @return DOCUMENT ME!\r
269      */\r
270     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
271     {\r
272         return overviewPanel;\r
273     }\r
274 \r
275     /**\r
276      * DOCUMENT ME!\r
277      *\r
278      * @param op DOCUMENT ME!\r
279      */\r
280     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
281     {\r
282         overviewPanel = op;\r
283     }\r
284 \r
285     /**\r
286      * DOCUMENT ME!\r
287      *\r
288      * @param b DOCUMENT ME!\r
289      */\r
290     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
291     {\r
292       if (!av.wrapAlignment)\r
293       {\r
294         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
295         annotationScroller.setVisible(b);\r
296       }\r
297     }\r
298 \r
299     /**\r
300      * DOCUMENT ME!\r
301      *\r
302      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
303      */\r
304     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
305     {\r
306         av.startSeq = 0;\r
307         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
308         hscroll.setVisible(!wrap);\r
309         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
310 \r
311        if(wrap)\r
312        {\r
313          annotationScroller.setVisible(false);\r
314          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
315        }\r
316        else if(av.showAnnotation)\r
317        {\r
318          annotationScroller.setVisible(true);\r
319          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
320        }\r
321 \r
322        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
323 \r
324         repaint();\r
325     }\r
326 \r
327 \r
328     // return value is true if the scroll is valid\r
329     public boolean scrollUp(boolean up)\r
330     {\r
331         if (up)\r
332         {\r
333             if (vscroll.getValue() < 1)\r
334             {\r
335                 return false;\r
336             }\r
337 \r
338             fastPaint = false;\r
339             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
340         }\r
341         else\r
342         {\r
343             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
344             {\r
345                 return false;\r
346             }\r
347 \r
348             fastPaint = false;\r
349             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
350         }\r
351 \r
352         fastPaint = true;\r
353 \r
354         return true;\r
355     }\r
356 \r
357     /**\r
358      * DOCUMENT ME!\r
359      *\r
360      * @param right DOCUMENT ME!\r
361      *\r
362      * @return DOCUMENT ME!\r
363      */\r
364     public boolean scrollRight(boolean right)\r
365     {\r
366         if (right)\r
367         {\r
368             if (hscroll.getValue() < 1)\r
369             {\r
370                 return false;\r
371             }\r
372 \r
373             fastPaint = false;\r
374             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
375         }\r
376         else\r
377         {\r
378             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
379             {\r
380                 return false;\r
381             }\r
382 \r
383             fastPaint = false;\r
384             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
385         }\r
386 \r
387         fastPaint = true;\r
388 \r
389         return true;\r
390     }\r
391 \r
392     /**\r
393      * DOCUMENT ME!\r
394      *\r
395      * @param x DOCUMENT ME!\r
396      * @param y DOCUMENT ME!\r
397      */\r
398     public void setScrollValues(int x, int y)\r
399     {\r
400         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
401             1);\r
402 \r
403         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
404         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
405 \r
406         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
407         {\r
408             hextent = av.alignment.getWidth();\r
409         }\r
410 \r
411         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
412         {\r
413             vextent = av.alignment.getHeight();\r
414         }\r
415 \r
416         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
417         {\r
418             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
419         }\r
420 \r
421         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
422         {\r
423             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
424         }\r
425 \r
426         if (y < 0)\r
427         {\r
428             y = 0;\r
429         }\r
430 \r
431         if (x < 0)\r
432         {\r
433             x = 0;\r
434         }\r
435 \r
436         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
437         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
438     }\r
439 \r
440 \r
441     /**\r
442      * DOCUMENT ME!\r
443      *\r
444      * @param evt DOCUMENT ME!\r
445      */\r
446     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
447     {\r
448 \r
449         int oldX = av.getStartRes();\r
450         int oldY = av.getStartSeq();\r
451 \r
452         if (evt.getSource() == hscroll)\r
453         {\r
454             int x = hscroll.getValue();\r
455             av.setStartRes(x);\r
456             av.setEndRes((x +\r
457                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
458         }\r
459 \r
460         if (evt.getSource() == vscroll)\r
461         {\r
462             int offy = vscroll.getValue();\r
463 \r
464             if (av.getWrapAlignment())\r
465             {\r
466                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
467                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
468                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
469             }\r
470             else\r
471             {\r
472                 av.setStartSeq(offy);\r
473                 av.setEndSeq(offy +\r
474                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
475             }\r
476         }\r
477 \r
478         if (overviewPanel != null)\r
479         {\r
480             overviewPanel.setBoxPosition();\r
481         }\r
482 \r
483         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
484         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
485 \r
486         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
487             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
488              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
489              || av.getWrapAlignment()\r
490              || !fastPaint)\r
491         {\r
492           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
493           repaint();\r
494         }\r
495         else\r
496         {\r
497             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
498             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
499 \r
500             scalePanel.repaint();\r
501 \r
502             if (av.getShowAnnotation())\r
503             {\r
504                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
505             }\r
506         }\r
507     }\r
508 \r
509     /**\r
510      * DOCUMENT ME!\r
511      *\r
512      * @param g DOCUMENT ME!\r
513      */\r
514     public void paintComponent(Graphics g)\r
515     {\r
516         invalidate();\r
517 \r
518         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
519         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
520         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
521         validate();\r
522 \r
523         if (av.getWrapAlignment())\r
524         {\r
525             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
526             vscroll.setMaximum(max);\r
527             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
528             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
529         }\r
530         else\r
531         {\r
532             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
533         }\r
534     }\r
535 \r
536     /**\r
537      * DOCUMENT ME!\r
538      *\r
539      * @param pg DOCUMENT ME!\r
540      * @param pf DOCUMENT ME!\r
541      * @param pi DOCUMENT ME!\r
542      *\r
543      * @return DOCUMENT ME!\r
544      *\r
545      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
546      */\r
547     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
548         throws PrinterException\r
549     {\r
550         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
551 \r
552         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
553         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
554 \r
555         if (av.getWrapAlignment())\r
556         {\r
557             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
558         }\r
559         else\r
560         {\r
561             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
562         }\r
563     }\r
564 \r
565     /**\r
566      * DOCUMENT ME!\r
567      *\r
568      * @param pg DOCUMENT ME!\r
569      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
570      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
571      * @param pi DOCUMENT ME!\r
572      *\r
573      * @return DOCUMENT ME!\r
574      *\r
575      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
576      */\r
577     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
578         throws PrinterException\r
579     {\r
580         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
581         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
582         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
583 \r
584         pg.setColor(Color.white);\r
585         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
586         pg.setFont(av.getFont());\r
587 \r
588         ////////////////////////////////////\r
589         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
590         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
591 \r
592         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
593             1;\r
594 \r
595         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
596 \r
597         /////////////////////////////\r
598         /// Only print these sequences and residues on this page\r
599         int startRes;\r
600 \r
601         /////////////////////////////\r
602         /// Only print these sequences and residues on this page\r
603         int endRes;\r
604 \r
605         /////////////////////////////\r
606         /// Only print these sequences and residues on this page\r
607         int startSeq;\r
608 \r
609         /////////////////////////////\r
610         /// Only print these sequences and residues on this page\r
611         int endSeq;\r
612         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
613         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
614 \r
615         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
616         {\r
617             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
618         }\r
619 \r
620         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
621         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
622 \r
623         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
624         {\r
625             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
626         }\r
627 \r
628         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
629 \r
630         if (av.showAnnotation)\r
631         {\r
632             pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
633         }\r
634 \r
635         pagesHigh /= pheight;\r
636 \r
637         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
638         {\r
639             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
640         }\r
641 \r
642         //draw Scale\r
643         pg.translate(idWidth, 0);\r
644         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
645         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
646 \r
647         ////////////////\r
648         // Draw the ids\r
649         Color currentColor = null;\r
650         Color currentTextColor = null;\r
651 \r
652         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
653         {\r
654             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
655                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
656                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
657             {\r
658                 currentColor = Color.gray;\r
659                 currentTextColor = Color.black;\r
660             }\r
661             else\r
662             {\r
663                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
664                 currentTextColor = Color.black;\r
665             }\r
666 \r
667             pg.setColor(currentColor);\r
668             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
669                 av.getCharHeight());\r
670 \r
671             pg.setColor(currentTextColor);\r
672 \r
673             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
674 \r
675             if (av.getShowFullId())\r
676             {\r
677                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
678             }\r
679 \r
680             pg.drawString(string, 0,\r
681                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
682                 (av.getCharHeight() / 5));\r
683         }\r
684 \r
685         // draw main sequence panel\r
686         pg.translate(idWidth, 0);\r
687         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
688             startRes, startSeq, 0);\r
689 \r
690         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
691         {\r
692             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight +3);\r
693             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
694             pg.translate(idWidth, 0);\r
695             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
696                 1);\r
697         }\r
698 \r
699         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
700     }\r
701 \r
702     /**\r
703      * DOCUMENT ME!\r
704      *\r
705      * @param pg DOCUMENT ME!\r
706      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
707      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
708      * @param pi DOCUMENT ME!\r
709      *\r
710      * @return DOCUMENT ME!\r
711      *\r
712      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
713      */\r
714     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
715         int pi) throws PrinterException\r
716     {\r
717 \r
718       int annotationHeight = 0;\r
719       if (av.showAnnotation)\r
720         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
721 \r
722       int hgap = av.charHeight;\r
723       if (av.scaleAboveWrapped)\r
724         hgap += av.charHeight;\r
725 \r
726       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
727           + hgap\r
728           + annotationHeight;\r
729 \r
730 \r
731       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
732 \r
733         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
734                 idWidth);\r
735 \r
736         int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth +1);\r
737 \r
738         pg.setColor(Color.white);\r
739         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
740         pg.setFont(av.getFont());\r
741 \r
742 \r
743         ////////////////\r
744         // Draw the ids\r
745         pg.setColor(Color.black);\r
746 \r
747         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
748 \r
749         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
750 \r
751         int ypos = hgap;\r
752 \r
753         do\r
754         {\r
755             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
756             {\r
757                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
758                 String string = s.getName();\r
759 \r
760                 if (av.getShowFullId())\r
761                 {\r
762                     string = s.getDisplayId();\r
763                 }\r
764 \r
765                 pg.drawString(string, 0,\r
766                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
767                     (av.charHeight / 5));\r
768             }\r
769 \r
770             ypos += cHeight;\r
771         }\r
772         while (ypos < totalHeight);\r
773 \r
774         pg.translate(idWidth, 0);\r
775 \r
776         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
777 \r
778         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
779         {\r
780             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
781 \r
782         }\r
783      else\r
784         {\r
785             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
786         }\r
787     }\r
788 \r
789     /**\r
790      * DOCUMENT ME!\r
791      */\r
792     public void makeEPS(File epsFile)\r
793     {\r
794       boolean accurateText = true;\r
795 \r
796       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
797           "Prompt each time");\r
798 \r
799       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
800       // Prompt for EPS rendering style\r
801       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
802           && !\r
803           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
804            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
805       {\r
806         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
807         renderStyle = eps.getValue();\r
808 \r
809         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
810           return;\r
811 \r
812         renderStyle = eps.getValue();\r
813       }\r
814 \r
815       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
816       {\r
817         accurateText = false;\r
818       }\r
819 \r
820 \r
821         if(epsFile == null)\r
822         {\r
823           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
824               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
825                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
826                                  {"eps"},\r
827                                  new String[]\r
828                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
829                                  "Encapsulated Postscript");\r
830           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
831           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
832           chooser.setToolTipText("Save");\r
833 \r
834           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
835 \r
836           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
837           {\r
838             return;\r
839           }\r
840 \r
841           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
842 \r
843           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
844                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
845         }\r
846 \r
847 \r
848         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
849         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
850 \r
851 \r
852         if (av.getWrapAlignment())\r
853         {\r
854           height = getWrappedHeight();\r
855           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
856         }\r
857         else if (av.getShowAnnotation())\r
858         {\r
859           height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
860         }\r
861 \r
862 \r
863         try\r
864          {\r
865            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
866            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
867                                                 height);\r
868 \r
869            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
870 \r
871            if (av.getWrapAlignment())\r
872            {\r
873                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
874             }\r
875             else\r
876             {\r
877                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
878             }\r
879 \r
880             pg.flush();\r
881             pg.close();\r
882           }\r
883           catch (OutOfMemoryError err)\r
884           {\r
885             System.out.println("########################\n"\r
886                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
887                                + "########################");\r
888 \r
889             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
890                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
891                                                   +\r
892                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
893                                                   , "Out of memory",\r
894                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
895             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
896             System.gc();\r
897           }\r
898         catch (Exception ex)\r
899         {\r
900             ex.printStackTrace();\r
901         }\r
902     }\r
903 \r
904 \r
905     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
906     {\r
907       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
908       //////////////////////////////////////////////\r
909       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
910       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
911       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
912 \r
913         // Gen image map\r
914          //////////////////////////////////\r
915          if(imgMapFile!=null)\r
916          {\r
917            try\r
918            {\r
919              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
920              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
921              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
922                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
923                        +"<map name=\"Map\">");\r
924 \r
925              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
926              {\r
927                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
928                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
929                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
930                {\r
931                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
932                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
933                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
934                  {\r
935                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
936                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
937                        seq.getCharAt(res) + "");\r
938                    if (obj == null)\r
939                      continue;\r
940 \r
941                    String triplet = obj.toString();\r
942 \r
943                    out.println(\r
944                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
945                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
946                        + sy + ","\r
947                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
948                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
949                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
950                        + alIndex + " " + triplet +\r
951                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
952                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
953                        + " href=\"#\">");\r
954                  }\r
955                }\r
956              }\r
957 \r
958              out.println("</map></body></html>");\r
959              out.close();\r
960 \r
961            }\r
962            catch (Exception ex)\r
963            {\r
964              ex.printStackTrace();\r
965            }\r
966          }///////////END OF IMAGE MAP\r
967 \r
968     }\r
969 \r
970     int getWrappedHeight()\r
971     {\r
972 \r
973       int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
974         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
975 \r
976       int hgap = av.charHeight;\r
977       if (av.scaleAboveWrapped)\r
978         hgap += av.charHeight;\r
979 \r
980       int annotationHeight = 0;\r
981       if (av.showAnnotation)\r
982       {\r
983         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
984       }\r
985 \r
986       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
987           + hgap\r
988           + annotationHeight;\r
989 \r
990 \r
991       int height =  ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
992 \r
993       return height;\r
994     }\r
995 \r
996     /**\r
997      * DOCUMENT ME!\r
998      */\r
999     public void makePNG(File pngFile)\r
1000     {\r
1001       if(pngFile==null)\r
1002       {\r
1003         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
1004             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
1005                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
1006                                {"png"},\r
1007                                new String[]\r
1008                                {"Portable network graphics"},\r
1009                                "Portable network graphics");\r
1010         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1011         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
1012         chooser.setToolTipText("Save");\r
1013 \r
1014         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1015 \r
1016         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1017         {\r
1018           return;\r
1019         }\r
1020 \r
1021         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
1022 \r
1023         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
1024                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
1025       }\r
1026 \r
1027 \r
1028 \r
1029       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1030       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
1031 \r
1032       if (av.getWrapAlignment())\r
1033       {\r
1034         height = getWrappedHeight();\r
1035         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1036       }\r
1037       else if (av.getShowAnnotation())\r
1038         {\r
1039             height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
1040         }\r
1041 \r
1042         try\r
1043         {\r
1044 \r
1045             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1046 \r
1047             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1048                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1049             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1050 \r
1051             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1052                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1053 \r
1054             if (av.getWrapAlignment())\r
1055             {\r
1056                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1057             }\r
1058             else\r
1059             {\r
1060                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1061             }\r
1062 \r
1063             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1064             out.close();\r
1065         }\r
1066         catch (OutOfMemoryError err)\r
1067         {\r
1068           System.out.println("########################\n"\r
1069                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1070                              + "########################");\r
1071 \r
1072           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1073                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1074                                                 +\r
1075                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1076                                                 , "Out of memory",\r
1077                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1078           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1079           System.gc();\r
1080 \r
1081         }\r
1082         catch (Exception ex)\r
1083         {\r
1084             ex.printStackTrace();\r
1085         }\r
1086     }\r
1087 }\r
1088 \r
1089 \r
1090 /**\r
1091  * DOCUMENT ME!\r
1092  *\r
1093  * @author $author$\r
1094  * @version $Revision$\r
1095  */\r
1096 class Preview extends JFrame\r
1097 {\r
1098     /**\r
1099      * Creates a new Preview object.\r
1100      *\r
1101      * @param image DOCUMENT ME!\r
1102      */\r
1103     public Preview(Image image)\r
1104     {\r
1105         setResizable(true);\r
1106         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1107         setVisible(true);\r
1108         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1109         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1110         validate();\r
1111         repaint();\r
1112     }\r
1113 }\r
1114 \r
1115 \r
1116 /**\r
1117  * DOCUMENT ME!\r
1118  *\r
1119  * @author $author$\r
1120  * @version $Revision$\r
1121  */\r
1122 class PreviewPanel extends JPanel\r
1123 {\r
1124     Image image;\r
1125 \r
1126     /**\r
1127      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1128      *\r
1129      * @param image DOCUMENT ME!\r
1130      */\r
1131     public PreviewPanel(Image image)\r
1132     {\r
1133         this.image = image;\r
1134     }\r
1135 \r
1136     /**\r
1137      * DOCUMENT ME!\r
1138      *\r
1139      * @param g DOCUMENT ME!\r
1140      */\r
1141     public void paintComponent(Graphics g)\r
1142     {\r
1143         if (image != null)\r
1144         {\r
1145             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1146         }\r
1147         else\r
1148         {\r
1149             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1150         }\r
1151     }\r
1152 }\r