src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  19   public AlignFrame alignFrame;\r
  20   ScalePanel scalePanel;\r
  21   ScorePanel scorePanel;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  32 \r
  33     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     idPanel.addNotify();\r
  36     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  38     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     setScrollValues(0,0);\r
  40 \r
  41     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  42     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  43 \r
  44     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  45    {\r
  46      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  47      {\r
  48           RefreshPanels();\r
  49      }\r
  50    });\r
  51 \r
  52 \r
  53    hscroll.setFocusable(false);\r
  54    vscroll.setFocusable(false);\r
  55    setFocusable(true);\r
  56 \r
  57    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  58    {\r
  59      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  60      {\r
  61        switch(evt.getKeyCode())\r
  62        {\r
  63          case 27: // escape key\r
  64            av.setRubberbandGroup(null);\r
  65            RefreshPanels();\r
  66            break;\r
  67          case KeyEvent.VK_X:\r
  68            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  69            break;\r
  70          case KeyEvent.VK_C:\r
  71            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  72            break;\r
  73          case KeyEvent.VK_V:\r
  74            alignFrame.paste(true);\r
  75            break;\r
  76          case KeyEvent.VK_A:\r
  77            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  78            break;\r
  79 \r
  80        }\r
  81 \r
  82       /* public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
  83        {\r
  84 \r
  85          if (evt.isControlDown() && evt.getKeyChar() == 'f')\r
  86            findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  87        }*/\r
  88 \r
  89      }\r
  90    });\r
  91 \r
  92 \r
  93   }\r
  94 \r
  95  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  96  {\r
  97    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  98 \r
  99    // do we need to scroll the panel?\r
 100    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 101                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 102                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 103                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 104        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 105 \r
 106 \r
 107  }\r
 108 \r
 109 \r
 110  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 111  {\r
 112    return overviewPanel;\r
 113  }\r
 114 \r
 115  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 116  {\r
 117    overviewPanel = op;\r
 118  }\r
 119 \r
 120 \r
 121   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 122   {\r
 123     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 124     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 125 \r
 126     RefreshPanels();\r
 127     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 128     RefreshPanels();\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 132   {\r
 133     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 134     RefreshPanels();\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 138   {\r
 139     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 140     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 141     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 142 \r
 143     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 144 \r
 145     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 146     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 147 \r
 148     RefreshPanels();\r
 149 \r
 150   }\r
 151 \r
 152 \r
 153   public void setColourScheme()\r
 154   {\r
 155     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 156 \r
 157     if(av.getConservationSelected())\r
 158     {\r
 159 \r
 160        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 161        Conservation c = new Conservation("All",\r
 162                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 163                             al.getWidth() );\r
 164 \r
 165        c.calculate();\r
 166        c.verdict(false, 100);\r
 167        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 168 \r
 169        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 170 \r
 171     }\r
 172 \r
 173     RefreshPanels();\r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void RefreshPanels()\r
 177   {\r
 178     requestFocus();\r
 179     invalidate();\r
 180     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 181     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 182     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 183 \r
 184     if(av.getWrapAlignment())\r
 185     {\r
 186       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 187 \r
 188       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 189       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 190       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 191     }\r
 192     else\r
 193 \r
 194     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 195     av.getConsensus(true);\r
 196     if(overviewPanel!=null)\r
 197       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 198 \r
 199     validate();\r
 200     repaint();\r
 201 \r
 202   }\r
 203 \r
 204   int hextent = 0;\r
 205   int vextent = 0;\r
 206 \r
 207   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 208   {\r
 209     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 210     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 211 \r
 212     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 213       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 214 \r
 215     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 216       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 217 \r
 218     if(y<0)\r
 219       y = 0;\r
 220 \r
 221     if(x<0)\r
 222       x=0;\r
 223 \r
 224     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 225     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 226 \r
 227 \r
 228     repaint();\r
 229 \r
 230   }\r
 231 \r
 232 \r
 233   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 234   {\r
 235 \r
 236     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 237     {\r
 238       int x = hscroll.getValue();\r
 239       av.setStartRes(x);\r
 240       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 241     }\r
 242 \r
 243     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 244     {\r
 245       int offy = vscroll.getValue();\r
 246       if (av.getWrapAlignment())\r
 247       {\r
 248         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 249         // System.out.println(vscroll.getValue()+" "+ av.getChunkWidth());\r
 250       //  int resSpan = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 251      //   int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 252       //  vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 253      //   vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 254 \r
 255 \r
 256       // av.setStartSeq(  );\r
 257       }\r
 258       else\r
 259       {\r
 260         av.setStartSeq(offy);\r
 261         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 262       }\r
 263     }\r
 264 \r
 265 \r
 266     if(overviewPanel!=null)\r
 267       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 268 \r
 269     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 270     repaint();\r
 271   }\r
 272 \r
 273 \r
 274 \r
 275   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 276   {\r
 277     if(av.getWrapAlignment())\r
 278     {\r
 279      return PrintWrappedAlignment(pg, pf, pi);\r
 280     }\r
 281 \r
 282     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 283 \r
 284     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 285     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 286     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 287 \r
 288 \r
 289     pg.setColor(Color.white);\r
 290     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 291     pg.setFont( av.getFont() );\r
 292 \r
 293     ////////////////////////////////////\r
 294     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 295     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 296     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 297     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 298     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 299 \r
 300     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 301      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 302 \r
 303     /////////////////////////////\r
 304     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 305     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 306     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 307     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 308     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 309       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 310 \r
 311      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 312      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 313      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 314        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 315 \r
 316 \r
 317     ////////////////\r
 318     //draw Scale\r
 319     pg.translate(idWidth,0);\r
 320     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 321 \r
 322     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 323     ////////////////\r
 324     // Draw the ids\r
 325     Color currentColor=null;\r
 326     Color currentTextColor=null;\r
 327     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 328     {\r
 329       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 330       {\r
 331         currentColor = Color.gray;\r
 332         currentTextColor = Color.black;\r
 333       }\r
 334       else\r
 335       {\r
 336         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 337         currentTextColor = Color.black;\r
 338       }\r
 339 \r
 340       pg.setColor(currentColor);\r
 341       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 342                               idWidth,\r
 343                               av.getCharHeight());\r
 344 \r
 345       pg.setColor(currentTextColor);\r
 346 \r
 347       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 348       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 349                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 350     }\r
 351 \r
 352     // draw main sequence panel\r
 353     pg.translate(idWidth,0);\r
 354     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 355     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 356 \r
 357     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 358   }\r
 359 \r
 360   class VPanel extends javax.swing.JPanel\r
 361   {\r
 362     Image image;\r
 363     public VPanel(Image i)\r
 364     {\r
 365       image = i;\r
 366       repaint();\r
 367     }\r
 368     public void paintComponent(Graphics g)\r
 369     {\r
 370       if(image!=null)\r
 371         g.drawImage(image,0,0,this);\r
 372     }\r
 373 \r
 374   }\r
 375 \r
 376   public int PrintWrappedAlignment(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 377   {\r
 378     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 379 \r
 380     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 381     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 382     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 383 \r
 384     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 385       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 386 \r
 387     pg.setColor(Color.white);\r
 388     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 389     pg.setFont( av.getFont() );\r
 390 \r
 391     ////////////////////////////////////\r
 392     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 393     AlignmentI da = av.alignment;\r
 394     int endy   = da.getHeight();\r
 395     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 396     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 397 \r
 398     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 399     int totalChunks = endy / chunkHeight;\r
 400 \r
 401     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 402      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 403 \r
 404     ////////////////\r
 405     // Draw the ids\r
 406     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 407 \r
 408     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 409     pg.setColor(Color.black);\r
 410     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 411         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 412         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 413     {\r
 414       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 415       {\r
 416         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 417         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 418                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 419                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 420       }\r
 421     }\r
 422 \r
 423     // draw main sequence panel\r
 424     pg.translate(idWidth,0);\r
 425     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 426 \r
 427 \r
 428     return Printable.NO_SUCH_PAGE;//.PAGE_EXISTS;\r
 429 \r
 430   }\r
 431 }\r
 432 \r
 433 \r
 434 \r