src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.awt.print.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.schemes.*;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class AlignmentPanel\r
  40     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  41 {\r
  42   public AlignViewport av;\r
  43   OverviewPanel overviewPanel;\r
  44   SeqPanel seqPanel;\r
  45   IdPanel idPanel;\r
  46   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  47 \r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public AlignFrame alignFrame;\r
  50   ScalePanel scalePanel;\r
  51   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  52   AnnotationLabels alabels;\r
  53 \r
  54   // this value is set false when selection area being dragged\r
  55   boolean fastPaint = true;\r
  56   int hextent = 0;\r
  57   int vextent = 0;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  61    *\r
  62    * @param af DOCUMENT ME!\r
  63    * @param av DOCUMENT ME!\r
  64    */\r
  65   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  66   {\r
  67     alignFrame = af;\r
  68     this.av = av;\r
  69     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  70     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  71 \r
  72     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  73 \r
  74     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  75     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  76     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  77 \r
  78     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  79     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  80 \r
  81     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  82     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  83 \r
  84     fontChanged();\r
  85 \r
  86     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  87     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  88 \r
  89     setScrollValues(0, 0);\r
  90 \r
  91     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  92 \r
  93     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  94     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  95 \r
  96     final AlignmentPanel ap = this;\r
  97     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  98     {\r
  99       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 100       {\r
 101         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 102         {\r
 103           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 104                                  av.getSequenceSetId(),\r
 105                                  true,\r
 106                                  true);\r
 107           alignmentChanged();\r
 108         }\r
 109       }\r
 110     });\r
 111 \r
 112     adjustAnnotationHeight();\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void alignmentChanged()\r
 117   {\r
 118     av.alignmentChanged(this);\r
 119 \r
 120     if (overviewPanel != null)\r
 121     {\r
 122       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 123     }\r
 124 \r
 125     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 126 \r
 127     repaint();\r
 128   }\r
 129 \r
 130   /**\r
 131    * DOCUMENT ME!\r
 132    */\r
 133   public void fontChanged()\r
 134   {\r
 135     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 136     // to prevent drawing old image\r
 137     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 138 \r
 139     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 140         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 141     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 142         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 143 \r
 144     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 145     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 146     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 147 \r
 148     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 149     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 150     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 151     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 152 \r
 153     if (overviewPanel != null)\r
 154     {\r
 155       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 156     }\r
 157 \r
 158     repaint();\r
 159   }\r
 160 \r
 161   /**\r
 162    * DOCUMENT ME!\r
 163    *\r
 164    * @return DOCUMENT ME!\r
 165    */\r
 166   public Dimension calculateIdWidth()\r
 167   {\r
 168     Container c = new Container();\r
 169 \r
 170     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 171         new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 172 \r
 173     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 174 \r
 175     int i = 0;\r
 176     int idWidth = 0;\r
 177     String id;\r
 178 \r
 179     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 180     {\r
 181       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 182 \r
 183       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 184 \r
 185       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 186       {\r
 187         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 188       }\r
 189 \r
 190       i++;\r
 191     }\r
 192 \r
 193     // Also check annotation label widths\r
 194     i = 0;\r
 195 \r
 196     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 197     {\r
 198       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 199 \r
 200       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 201       {\r
 202         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 203 \r
 204         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 205         {\r
 206           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 207         }\r
 208 \r
 209         i++;\r
 210       }\r
 211     }\r
 212 \r
 213     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 214   }\r
 215 \r
 216   /**\r
 217    * DOCUMENT ME!\r
 218    *\r
 219    * @param results DOCUMENT ME!\r
 220    */\r
 221   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 222   {\r
 223     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 224 \r
 225     // do we need to scroll the panel?\r
 226     if (results != null)\r
 227     {\r
 228       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 229       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 230       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 231       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 232 \r
 233       if (!av.wrapAlignment)\r
 234       {\r
 235         if ( (av.getStartRes() > end) || (av.getEndRes() < start) ||\r
 236             ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 237         {\r
 238           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 239         }\r
 240       }\r
 241       else\r
 242       {\r
 243         scrollToWrappedVisible(start);\r
 244       }\r
 245     }\r
 246   }\r
 247 \r
 248   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 249   {\r
 250     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 251         getWidth());\r
 252     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 253     {\r
 254       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 255       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 256     }\r
 257   }\r
 258 \r
 259   /**\r
 260    * DOCUMENT ME!\r
 261    *\r
 262    * @return DOCUMENT ME!\r
 263    */\r
 264   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 265   {\r
 266     return overviewPanel;\r
 267   }\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * DOCUMENT ME!\r
 271    *\r
 272    * @param op DOCUMENT ME!\r
 273    */\r
 274   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 275   {\r
 276     overviewPanel = op;\r
 277   }\r
 278 \r
 279   /**\r
 280    * DOCUMENT ME!\r
 281    *\r
 282    * @param b DOCUMENT ME!\r
 283    */\r
 284   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 285   {\r
 286     if (!av.wrapAlignment)\r
 287     {\r
 288       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 289       annotationScroller.setVisible(b);\r
 290     }\r
 291     repaint();\r
 292   }\r
 293 \r
 294   public void adjustAnnotationHeight()\r
 295   {\r
 296     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 297     {\r
 298       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 299     }\r
 300 \r
 301     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 302 \r
 303     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 304     {\r
 305       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 306     }\r
 307 \r
 308     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 309         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 310                       height));\r
 311 \r
 312     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 313         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 314         height));\r
 315 \r
 316     repaint();\r
 317   }\r
 318 \r
 319   /**\r
 320    * DOCUMENT ME!\r
 321    *\r
 322    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 323    */\r
 324   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 325   {\r
 326     av.startSeq = 0;\r
 327     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 328     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 329     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 330 \r
 331     if (wrap)\r
 332     {\r
 333       annotationScroller.setVisible(false);\r
 334       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 335     }\r
 336     else if (av.showAnnotation)\r
 337     {\r
 338       annotationScroller.setVisible(true);\r
 339       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 340     }\r
 341 \r
 342     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 343 \r
 344     repaint();\r
 345   }\r
 346 \r
 347   // return value is true if the scroll is valid\r
 348   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 349   {\r
 350     if (up)\r
 351     {\r
 352       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 353       {\r
 354         return false;\r
 355       }\r
 356 \r
 357       fastPaint = false;\r
 358       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 359     }\r
 360     else\r
 361     {\r
 362       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 363       {\r
 364         return false;\r
 365       }\r
 366 \r
 367       fastPaint = false;\r
 368       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 369     }\r
 370 \r
 371     fastPaint = true;\r
 372 \r
 373     return true;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   /**\r
 377    * DOCUMENT ME!\r
 378    *\r
 379    * @param right DOCUMENT ME!\r
 380    *\r
 381    * @return DOCUMENT ME!\r
 382    */\r
 383   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 384   {\r
 385     if (!right)\r
 386     {\r
 387       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 388       {\r
 389         return false;\r
 390       }\r
 391 \r
 392       fastPaint = false;\r
 393       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 394     }\r
 395     else\r
 396     {\r
 397       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 398       {\r
 399         return false;\r
 400       }\r
 401 \r
 402       fastPaint = false;\r
 403       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 404     }\r
 405 \r
 406     fastPaint = true;\r
 407 \r
 408     return true;\r
 409   }\r
 410 \r
 411   /**\r
 412    * DOCUMENT ME!\r
 413    *\r
 414    * @param x DOCUMENT ME!\r
 415    * @param y DOCUMENT ME!\r
 416    */\r
 417   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 418   {\r
 419 \r
 420     int width = av.alignment.getWidth();\r
 421     int height = av.alignment.getHeight();\r
 422 \r
 423     if (av.hasHiddenColumns)\r
 424     {\r
 425       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 426     }\r
 427 \r
 428     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) - 1);\r
 429 \r
 430     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 431     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 432 \r
 433     if (hextent > width)\r
 434     {\r
 435       hextent = width;\r
 436     }\r
 437 \r
 438     if (vextent > height)\r
 439     {\r
 440       vextent = height;\r
 441     }\r
 442 \r
 443     if ( (hextent + x) > width)\r
 444     {\r
 445       x = width - hextent;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     if ( (vextent + y) > height)\r
 449     {\r
 450       y = height - vextent;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     if (y < 0)\r
 454     {\r
 455       y = 0;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     if (x < 0)\r
 459     {\r
 460       x = 0;\r
 461     }\r
 462 \r
 463     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 464     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 465   }\r
 466 \r
 467   /**\r
 468    * DOCUMENT ME!\r
 469    *\r
 470    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 471    */\r
 472   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 473   {\r
 474 \r
 475     int oldX = av.getStartRes();\r
 476     int oldY = av.getStartSeq();\r
 477 \r
 478     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 479     {\r
 480       int x = hscroll.getValue();\r
 481       av.setStartRes(x);\r
 482       av.setEndRes( (x +\r
 483                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 484     }\r
 485 \r
 486     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 487     {\r
 488       int offy = vscroll.getValue();\r
 489 \r
 490       if (av.getWrapAlignment())\r
 491       {\r
 492         if (offy > -1)\r
 493         {\r
 494           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 495               seqCanvas.getWidth());\r
 496           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 497           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 498         }\r
 499         else\r
 500         {\r
 501           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 502           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 503           //as preference setting\r
 504           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 505           {\r
 506             public void run()\r
 507             {\r
 508               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 509             }\r
 510           });\r
 511         }\r
 512       }\r
 513       else\r
 514       {\r
 515         av.setStartSeq(offy);\r
 516         av.setEndSeq(offy +\r
 517                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 518       }\r
 519     }\r
 520 \r
 521     if (overviewPanel != null)\r
 522     {\r
 523       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 524     }\r
 525 \r
 526     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 527     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 528 \r
 529     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 530     {\r
 531       repaint();\r
 532     }\r
 533     else\r
 534     {\r
 535       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 536       // larger than the visible window\r
 537       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)\r
 538       {\r
 539         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 540       }\r
 541       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)\r
 542       {\r
 543         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 544       }\r
 545 \r
 546       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)\r
 547       {\r
 548         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 549         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 550                                      scrollY);\r
 551         scalePanel.repaint();\r
 552 \r
 553         if (av.getShowAnnotation())\r
 554         {\r
 555           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 556         }\r
 557       }\r
 558     }\r
 559   }\r
 560 \r
 561   public void paintAlignment(boolean updateOverview)\r
 562   {\r
 563     repaint();\r
 564 \r
 565     if(updateOverview)\r
 566     {\r
 567       jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 568           .sequenceColoursChanged(this);\r
 569 \r
 570       if (overviewPanel != null)\r
 571       {\r
 572         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 573       }\r
 574     }\r
 575   }\r
 576 \r
 577   /**\r
 578    * DOCUMENT ME!\r
 579    *\r
 580    * @param g DOCUMENT ME!\r
 581    */\r
 582   public void paintComponent(Graphics g)\r
 583   {\r
 584     invalidate();\r
 585 \r
 586     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 587     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 588     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 589     validate();\r
 590 \r
 591     if (av.getWrapAlignment())\r
 592     {\r
 593       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 594 \r
 595       if (av.hasHiddenColumns)\r
 596       {\r
 597         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 598       }\r
 599 \r
 600       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 601           seqCanvas.getWidth());\r
 602       if (canvasWidth > 0)\r
 603       {\r
 604         int max = maxwidth /\r
 605             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 606             getWidth()) +\r
 607             1;\r
 608         vscroll.setMaximum(max);\r
 609         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 610         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 611       }\r
 612     }\r
 613     else\r
 614     {\r
 615       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 616     }\r
 617   }\r
 618 \r
 619   /**\r
 620    * DOCUMENT ME!\r
 621    *\r
 622    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 623    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 624    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 625    *\r
 626    * @return DOCUMENT ME!\r
 627    *\r
 628    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 629    */\r
 630   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 631       throws PrinterException\r
 632   {\r
 633     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 634 \r
 635     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 636     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 637 \r
 638     if (av.getWrapAlignment())\r
 639     {\r
 640       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 641     }\r
 642     else\r
 643     {\r
 644       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 645     }\r
 646   }\r
 647 \r
 648   /**\r
 649    * DOCUMENT ME!\r
 650    *\r
 651    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 652    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 653    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 654    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 655    *\r
 656    * @return DOCUMENT ME!\r
 657    *\r
 658    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 659    */\r
 660   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 661       throws PrinterException\r
 662   {\r
 663     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 664     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 665     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 666 \r
 667     pg.setColor(Color.white);\r
 668     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 669     pg.setFont(av.getFont());\r
 670 \r
 671     ////////////////////////////////////\r
 672     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 673     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 674 \r
 675     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 676         1;\r
 677 \r
 678     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 679 \r
 680     /////////////////////////////\r
 681     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 682     int startRes;\r
 683 \r
 684     /////////////////////////////\r
 685     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 686     int endRes;\r
 687 \r
 688     /////////////////////////////\r
 689     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 690     int startSeq;\r
 691 \r
 692     /////////////////////////////\r
 693     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 694     int endSeq;\r
 695     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 696     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 697 \r
 698     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 699     {\r
 700       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 701     }\r
 702 \r
 703     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 704     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 705 \r
 706     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 707     {\r
 708       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 709     }\r
 710 \r
 711     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 712 \r
 713     if (av.showAnnotation)\r
 714     {\r
 715       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 716     }\r
 717 \r
 718     pagesHigh /= pheight;\r
 719 \r
 720     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 721     {\r
 722       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 723     }\r
 724 \r
 725     //draw Scale\r
 726     pg.translate(idWidth, 0);\r
 727     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 728     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 729 \r
 730     ////////////////\r
 731     // Draw the ids\r
 732     Color currentColor = null;\r
 733     Color currentTextColor = null;\r
 734 \r
 735     pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 736 \r
 737     SequenceI seq;\r
 738     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 739     {\r
 740       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 741       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 742           av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 743       {\r
 744         currentColor = Color.gray;\r
 745         currentTextColor = Color.black;\r
 746       }\r
 747       else\r
 748       {\r
 749         currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 750         currentTextColor = Color.black;\r
 751       }\r
 752 \r
 753       pg.setColor(currentColor);\r
 754       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 755                   av.getCharHeight());\r
 756 \r
 757       pg.setColor(currentTextColor);\r
 758 \r
 759       int xPos = 0;\r
 760       if (av.rightAlignIds)\r
 761       {\r
 762         fm = pg.getFontMetrics();\r
 763         xPos = idWidth - fm.stringWidth(\r
 764             seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
 765             ) - 4;\r
 766       }\r
 767 \r
 768       pg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 769                     xPos,\r
 770                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 771                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 772     }\r
 773 \r
 774     pg.setFont(av.getFont());\r
 775 \r
 776     // draw main sequence panel\r
 777     pg.translate(idWidth, 0);\r
 778     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 779 \r
 780     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 781     {\r
 782       pg.translate( -idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 783       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 784       pg.translate(idWidth + 3, 0);\r
 785       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 786                                     1);\r
 787     }\r
 788 \r
 789     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 790   }\r
 791 \r
 792   /**\r
 793    * DOCUMENT ME!\r
 794    *\r
 795    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 796    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 797    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 798    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 799    *\r
 800    * @return DOCUMENT ME!\r
 801    *\r
 802    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 803    */\r
 804   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 805                                    int pi)\r
 806       throws PrinterException\r
 807   {\r
 808 \r
 809     int annotationHeight = 0;\r
 810     AnnotationLabels labels = null;\r
 811     if (av.showAnnotation)\r
 812     {\r
 813       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 814       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 815     }\r
 816 \r
 817     int hgap = av.charHeight;\r
 818     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 819     {\r
 820       hgap += av.charHeight;\r
 821     }\r
 822 \r
 823     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 824         + hgap\r
 825         + annotationHeight;\r
 826 \r
 827     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 828 \r
 829     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 830     if (av.hasHiddenColumns)\r
 831     {\r
 832       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 833     }\r
 834 \r
 835     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 836         idWidth);\r
 837 \r
 838     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 839 \r
 840     pg.setColor(Color.white);\r
 841     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 842     pg.setFont(av.getFont());\r
 843 \r
 844     ////////////////\r
 845     // Draw the ids\r
 846     pg.setColor(Color.black);\r
 847 \r
 848     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 849 \r
 850     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 851 \r
 852     int ypos = hgap;\r
 853 \r
 854     do\r
 855     {\r
 856       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 857       {\r
 858         pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 859         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 860         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 861         int xPos = 0;\r
 862         if (av.rightAlignIds)\r
 863         {\r
 864           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();\r
 865           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;\r
 866         }\r
 867         pg.drawString(string, xPos,\r
 868                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 869                       (av.charHeight / 5));\r
 870       }\r
 871       if (labels != null)\r
 872       {\r
 873         pg.translate( -3,\r
 874                      ypos +\r
 875                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 876 \r
 877         pg.setFont(av.getFont());\r
 878         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 879         pg.translate( +3,\r
 880                      -ypos -\r
 881                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 882       }\r
 883 \r
 884       ypos += cHeight;\r
 885     }\r
 886     while (ypos < totalHeight);\r
 887 \r
 888     pg.translate(idWidth, 0);\r
 889 \r
 890     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 891 \r
 892     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 893     {\r
 894       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 895 \r
 896     }\r
 897     else\r
 898     {\r
 899       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 900     }\r
 901   }\r
 902 \r
 903   int getVisibleIdWidth()\r
 904   {\r
 905     return\r
 906         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 907         calculateIdWidth().width + 4;\r
 908   }\r
 909 \r
 910   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 911   {\r
 912     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 913     if (av.hasHiddenColumns)\r
 914     {\r
 915       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 916     }\r
 917 \r
 918     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 919     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 920 \r
 921     if (av.getWrapAlignment())\r
 922     {\r
 923       height = getWrappedHeight();\r
 924       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 925           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 926       {\r
 927         width = alignFrame.getWidth()\r
 928             - vscroll.getPreferredSize().width\r
 929             - alignFrame.getInsets().left\r
 930             - alignFrame.getInsets().right;\r
 931       }\r
 932       else\r
 933       {\r
 934         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 935       }\r
 936 \r
 937     }\r
 938     else if (av.getShowAnnotation())\r
 939     {\r
 940       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 941     }\r
 942 \r
 943     try\r
 944     {\r
 945 \r
 946       jalview.util.ImageMaker im;\r
 947       if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 948       {\r
 949         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 950                                          jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 951                                          "Create PNG image from alignment",\r
 952                                          width, height, file, null);\r
 953       }\r
 954       else\r
 955       {\r
 956         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 957                                          jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 958                                          "Create EPS file from alignment",\r
 959                                          width, height, file,\r
 960                                          alignFrame.getTitle());\r
 961       }\r
 962 \r
 963       if (av.getWrapAlignment())\r
 964       {\r
 965         if (im.getGraphics() != null)\r
 966         {\r
 967           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 968           im.writeImage();\r
 969         }\r
 970       }\r
 971       else\r
 972       {\r
 973         if (im.getGraphics() != null)\r
 974         {\r
 975           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 976           im.writeImage();\r
 977         }\r
 978       }\r
 979     }\r
 980     catch (OutOfMemoryError err)\r
 981     {\r
 982       System.out.println("########################\n"\r
 983                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 984                          + "########################");\r
 985 \r
 986       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 987                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 988                                             +\r
 989                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 990                                             , "Out of memory",\r
 991                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 992       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 993       System.gc();\r
 994 \r
 995     }\r
 996     catch (Exception ex)\r
 997     {\r
 998       ex.printStackTrace();\r
 999     }\r
1000   }\r
1001 \r
1002   /**\r
1003    * DOCUMENT ME!\r
1004    */\r
1005   public void makeEPS(File epsFile)\r
1006   {\r
1007     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1008   }\r
1009 \r
1010   /**\r
1011    * DOCUMENT ME!\r
1012    */\r
1013   public void makePNG(File pngFile)\r
1014   {\r
1015     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1016   }\r
1017 \r
1018   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1019   {\r
1020     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1021     //////////////////////////////////////////////\r
1022     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
1023     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1024     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1025 \r
1026     // Gen image map\r
1027     //////////////////////////////////\r
1028     if (imgMapFile != null)\r
1029     {\r
1030       try\r
1031       {\r
1032         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1033             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1034         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1035         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1036         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1037         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1038                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1039                     + "<map name=\"Map\">");\r
1040 \r
1041         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1042         {\r
1043           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1044 \r
1045           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1046           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence().\r
1047               getSequenceFeatures();\r
1048           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1049           for (res = 0; res < alwidth; res++)\r
1050           {\r
1051             text = new StringBuffer();\r
1052             Object obj = null;\r
1053             if (av.alignment.isNucleotide())\r
1054             {\r
1055               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res) +\r
1056                   "");\r
1057             }\r
1058             else\r
1059             {\r
1060               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1061                   seq.getCharAt(res) + "");\r
1062             }\r
1063 \r
1064             if (obj == null)\r
1065             {\r
1066               continue;\r
1067             }\r
1068 \r
1069             String triplet = obj.toString();\r
1070             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1071             gSize = groups.length;\r
1072             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1073             {\r
1074               if (text.length() < 1)\r
1075               {\r
1076                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1077                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1078                             + sy + ","\r
1079                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1080                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1081                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1082                             + alIndex + " " + triplet);\r
1083               }\r
1084 \r
1085               if (groups[g].getStartRes() < res && groups[g].getEndRes() > res)\r
1086               {\r
1087                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1088               }\r
1089             }\r
1090 \r
1091             if (features != null)\r
1092             {\r
1093               if (text.length() < 1)\r
1094               {\r
1095                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1096                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1097                             + sy + ","\r
1098                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1099                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1100                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1101                             + alIndex + " " + triplet);\r
1102               }\r
1103               fSize = features.length;\r
1104               for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1105               {\r
1106 \r
1107                 if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1108                     (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1109                 {\r
1110                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1111                   {\r
1112                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1113                         || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1114                     {\r
1115                       text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() +\r
1116                                   ":" +\r
1117                                   features[f].getEnd());\r
1118                     }\r
1119                   }\r
1120                   else\r
1121                   {\r
1122                     text.append("<br>");\r
1123                     text.append(features[f].getType());\r
1124                     if (features[f].getDescription() != null &&\r
1125                         !features[f].\r
1126                         getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1127                     {\r
1128                       text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1129                     }\r
1130 \r
1131                     if (features[f].getValue("status") != null)\r
1132                     {\r
1133                       text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1134                     }\r
1135                   }\r
1136                 }\r
1137 \r
1138               }\r
1139             }\r
1140             if (text.length() > 1)\r
1141             {\r
1142               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1143               out.println(text.toString());\r
1144             }\r
1145           }\r
1146         }\r
1147         out.println("</map></body></html>");\r
1148         out.close();\r
1149 \r
1150       }\r
1151       catch (Exception ex)\r
1152       {\r
1153         ex.printStackTrace();\r
1154       }\r
1155     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1156 \r
1157   }\r
1158 \r
1159   int getWrappedHeight()\r
1160   {\r
1161     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1162 \r
1163     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1164         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1165     {\r
1166       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth()\r
1167           - getVisibleIdWidth()\r
1168           - vscroll.getPreferredSize().width\r
1169           - alignFrame.getInsets().left\r
1170           - alignFrame.getInsets().right;\r
1171     }\r
1172 \r
1173     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1174         seqPanelWidth\r
1175         );\r
1176 \r
1177     int hgap = av.charHeight;\r
1178     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1179     {\r
1180       hgap += av.charHeight;\r
1181     }\r
1182 \r
1183     int annotationHeight = 0;\r
1184     if (av.showAnnotation)\r
1185     {\r
1186       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1187     }\r
1188 \r
1189     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1190         + hgap\r
1191         + annotationHeight;\r
1192 \r
1193     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1194     if (av.hasHiddenColumns)\r
1195     {\r
1196       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1197     }\r
1198 \r
1199     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1200 \r
1201     return height;\r
1202   }\r
1203 }\r