src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     public AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131                     }\r
 132 \r
 133                 }\r
 134             });\r
 135     }\r
 136 \r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      */\r
 141     public void fontChanged()\r
 142     {\r
 143         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 144         // to prevent drawing old image\r
 145         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 146 \r
 147         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 148                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 149         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 150                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 151 \r
 152         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 153         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 154         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 155 \r
 156         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 157         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 158         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 159         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 160 \r
 161         if (av.getWrapAlignment())\r
 162         {\r
 163           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 164               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 165           vscroll.setMaximum(max);\r
 166           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 167           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 168         }\r
 169         else\r
 170         {\r
 171           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 172         }\r
 173 \r
 174         if(overviewPanel!=null)\r
 175           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 176 \r
 177         repaint();\r
 178     }\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * DOCUMENT ME!\r
 182      *\r
 183      * @return DOCUMENT ME!\r
 184      */\r
 185     public Dimension calculateIdWidth()\r
 186     {\r
 187       Container c = new Container();\r
 188 \r
 189         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 190         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 191 \r
 192         int i = 0;\r
 193         int idWidth = 0;\r
 194         String id;\r
 195 \r
 196         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 197         {\r
 198             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 199 \r
 200             if (av.getShowFullId())\r
 201             {\r
 202                 id = s.getDisplayId();\r
 203             }\r
 204             else\r
 205             {\r
 206                 id = s.getName();\r
 207             }\r
 208 \r
 209             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 210             {\r
 211                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 212             }\r
 213 \r
 214             i++;\r
 215         }\r
 216 \r
 217         // Also check annotation label widths\r
 218         i = 0;\r
 219 \r
 220         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 221         {\r
 222             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 223 \r
 224             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 225             {\r
 226                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 227 \r
 228                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 229                 {\r
 230                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 231                 }\r
 232 \r
 233                 i++;\r
 234             }\r
 235         }\r
 236 \r
 237         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 238     }\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * DOCUMENT ME!\r
 242      *\r
 243      * @param results DOCUMENT ME!\r
 244      */\r
 245     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 246     {\r
 247         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 248 \r
 249         // do we need to scroll the panel?\r
 250         if (results != null)\r
 251         {\r
 252             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 253             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 254             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 255 \r
 256             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 257                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 258                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 259             {\r
 260                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 261             }\r
 262         }\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * DOCUMENT ME!\r
 267      *\r
 268      * @return DOCUMENT ME!\r
 269      */\r
 270     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 271     {\r
 272         return overviewPanel;\r
 273     }\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * DOCUMENT ME!\r
 277      *\r
 278      * @param op DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 281     {\r
 282         overviewPanel = op;\r
 283     }\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param b DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 291     {\r
 292       if (!av.wrapAlignment)\r
 293       {\r
 294         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 295         annotationScroller.setVisible(b);\r
 296       }\r
 297     }\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * DOCUMENT ME!\r
 301      *\r
 302      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 303      */\r
 304     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 305     {\r
 306         av.startSeq = 0;\r
 307         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 308         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 309         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 310 \r
 311        if(wrap)\r
 312        {\r
 313          annotationScroller.setVisible(false);\r
 314          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 315        }\r
 316        else if(av.showAnnotation)\r
 317        {\r
 318          annotationScroller.setVisible(true);\r
 319          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 320        }\r
 321 \r
 322        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 323 \r
 324         repaint();\r
 325     }\r
 326 \r
 327 \r
 328     // return value is true if the scroll is valid\r
 329     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 330     {\r
 331         if (up)\r
 332         {\r
 333             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 334             {\r
 335                 return false;\r
 336             }\r
 337 \r
 338             fastPaint = false;\r
 339             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 340         }\r
 341         else\r
 342         {\r
 343             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 344             {\r
 345                 return false;\r
 346             }\r
 347 \r
 348             fastPaint = false;\r
 349             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 350         }\r
 351 \r
 352         fastPaint = true;\r
 353 \r
 354         return true;\r
 355     }\r
 356 \r
 357     /**\r
 358      * DOCUMENT ME!\r
 359      *\r
 360      * @param right DOCUMENT ME!\r
 361      *\r
 362      * @return DOCUMENT ME!\r
 363      */\r
 364     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 365     {\r
 366         if (right)\r
 367         {\r
 368             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 369             {\r
 370                 return false;\r
 371             }\r
 372 \r
 373             fastPaint = false;\r
 374             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 375         }\r
 376         else\r
 377         {\r
 378             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 379             {\r
 380                 return false;\r
 381             }\r
 382 \r
 383             fastPaint = false;\r
 384             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 385         }\r
 386 \r
 387         fastPaint = true;\r
 388 \r
 389         return true;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * DOCUMENT ME!\r
 394      *\r
 395      * @param x DOCUMENT ME!\r
 396      * @param y DOCUMENT ME!\r
 397      */\r
 398     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 399     {\r
 400         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 401             1);\r
 402 \r
 403         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 404         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 405 \r
 406         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 407         {\r
 408             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 409         }\r
 410 \r
 411         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 412         {\r
 413             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 414         }\r
 415 \r
 416         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 417         {\r
 418             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 419         }\r
 420 \r
 421         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 422         {\r
 423             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 424         }\r
 425 \r
 426         if (y < 0)\r
 427         {\r
 428             y = 0;\r
 429         }\r
 430 \r
 431         if (x < 0)\r
 432         {\r
 433             x = 0;\r
 434         }\r
 435 \r
 436         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 437         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 438     }\r
 439 \r
 440 \r
 441     /**\r
 442      * DOCUMENT ME!\r
 443      *\r
 444      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 445      */\r
 446     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 447     {\r
 448 \r
 449         int oldX = av.getStartRes();\r
 450         int oldY = av.getStartSeq();\r
 451 \r
 452         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 453         {\r
 454             int x = hscroll.getValue();\r
 455             av.setStartRes(x);\r
 456             av.setEndRes((x +\r
 457                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 458         }\r
 459 \r
 460         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 461         {\r
 462             int offy = vscroll.getValue();\r
 463 \r
 464             if (av.getWrapAlignment())\r
 465             {\r
 466                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 467                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 468                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 469             }\r
 470             else\r
 471             {\r
 472                 av.setStartSeq(offy);\r
 473                 av.setEndSeq(offy +\r
 474                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 475             }\r
 476         }\r
 477 \r
 478         if (overviewPanel != null)\r
 479         {\r
 480             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 481         }\r
 482 \r
 483         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 484         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 485 \r
 486         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 487             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 488              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 489              || av.getWrapAlignment()\r
 490              || !fastPaint)\r
 491         {\r
 492           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 493           repaint();\r
 494         }\r
 495         else\r
 496         {\r
 497             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 498             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 499 \r
 500             scalePanel.repaint();\r
 501 \r
 502             if (av.getShowAnnotation())\r
 503             {\r
 504                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 505             }\r
 506         }\r
 507     }\r
 508 \r
 509     /**\r
 510      * DOCUMENT ME!\r
 511      *\r
 512      * @param g DOCUMENT ME!\r
 513      */\r
 514     public void paintComponent(Graphics g)\r
 515     {\r
 516         invalidate();\r
 517 \r
 518         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 519         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 520         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 521         validate();\r
 522 \r
 523         if (av.getWrapAlignment())\r
 524         {\r
 525             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 526             vscroll.setMaximum(max);\r
 527             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 528             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 529         }\r
 530         else\r
 531         {\r
 532             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 533         }\r
 534     }\r
 535 \r
 536     /**\r
 537      * DOCUMENT ME!\r
 538      *\r
 539      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 540      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 541      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 542      *\r
 543      * @return DOCUMENT ME!\r
 544      *\r
 545      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 546      */\r
 547     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 548         throws PrinterException\r
 549     {\r
 550         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 551 \r
 552         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 553         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 554 \r
 555         if (av.getWrapAlignment())\r
 556         {\r
 557             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 558         }\r
 559         else\r
 560         {\r
 561             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 562         }\r
 563     }\r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * DOCUMENT ME!\r
 567      *\r
 568      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 569      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 570      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 571      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 572      *\r
 573      * @return DOCUMENT ME!\r
 574      *\r
 575      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 576      */\r
 577     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 578         throws PrinterException\r
 579     {\r
 580         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 581         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 582         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 583 \r
 584         pg.setColor(Color.white);\r
 585         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 586         pg.setFont(av.getFont());\r
 587 \r
 588         ////////////////////////////////////\r
 589         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 590         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 591 \r
 592         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 593             1;\r
 594 \r
 595         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 596 \r
 597         /////////////////////////////\r
 598         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 599         int startRes;\r
 600 \r
 601         /////////////////////////////\r
 602         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 603         int endRes;\r
 604 \r
 605         /////////////////////////////\r
 606         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 607         int startSeq;\r
 608 \r
 609         /////////////////////////////\r
 610         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 611         int endSeq;\r
 612         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 613         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 614 \r
 615         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 616         {\r
 617             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 618         }\r
 619 \r
 620         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 621         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 622 \r
 623         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 624         {\r
 625             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 626         }\r
 627 \r
 628         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 629 \r
 630         if (av.showAnnotation)\r
 631         {\r
 632             pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 633         }\r
 634 \r
 635         pagesHigh /= pheight;\r
 636 \r
 637         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 638         {\r
 639             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 640         }\r
 641 \r
 642         //draw Scale\r
 643         pg.translate(idWidth, 0);\r
 644         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 645         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 646 \r
 647         ////////////////\r
 648         // Draw the ids\r
 649         Color currentColor = null;\r
 650         Color currentTextColor = null;\r
 651 \r
 652         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 653         {\r
 654             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 655                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 656                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 657             {\r
 658                 currentColor = Color.gray;\r
 659                 currentTextColor = Color.black;\r
 660             }\r
 661             else\r
 662             {\r
 663                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 664                 currentTextColor = Color.black;\r
 665             }\r
 666 \r
 667             pg.setColor(currentColor);\r
 668             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 669                 av.getCharHeight());\r
 670 \r
 671             pg.setColor(currentTextColor);\r
 672 \r
 673             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 674 \r
 675             if (av.getShowFullId())\r
 676             {\r
 677                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 678             }\r
 679 \r
 680             pg.drawString(string, 0,\r
 681                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 682                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 683         }\r
 684 \r
 685         // draw main sequence panel\r
 686         pg.translate(idWidth, 0);\r
 687         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 688             startRes, startSeq, 0);\r
 689 \r
 690         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 691         {\r
 692             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight +3);\r
 693             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg, idWidth);\r
 694             pg.translate(idWidth, 0);\r
 695             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 696                 1);\r
 697         }\r
 698 \r
 699         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 700     }\r
 701 \r
 702     /**\r
 703      * DOCUMENT ME!\r
 704      *\r
 705      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 706      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 707      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 708      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 709      *\r
 710      * @return DOCUMENT ME!\r
 711      *\r
 712      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 713      */\r
 714     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 715         int pi) throws PrinterException\r
 716     {\r
 717 \r
 718       int annotationHeight = 0;\r
 719       AnnotationLabels labels = null;\r
 720       if (av.showAnnotation)\r
 721       {\r
 722         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 723         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 724       }\r
 725 \r
 726       int hgap = av.charHeight;\r
 727       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 728         hgap += av.charHeight;\r
 729 \r
 730       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 731           + hgap\r
 732           + annotationHeight;\r
 733 \r
 734 \r
 735       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 736 \r
 737         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 738                 idWidth);\r
 739 \r
 740         int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth +1);\r
 741 \r
 742         pg.setColor(Color.white);\r
 743         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 744         pg.setFont(av.getFont());\r
 745 \r
 746 \r
 747         ////////////////\r
 748         // Draw the ids\r
 749         pg.setColor(Color.black);\r
 750 \r
 751         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 752 \r
 753         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 754 \r
 755         int ypos = hgap;\r
 756         Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 757                              av.getFont().getSize());\r
 758         pg.setFont(italic);\r
 759 \r
 760 \r
 761         do\r
 762         {\r
 763           for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 764           {\r
 765             SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 766             String string = s.getName();\r
 767 \r
 768             if (av.getShowFullId())\r
 769             {\r
 770               string = s.getDisplayId();\r
 771             }\r
 772 \r
 773             pg.drawString(string, 0,\r
 774                           ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 775                           (av.charHeight / 5));\r
 776           }\r
 777             if (labels != null)\r
 778             {\r
 779               pg.translate(0,\r
 780                            ypos +\r
 781                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 782 \r
 783               pg.setFont(av.getFont());\r
 784               labels.drawComponent( pg, idWidth );\r
 785               pg.setFont(italic);\r
 786               pg.translate(0,\r
 787                            -ypos -\r
 788                            (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 789             }\r
 790 \r
 791             ypos += cHeight;\r
 792         }\r
 793         while (ypos < totalHeight);\r
 794 \r
 795         pg.translate(idWidth, 0);\r
 796 \r
 797         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 798 \r
 799         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 800         {\r
 801             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 802 \r
 803         }\r
 804      else\r
 805         {\r
 806             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 807         }\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * DOCUMENT ME!\r
 812      */\r
 813     public void makeEPS(File epsFile)\r
 814     {\r
 815       boolean accurateText = true;\r
 816 \r
 817       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 818           "Prompt each time");\r
 819 \r
 820       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 821       // Prompt for EPS rendering style\r
 822       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 823           && !\r
 824           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 825            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 826       {\r
 827         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 828         renderStyle = eps.getValue();\r
 829 \r
 830         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
 831           return;\r
 832 \r
 833         renderStyle = eps.getValue();\r
 834       }\r
 835 \r
 836       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 837       {\r
 838         accurateText = false;\r
 839       }\r
 840 \r
 841 \r
 842         if(epsFile == null)\r
 843         {\r
 844           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 845               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 846                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 847                                  {"eps"},\r
 848                                  new String[]\r
 849                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 850                                  "Encapsulated Postscript");\r
 851           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 852           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 853           chooser.setToolTipText("Save");\r
 854 \r
 855           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 856 \r
 857           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 858           {\r
 859             return;\r
 860           }\r
 861 \r
 862           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 863 \r
 864           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 865                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 866         }\r
 867 \r
 868 \r
 869         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 870         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 871 \r
 872 \r
 873         if (av.getWrapAlignment())\r
 874         {\r
 875           height = getWrappedHeight();\r
 876           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 877         }\r
 878         else if (av.getShowAnnotation())\r
 879         {\r
 880           height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 881         }\r
 882 \r
 883 \r
 884         try\r
 885          {\r
 886            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 887            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 888                                                 height);\r
 889 \r
 890            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 891 \r
 892            if (av.getWrapAlignment())\r
 893            {\r
 894                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 895             }\r
 896             else\r
 897             {\r
 898                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 899             }\r
 900 \r
 901             pg.flush();\r
 902             pg.close();\r
 903           }\r
 904           catch (OutOfMemoryError err)\r
 905           {\r
 906             System.out.println("########################\n"\r
 907                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
 908                                + "########################");\r
 909 \r
 910             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 911                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
 912                                                   +\r
 913                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 914                                                   , "Out of memory",\r
 915                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 916             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
 917             System.gc();\r
 918           }\r
 919         catch (Exception ex)\r
 920         {\r
 921             ex.printStackTrace();\r
 922         }\r
 923     }\r
 924 \r
 925 \r
 926     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 927     {\r
 928       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 929       //////////////////////////////////////////////\r
 930       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 931       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 932       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 933 \r
 934         // Gen image map\r
 935          //////////////////////////////////\r
 936          if(imgMapFile!=null)\r
 937          {\r
 938            try\r
 939            {\r
 940              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 941              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 942              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 943                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 944                        +"<map name=\"Map\">");\r
 945 \r
 946              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 947              {\r
 948                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 949                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 950                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 951                {\r
 952                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 953                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 954                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 955                  {\r
 956                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 957                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 958                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 959                    if (obj == null)\r
 960                      continue;\r
 961 \r
 962                    String triplet = obj.toString();\r
 963 \r
 964                    out.println(\r
 965                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 966                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 967                        + sy + ","\r
 968                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 969                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 970                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 971                        + alIndex + " " + triplet +\r
 972                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 973                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 974                        + " href=\"#\">");\r
 975                  }\r
 976                }\r
 977              }\r
 978 \r
 979              out.println("</map></body></html>");\r
 980              out.close();\r
 981 \r
 982            }\r
 983            catch (Exception ex)\r
 984            {\r
 985              ex.printStackTrace();\r
 986            }\r
 987          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 988 \r
 989     }\r
 990 \r
 991     int getWrappedHeight()\r
 992     {\r
 993 \r
 994       int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
 995         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 996 \r
 997       int hgap = av.charHeight;\r
 998       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 999         hgap += av.charHeight;\r
1000 \r
1001       int annotationHeight = 0;\r
1002       if (av.showAnnotation)\r
1003       {\r
1004         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1005       }\r
1006 \r
1007       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1008           + hgap\r
1009           + annotationHeight;\r
1010 \r
1011 \r
1012       int height =  ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1013 \r
1014       return height;\r
1015     }\r
1016 \r
1017     /**\r
1018      * DOCUMENT ME!\r
1019      */\r
1020     public void makePNG(File pngFile)\r
1021     {\r
1022       if(pngFile==null)\r
1023       {\r
1024         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
1025             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
1026                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
1027                                {"png"},\r
1028                                new String[]\r
1029                                {"Portable network graphics"},\r
1030                                "Portable network graphics");\r
1031         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1032         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
1033         chooser.setToolTipText("Save");\r
1034 \r
1035         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1036 \r
1037         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1038         {\r
1039           return;\r
1040         }\r
1041 \r
1042         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
1043 \r
1044         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
1045                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
1046       }\r
1047 \r
1048 \r
1049 \r
1050       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1051       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
1052 \r
1053       if (av.getWrapAlignment())\r
1054       {\r
1055         height = getWrappedHeight();\r
1056         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1057       }\r
1058       else if (av.getShowAnnotation())\r
1059         {\r
1060             height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
1061         }\r
1062 \r
1063         try\r
1064         {\r
1065 \r
1066             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1067 \r
1068             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1069                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1070             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1071 \r
1072             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1073                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1074 \r
1075             if (av.getWrapAlignment())\r
1076             {\r
1077                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1078             }\r
1079             else\r
1080             {\r
1081                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1082             }\r
1083 \r
1084             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1085             out.close();\r
1086         }\r
1087         catch (OutOfMemoryError err)\r
1088         {\r
1089           System.out.println("########################\n"\r
1090                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1091                              + "########################");\r
1092 \r
1093           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1094                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1095                                                 +\r
1096                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1097                                                 , "Out of memory",\r
1098                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1099           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1100           System.gc();\r
1101 \r
1102         }\r
1103         catch (Exception ex)\r
1104         {\r
1105             ex.printStackTrace();\r
1106         }\r
1107     }\r
1108 }\r
1109 \r
1110 \r
1111 /**\r
1112  * DOCUMENT ME!\r
1113  *\r
1114  * @author $author$\r
1115  * @version $Revision$\r
1116  */\r
1117 class Preview extends JFrame\r
1118 {\r
1119     /**\r
1120      * Creates a new Preview object.\r
1121      *\r
1122      * @param image DOCUMENT ME!\r
1123      */\r
1124     public Preview(Image image)\r
1125     {\r
1126         setResizable(true);\r
1127         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1128         setVisible(true);\r
1129         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1130         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1131         validate();\r
1132         repaint();\r
1133     }\r
1134 }\r
1135 \r
1136 \r
1137 /**\r
1138  * DOCUMENT ME!\r
1139  *\r
1140  * @author $author$\r
1141  * @version $Revision$\r
1142  */\r
1143 class PreviewPanel extends JPanel\r
1144 {\r
1145     Image image;\r
1146 \r
1147     /**\r
1148      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1149      *\r
1150      * @param image DOCUMENT ME!\r
1151      */\r
1152     public PreviewPanel(Image image)\r
1153     {\r
1154         this.image = image;\r
1155     }\r
1156 \r
1157     /**\r
1158      * DOCUMENT ME!\r
1159      *\r
1160      * @param g DOCUMENT ME!\r
1161      */\r
1162     public void paintComponent(Graphics g)\r
1163     {\r
1164         if (image != null)\r
1165         {\r
1166             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1167         }\r
1168         else\r
1169         {\r
1170             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1171         }\r
1172     }\r
1173 }\r