src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131                     }\r
 132 \r
 133                 }\r
 134             });\r
 135     }\r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public void fontChanged()\r
 141     {\r
 142         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 143         // to prevent drawing old image\r
 144         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 145 \r
 146         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 147                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 148         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150 \r
 151         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 152         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 153         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 154 \r
 155         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 156         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 157         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 158         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 159 \r
 160         if (av.getWrapAlignment())\r
 161         {\r
 162           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 163               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 164           vscroll.setMaximum(max);\r
 165           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 166           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 167         }\r
 168         else\r
 169         {\r
 170           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 171         }\r
 172 \r
 173         if(overviewPanel!=null)\r
 174           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 175 \r
 176         repaint();\r
 177     }\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * DOCUMENT ME!\r
 181      *\r
 182      * @return DOCUMENT ME!\r
 183      */\r
 184     public Dimension calculateIdWidth()\r
 185     {\r
 186       Container c = new Container();\r
 187 \r
 188         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 189         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 190 \r
 191         int i = 0;\r
 192         int idWidth = 0;\r
 193         String id;\r
 194 \r
 195         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 196         {\r
 197             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 198 \r
 199             if (av.getShowFullId())\r
 200             {\r
 201                 id = s.getDisplayId();\r
 202             }\r
 203             else\r
 204             {\r
 205                 id = s.getName();\r
 206             }\r
 207 \r
 208             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 209             {\r
 210                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 211             }\r
 212 \r
 213             i++;\r
 214         }\r
 215 \r
 216         // Also check annotation label widths\r
 217         i = 0;\r
 218 \r
 219         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 220         {\r
 221             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 222 \r
 223             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 224             {\r
 225                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 226 \r
 227                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 228                 {\r
 229                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 230                 }\r
 231 \r
 232                 i++;\r
 233             }\r
 234         }\r
 235 \r
 236         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * DOCUMENT ME!\r
 241      *\r
 242      * @param results DOCUMENT ME!\r
 243      */\r
 244     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 245     {\r
 246         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 247 \r
 248         // do we need to scroll the panel?\r
 249         if (results != null)\r
 250         {\r
 251             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 252             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 253             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 254 \r
 255             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 256                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 257                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 258             {\r
 259                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 260             }\r
 261         }\r
 262     }\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * DOCUMENT ME!\r
 266      *\r
 267      * @return DOCUMENT ME!\r
 268      */\r
 269     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 270     {\r
 271         return overviewPanel;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * DOCUMENT ME!\r
 276      *\r
 277      * @param op DOCUMENT ME!\r
 278      */\r
 279     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 280     {\r
 281         overviewPanel = op;\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * DOCUMENT ME!\r
 286      *\r
 287      * @param b DOCUMENT ME!\r
 288      */\r
 289     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 290     {\r
 291         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 292         annotationScroller.setVisible(b);\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * DOCUMENT ME!\r
 297      *\r
 298      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 299      */\r
 300     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 301     {\r
 302         av.startSeq = 0;\r
 303         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 304         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 305         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 306 \r
 307         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 308         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 309         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 310         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 311 \r
 312         repaint();\r
 313     }\r
 314 \r
 315 \r
 316     // return value is true if the scroll is valid\r
 317     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 318     {\r
 319         if (up)\r
 320         {\r
 321             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 322             {\r
 323                 return false;\r
 324             }\r
 325 \r
 326             fastPaint = false;\r
 327             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 328         }\r
 329         else\r
 330         {\r
 331             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 332             {\r
 333                 return false;\r
 334             }\r
 335 \r
 336             fastPaint = false;\r
 337             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 338         }\r
 339 \r
 340         fastPaint = true;\r
 341 \r
 342         return true;\r
 343     }\r
 344 \r
 345     /**\r
 346      * DOCUMENT ME!\r
 347      *\r
 348      * @param right DOCUMENT ME!\r
 349      *\r
 350      * @return DOCUMENT ME!\r
 351      */\r
 352     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 353     {\r
 354         if (right)\r
 355         {\r
 356             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 357             {\r
 358                 return false;\r
 359             }\r
 360 \r
 361             fastPaint = false;\r
 362             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 363         }\r
 364         else\r
 365         {\r
 366             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 367             {\r
 368                 return false;\r
 369             }\r
 370 \r
 371             fastPaint = false;\r
 372             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 373         }\r
 374 \r
 375         fastPaint = true;\r
 376 \r
 377         return true;\r
 378     }\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * DOCUMENT ME!\r
 382      *\r
 383      * @param x DOCUMENT ME!\r
 384      * @param y DOCUMENT ME!\r
 385      */\r
 386     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 387     {\r
 388         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 389             1);\r
 390 \r
 391         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 392         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 393 \r
 394         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 395         {\r
 396             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 397         }\r
 398 \r
 399         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 400         {\r
 401             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 402         }\r
 403 \r
 404         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 405         {\r
 406             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 407         }\r
 408 \r
 409         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 410         {\r
 411             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 412         }\r
 413 \r
 414         if (y < 0)\r
 415         {\r
 416             y = 0;\r
 417         }\r
 418 \r
 419         if (x < 0)\r
 420         {\r
 421             x = 0;\r
 422         }\r
 423 \r
 424         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 425         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 426     }\r
 427 \r
 428 \r
 429     /**\r
 430      * DOCUMENT ME!\r
 431      *\r
 432      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 433      */\r
 434     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 435     {\r
 436         int oldX = av.getStartRes();\r
 437         int oldY = av.getStartSeq();\r
 438 \r
 439         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 440         {\r
 441             int x = hscroll.getValue();\r
 442             av.setStartRes(x);\r
 443             av.setEndRes((x +\r
 444                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 445         }\r
 446 \r
 447         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 448         {\r
 449             int offy = vscroll.getValue();\r
 450 \r
 451             if (av.getWrapAlignment())\r
 452             {\r
 453                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 454                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 455                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 456             }\r
 457             else\r
 458             {\r
 459                 av.setStartSeq(offy);\r
 460                 av.setEndSeq(offy +\r
 461                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 462             }\r
 463         }\r
 464 \r
 465         if (overviewPanel != null)\r
 466         {\r
 467             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 468         }\r
 469 \r
 470         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 471         {\r
 472             repaint();\r
 473         }\r
 474         else\r
 475         {\r
 476             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 477             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 478                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 479 \r
 480             scalePanel.repaint();\r
 481 \r
 482             if (av.getShowAnnotation())\r
 483             {\r
 484                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 485             }\r
 486         }\r
 487     }\r
 488 \r
 489     /**\r
 490      * DOCUMENT ME!\r
 491      *\r
 492      * @param g DOCUMENT ME!\r
 493      */\r
 494     public void paintComponent(Graphics g)\r
 495     {\r
 496         invalidate();\r
 497 \r
 498         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 499         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 500         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 501         validate();\r
 502 \r
 503         if (av.getWrapAlignment())\r
 504         {\r
 505             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 506             vscroll.setMaximum(max);\r
 507             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 508             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 509         }\r
 510         else\r
 511         {\r
 512             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 513         }\r
 514     }\r
 515 \r
 516     /**\r
 517      * DOCUMENT ME!\r
 518      *\r
 519      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 520      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 521      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 522      *\r
 523      * @return DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 528         throws PrinterException\r
 529     {\r
 530         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 531 \r
 532         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 533         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 534 \r
 535         if (av.getWrapAlignment())\r
 536         {\r
 537             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 538         }\r
 539         else\r
 540         {\r
 541             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 542         }\r
 543     }\r
 544 \r
 545     /**\r
 546      * DOCUMENT ME!\r
 547      *\r
 548      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 549      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 550      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 551      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 552      *\r
 553      * @return DOCUMENT ME!\r
 554      *\r
 555      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 556      */\r
 557     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 558         throws PrinterException\r
 559     {\r
 560         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 561         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 562         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 563 \r
 564         pg.setColor(Color.white);\r
 565         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 566         pg.setFont(av.getFont());\r
 567 \r
 568         ////////////////////////////////////\r
 569         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 570         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 571 \r
 572         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 573             1;\r
 574 \r
 575         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 576 \r
 577         /////////////////////////////\r
 578         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 579         int startRes;\r
 580 \r
 581         /////////////////////////////\r
 582         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 583         int endRes;\r
 584 \r
 585         /////////////////////////////\r
 586         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 587         int startSeq;\r
 588 \r
 589         /////////////////////////////\r
 590         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 591         int endSeq;\r
 592         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 593         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 594 \r
 595         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 596         {\r
 597             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 598         }\r
 599 \r
 600         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 601         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 602 \r
 603         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 604         {\r
 605             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 606         }\r
 607 \r
 608         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 609 \r
 610         if (av.showAnnotation)\r
 611         {\r
 612             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 613         }\r
 614 \r
 615         pagesHigh /= pheight;\r
 616 \r
 617         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 618         {\r
 619             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 620         }\r
 621 \r
 622         //draw Scale\r
 623         pg.translate(idWidth, 0);\r
 624         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 625         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 626 \r
 627         ////////////////\r
 628         // Draw the ids\r
 629         Color currentColor = null;\r
 630         Color currentTextColor = null;\r
 631 \r
 632         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 633         {\r
 634             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 635                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 636                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 637             {\r
 638                 currentColor = Color.gray;\r
 639                 currentTextColor = Color.black;\r
 640             }\r
 641             else\r
 642             {\r
 643                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 644                 currentTextColor = Color.black;\r
 645             }\r
 646 \r
 647             pg.setColor(currentColor);\r
 648             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 649                 av.getCharHeight());\r
 650 \r
 651             pg.setColor(currentTextColor);\r
 652 \r
 653             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 654 \r
 655             if (av.getShowFullId())\r
 656             {\r
 657                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 658             }\r
 659 \r
 660             pg.drawString(string, 0,\r
 661                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 662                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 663         }\r
 664 \r
 665         // draw main sequence panel\r
 666         pg.translate(idWidth, 0);\r
 667         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 668             startRes, startSeq, 0);\r
 669 \r
 670         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 671         {\r
 672             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 673             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 674             pg.translate(idWidth, 0);\r
 675             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 676                 1);\r
 677         }\r
 678 \r
 679         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     /**\r
 683      * DOCUMENT ME!\r
 684      *\r
 685      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 686      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 687      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 688      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 689      *\r
 690      * @return DOCUMENT ME!\r
 691      *\r
 692      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 693      */\r
 694     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 695         int pi) throws PrinterException\r
 696     {\r
 697         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 698 \r
 699         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 700                 idWidth);\r
 701         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 702                 1) * av.charHeight;\r
 703 \r
 704         pg.setColor(Color.white);\r
 705         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 706         pg.setFont(av.getFont());\r
 707 \r
 708         ////////////////\r
 709         // Draw the ids\r
 710         pg.setColor(Color.black);\r
 711 \r
 712         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 713 \r
 714         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 715 \r
 716         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 717 \r
 718         do\r
 719         {\r
 720             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 721             {\r
 722                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 723                 String string = s.getName();\r
 724 \r
 725                 if (av.getShowFullId())\r
 726                 {\r
 727                     string = s.getDisplayId();\r
 728                 }\r
 729 \r
 730                 pg.drawString(string, 0,\r
 731                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 732                     (av.charHeight / 5));\r
 733             }\r
 734 \r
 735             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 736         }\r
 737         while (ypos < totalHeight);\r
 738 \r
 739         pg.translate(idWidth, 0);\r
 740 \r
 741         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 742 \r
 743         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 744         {\r
 745             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 746         }\r
 747         else\r
 748         {\r
 749             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 750         }\r
 751     }\r
 752 \r
 753     /**\r
 754      * DOCUMENT ME!\r
 755      */\r
 756     public void makeEPS(File epsFile)\r
 757     {\r
 758         if(epsFile == null)\r
 759         {\r
 760           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 761               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 762                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 763                                  {"eps"},\r
 764                                  new String[]\r
 765                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 766                                  "Encapsulated Postscript");\r
 767           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 768           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 769           chooser.setToolTipText("Save");\r
 770 \r
 771           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 772 \r
 773           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 774           {\r
 775             return;\r
 776           }\r
 777 \r
 778           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 779 \r
 780           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 781                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 782         }\r
 783 \r
 784         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 785         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 786 \r
 787         if (av.getWrapAlignment())\r
 788         {\r
 789           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 790               av.chunkHeight;\r
 791           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 792 \r
 793         }\r
 794 \r
 795 \r
 796         if (av.getShowAnnotation())\r
 797         {\r
 798             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 799         }\r
 800 \r
 801         try\r
 802          {\r
 803             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 804             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 805                     height);\r
 806 \r
 807             if (av.getWrapAlignment())\r
 808             {\r
 809                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 810             }\r
 811             else\r
 812             {\r
 813                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 814             }\r
 815 \r
 816             pg.flush();\r
 817             pg.close();\r
 818         }\r
 819         catch (Exception ex)\r
 820         {\r
 821             ex.printStackTrace();\r
 822         }\r
 823     }\r
 824 \r
 825 \r
 826     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 827     {\r
 828       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 829       //////////////////////////////////////////////\r
 830       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 831       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 832       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 833 \r
 834         // Gen image map\r
 835          //////////////////////////////////\r
 836          if(imgMapFile!=null)\r
 837          {\r
 838            try\r
 839            {\r
 840              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 841              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 842              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 843                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 844                        +"<map name=\"Map\">");\r
 845 \r
 846              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 847              {\r
 848                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 849                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 850                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 851                {\r
 852                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 853                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 854                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 855                  {\r
 856                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 857                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 858                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 859                    if (obj == null)\r
 860                      continue;\r
 861 \r
 862                    String triplet = obj.toString();\r
 863 \r
 864                    out.println(\r
 865                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 866                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 867                        + sy + ","\r
 868                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 869                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 870                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 871                        + alIndex + " " + triplet +\r
 872                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 873                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 874                        + " href=\"#\">");\r
 875                  }\r
 876                }\r
 877              }\r
 878 \r
 879              out.println("</map></body></html>");\r
 880              out.close();\r
 881 \r
 882            }\r
 883            catch (Exception ex)\r
 884            {\r
 885              ex.printStackTrace();\r
 886            }\r
 887          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 888 \r
 889     }\r
 890 \r
 891     /**\r
 892      * DOCUMENT ME!\r
 893      */\r
 894     public void makePNG(File pngFile)\r
 895     {\r
 896       if(pngFile==null)\r
 897       {\r
 898         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 899             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 900                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 901                                {"png"},\r
 902                                new String[]\r
 903                                {"Portable network graphics"},\r
 904                                "Portable network graphics");\r
 905         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 906         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 907         chooser.setToolTipText("Save");\r
 908 \r
 909         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 910 \r
 911         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 912         {\r
 913           return;\r
 914         }\r
 915 \r
 916         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 917 \r
 918         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 919                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 920       }\r
 921 \r
 922 \r
 923 \r
 924       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 925       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 926 \r
 927       if (av.getWrapAlignment())\r
 928       {\r
 929         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 930             av.chunkHeight;\r
 931         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 932 \r
 933       }\r
 934 \r
 935 \r
 936         if (av.getShowAnnotation())\r
 937         {\r
 938             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 939         }\r
 940 \r
 941         try\r
 942         {\r
 943 \r
 944             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 945 \r
 946             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 947                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 948             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 949 \r
 950             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 951                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 952 \r
 953             if (av.getWrapAlignment())\r
 954             {\r
 955                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 956             }\r
 957             else\r
 958             {\r
 959                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 960             }\r
 961 \r
 962             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 963             out.close();\r
 964         }\r
 965         catch(OutOfMemoryError err)\r
 966         {\r
 967           System.out.println("########################\n"\r
 968                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 969                              +"########################");\r
 970         }\r
 971         catch (Exception ex)\r
 972         {\r
 973             ex.printStackTrace();\r
 974         }\r
 975     }\r
 976 }\r
 977 \r
 978 \r
 979 /**\r
 980  * DOCUMENT ME!\r
 981  *\r
 982  * @author $author$\r
 983  * @version $Revision$\r
 984  */\r
 985 class Preview extends JFrame\r
 986 {\r
 987     /**\r
 988      * Creates a new Preview object.\r
 989      *\r
 990      * @param image DOCUMENT ME!\r
 991      */\r
 992     public Preview(Image image)\r
 993     {\r
 994         setResizable(true);\r
 995         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 996         setVisible(true);\r
 997         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 998         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 999         validate();\r
1000         repaint();\r
1001     }\r
1002 }\r
1003 \r
1004 \r
1005 /**\r
1006  * DOCUMENT ME!\r
1007  *\r
1008  * @author $author$\r
1009  * @version $Revision$\r
1010  */\r
1011 class PreviewPanel extends JPanel\r
1012 {\r
1013     Image image;\r
1014 \r
1015     /**\r
1016      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1017      *\r
1018      * @param image DOCUMENT ME!\r
1019      */\r
1020     public PreviewPanel(Image image)\r
1021     {\r
1022         this.image = image;\r
1023     }\r
1024 \r
1025     /**\r
1026      * DOCUMENT ME!\r
1027      *\r
1028      * @param g DOCUMENT ME!\r
1029      */\r
1030     public void paintComponent(Graphics g)\r
1031     {\r
1032         if (image != null)\r
1033         {\r
1034             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1035         }\r
1036         else\r
1037         {\r
1038             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1039         }\r
1040     }\r
1041 }\r