src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     fontChanged();\r
  55 \r
  56     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  57     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  58 \r
  59     setScrollValues(0, 0);\r
  60 \r
  61     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  62     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  63 \r
  64    setFocusable(true);\r
  65    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  66    {\r
  67      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  68      {\r
  69        switch(evt.getKeyCode())\r
  70        {\r
  71          case  27: // escape key\r
  72            av.setSelectionGroup(null);\r
  73            repaint();\r
  74            break;\r
  75          case KeyEvent.VK_X:\r
  76            if(evt.isControlDown())\r
  77            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  78            break;\r
  79          case KeyEvent.VK_C:\r
  80          if(evt.isControlDown())\r
  81            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  82            break;\r
  83          case KeyEvent.VK_V:\r
  84           if(evt.isControlDown())\r
  85            alignFrame.paste(true);\r
  86            break;\r
  87          case KeyEvent.VK_A:\r
  88          if(evt.isControlDown())\r
  89            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  90            break;\r
  91         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  92           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  93           break;\r
  94         case KeyEvent.VK_UP:\r
  95           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  96           break;\r
  97         case KeyEvent.VK_F:\r
  98          if(evt.isControlDown())\r
  99           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 100           break;\r
 101        }\r
 102      }\r
 103    });\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void fontChanged()\r
 107   {\r
 108     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 109     // to prevent drawing old image\r
 110     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 111     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 112     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 113     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 114     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 115     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 116     repaint();\r
 117   }\r
 118 \r
 119 \r
 120   Dimension calculateIdWidth()\r
 121   {\r
 122     Graphics g = this.getGraphics();\r
 123     if(g==null)\r
 124     {\r
 125       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 126       f.addNotify();\r
 127       g = f.getGraphics();\r
 128     }\r
 129 \r
 130     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 131     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 132 \r
 133        int i   = 0;\r
 134        int idWidth = 0;\r
 135        String id;\r
 136        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 137        {\r
 138          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 139          if(av.getShowFullId())\r
 140            id   = s.getDisplayId();\r
 141          else\r
 142            id = s.getName();\r
 143 \r
 144          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 145            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 146          i++;\r
 147        }\r
 148 \r
 149        // Also check annotation label widths\r
 150        i=0;\r
 151        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 152        {\r
 153          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 154          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 155          {\r
 156            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 157            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 158              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 159            i++;\r
 160          }\r
 161        }\r
 162 \r
 163        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 164   }\r
 165 \r
 166 \r
 167  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 168  {\r
 169    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 170 \r
 171    // do we need to scroll the panel?\r
 172    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 173                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 174                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 175                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 176        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 177 \r
 178 \r
 179  }\r
 180 \r
 181 \r
 182  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 183  {\r
 184    return overviewPanel;\r
 185  }\r
 186 \r
 187  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 188  {\r
 189    overviewPanel = op;\r
 190  }\r
 191 \r
 192 \r
 193   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 194   {\r
 195     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 196     annotationScroller.setVisible(b);\r
 197   }\r
 198 \r
 199 \r
 200   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 201   {\r
 202     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 203     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 204     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 205 \r
 206     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 207     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 208     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 209     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 210 \r
 211     repaint();\r
 212 \r
 213   }\r
 214 \r
 215 \r
 216   public void setColourScheme()\r
 217   {\r
 218     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 219 \r
 220     if(av.getConservationSelected())\r
 221     {\r
 222 \r
 223        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 224        Conservation c = new Conservation("All",\r
 225                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 226                             al.getWidth() );\r
 227 \r
 228        c.calculate();\r
 229        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 230        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 231 \r
 232        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 233 \r
 234     }\r
 235 \r
 236     repaint();\r
 237   }\r
 238 \r
 239 \r
 240   int hextent = 0;\r
 241   int vextent = 0;\r
 242 \r
 243   // return value is true if the scroll is valid\r
 244   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 245   {\r
 246     if(up)\r
 247     {\r
 248       if(vscroll.getValue()<1)\r
 249         return false;\r
 250       fastPaint  = false;\r
 251       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 252     }\r
 253     else\r
 254     {\r
 255      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 256        return false;\r
 257       fastPaint  = false;\r
 258       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 259     }\r
 260     fastPaint = true;\r
 261     return true;\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 265   {\r
 266 \r
 267     if (right)\r
 268     {\r
 269       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 270         return false;\r
 271       fastPaint = false;\r
 272       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 273     }\r
 274     else\r
 275     {\r
 276       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 277         return false;\r
 278       fastPaint = false;\r
 279       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 280     }\r
 281     fastPaint = true;\r
 282     return true;\r
 283   }\r
 284 \r
 285 \r
 286   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 287   {\r
 288     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 289     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 290 \r
 291     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 292       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 293     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 294       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 295 \r
 296     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 297       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 298 \r
 299     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 300       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 301 \r
 302     if(y<0)\r
 303       y = 0;\r
 304 \r
 305     if(x<0)\r
 306       x=0;\r
 307 \r
 308     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 309     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 310 \r
 311   }\r
 312 \r
 313 \r
 314   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 315   {\r
 316     int oldX = av.getStartRes();\r
 317     int oldY = av.getStartSeq();\r
 318 \r
 319     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 320     {\r
 321       int x = hscroll.getValue();\r
 322       av.setStartRes(x);\r
 323       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 324     }\r
 325 \r
 326     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 327     {\r
 328       int offy = vscroll.getValue();\r
 329       if (av.getWrapAlignment())\r
 330       {\r
 331         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 332         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 333         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 334       }\r
 335       else\r
 336       {\r
 337         av.setStartSeq(offy);\r
 338         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 339       }\r
 340     }\r
 341 \r
 342 \r
 343     if(overviewPanel!=null)\r
 344       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 345 \r
 346     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 347       repaint();\r
 348     else\r
 349     {\r
 350       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 351       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 352                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 353 \r
 354       scalePanel.repaint();\r
 355       if (av.getShowAnnotation())\r
 356         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 357     }\r
 358 \r
 359   }\r
 360 \r
 361 \r
 362   public void paintComponent(Graphics g)\r
 363   {\r
 364     invalidate();\r
 365     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 366     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 367     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 368     validate();\r
 369 \r
 370     if (av.getWrapAlignment())\r
 371     {\r
 372       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 373       vscroll.setMaximum(max);\r
 374       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 375       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 376     }\r
 377     else\r
 378     {\r
 379       if (overviewPanel != null)\r
 380         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 381       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 382     }\r
 383 \r
 384 \r
 385 \r
 386   }\r
 387 \r
 388   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 389   {\r
 390     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 391 \r
 392     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 393     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 394 \r
 395     if (av.getWrapAlignment())\r
 396       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 397     else\r
 398       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 399   }\r
 400 \r
 401   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 402   {\r
 403 \r
 404     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 405 \r
 406 \r
 407     pg.setColor(Color.white);\r
 408     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 409     pg.setFont( av.getFont() );\r
 410 \r
 411     ////////////////////////////////////\r
 412     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 413     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 414     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 415     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 416     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 417 \r
 418     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 419      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 420 \r
 421     /////////////////////////////\r
 422     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 423     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 424     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 425     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 426     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 427       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 428 \r
 429      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 430      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 431      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 432        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 433 \r
 434 \r
 435     ////////////////\r
 436     //draw Scale\r
 437     pg.translate(idWidth,0);\r
 438     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 439 \r
 440     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 441     ////////////////\r
 442     // Draw the ids\r
 443     Color currentColor=null;\r
 444     Color currentTextColor=null;\r
 445     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 446     {\r
 447       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 448       {\r
 449         currentColor = Color.gray;\r
 450         currentTextColor = Color.black;\r
 451       }\r
 452       else\r
 453       {\r
 454         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 455         currentTextColor = Color.black;\r
 456       }\r
 457 \r
 458       pg.setColor(currentColor);\r
 459       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 460                               idWidth,\r
 461                               av.getCharHeight());\r
 462 \r
 463       pg.setColor(currentTextColor);\r
 464 \r
 465       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 466       if(av.getShowFullId())\r
 467         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 468 \r
 469       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 470                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 471     }\r
 472 \r
 473     // draw main sequence panel\r
 474     pg.translate(idWidth,0);\r
 475     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 476 \r
 477 \r
 478     if(av.getShowAnnotation())\r
 479       {\r
 480         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 481         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 482         pg.translate(idWidth,0);\r
 483         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 484       }\r
 485 \r
 486     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 487   }\r
 488 \r
 489 \r
 490   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 491   {\r
 492 \r
 493     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 494 \r
 495     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 496       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 497 \r
 498 \r
 499     pg.setColor(Color.white);\r
 500     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 501     pg.setFont( av.getFont() );\r
 502 \r
 503     ////////////////////////////////////\r
 504     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 505     AlignmentI da = av.alignment;\r
 506     int endy   = da.getHeight();\r
 507     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 508     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 509 \r
 510     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 511     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 512 \r
 513     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 514      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 515 \r
 516     ////////////////\r
 517     // Draw the ids\r
 518     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 519 \r
 520     pg.setColor(Color.black);\r
 521 \r
 522     int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 523     // Draw the rest of the panels\r
 524 \r
 525     for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.getEndRes(); row<av.alignment.getWidth();\r
 526         ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 527     {\r
 528       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 529       {\r
 530         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 531         String string = s.getName();\r
 532         if (av.getShowFullId())\r
 533           string = s.getDisplayId();\r
 534 \r
 535         pg.drawString(string, 0,\r
 536                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 537                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 538       }\r
 539     }\r
 540 \r
 541     // draw main sequence panel\r
 542     pg.translate(idWidth,0);\r
 543     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 544 \r
 545 \r
 546     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 547 \r
 548   }\r
 549 \r
 550 \r
 551   public void makeEPS()\r
 552   {\r
 553     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 554     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 555 \r
 556     if (!av.getWrapAlignment())\r
 557     {\r
 558       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 559       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 560     }\r
 561     if(av.getShowAnnotation())\r
 562    {\r
 563      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 564    }\r
 565 \r
 566     try\r
 567     {\r
 568       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 569           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 570       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 571       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 572       chooser.setToolTipText("Save");\r
 573 \r
 574       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 575       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 576         return;\r
 577 \r
 578       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 579       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 580       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 581 \r
 582         if (av.getWrapAlignment())\r
 583           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 584         else\r
 585           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 586 \r
 587 \r
 588         pg.flush();\r
 589         pg.close();\r
 590     }\r
 591     catch (Exception ex)\r
 592     {\r
 593       ex.printStackTrace();\r
 594     }\r
 595   }\r
 596 \r
 597   public void makePNG()\r
 598   {\r
 599       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 600       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 601 \r
 602       if (!av.getWrapAlignment())\r
 603       {\r
 604         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 605         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 606       }\r
 607 \r
 608       if(av.getShowAnnotation())\r
 609       {\r
 610         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 611       }\r
 612 \r
 613 \r
 614 System.out.println(width +" "+height);\r
 615 \r
 616     try\r
 617     {\r
 618       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 619           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 620       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 621       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 622       chooser.setToolTipText("Save");\r
 623 \r
 624       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 625       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 626         return;\r
 627 \r
 628       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 629       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 630 \r
 631       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 632       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 633 \r
 634 \r
 635         if (av.getWrapAlignment())\r
 636           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 637         else\r
 638           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 639 \r
 640         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 641         out.close();\r
 642     }\r
 643     catch (Exception ex)\r
 644     {\r
 645       ex.printStackTrace();\r
 646     }\r
 647   }\r
 648 \r
 649 }\r
 650 \r
 651 \r
 652 \r
 653 \r