src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import java.awt.print.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.schemes.*;\r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class AlignmentPanel\r
  40     extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  41 {\r
  42   public AlignViewport av;\r
  43   OverviewPanel overviewPanel;\r
  44   SeqPanel seqPanel;\r
  45   IdPanel idPanel;\r
  46   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  47 \r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public AlignFrame alignFrame;\r
  50   ScalePanel scalePanel;\r
  51   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  52   AnnotationLabels alabels;\r
  53 \r
  54   // this value is set false when selection area being dragged\r
  55   boolean fastPaint = true;\r
  56   int hextent = 0;\r
  57   int vextent = 0;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  61    *\r
  62    * @param af DOCUMENT ME!\r
  63    * @param av DOCUMENT ME!\r
  64    */\r
  65   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  66   {\r
  67     alignFrame = af;\r
  68     this.av = av;\r
  69     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  70     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  71 \r
  72     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  73 \r
  74     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  75     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  76     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  77 \r
  78     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  79     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  80 \r
  81     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  82     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  83 \r
  84     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  86 \r
  87     setScrollValues(0, 0);\r
  88 \r
  89     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  90 \r
  91     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  92     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  93 \r
  94     final AlignmentPanel ap = this;\r
  95     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  96     {\r
  97       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 100         {\r
 101           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
 102                                  av.getSequenceSetId(),\r
 103                                  true,\r
 104                                  true);\r
 105           alignmentChanged();\r
 106         }\r
 107       }\r
 108     });\r
 109 \r
 110     fontChanged();\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114   public void alignmentChanged()\r
 115   {\r
 116     av.alignmentChanged(this);\r
 117 \r
 118     if (overviewPanel != null)\r
 119     {\r
 120       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 124 \r
 125     repaint();\r
 126   }\r
 127 \r
 128   /**\r
 129    * DOCUMENT ME!\r
 130    */\r
 131   public void fontChanged()\r
 132   {\r
 133     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 134     // to prevent drawing old image\r
 135     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 136 \r
 137     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 138         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 139     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 140         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 141 \r
 142     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 143     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 144     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 145 \r
 146     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 147     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 148     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 149     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 150 \r
 151     if (overviewPanel != null)\r
 152     {\r
 153       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 154     }\r
 155 \r
 156     repaint();\r
 157   }\r
 158 \r
 159   /**\r
 160    * DOCUMENT ME!\r
 161    *\r
 162    * @return DOCUMENT ME!\r
 163    */\r
 164   public Dimension calculateIdWidth()\r
 165   {\r
 166     Container c = new Container();\r
 167 \r
 168     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
 169         new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
 170 \r
 171     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 172 \r
 173     int i = 0;\r
 174     int idWidth = 0;\r
 175     String id;\r
 176 \r
 177     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 178     {\r
 179       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 180 \r
 181       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 182 \r
 183       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 184       {\r
 185         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 186       }\r
 187 \r
 188       i++;\r
 189     }\r
 190 \r
 191     // Also check annotation label widths\r
 192     i = 0;\r
 193 \r
 194     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 195     {\r
 196       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 197 \r
 198       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 199       {\r
 200         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 201 \r
 202         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 203         {\r
 204           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 205         }\r
 206 \r
 207         i++;\r
 208       }\r
 209     }\r
 210 \r
 211     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 212   }\r
 213 \r
 214   /**\r
 215    * DOCUMENT ME!\r
 216    *\r
 217    * @param results DOCUMENT ME!\r
 218    */\r
 219   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 220   {\r
 221     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 222 \r
 223     // do we need to scroll the panel?\r
 224     if (results != null)\r
 225     {\r
 226       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 227       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 228       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 229       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 230 \r
 231       if (!av.wrapAlignment)\r
 232       {\r
 233         if ( (av.getStartRes() > end) || (av.getEndRes() < start) ||\r
 234             ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 235         {\r
 236           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 237         }\r
 238       }\r
 239       else\r
 240       {\r
 241         scrollToWrappedVisible(start);\r
 242       }\r
 243     }\r
 244   }\r
 245 \r
 246   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 247   {\r
 248     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 249         getWidth());\r
 250     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))\r
 251     {\r
 252       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 253       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 254     }\r
 255   }\r
 256 \r
 257   /**\r
 258    * DOCUMENT ME!\r
 259    *\r
 260    * @return DOCUMENT ME!\r
 261    */\r
 262   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 263   {\r
 264     return overviewPanel;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   /**\r
 268    * DOCUMENT ME!\r
 269    *\r
 270    * @param op DOCUMENT ME!\r
 271    */\r
 272   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 273   {\r
 274     overviewPanel = op;\r
 275   }\r
 276 \r
 277   /**\r
 278    * DOCUMENT ME!\r
 279    *\r
 280    * @param b DOCUMENT ME!\r
 281    */\r
 282   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 283   {\r
 284     if (!av.wrapAlignment)\r
 285     {\r
 286       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 287       annotationScroller.setVisible(b);\r
 288     }\r
 289     repaint();\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void adjustAnnotationHeight()\r
 293   {\r
 294     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
 295     {\r
 296       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
 297     }\r
 298 \r
 299     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight() +\r
 300         hscroll.getPreferredSize().height;\r
 301 \r
 302     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 303     {\r
 304       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 305     }\r
 306 \r
 307     hscroll.addNotify();\r
 308 \r
 309     annotationScroller.setPreferredSize(\r
 310         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 311                       height + hscroll.getHeight()));\r
 312 \r
 313 \r
 314     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 315         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 316         height));\r
 317 \r
 318     repaint();\r
 319   }\r
 320 \r
 321   /**\r
 322    * DOCUMENT ME!\r
 323    *\r
 324    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 325    */\r
 326   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 327   {\r
 328     av.startSeq = 0;\r
 329     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 330     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 331     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 332 \r
 333     if (wrap)\r
 334     {\r
 335       annotationScroller.setVisible(false);\r
 336       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 337     }\r
 338     else if (av.showAnnotation)\r
 339     {\r
 340       annotationScroller.setVisible(true);\r
 341       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 342     }\r
 343 \r
 344     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 345 \r
 346     repaint();\r
 347   }\r
 348 \r
 349   // return value is true if the scroll is valid\r
 350   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 351   {\r
 352     if (up)\r
 353     {\r
 354       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 355       {\r
 356         return false;\r
 357       }\r
 358 \r
 359       fastPaint = false;\r
 360       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 361     }\r
 362     else\r
 363     {\r
 364       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 365       {\r
 366         return false;\r
 367       }\r
 368 \r
 369       fastPaint = false;\r
 370       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 371     }\r
 372 \r
 373     fastPaint = true;\r
 374 \r
 375     return true;\r
 376   }\r
 377 \r
 378   /**\r
 379    * DOCUMENT ME!\r
 380    *\r
 381    * @param right DOCUMENT ME!\r
 382    *\r
 383    * @return DOCUMENT ME!\r
 384    */\r
 385   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 386   {\r
 387     if (!right)\r
 388     {\r
 389       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 390       {\r
 391         return false;\r
 392       }\r
 393 \r
 394       fastPaint = false;\r
 395       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 396     }\r
 397     else\r
 398     {\r
 399       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 400       {\r
 401         return false;\r
 402       }\r
 403 \r
 404       fastPaint = false;\r
 405       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 406     }\r
 407 \r
 408     fastPaint = true;\r
 409 \r
 410     return true;\r
 411   }\r
 412 \r
 413   /**\r
 414    * DOCUMENT ME!\r
 415    *\r
 416    * @param x DOCUMENT ME!\r
 417    * @param y DOCUMENT ME!\r
 418    */\r
 419   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 420   {\r
 421 \r
 422     int width = av.alignment.getWidth();\r
 423     int height = av.alignment.getHeight();\r
 424 \r
 425     if (av.hasHiddenColumns)\r
 426     {\r
 427       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 428     }\r
 429 \r
 430     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) - 1);\r
 431 \r
 432     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 433     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 434 \r
 435     if (hextent > width)\r
 436     {\r
 437       hextent = width;\r
 438     }\r
 439 \r
 440     if (vextent > height)\r
 441     {\r
 442       vextent = height;\r
 443     }\r
 444 \r
 445     if ( (hextent + x) > width)\r
 446     {\r
 447       x = width - hextent;\r
 448     }\r
 449 \r
 450     if ( (vextent + y) > height)\r
 451     {\r
 452       y = height - vextent;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     if (y < 0)\r
 456     {\r
 457       y = 0;\r
 458     }\r
 459 \r
 460     if (x < 0)\r
 461     {\r
 462       x = 0;\r
 463     }\r
 464 \r
 465     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 466     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 467   }\r
 468 \r
 469   /**\r
 470    * DOCUMENT ME!\r
 471    *\r
 472    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 473    */\r
 474   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 475   {\r
 476 \r
 477     int oldX = av.getStartRes();\r
 478     int oldY = av.getStartSeq();\r
 479 \r
 480     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 481     {\r
 482       int x = hscroll.getValue();\r
 483       av.setStartRes(x);\r
 484       av.setEndRes( (x +\r
 485                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 486     }\r
 487 \r
 488     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 489     {\r
 490       int offy = vscroll.getValue();\r
 491 \r
 492       if (av.getWrapAlignment())\r
 493       {\r
 494         if (offy > -1)\r
 495         {\r
 496           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 497               seqCanvas.getWidth());\r
 498           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 499           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 500         }\r
 501         else\r
 502         {\r
 503           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 504           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 505           //as preference setting\r
 506           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 507           {\r
 508             public void run()\r
 509             {\r
 510               setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 511             }\r
 512           });\r
 513         }\r
 514       }\r
 515       else\r
 516       {\r
 517         av.setStartSeq(offy);\r
 518         av.setEndSeq(offy +\r
 519                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 520       }\r
 521     }\r
 522 \r
 523     if (overviewPanel != null)\r
 524     {\r
 525       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 526     }\r
 527 \r
 528     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 529     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 530 \r
 531     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 532     {\r
 533       repaint();\r
 534     }\r
 535     else\r
 536     {\r
 537       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 538       // larger than the visible window\r
 539       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)\r
 540       {\r
 541         scrollX = av.endRes - av.startRes;\r
 542       }\r
 543       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)\r
 544       {\r
 545         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 546       }\r
 547 \r
 548       if (scrollX != 0 || scrollY != 0)\r
 549       {\r
 550         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 551         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 552                                      scrollY);\r
 553         scalePanel.repaint();\r
 554 \r
 555         if (av.getShowAnnotation())\r
 556         {\r
 557           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 558         }\r
 559       }\r
 560     }\r
 561   }\r
 562 \r
 563   public void paintAlignment(boolean updateOverview)\r
 564   {\r
 565     repaint();\r
 566 \r
 567     if(updateOverview)\r
 568     {\r
 569       jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
 570           .sequenceColoursChanged(this);\r
 571 \r
 572       if (overviewPanel != null)\r
 573       {\r
 574         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 575       }\r
 576     }\r
 577   }\r
 578 \r
 579   /**\r
 580    * DOCUMENT ME!\r
 581    *\r
 582    * @param g DOCUMENT ME!\r
 583    */\r
 584   public void paintComponent(Graphics g)\r
 585   {\r
 586     invalidate();\r
 587 \r
 588     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 589     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 590     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 591     validate();\r
 592 \r
 593     if (av.getWrapAlignment())\r
 594     {\r
 595       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 596 \r
 597       if (av.hasHiddenColumns)\r
 598       {\r
 599         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 600       }\r
 601 \r
 602       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 603           seqCanvas.getWidth());\r
 604       if (canvasWidth > 0)\r
 605       {\r
 606         int max = maxwidth /\r
 607             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
 608             getWidth()) +\r
 609             1;\r
 610         vscroll.setMaximum(max);\r
 611         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 612         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 613       }\r
 614     }\r
 615     else\r
 616     {\r
 617       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 618     }\r
 619   }\r
 620 \r
 621   /**\r
 622    * DOCUMENT ME!\r
 623    *\r
 624    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 625    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 626    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 627    *\r
 628    * @return DOCUMENT ME!\r
 629    *\r
 630    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 631    */\r
 632   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 633       throws PrinterException\r
 634   {\r
 635     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 636 \r
 637     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 638     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 639 \r
 640     if (av.getWrapAlignment())\r
 641     {\r
 642       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 643     }\r
 644     else\r
 645     {\r
 646       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 647     }\r
 648   }\r
 649 \r
 650   /**\r
 651    * DOCUMENT ME!\r
 652    *\r
 653    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 654    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 655    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 656    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 657    *\r
 658    * @return DOCUMENT ME!\r
 659    *\r
 660    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 661    */\r
 662   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 663       throws PrinterException\r
 664   {\r
 665     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 666     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 667     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 668 \r
 669     pg.setColor(Color.white);\r
 670     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 671     pg.setFont(av.getFont());\r
 672 \r
 673     ////////////////////////////////////\r
 674     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 675     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 676 \r
 677     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 678         1;\r
 679 \r
 680     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 681 \r
 682     /////////////////////////////\r
 683     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 684     int startRes;\r
 685 \r
 686     /////////////////////////////\r
 687     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 688     int endRes;\r
 689 \r
 690     /////////////////////////////\r
 691     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 692     int startSeq;\r
 693 \r
 694     /////////////////////////////\r
 695     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 696     int endSeq;\r
 697     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 698     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 699 \r
 700     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 701     {\r
 702       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 703     }\r
 704 \r
 705     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 706     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 707 \r
 708     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 709     {\r
 710       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 711     }\r
 712 \r
 713     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 714 \r
 715     if (av.showAnnotation)\r
 716     {\r
 717       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 718     }\r
 719 \r
 720     pagesHigh /= pheight;\r
 721 \r
 722     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 723     {\r
 724       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 725     }\r
 726 \r
 727     //draw Scale\r
 728     pg.translate(idWidth, 0);\r
 729     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 730     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 731 \r
 732     ////////////////\r
 733     // Draw the ids\r
 734     Color currentColor = null;\r
 735     Color currentTextColor = null;\r
 736 \r
 737     pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 738 \r
 739     SequenceI seq;\r
 740     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 741     {\r
 742       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 743       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 744           av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))\r
 745       {\r
 746         currentColor = Color.gray;\r
 747         currentTextColor = Color.black;\r
 748       }\r
 749       else\r
 750       {\r
 751         currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
 752         currentTextColor = Color.black;\r
 753       }\r
 754 \r
 755       pg.setColor(currentColor);\r
 756       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 757                   av.getCharHeight());\r
 758 \r
 759       pg.setColor(currentTextColor);\r
 760 \r
 761       int xPos = 0;\r
 762       if (av.rightAlignIds)\r
 763       {\r
 764         fm = pg.getFontMetrics();\r
 765         xPos = idWidth - fm.stringWidth(\r
 766             seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
 767             ) - 4;\r
 768       }\r
 769 \r
 770       pg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),\r
 771                     xPos,\r
 772                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 773                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 774     }\r
 775 \r
 776     pg.setFont(av.getFont());\r
 777 \r
 778     // draw main sequence panel\r
 779     pg.translate(idWidth, 0);\r
 780     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 781 \r
 782     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 783     {\r
 784       pg.translate( -idWidth - 3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 785       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 786       pg.translate(idWidth + 3, 0);\r
 787       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 788                                     1);\r
 789     }\r
 790 \r
 791     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 792   }\r
 793 \r
 794   /**\r
 795    * DOCUMENT ME!\r
 796    *\r
 797    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 798    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 799    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 800    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 801    *\r
 802    * @return DOCUMENT ME!\r
 803    *\r
 804    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 805    */\r
 806   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 807                                    int pi)\r
 808       throws PrinterException\r
 809   {\r
 810 \r
 811     int annotationHeight = 0;\r
 812     AnnotationLabels labels = null;\r
 813     if (av.showAnnotation)\r
 814     {\r
 815       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 816       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 817     }\r
 818 \r
 819     int hgap = av.charHeight;\r
 820     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 821     {\r
 822       hgap += av.charHeight;\r
 823     }\r
 824 \r
 825     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 826         + hgap\r
 827         + annotationHeight;\r
 828 \r
 829     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
 830 \r
 831     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 832     if (av.hasHiddenColumns)\r
 833     {\r
 834       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 838         idWidth);\r
 839 \r
 840     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 841 \r
 842     pg.setColor(Color.white);\r
 843     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 844     pg.setFont(av.getFont());\r
 845 \r
 846     ////////////////\r
 847     // Draw the ids\r
 848     pg.setColor(Color.black);\r
 849 \r
 850     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 851 \r
 852     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 853 \r
 854     int ypos = hgap;\r
 855 \r
 856     do\r
 857     {\r
 858       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 859       {\r
 860         pg.setFont(idPanel.idCanvas.idfont);\r
 861         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 862         String string = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 863         int xPos = 0;\r
 864         if (av.rightAlignIds)\r
 865         {\r
 866           FontMetrics fm = pg.getFontMetrics();\r
 867           xPos = idWidth - fm.stringWidth(string) - 4;\r
 868         }\r
 869         pg.drawString(string, xPos,\r
 870                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 871                       (av.charHeight / 5));\r
 872       }\r
 873       if (labels != null)\r
 874       {\r
 875         pg.translate( -3,\r
 876                      ypos +\r
 877                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 878 \r
 879         pg.setFont(av.getFont());\r
 880         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 881         pg.translate( +3,\r
 882                      -ypos -\r
 883                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 884       }\r
 885 \r
 886       ypos += cHeight;\r
 887     }\r
 888     while (ypos < totalHeight);\r
 889 \r
 890     pg.translate(idWidth, 0);\r
 891 \r
 892     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 893 \r
 894     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 895     {\r
 896       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 897 \r
 898     }\r
 899     else\r
 900     {\r
 901       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 902     }\r
 903   }\r
 904 \r
 905   int getVisibleIdWidth()\r
 906   {\r
 907     return\r
 908         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
 909         calculateIdWidth().width + 4;\r
 910   }\r
 911 \r
 912   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 913   {\r
 914     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 915     if (av.hasHiddenColumns)\r
 916     {\r
 917       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
 918     }\r
 919 \r
 920     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 921     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
 922 \r
 923     if (av.getWrapAlignment())\r
 924     {\r
 925       height = getWrappedHeight();\r
 926       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 927           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 928       {\r
 929         width = alignFrame.getWidth()\r
 930             - vscroll.getPreferredSize().width\r
 931             - alignFrame.getInsets().left\r
 932             - alignFrame.getInsets().right;\r
 933       }\r
 934       else\r
 935       {\r
 936         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
 937       }\r
 938 \r
 939     }\r
 940     else if (av.getShowAnnotation())\r
 941     {\r
 942       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 943     }\r
 944 \r
 945     try\r
 946     {\r
 947 \r
 948       jalview.util.ImageMaker im;\r
 949       if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 950       {\r
 951         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 952                                          jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 953                                          "Create PNG image from alignment",\r
 954                                          width, height, file, null);\r
 955       }\r
 956       else\r
 957       {\r
 958         im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 959                                          jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 960                                          "Create EPS file from alignment",\r
 961                                          width, height, file,\r
 962                                          alignFrame.getTitle());\r
 963       }\r
 964 \r
 965       if (av.getWrapAlignment())\r
 966       {\r
 967         if (im.getGraphics() != null)\r
 968         {\r
 969           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 970           im.writeImage();\r
 971         }\r
 972       }\r
 973       else\r
 974       {\r
 975         if (im.getGraphics() != null)\r
 976         {\r
 977           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 978           im.writeImage();\r
 979         }\r
 980       }\r
 981     }\r
 982     catch (OutOfMemoryError err)\r
 983     {\r
 984       System.out.println("########################\n"\r
 985                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 986                          + "########################");\r
 987 \r
 988       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 989                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 990                                             +\r
 991                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 992                                             , "Out of memory",\r
 993                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 994       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 995       System.gc();\r
 996 \r
 997     }\r
 998     catch (Exception ex)\r
 999     {\r
1000       ex.printStackTrace();\r
1001     }\r
1002   }\r
1003 \r
1004   /**\r
1005    * DOCUMENT ME!\r
1006    */\r
1007   public void makeEPS(File epsFile)\r
1008   {\r
1009     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1010   }\r
1011 \r
1012   /**\r
1013    * DOCUMENT ME!\r
1014    */\r
1015   public void makePNG(File pngFile)\r
1016   {\r
1017     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1018   }\r
1019 \r
1020   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1021   {\r
1022     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1023     //////////////////////////////////////////////\r
1024     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
1025     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1026     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1027 \r
1028     // Gen image map\r
1029     //////////////////////////////////\r
1030     if (imgMapFile != null)\r
1031     {\r
1032       try\r
1033       {\r
1034         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1035             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1036         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1037         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1038         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1039         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1040                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1041                     + "<map name=\"Map\">");\r
1042 \r
1043         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1044         {\r
1045           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1046 \r
1047           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1048           SequenceFeature[] features = seq.getDatasetSequence().\r
1049               getSequenceFeatures();\r
1050           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1051           for (res = 0; res < alwidth; res++)\r
1052           {\r
1053             text = new StringBuffer();\r
1054             Object obj = null;\r
1055             if (av.alignment.isNucleotide())\r
1056             {\r
1057               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res) +\r
1058                   "");\r
1059             }\r
1060             else\r
1061             {\r
1062               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1063                   seq.getCharAt(res) + "");\r
1064             }\r
1065 \r
1066             if (obj == null)\r
1067             {\r
1068               continue;\r
1069             }\r
1070 \r
1071             String triplet = obj.toString();\r
1072             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1073             gSize = groups.length;\r
1074             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1075             {\r
1076               if (text.length() < 1)\r
1077               {\r
1078                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1079                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1080                             + sy + ","\r
1081                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1082                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1083                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1084                             + alIndex + " " + triplet);\r
1085               }\r
1086 \r
1087               if (groups[g].getStartRes() < res && groups[g].getEndRes() > res)\r
1088               {\r
1089                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1090               }\r
1091             }\r
1092 \r
1093             if (features != null)\r
1094             {\r
1095               if (text.length() < 1)\r
1096               {\r
1097                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1098                             + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1099                             + sy + ","\r
1100                             + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1101                             + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1102                             + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1103                             + alIndex + " " + triplet);\r
1104               }\r
1105               fSize = features.length;\r
1106               for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1107               {\r
1108 \r
1109                 if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1110                     (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1111                 {\r
1112                   if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1113                   {\r
1114                     if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1115                         || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1116                     {\r
1117                       text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() +\r
1118                                   ":" +\r
1119                                   features[f].getEnd());\r
1120                     }\r
1121                   }\r
1122                   else\r
1123                   {\r
1124                     text.append("<br>");\r
1125                     text.append(features[f].getType());\r
1126                     if (features[f].getDescription() != null &&\r
1127                         !features[f].\r
1128                         getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1129                     {\r
1130                       text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1131                     }\r
1132 \r
1133                     if (features[f].getValue("status") != null)\r
1134                     {\r
1135                       text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1136                     }\r
1137                   }\r
1138                 }\r
1139 \r
1140               }\r
1141             }\r
1142             if (text.length() > 1)\r
1143             {\r
1144               text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1145               out.println(text.toString());\r
1146             }\r
1147           }\r
1148         }\r
1149         out.println("</map></body></html>");\r
1150         out.close();\r
1151 \r
1152       }\r
1153       catch (Exception ex)\r
1154       {\r
1155         ex.printStackTrace();\r
1156       }\r
1157     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1158 \r
1159   }\r
1160 \r
1161   int getWrappedHeight()\r
1162   {\r
1163     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1164 \r
1165     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1166         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1167     {\r
1168       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth()\r
1169           - getVisibleIdWidth()\r
1170           - vscroll.getPreferredSize().width\r
1171           - alignFrame.getInsets().left\r
1172           - alignFrame.getInsets().right;\r
1173     }\r
1174 \r
1175     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1176         seqPanelWidth\r
1177         );\r
1178 \r
1179     int hgap = av.charHeight;\r
1180     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1181     {\r
1182       hgap += av.charHeight;\r
1183     }\r
1184 \r
1185     int annotationHeight = 0;\r
1186     if (av.showAnnotation)\r
1187     {\r
1188       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1189     }\r
1190 \r
1191     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1192         + hgap\r
1193         + annotationHeight;\r
1194 \r
1195     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1196     if (av.hasHiddenColumns)\r
1197     {\r
1198       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1199     }\r
1200 \r
1201     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1202 \r
1203     return height;\r
1204   }\r
1205 }\r