src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  30 \r
  31 import java.awt.*;\r
  32 import java.awt.event.*;\r
  33 import java.awt.image.*;\r
  34 import java.awt.print.*;\r
  35 \r
  36 import java.io.*;\r
  37 \r
  38 import javax.imageio.*;\r
  39 \r
  40 import javax.swing.*;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * DOCUMENT ME!\r
  45  *\r
  46  * @author $author$\r
  47  * @version $Revision$\r
  48  */\r
  49 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  50     implements AdjustmentListener, Printable\r
  51 {\r
  52     AlignViewport av;\r
  53     OverviewPanel overviewPanel;\r
  54     SeqPanel seqPanel;\r
  55     IdPanel idPanel;\r
  56     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  57 \r
  58     /** DOCUMENT ME!! */\r
  59     public AlignFrame alignFrame;\r
  60     ScalePanel scalePanel;\r
  61     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  62     AnnotationLabels alabels;\r
  63 \r
  64     // this value is set false when selection area being dragged\r
  65     boolean fastPaint = true;\r
  66     int hextent = 0;\r
  67     int vextent = 0;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  71      *\r
  72      * @param af DOCUMENT ME!\r
  73      * @param av DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  76     {\r
  77         alignFrame = af;\r
  78         this.av = av;\r
  79         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  80         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  81 \r
  82         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  83 \r
  84         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  86         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  89         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  90 \r
  91         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  92         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  93         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  94         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         fontChanged();\r
  97 \r
  98         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  99         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 100 \r
 101         setScrollValues(0, 0);\r
 102 \r
 103         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 105 \r
 106         setFocusable(true);\r
 107         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 108             {\r
 109                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110                 {\r
 111                     switch (evt.getKeyCode())\r
 112                     {\r
 113                     case 27: // escape key\r
 114                         av.setSelectionGroup(null);\r
 115                         repaint();\r
 116 \r
 117                         break;\r
 118 \r
 119                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 120                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 121 \r
 122                         break;\r
 123 \r
 124                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 125                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 126 \r
 127                         break;\r
 128 \r
 129                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 130                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 131                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 132                       break;\r
 133                     }\r
 134 \r
 135                 }\r
 136             });\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      */\r
 142     public void fontChanged()\r
 143     {\r
 144         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 145         // to prevent drawing old image\r
 146         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 147 \r
 148         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 151                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 152 \r
 153         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 154         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 155 \r
 156         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 157         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 158         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 159         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 160         repaint();\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      *\r
 166      * @return DOCUMENT ME!\r
 167      */\r
 168     public Dimension calculateIdWidth()\r
 169     {\r
 170       Container c = new Container();\r
 171 \r
 172         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 173         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 174 \r
 175         int i = 0;\r
 176         int idWidth = 0;\r
 177         String id;\r
 178 \r
 179         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 180         {\r
 181             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 182 \r
 183             if (av.getShowFullId())\r
 184             {\r
 185                 id = s.getDisplayId();\r
 186             }\r
 187             else\r
 188             {\r
 189                 id = s.getName();\r
 190             }\r
 191 \r
 192             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 193             {\r
 194                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 195             }\r
 196 \r
 197             i++;\r
 198         }\r
 199 \r
 200         // Also check annotation label widths\r
 201         i = 0;\r
 202 \r
 203         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 204         {\r
 205             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 206 \r
 207             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 208             {\r
 209                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 210 \r
 211                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 212                 {\r
 213                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 214                 }\r
 215 \r
 216                 i++;\r
 217             }\r
 218         }\r
 219 \r
 220         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * DOCUMENT ME!\r
 225      *\r
 226      * @param results DOCUMENT ME!\r
 227      */\r
 228     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 229     {\r
 230         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 231 \r
 232         // do we need to scroll the panel?\r
 233         if (results != null)\r
 234         {\r
 235             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 236             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 237             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 238 \r
 239             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 240                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 241                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 242             {\r
 243                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 244             }\r
 245         }\r
 246     }\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * DOCUMENT ME!\r
 250      *\r
 251      * @return DOCUMENT ME!\r
 252      */\r
 253     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 254     {\r
 255         return overviewPanel;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * DOCUMENT ME!\r
 260      *\r
 261      * @param op DOCUMENT ME!\r
 262      */\r
 263     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 264     {\r
 265         overviewPanel = op;\r
 266     }\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * DOCUMENT ME!\r
 270      *\r
 271      * @param b DOCUMENT ME!\r
 272      */\r
 273     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 274     {\r
 275         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 276         annotationScroller.setVisible(b);\r
 277     }\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * DOCUMENT ME!\r
 281      *\r
 282      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 283      */\r
 284     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 285     {\r
 286         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 287         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 288         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 289 \r
 290         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 291         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 292         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 293         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 294 \r
 295         repaint();\r
 296     }\r
 297 \r
 298 \r
 299     // return value is true if the scroll is valid\r
 300     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 301     {\r
 302         if (up)\r
 303         {\r
 304             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 305             {\r
 306                 return false;\r
 307             }\r
 308 \r
 309             fastPaint = false;\r
 310             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 311         }\r
 312         else\r
 313         {\r
 314             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 315             {\r
 316                 return false;\r
 317             }\r
 318 \r
 319             fastPaint = false;\r
 320             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 321         }\r
 322 \r
 323         fastPaint = true;\r
 324 \r
 325         return true;\r
 326     }\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      * DOCUMENT ME!\r
 330      *\r
 331      * @param right DOCUMENT ME!\r
 332      *\r
 333      * @return DOCUMENT ME!\r
 334      */\r
 335     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 336     {\r
 337         if (right)\r
 338         {\r
 339             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 340             {\r
 341                 return false;\r
 342             }\r
 343 \r
 344             fastPaint = false;\r
 345             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 350             {\r
 351                 return false;\r
 352             }\r
 353 \r
 354             fastPaint = false;\r
 355             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 356         }\r
 357 \r
 358         fastPaint = true;\r
 359 \r
 360         return true;\r
 361     }\r
 362 \r
 363     /**\r
 364      * DOCUMENT ME!\r
 365      *\r
 366      * @param x DOCUMENT ME!\r
 367      * @param y DOCUMENT ME!\r
 368      */\r
 369     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 370     {\r
 371         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 372             1);\r
 373 \r
 374         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 375         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 376 \r
 377         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 378         {\r
 379             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 380         }\r
 381 \r
 382         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 383         {\r
 384             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 385         }\r
 386 \r
 387         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 388         {\r
 389             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 390         }\r
 391 \r
 392         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 393         {\r
 394             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if (y < 0)\r
 398         {\r
 399             y = 0;\r
 400         }\r
 401 \r
 402         if (x < 0)\r
 403         {\r
 404             x = 0;\r
 405         }\r
 406 \r
 407         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 408         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 409     }\r
 410 \r
 411     public void this_mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 412     {\r
 413       if(e.getWheelRotation()>0)\r
 414         scrollUp(false);\r
 415       else\r
 416         scrollUp(true);\r
 417     }\r
 418 \r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * DOCUMENT ME!\r
 422      *\r
 423      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 424      */\r
 425     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 426     {\r
 427         int oldX = av.getStartRes();\r
 428         int oldY = av.getStartSeq();\r
 429 \r
 430         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 431         {\r
 432             int x = hscroll.getValue();\r
 433             av.setStartRes(x);\r
 434             av.setEndRes((x +\r
 435                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 436         }\r
 437 \r
 438         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 439         {\r
 440             int offy = vscroll.getValue();\r
 441 \r
 442             if (av.getWrapAlignment())\r
 443             {\r
 444                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 445                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 446                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 447             }\r
 448             else\r
 449             {\r
 450                 av.setStartSeq(offy);\r
 451                 av.setEndSeq(offy +\r
 452                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 453             }\r
 454         }\r
 455 \r
 456         if (overviewPanel != null)\r
 457         {\r
 458             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 459         }\r
 460 \r
 461         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 462         {\r
 463             repaint();\r
 464         }\r
 465         else\r
 466         {\r
 467             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 468             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 469                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 470 \r
 471             scalePanel.repaint();\r
 472 \r
 473             if (av.getShowAnnotation())\r
 474             {\r
 475                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 476             }\r
 477         }\r
 478     }\r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * DOCUMENT ME!\r
 482      *\r
 483      * @param g DOCUMENT ME!\r
 484      */\r
 485     public void paintComponent(Graphics g)\r
 486     {\r
 487         invalidate();\r
 488 \r
 489         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 490         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 491         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 492         validate();\r
 493 \r
 494         if (av.getWrapAlignment())\r
 495         {\r
 496             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 497             vscroll.setMaximum(max);\r
 498             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 499             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 500         }\r
 501         else\r
 502         {\r
 503             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 504         }\r
 505     }\r
 506 \r
 507     /**\r
 508      * DOCUMENT ME!\r
 509      *\r
 510      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 511      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 512      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 513      *\r
 514      * @return DOCUMENT ME!\r
 515      *\r
 516      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 517      */\r
 518     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 519         throws PrinterException\r
 520     {\r
 521         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 522 \r
 523         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 524         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 525 \r
 526         if (av.getWrapAlignment())\r
 527         {\r
 528             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 529         }\r
 530         else\r
 531         {\r
 532             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 533         }\r
 534     }\r
 535 \r
 536     /**\r
 537      * DOCUMENT ME!\r
 538      *\r
 539      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 540      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 541      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 542      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 543      *\r
 544      * @return DOCUMENT ME!\r
 545      *\r
 546      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 547      */\r
 548     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 549         throws PrinterException\r
 550     {\r
 551         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 552         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 553         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 554 \r
 555         pg.setColor(Color.white);\r
 556         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 557         pg.setFont(av.getFont());\r
 558 \r
 559         ////////////////////////////////////\r
 560         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 561         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 562 \r
 563         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 564             1;\r
 565 \r
 566         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 567 \r
 568         /////////////////////////////\r
 569         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 570         int startRes;\r
 571 \r
 572         /////////////////////////////\r
 573         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 574         int endRes;\r
 575 \r
 576         /////////////////////////////\r
 577         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 578         int startSeq;\r
 579 \r
 580         /////////////////////////////\r
 581         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 582         int endSeq;\r
 583         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 584         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 585 \r
 586         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 587         {\r
 588             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 589         }\r
 590 \r
 591         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 592         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 593 \r
 594         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 595         {\r
 596             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 597         }\r
 598 \r
 599         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 600 \r
 601         if (av.showAnnotation)\r
 602         {\r
 603             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 604         }\r
 605 \r
 606         pagesHigh /= pheight;\r
 607 \r
 608         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 609         {\r
 610             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 611         }\r
 612 \r
 613         //draw Scale\r
 614         pg.translate(idWidth, 0);\r
 615         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 616         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 617 \r
 618         ////////////////\r
 619         // Draw the ids\r
 620         Color currentColor = null;\r
 621         Color currentTextColor = null;\r
 622 \r
 623         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 624         {\r
 625             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 626                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 627                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 628             {\r
 629                 currentColor = Color.gray;\r
 630                 currentTextColor = Color.black;\r
 631             }\r
 632             else\r
 633             {\r
 634                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 635                 currentTextColor = Color.black;\r
 636             }\r
 637 \r
 638             pg.setColor(currentColor);\r
 639             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 640                 av.getCharHeight());\r
 641 \r
 642             pg.setColor(currentTextColor);\r
 643 \r
 644             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 645 \r
 646             if (av.getShowFullId())\r
 647             {\r
 648                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 649             }\r
 650 \r
 651             pg.drawString(string, 0,\r
 652                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 653                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 654         }\r
 655 \r
 656         // draw main sequence panel\r
 657         pg.translate(idWidth, 0);\r
 658         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 659             startRes, startSeq, 0);\r
 660 \r
 661         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 662         {\r
 663             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 664             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 665             pg.translate(idWidth, 0);\r
 666             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 667                 1);\r
 668         }\r
 669 \r
 670         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 671     }\r
 672 \r
 673     /**\r
 674      * DOCUMENT ME!\r
 675      *\r
 676      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 677      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 678      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 679      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 680      *\r
 681      * @return DOCUMENT ME!\r
 682      *\r
 683      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 684      */\r
 685     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 686         int pi) throws PrinterException\r
 687     {\r
 688         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 689 \r
 690         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 691                 idWidth);\r
 692         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 693                 1) * av.charHeight;\r
 694 \r
 695         pg.setColor(Color.white);\r
 696         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 697         pg.setFont(av.getFont());\r
 698 \r
 699         ////////////////\r
 700         // Draw the ids\r
 701         pg.setColor(Color.black);\r
 702 \r
 703         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 704 \r
 705         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 706 \r
 707         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 708 \r
 709         do\r
 710         {\r
 711             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 712             {\r
 713                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 714                 String string = s.getName();\r
 715 \r
 716                 if (av.getShowFullId())\r
 717                 {\r
 718                     string = s.getDisplayId();\r
 719                 }\r
 720 \r
 721                 pg.drawString(string, 0,\r
 722                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 723                     (av.charHeight / 5));\r
 724             }\r
 725 \r
 726             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 727         }\r
 728         while (ypos < totalHeight);\r
 729 \r
 730         pg.translate(idWidth, 0);\r
 731 \r
 732         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 733 \r
 734         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 735         {\r
 736             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 737         }\r
 738         else\r
 739         {\r
 740             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 741         }\r
 742     }\r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * DOCUMENT ME!\r
 746      */\r
 747     public void makeEPS(File epsFile)\r
 748     {\r
 749         if(epsFile == null)\r
 750         {\r
 751           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 752               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 753                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 754                                  {"eps"},\r
 755                                  new String[]\r
 756                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 757                                  "Encapsulated Postscript");\r
 758           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 759           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 760           chooser.setToolTipText("Save");\r
 761 \r
 762           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 763 \r
 764           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 765           {\r
 766             return;\r
 767           }\r
 768 \r
 769           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 770 \r
 771           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 772                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 773         }\r
 774 \r
 775         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 776         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 777 \r
 778         if (av.getWrapAlignment())\r
 779         {\r
 780           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 781               av.chunkHeight;\r
 782           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 783 \r
 784         }\r
 785 \r
 786 \r
 787         if (av.getShowAnnotation())\r
 788         {\r
 789             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 790         }\r
 791 \r
 792         try\r
 793          {\r
 794             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 795             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 796                     height);\r
 797 \r
 798             if (av.getWrapAlignment())\r
 799             {\r
 800                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 801             }\r
 802             else\r
 803             {\r
 804                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 805             }\r
 806 \r
 807             pg.flush();\r
 808             pg.close();\r
 809         }\r
 810         catch (Exception ex)\r
 811         {\r
 812             ex.printStackTrace();\r
 813         }\r
 814     }\r
 815 \r
 816 \r
 817     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 818     {\r
 819       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 820       //////////////////////////////////////////////\r
 821       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 822       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 823       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 824 \r
 825         // Gen image map\r
 826          //////////////////////////////////\r
 827          if(imgMapFile!=null)\r
 828          {\r
 829            try\r
 830            {\r
 831              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 832              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 833              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 834                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 835                        +"<map name=\"Map\">");\r
 836 \r
 837              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 838              {\r
 839                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 840                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 841                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 842                {\r
 843                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 844                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 845                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 846                  {\r
 847                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 848                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 849                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 850                    if (obj == null)\r
 851                      continue;\r
 852 \r
 853                    String triplet = obj.toString();\r
 854 \r
 855                    out.println(\r
 856                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 857                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 858                        + sy + ","\r
 859                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 860                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 861                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 862                        + alIndex + " " + triplet +\r
 863                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 864                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 865                        + " href=\"#\">");\r
 866                  }\r
 867                }\r
 868              }\r
 869 \r
 870              out.println("</map></body></html>");\r
 871              out.close();\r
 872 \r
 873            }\r
 874            catch (Exception ex)\r
 875            {\r
 876              ex.printStackTrace();\r
 877            }\r
 878          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 879 \r
 880     }\r
 881 \r
 882     /**\r
 883      * DOCUMENT ME!\r
 884      */\r
 885     public void makePNG(File pngFile)\r
 886     {\r
 887       if(pngFile==null)\r
 888       {\r
 889         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 890             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 891                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 892                                {"png"},\r
 893                                new String[]\r
 894                                {"Portable network graphics"},\r
 895                                "Portable network graphics");\r
 896         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 897         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 898         chooser.setToolTipText("Save");\r
 899 \r
 900         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 901 \r
 902         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 903         {\r
 904           return;\r
 905         }\r
 906 \r
 907         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 908 \r
 909         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 910                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 911       }\r
 912 \r
 913 \r
 914 \r
 915       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 916       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 917 \r
 918       if (av.getWrapAlignment())\r
 919       {\r
 920         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 921             av.chunkHeight;\r
 922         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 923 \r
 924       }\r
 925 \r
 926 \r
 927         if (av.getShowAnnotation())\r
 928         {\r
 929             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 930         }\r
 931 \r
 932         try\r
 933         {\r
 934 \r
 935             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 936 \r
 937             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 938                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 939             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 940 \r
 941             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 942                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 943 \r
 944             if (av.getWrapAlignment())\r
 945             {\r
 946                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 947             }\r
 948             else\r
 949             {\r
 950                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 951             }\r
 952 \r
 953             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 954             out.close();\r
 955         }\r
 956         catch(OutOfMemoryError err)\r
 957         {\r
 958           System.out.println("########################\n"\r
 959                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 960                              +"########################");\r
 961         }\r
 962         catch (Exception ex)\r
 963         {\r
 964             ex.printStackTrace();\r
 965         }\r
 966     }\r
 967 }\r
 968 \r
 969 \r
 970 /**\r
 971  * DOCUMENT ME!\r
 972  *\r
 973  * @author $author$\r
 974  * @version $Revision$\r
 975  */\r
 976 class Preview extends JFrame\r
 977 {\r
 978     /**\r
 979      * Creates a new Preview object.\r
 980      *\r
 981      * @param image DOCUMENT ME!\r
 982      */\r
 983     public Preview(Image image)\r
 984     {\r
 985         setResizable(true);\r
 986         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 987         setVisible(true);\r
 988         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 989         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 990         validate();\r
 991         repaint();\r
 992     }\r
 993 }\r
 994 \r
 995 \r
 996 /**\r
 997  * DOCUMENT ME!\r
 998  *\r
 999  * @author $author$\r
1000  * @version $Revision$\r
1001  */\r
1002 class PreviewPanel extends JPanel\r
1003 {\r
1004     Image image;\r
1005 \r
1006     /**\r
1007      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1008      *\r
1009      * @param image DOCUMENT ME!\r
1010      */\r
1011     public PreviewPanel(Image image)\r
1012     {\r
1013         this.image = image;\r
1014     }\r
1015 \r
1016     /**\r
1017      * DOCUMENT ME!\r
1018      *\r
1019      * @param g DOCUMENT ME!\r
1020      */\r
1021     public void paintComponent(Graphics g)\r
1022     {\r
1023         if (image != null)\r
1024         {\r
1025             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1026         }\r
1027         else\r
1028         {\r
1029             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1030         }\r
1031     }\r
1032 }\r