src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  15 import javax.imageio.*;\r
  16
  17 \r
  18 \r
  19 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  20 {\r
  21 \r
  22   AlignViewport     av;\r
  23   OverviewPanel overviewPanel;\r
  24   SeqPanel   seqPanel;\r
  25   IdPanel    idPanel;\r
  26   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  27   public AlignFrame alignFrame;\r
  28   ScalePanel scalePanel;\r
  29   ScorePanel scorePanel;\r
  30 \r
  31   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  32   {\r
  33     alignFrame = af;\r
  34     this.av         = av;\r
  35     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  36     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  37 \r
  38     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  39     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  40     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  41 \r
  42     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43 \r
  44     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  45     IdwidthAdjuster iap = new IdwidthAdjuster(this);\r
  46     idSpaceFillerPanel1.add(iap, BorderLayout.CENTER);\r
  47 \r
  48     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  49     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  50     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  51     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  52 \r
  53     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  54     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  55     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  56     setScrollValues(0,0);\r
  57 \r
  58     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  59     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  60 \r
  61     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  62    {\r
  63      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  64      {\r
  65           RefreshPanels();\r
  66      }\r
  67    });\r
  68 \r
  69 \r
  70   // hscroll.setFocusable(false);\r
  71   // vscroll.setFocusable(false);\r
  72    setFocusable(true);\r
  73 \r
  74    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  75    {\r
  76      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  77      {\r
  78        switch(evt.getKeyCode())\r
  79        {\r
  80          case  27: // escape key\r
  81            av.setSelectionGroup(null);\r
  82            RefreshPanels();\r
  83            break;\r
  84          case KeyEvent.VK_X:\r
  85            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  86            break;\r
  87          case KeyEvent.VK_C:\r
  88            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  89            break;\r
  90          case KeyEvent.VK_V:\r
  91            alignFrame.paste(true);\r
  92            break;\r
  93          case KeyEvent.VK_A:\r
  94            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  95            break;\r
  96         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  97           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  98           break;\r
  99         case KeyEvent.VK_UP:\r
 100           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 101           break;\r
 102         case KeyEvent.VK_F:\r
 103           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 104           break;\r
 105        }\r
 106      }\r
 107    });\r
 108   }\r
 109 \r
 110   Dimension calculateIdWidth()\r
 111   {\r
 112     Graphics g = this.getGraphics();\r
 113     if(g==null)\r
 114     {\r
 115       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 116       f.addNotify();\r
 117       g = f.getGraphics();\r
 118     }\r
 119 \r
 120     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 121     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 122 \r
 123        int i   = 0;\r
 124        int idWidth = 0;\r
 125        String id;\r
 126        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 127        {\r
 128          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 129          if(av.getShowFullId())\r
 130            id   = s.getDisplayId();\r
 131          else\r
 132            id = s.getName();\r
 133 \r
 134          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 135            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 136          i++;\r
 137        }\r
 138 \r
 139        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 140   }\r
 141 \r
 142 \r
 143  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 144  {\r
 145    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 146 \r
 147    // do we need to scroll the panel?\r
 148    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 149                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 150                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 151                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 152        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 153 \r
 154 \r
 155  }\r
 156 \r
 157 \r
 158  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 159  {\r
 160    return overviewPanel;\r
 161  }\r
 162 \r
 163  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 164  {\r
 165    overviewPanel = op;\r
 166  }\r
 167 \r
 168 \r
 169   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 170   {\r
 171     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 172     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 173 \r
 174     RefreshPanels();\r
 175     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 176     RefreshPanels();\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 180   {\r
 181     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 182     RefreshPanels();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 186   {\r
 187     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 188     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 189     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 190 \r
 191     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 192 \r
 193     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 194     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 195 \r
 196     RefreshPanels();\r
 197 \r
 198   }\r
 199 \r
 200 \r
 201   public void setColourScheme()\r
 202   {\r
 203     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 204 \r
 205     if(av.getConservationSelected())\r
 206     {\r
 207 \r
 208        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 209        Conservation c = new Conservation("All",\r
 210                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 211                             al.getWidth() );\r
 212 \r
 213        c.calculate();\r
 214        c.verdict(false, 100);\r
 215        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 216 \r
 217        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 218 \r
 219     }\r
 220 \r
 221     RefreshPanels();\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public void RefreshPanels()\r
 225   {\r
 226               requestFocus();\r
 227               invalidate();\r
 228               idPanelHolder.setPreferredSize(idPanel.idCanvas.getPreferredSize());\r
 229               if(idPanel.idCanvas.getPreferredSize()!=null)\r
 230                 hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(idPanel.idCanvas.getPreferredSize().width, 12));\r
 231               idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 232                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 233               scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(500,\r
 234                   av.charHeight / 2 + 12));\r
 235               if (av.getWrapAlignment())\r
 236               {\r
 237                 int max = av.alignment.getWidth() /\r
 238                     (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth) + 1;\r
 239 \r
 240                 int h = (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 241                 vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / h;\r
 242                 vscroll.setValues(0, vextent, 0, max);\r
 243               }\r
 244               else\r
 245 \r
 246                 setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 247               av.getConsensus(true);\r
 248               if (overviewPanel != null)\r
 249                 overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 250 \r
 251           validate();\r
 252           repaint();\r
 253   }\r
 254   int hextent = 0;\r
 255   int vextent = 0;\r
 256 \r
 257 \r
 258   // return value is true if the scroll is valid\r
 259   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 260   {\r
 261     if(up)\r
 262     {\r
 263       if(vscroll.getValue()<1)\r
 264         return false;\r
 265       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 266     }\r
 267     else\r
 268     {\r
 269      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 270        return false;\r
 271       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 272     }\r
 273 \r
 274     return true;\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 278   {\r
 279     if(right)\r
 280    {\r
 281      if(hscroll.getValue()<1)\r
 282        return false;\r
 283      hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 284    }\r
 285    else\r
 286    {\r
 287     if(hextent+hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 288       return false;\r
 289      hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 290    }\r
 291 \r
 292    return true;\r
 293  }\r
 294 \r
 295 \r
 296   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 297   {\r
 298     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 299     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 300 \r
 301     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 302       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 303 \r
 304     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 305       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 306 \r
 307     if(y<0)\r
 308       y = 0;\r
 309 \r
 310     if(x<0)\r
 311       x=0;\r
 312 \r
 313     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 314     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 315 \r
 316 \r
 317     repaint();\r
 318 \r
 319   }\r
 320 \r
 321 \r
 322   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 323   {\r
 324 \r
 325     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 326     {\r
 327       int x = hscroll.getValue();\r
 328       av.setStartRes(x);\r
 329       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 330     }\r
 331 \r
 332     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 333     {\r
 334       int offy = vscroll.getValue();\r
 335       if (av.getWrapAlignment())\r
 336       {\r
 337         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 338       }\r
 339       else\r
 340       {\r
 341         av.setStartSeq(offy);\r
 342         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 343       }\r
 344     }\r
 345 \r
 346 \r
 347     if(overviewPanel!=null)\r
 348       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 349 \r
 350     repaint();\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 354   {\r
 355     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 356 \r
 357     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 358     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 359 \r
 360     if (av.getWrapAlignment())\r
 361       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 362     else\r
 363       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 364   }\r
 365 \r
 366   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 367   {\r
 368 \r
 369     int idWidth = calculateIdWidth().width;\r
 370 \r
 371 \r
 372     pg.setColor(Color.white);\r
 373     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 374     pg.setFont( av.getFont() );\r
 375 \r
 376     ////////////////////////////////////\r
 377     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 378     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 379     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 380     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 381     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 382 \r
 383     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 384      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 385 \r
 386     /////////////////////////////\r
 387     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 388     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 389     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 390     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 391     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 392       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 393 \r
 394      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 395      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 396      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 397        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 398 \r
 399 \r
 400     ////////////////\r
 401     //draw Scale\r
 402     pg.translate(30,0);\r
 403     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 404 \r
 405     pg.translate(-30, 30);\r
 406     ////////////////\r
 407     // Draw the ids\r
 408     Color currentColor=null;\r
 409     Color currentTextColor=null;\r
 410     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 411     {\r
 412       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 413       {\r
 414         currentColor = Color.gray;\r
 415         currentTextColor = Color.black;\r
 416       }\r
 417       else\r
 418       {\r
 419         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 420         currentTextColor = Color.black;\r
 421       }\r
 422 \r
 423       pg.setColor(currentColor);\r
 424       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 425                               idWidth,\r
 426                               av.getCharHeight());\r
 427 \r
 428       pg.setColor(currentTextColor);\r
 429 \r
 430       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 431       if(av.getShowFullId())\r
 432         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 433 \r
 434       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 435                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 436     }\r
 437 \r
 438     // draw main sequence panel\r
 439     pg.translate(idWidth,0);\r
 440     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 441     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 442 \r
 443     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 444   }\r
 445 \r
 446 \r
 447   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 448   {\r
 449 \r
 450     int idWidth = calculateIdWidth().width;\r
 451 \r
 452     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 453       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 454 \r
 455 \r
 456     pg.setColor(Color.white);\r
 457     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 458     pg.setFont( av.getFont() );\r
 459 \r
 460     ////////////////////////////////////\r
 461     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 462     AlignmentI da = av.alignment;\r
 463     int endy   = da.getHeight();\r
 464     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 465     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 466 \r
 467     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 468     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 469 \r
 470     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 471      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 472 \r
 473     ////////////////\r
 474     // Draw the ids\r
 475     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 476 \r
 477     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 478     pg.setColor(Color.black);\r
 479     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 480         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 481         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 482     {\r
 483       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 484       {\r
 485         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 486         String string = s.getName();\r
 487         if (av.getShowFullId())\r
 488           string = s.getDisplayId();\r
 489 \r
 490         pg.drawString(string, 0,\r
 491                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 492                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 493       }\r
 494     }\r
 495 \r
 496     // draw main sequence panel\r
 497     pg.translate(idWidth,0);\r
 498     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 499 \r
 500 \r
 501     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 502 \r
 503   }\r
 504 \r
 505 \r
 506   public void makeEPS(int width, int height)\r
 507   {\r
 508     try\r
 509     {\r
 510       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 511           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 512       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 513       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 514       chooser.setToolTipText("Save");\r
 515 \r
 516       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 517       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 518         return;\r
 519 \r
 520       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 521       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 522       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 523 \r
 524         if (av.getWrapAlignment())\r
 525           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 526         else\r
 527           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 528 \r
 529 \r
 530         pg.flush();\r
 531         pg.close();\r
 532     }\r
 533     catch (Exception ex)\r
 534     {\r
 535       ex.printStackTrace();\r
 536     }\r
 537   }\r
 538 \r
 539   public void makePNG(int width, int height)\r
 540   {\r
 541     try\r
 542     {\r
 543       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 544           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 545       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 546       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 547       chooser.setToolTipText("Save");\r
 548 \r
 549       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 550       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 551         return;\r
 552 \r
 553       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 554       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 555 \r
 556       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 557       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 558 \r
 559 \r
 560         if (av.getWrapAlignment())\r
 561           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 562         else\r
 563           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 564 \r
 565         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 566         out.close();\r
 567     }\r
 568     catch (Exception ex)\r
 569     {\r
 570       ex.printStackTrace();\r
 571     }\r
 572   }\r
 573 \r
 574 }\r
 575 \r
 576 \r
 577 \r
 578 \r