src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 import javax.swing.*;\r
  15 \r
  16 \r
  17 \r
  18 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  19 {\r
  20 \r
  21   AlignViewport     av;\r
  22   OverviewPanel overviewPanel;\r
  23   SeqPanel   seqPanel;\r
  24   IdPanel    idPanel;\r
  25   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  26   public AlignFrame alignFrame;\r
  27   ScalePanel scalePanel;\r
  28   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  29   AnnotationLabels alabels;\r
  30 \r
  31   // this value is set false when selection area being dragged\r
  32   boolean fastPaint = true;\r
  33 \r
  34   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  35   {\r
  36     alignFrame = af;\r
  37     this.av         = av;\r
  38     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  39     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  40 \r
  41     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  42 \r
  43     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  45     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  46 \r
  47     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  48     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  49 \r
  50     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  52     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  53     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  54 \r
  55     fontChanged();\r
  56 \r
  57     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  58     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  59 \r
  60     setScrollValues(0, 0);\r
  61 \r
  62     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  63     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  64 \r
  65    setFocusable(true);\r
  66    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  67    {\r
  68      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  69      {\r
  70        switch(evt.getKeyCode())\r
  71        {\r
  72          case  27: // escape key\r
  73            av.setSelectionGroup(null);\r
  74            repaint();\r
  75            break;\r
  76 \r
  77         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  78           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  79           break;\r
  80         case KeyEvent.VK_UP:\r
  81           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  82           break;\r
  83        }\r
  84      }\r
  85    });\r
  86   }\r
  87 \r
  88   public void fontChanged()\r
  89   {\r
  90     // set idCanvas bufferedImage to null\r
  91     // to prevent drawing old image\r
  92     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  93 \r
  94     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
  95     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, av.charHeight+fm.getDescent()));\r
  96 \r
  97     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
  98     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  99     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 100     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 101     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 102     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 103     repaint();\r
 104   }\r
 105 \r
 106 \r
 107   Dimension calculateIdWidth()\r
 108   {\r
 109     Graphics g = this.getGraphics();\r
 110     if(g==null)\r
 111     {\r
 112       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 113       f.addNotify();\r
 114       g = f.getGraphics();\r
 115     }\r
 116 \r
 117     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 118     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 119 \r
 120        int i   = 0;\r
 121        int idWidth = 0;\r
 122        String id;\r
 123        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 124        {\r
 125          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 126          if(av.getShowFullId())\r
 127            id   = s.getDisplayId();\r
 128          else\r
 129            id = s.getName();\r
 130 \r
 131          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 132            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 133          i++;\r
 134        }\r
 135 \r
 136        // Also check annotation label widths\r
 137        i=0;\r
 138        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 139        {\r
 140          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 141          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 142          {\r
 143            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 144            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 145              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 146            i++;\r
 147          }\r
 148        }\r
 149 \r
 150        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 151   }\r
 152 \r
 153 \r
 154  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 155  {\r
 156    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 157 \r
 158    // do we need to scroll the panel?\r
 159    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 160                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 161                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 162                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 163        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 164 \r
 165 \r
 166  }\r
 167 \r
 168 \r
 169  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 170  {\r
 171    return overviewPanel;\r
 172  }\r
 173 \r
 174  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 175  {\r
 176    overviewPanel = op;\r
 177  }\r
 178 \r
 179 \r
 180   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 181   {\r
 182     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 183     annotationScroller.setVisible(b);\r
 184   }\r
 185 \r
 186 \r
 187   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 188   {\r
 189     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 190     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 191     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 192 \r
 193     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 194     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 195     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 196     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 197 \r
 198     repaint();\r
 199 \r
 200   }\r
 201 \r
 202 \r
 203   public void setColourScheme()\r
 204   {\r
 205     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 206 \r
 207     if(av.getConservationSelected())\r
 208     {\r
 209 \r
 210        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 211        Conservation c = new Conservation("All",\r
 212                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 213                             al.getWidth() );\r
 214 \r
 215        c.calculate();\r
 216        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 217        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 218 \r
 219        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 220 \r
 221     }\r
 222 \r
 223     repaint();\r
 224   }\r
 225 \r
 226 \r
 227   int hextent = 0;\r
 228   int vextent = 0;\r
 229 \r
 230   // return value is true if the scroll is valid\r
 231   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 232   {\r
 233     if(up)\r
 234     {\r
 235       if(vscroll.getValue()<1)\r
 236         return false;\r
 237       fastPaint  = false;\r
 238       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 239     }\r
 240     else\r
 241     {\r
 242      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 243        return false;\r
 244       fastPaint  = false;\r
 245       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 246     }\r
 247     fastPaint = true;\r
 248     return true;\r
 249   }\r
 250 \r
 251   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 252   {\r
 253 \r
 254     if (right)\r
 255     {\r
 256       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 257         return false;\r
 258       fastPaint = false;\r
 259       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 260     }\r
 261     else\r
 262     {\r
 263       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 264         return false;\r
 265       fastPaint = false;\r
 266       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 267     }\r
 268     fastPaint = true;\r
 269     return true;\r
 270   }\r
 271 \r
 272 \r
 273   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 274   {\r
 275     av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 276 \r
 277     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 278     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 279 \r
 280     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 281       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 282     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 283       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 284 \r
 285     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 286       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 287 \r
 288     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 289       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 290 \r
 291     if(y<0)\r
 292       y = 0;\r
 293 \r
 294     if(x<0)\r
 295       x=0;\r
 296 \r
 297     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 298     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 299 \r
 300 \r
 301 \r
 302   }\r
 303 \r
 304 \r
 305   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 306   {\r
 307     int oldX = av.getStartRes();\r
 308     int oldY = av.getStartSeq();\r
 309 \r
 310     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 311     {\r
 312       int x = hscroll.getValue();\r
 313       av.setStartRes(x);\r
 314       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 315     }\r
 316 \r
 317     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 318     {\r
 319       int offy = vscroll.getValue();\r
 320       if (av.getWrapAlignment())\r
 321       {\r
 322         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 323         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 324         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 325       }\r
 326       else\r
 327       {\r
 328         av.setStartSeq(offy);\r
 329         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 330       }\r
 331     }\r
 332 \r
 333     if(overviewPanel!=null)\r
 334       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 335 \r
 336     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 337       repaint();\r
 338     else\r
 339     {\r
 340       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 341       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 342                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 343 \r
 344       scalePanel.repaint();\r
 345       if (av.getShowAnnotation())\r
 346         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 347     }\r
 348 \r
 349   }\r
 350 \r
 351 \r
 352   public void paintComponent(Graphics g)\r
 353   {\r
 354     invalidate();\r
 355     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 356     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 357     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 358     validate();\r
 359 \r
 360     if (av.getWrapAlignment())\r
 361     {\r
 362       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 363       vscroll.setMaximum(max);\r
 364       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 365       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 366     }\r
 367     else\r
 368     {\r
 369       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 370     }\r
 371 \r
 372 \r
 373 \r
 374   }\r
 375 \r
 376   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 377   {\r
 378     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 379 \r
 380     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 381     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 382 \r
 383     if (av.getWrapAlignment())\r
 384       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 385     else\r
 386       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 387   }\r
 388 \r
 389   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 390   {\r
 391 \r
 392       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 393       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 394       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 395 \r
 396       pg.setColor(Color.white);\r
 397       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 398       pg.setFont(av.getFont());\r
 399 \r
 400       ////////////////////////////////////\r
 401       /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 402       int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 403 \r
 404       int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) - 1;\r
 405 \r
 406       int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes + 1;\r
 407 \r
 408       /////////////////////////////\r
 409       /// Only print these sequences and residues on this page\r
 410       int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 411       startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 412       endRes = startRes + totalRes - 1;\r
 413       if (endRes > av.getAlignment().getWidth()-1)\r
 414         endRes = av.getAlignment().getWidth()-1;\r
 415 \r
 416       startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 417       endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 418       if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 419         endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 420 \r
 421       int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 422 \r
 423       if (av.showAnnotation)\r
 424         pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 425 \r
 426       pagesHigh /= pheight;\r
 427 \r
 428       if (pi >= pagesWide * pagesHigh)\r
 429         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 430 \r
 431         //draw Scale\r
 432       pg.translate(idWidth, 0);\r
 433       scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 434       pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 435       ////////////////\r
 436       // Draw the ids\r
 437       Color currentColor = null;\r
 438       Color currentTextColor = null;\r
 439       for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 440       {\r
 441         if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
 442             av.getSelectionGroup().sequences.\r
 443             contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 444         {\r
 445           currentColor = Color.gray;\r
 446           currentTextColor = Color.black;\r
 447         }\r
 448         else\r
 449         {\r
 450           currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 451           currentTextColor = Color.black;\r
 452         }\r
 453 \r
 454         pg.setColor(currentColor);\r
 455         pg.fillRect(0,\r
 456                     jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i,\r
 457             av.getCharHeight()),\r
 458                     idWidth,\r
 459                     av.getCharHeight());\r
 460 \r
 461         pg.setColor(currentTextColor);\r
 462 \r
 463         String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 464         if (av.getShowFullId())\r
 465           string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 466 \r
 467         pg.drawString(string, 0, jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 468                       (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() -\r
 469                       (av.getCharHeight() / 5));\r
 470       }\r
 471 \r
 472       // draw main sequence panel\r
 473       pg.translate(idWidth, 0);\r
 474       seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 475                                    startRes, startSeq, 0);\r
 476 \r
 477 \r
 478       if (av.showAnnotation && endSeq == av.alignment.getHeight())\r
 479       {\r
 480         pg.translate( -idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 481         alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg);\r
 482         pg.translate(idWidth, 0);\r
 483         annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 484       }\r
 485 \r
 486       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 487 \r
 488   }\r
 489 \r
 490 \r
 491   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 492   {\r
 493       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 494 \r
 495       int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth - idWidth);\r
 496       int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) *\r
 497           ( (av.alignment.getWidth()\r
 498              / resWidth) + 1) * av.charHeight;\r
 499 \r
 500 \r
 501       pg.setColor(Color.white);\r
 502       pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 503       pg.setFont(av.getFont());\r
 504 \r
 505       ////////////////\r
 506       // Draw the ids\r
 507       pg.setColor(Color.black);\r
 508 \r
 509       pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 510 \r
 511       pg.setClip(0,pi*pheight,pwidth, pheight);\r
 512 \r
 513       int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 514       do\r
 515       {\r
 516         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 517         {\r
 518           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 519           String string = s.getName();\r
 520           if (av.getShowFullId())\r
 521             string = s.getDisplayId();\r
 522 \r
 523           pg.drawString(string, 0,\r
 524                         AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) +\r
 525                         ypos +\r
 526                         av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 527 \r
 528         }\r
 529 \r
 530         ypos += (av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 531 \r
 532       }\r
 533       while (ypos < totalHeight);\r
 534 \r
 535       pg.translate(idWidth, 0);\r
 536 \r
 537       seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 538 \r
 539       if (pi * pheight < totalHeight)\r
 540         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 541       else\r
 542         return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 543 \r
 544 \r
 545 \r
 546   }\r
 547 \r
 548 \r
 549   public void makeEPS()\r
 550   {\r
 551     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 552     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 553 \r
 554     if (!av.getWrapAlignment())\r
 555     {\r
 556       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 557       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 558     }\r
 559     if(av.getShowAnnotation())\r
 560    {\r
 561      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 562    }\r
 563 \r
 564     try\r
 565     {\r
 566       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 567           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 568       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 569       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 570       chooser.setToolTipText("Save");\r
 571 \r
 572       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 573       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 574         return;\r
 575 \r
 576       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 577       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 578       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 579 \r
 580         if (av.getWrapAlignment())\r
 581           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 582         else\r
 583           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 584 \r
 585 \r
 586         pg.flush();\r
 587         pg.close();\r
 588     }\r
 589     catch (Exception ex)\r
 590     {\r
 591       ex.printStackTrace();\r
 592     }\r
 593   }\r
 594 \r
 595   public void makePNG()\r
 596   {\r
 597       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 598       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 599 \r
 600       if (!av.getWrapAlignment())\r
 601       {\r
 602         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 603         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 604       }\r
 605 \r
 606       if(av.getShowAnnotation())\r
 607       {\r
 608         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 609       }\r
 610 \r
 611 \r
 612 \r
 613     try\r
 614     {\r
 615       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 616           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 617       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 618       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 619       chooser.setToolTipText("Save");\r
 620 \r
 621       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 622       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 623         return;\r
 624 \r
 625       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 626       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 627 \r
 628       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 629       Graphics2D png = (Graphics2D)bi.getGraphics();\r
 630 \r
 631       png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 632 \r
 633         if (av.getWrapAlignment())\r
 634           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 635         else\r
 636           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 637 \r
 638         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 639         out.close();\r
 640     }\r
 641     catch (Exception ex)\r
 642     {\r
 643       ex.printStackTrace();\r
 644     }\r
 645   }\r
 646 \r
 647 }\r
 648 \r
 649 class Preview extends JFrame\r
 650 {\r
 651 \r
 652   public Preview(Image image)\r
 653   {\r
 654     setResizable(true);\r
 655     setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 656     setVisible(true);\r
 657     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 658     getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 659     validate();\r
 660     repaint();\r
 661   }\r
 662 }\r
 663 \r
 664 class PreviewPanel extends JPanel\r
 665 {\r
 666   Image image;\r
 667   public PreviewPanel(Image image)\r
 668   {\r
 669     this.image = image;\r
 670   }\r
 671   public void paintComponent(Graphics g)\r
 672   {\r
 673     if(image!=null)\r
 674       g.drawImage(image,0,0,this);\r
 675     else\r
 676       System.out.println("image is null");\r
 677   }\r
 678 }\r
 679 \r
 680 \r
 681 \r
 682 \r