src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  19   public AlignFrame alignFrame;\r
  20   ScalePanel scalePanel;\r
  21   ScorePanel scorePanel;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  32 \r
  33     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     idPanel.addNotify();\r
  36     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  38     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     setScrollValues(0,0);\r
  40 \r
  41     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  42     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  43 \r
  44     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  45    {\r
  46      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  47      {\r
  48           RefreshPanels();\r
  49      }\r
  50    });\r
  51 \r
  52 \r
  53    hscroll.setFocusable(false);\r
  54    vscroll.setFocusable(false);\r
  55    setFocusable(true);\r
  56 \r
  57    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  58    {\r
  59      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  60      {\r
  61        switch(evt.getKeyCode())\r
  62        {\r
  63          case 27: // escape key\r
  64            av.setRubberbandGroup(null);\r
  65            RefreshPanels();\r
  66            break;\r
  67          case KeyEvent.VK_X:\r
  68            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  69            break;\r
  70          case KeyEvent.VK_C:\r
  71            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  72            break;\r
  73          case KeyEvent.VK_V:\r
  74            alignFrame.paste(true);\r
  75            break;\r
  76        }\r
  77 \r
  78       /* public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
  79        {\r
  80 \r
  81          if (evt.isControlDown() && evt.getKeyChar() == 'f')\r
  82            findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  83        }*/\r
  84 \r
  85      }\r
  86    });\r
  87 \r
  88 \r
  89   }\r
  90 \r
  91  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  92  {\r
  93    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  94 \r
  95    // do we need to scroll the panel?\r
  96    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  97                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  98                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  99                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 100        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 101 \r
 102 \r
 103  }\r
 104 \r
 105 \r
 106  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 107  {\r
 108    return overviewPanel;\r
 109  }\r
 110 \r
 111  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 112  {\r
 113    overviewPanel = op;\r
 114  }\r
 115 \r
 116 \r
 117   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 118   {\r
 119     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 120     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 121 \r
 122     RefreshPanels();\r
 123     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 124     RefreshPanels();\r
 125   }\r
 126 \r
 127   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 128   {\r
 129     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 130     RefreshPanels();\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 134   {\r
 135     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 136     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 137     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 138 \r
 139     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 140 \r
 141     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 142     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 143 \r
 144     RefreshPanels();\r
 145 \r
 146   }\r
 147 \r
 148 \r
 149   public void setColourScheme()\r
 150   {\r
 151     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 152 \r
 153     if(av.getConservationSelected())\r
 154     {\r
 155 \r
 156        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 157        Conservation c = new Conservation("All",\r
 158                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 159                             al.getWidth() );\r
 160 \r
 161        c.calculate();\r
 162        c.verdict(false, 100);\r
 163        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 164 \r
 165        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 166 \r
 167     }\r
 168 \r
 169     RefreshPanels();\r
 170   }\r
 171 \r
 172   public void RefreshPanels()\r
 173   {\r
 174     requestFocus();\r
 175     invalidate();\r
 176     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 177     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 178     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 179 \r
 180     if(av.getWrapAlignment())\r
 181     {\r
 182       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 183 \r
 184       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 185       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 186       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 187     }\r
 188     else\r
 189 \r
 190     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 191     av.getConsensus(true);\r
 192     if(overviewPanel!=null)\r
 193       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 194 \r
 195     validate();\r
 196     repaint();\r
 197 \r
 198   }\r
 199 \r
 200   int hextent = 0;\r
 201   int vextent = 0;\r
 202 \r
 203   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 204   {\r
 205     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 206     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 207 \r
 208     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 209       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 210 \r
 211     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 212       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 213 \r
 214     if(y<0)\r
 215       y = 0;\r
 216 \r
 217     if(x<0)\r
 218       x=0;\r
 219 \r
 220     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 221     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 222 \r
 223 \r
 224     repaint();\r
 225 \r
 226   }\r
 227 \r
 228 \r
 229   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 230   {\r
 231 \r
 232     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 233     {\r
 234       int x = hscroll.getValue();\r
 235       av.setStartRes(x);\r
 236       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 237     }\r
 238 \r
 239     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 240     {\r
 241       int offy = vscroll.getValue();\r
 242       if (av.getWrapAlignment())\r
 243       {\r
 244         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 245         // System.out.println(vscroll.getValue()+" "+ av.getChunkWidth());\r
 246       //  int resSpan = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 247      //   int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 248       //  vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 249      //   vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 250 \r
 251 \r
 252       // av.setStartSeq(  );\r
 253       }\r
 254       else\r
 255       {\r
 256         av.setStartSeq(offy);\r
 257         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 258       }\r
 259     }\r
 260 \r
 261 \r
 262     if(overviewPanel!=null)\r
 263       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 264 \r
 265     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 266     repaint();\r
 267   }\r
 268 \r
 269 \r
 270 \r
 271   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 272   {\r
 273     if(av.getWrapAlignment())\r
 274     {\r
 275      return PrintWrappedAlignment(pg, pf, pi);\r
 276     }\r
 277 \r
 278     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 279 \r
 280     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 281     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 282     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 283 \r
 284 \r
 285     pg.setColor(Color.white);\r
 286     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 287     pg.setFont( av.getFont() );\r
 288 \r
 289     ////////////////////////////////////\r
 290     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 291     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 292     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 293     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 294     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 295 \r
 296     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 297      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 298 \r
 299     /////////////////////////////\r
 300     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 301     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 302     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 303     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 304     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 305       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 306 \r
 307      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 308      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 309      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 310        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 311 \r
 312 \r
 313     ////////////////\r
 314     //draw Scale\r
 315     pg.translate(idWidth,0);\r
 316     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 317 \r
 318     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 319     ////////////////\r
 320     // Draw the ids\r
 321     Color currentColor=null;\r
 322     Color currentTextColor=null;\r
 323     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 324     {\r
 325       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 326       {\r
 327         currentColor = Color.gray;\r
 328         currentTextColor = Color.black;\r
 329       }\r
 330       else\r
 331       {\r
 332         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 333         currentTextColor = Color.black;\r
 334       }\r
 335 \r
 336       pg.setColor(currentColor);\r
 337       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 338                               idWidth,\r
 339                               av.getCharHeight());\r
 340 \r
 341       pg.setColor(currentTextColor);\r
 342 \r
 343       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 344       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 345                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 346     }\r
 347 \r
 348     // draw main sequence panel\r
 349     pg.translate(idWidth,0);\r
 350     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 351     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 352 \r
 353     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 354   }\r
 355 \r
 356   class VPanel extends javax.swing.JPanel\r
 357   {\r
 358     Image image;\r
 359     public VPanel(Image i)\r
 360     {\r
 361       image = i;\r
 362       repaint();\r
 363     }\r
 364     public void paintComponent(Graphics g)\r
 365     {\r
 366       if(image!=null)\r
 367         g.drawImage(image,0,0,this);\r
 368     }\r
 369 \r
 370   }\r
 371 \r
 372   public int PrintWrappedAlignment(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 373   {\r
 374     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 375 \r
 376     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 377     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 378     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 379 \r
 380     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 381       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 382 \r
 383     pg.setColor(Color.white);\r
 384     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 385     pg.setFont( av.getFont() );\r
 386 \r
 387     ////////////////////////////////////\r
 388     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 389     AlignmentI da = av.alignment;\r
 390     int endy   = da.getHeight();\r
 391     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 392     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 393 \r
 394     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 395     int totalChunks = endy / chunkHeight;\r
 396 \r
 397     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 398      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 399 \r
 400     ////////////////\r
 401     // Draw the ids\r
 402     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 403 \r
 404     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 405     pg.setColor(Color.black);\r
 406     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 407         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 408         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 409     {\r
 410       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 411       {\r
 412         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 413         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 414                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 415                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 416       }\r
 417     }\r
 418 \r
 419     // draw main sequence panel\r
 420     pg.translate(idWidth,0);\r
 421     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 422 \r
 423 \r
 424     return Printable.NO_SUCH_PAGE;//.PAGE_EXISTS;\r
 425 \r
 426   }\r
 427 }\r
 428 \r
 429 \r
 430 \r