src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131                     }\r
 132 \r
 133                 }\r
 134             });\r
 135     }\r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public void fontChanged()\r
 141     {\r
 142         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 143         // to prevent drawing old image\r
 144         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 145 \r
 146         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 147                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 148         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150 \r
 151         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 152         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 153         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 154 \r
 155         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 156         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 157         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 158         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 159         repaint();\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * DOCUMENT ME!\r
 164      *\r
 165      * @return DOCUMENT ME!\r
 166      */\r
 167     public Dimension calculateIdWidth()\r
 168     {\r
 169       Container c = new Container();\r
 170 \r
 171         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 172         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 173 \r
 174         int i = 0;\r
 175         int idWidth = 0;\r
 176         String id;\r
 177 \r
 178         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 179         {\r
 180             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 181 \r
 182             if (av.getShowFullId())\r
 183             {\r
 184                 id = s.getDisplayId();\r
 185             }\r
 186             else\r
 187             {\r
 188                 id = s.getName();\r
 189             }\r
 190 \r
 191             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 192             {\r
 193                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 194             }\r
 195 \r
 196             i++;\r
 197         }\r
 198 \r
 199         // Also check annotation label widths\r
 200         i = 0;\r
 201 \r
 202         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 203         {\r
 204             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 205 \r
 206             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 207             {\r
 208                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 209 \r
 210                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 211                 {\r
 212                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 213                 }\r
 214 \r
 215                 i++;\r
 216             }\r
 217         }\r
 218 \r
 219         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 220     }\r
 221 \r
 222     /**\r
 223      * DOCUMENT ME!\r
 224      *\r
 225      * @param results DOCUMENT ME!\r
 226      */\r
 227     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 228     {\r
 229         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 230 \r
 231         // do we need to scroll the panel?\r
 232         if (results != null)\r
 233         {\r
 234             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 235             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 236             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 237 \r
 238             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 239                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 240                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 241             {\r
 242                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 243             }\r
 244         }\r
 245     }\r
 246 \r
 247     /**\r
 248      * DOCUMENT ME!\r
 249      *\r
 250      * @return DOCUMENT ME!\r
 251      */\r
 252     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 253     {\r
 254         return overviewPanel;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     /**\r
 258      * DOCUMENT ME!\r
 259      *\r
 260      * @param op DOCUMENT ME!\r
 261      */\r
 262     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 263     {\r
 264         overviewPanel = op;\r
 265     }\r
 266 \r
 267     /**\r
 268      * DOCUMENT ME!\r
 269      *\r
 270      * @param b DOCUMENT ME!\r
 271      */\r
 272     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 273     {\r
 274         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 275         annotationScroller.setVisible(b);\r
 276     }\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * DOCUMENT ME!\r
 280      *\r
 281      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 282      */\r
 283     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 284     {\r
 285         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 286         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 287         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 288 \r
 289         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 290         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 291         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 292         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 293 \r
 294         repaint();\r
 295     }\r
 296 \r
 297 \r
 298     // return value is true if the scroll is valid\r
 299     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 300     {\r
 301         if (up)\r
 302         {\r
 303             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 304             {\r
 305                 return false;\r
 306             }\r
 307 \r
 308             fastPaint = false;\r
 309             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 310         }\r
 311         else\r
 312         {\r
 313             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 314             {\r
 315                 return false;\r
 316             }\r
 317 \r
 318             fastPaint = false;\r
 319             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 320         }\r
 321 \r
 322         fastPaint = true;\r
 323 \r
 324         return true;\r
 325     }\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * DOCUMENT ME!\r
 329      *\r
 330      * @param right DOCUMENT ME!\r
 331      *\r
 332      * @return DOCUMENT ME!\r
 333      */\r
 334     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 335     {\r
 336         if (right)\r
 337         {\r
 338             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 339             {\r
 340                 return false;\r
 341             }\r
 342 \r
 343             fastPaint = false;\r
 344             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 345         }\r
 346         else\r
 347         {\r
 348             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 349             {\r
 350                 return false;\r
 351             }\r
 352 \r
 353             fastPaint = false;\r
 354             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 355         }\r
 356 \r
 357         fastPaint = true;\r
 358 \r
 359         return true;\r
 360     }\r
 361 \r
 362     /**\r
 363      * DOCUMENT ME!\r
 364      *\r
 365      * @param x DOCUMENT ME!\r
 366      * @param y DOCUMENT ME!\r
 367      */\r
 368     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 369     {\r
 370         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 371             1);\r
 372 \r
 373         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 374         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 375 \r
 376         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 377         {\r
 378             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 379         }\r
 380 \r
 381         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 382         {\r
 383             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 384         }\r
 385 \r
 386         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 387         {\r
 388             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 389         }\r
 390 \r
 391         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 392         {\r
 393             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 394         }\r
 395 \r
 396         if (y < 0)\r
 397         {\r
 398             y = 0;\r
 399         }\r
 400 \r
 401         if (x < 0)\r
 402         {\r
 403             x = 0;\r
 404         }\r
 405 \r
 406         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 407         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 408     }\r
 409 \r
 410 \r
 411     /**\r
 412      * DOCUMENT ME!\r
 413      *\r
 414      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 415      */\r
 416     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 417     {\r
 418         int oldX = av.getStartRes();\r
 419         int oldY = av.getStartSeq();\r
 420 \r
 421         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 422         {\r
 423             int x = hscroll.getValue();\r
 424             av.setStartRes(x);\r
 425             av.setEndRes((x +\r
 426                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 430         {\r
 431             int offy = vscroll.getValue();\r
 432 \r
 433             if (av.getWrapAlignment())\r
 434             {\r
 435                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 436                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 437                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 438             }\r
 439             else\r
 440             {\r
 441                 av.setStartSeq(offy);\r
 442                 av.setEndSeq(offy +\r
 443                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 444             }\r
 445         }\r
 446 \r
 447         if (overviewPanel != null)\r
 448         {\r
 449             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 450         }\r
 451 \r
 452         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 453         {\r
 454             repaint();\r
 455         }\r
 456         else\r
 457         {\r
 458             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 459             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 460                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 461 \r
 462             scalePanel.repaint();\r
 463 \r
 464             if (av.getShowAnnotation())\r
 465             {\r
 466                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 467             }\r
 468         }\r
 469     }\r
 470 \r
 471     /**\r
 472      * DOCUMENT ME!\r
 473      *\r
 474      * @param g DOCUMENT ME!\r
 475      */\r
 476     public void paintComponent(Graphics g)\r
 477     {\r
 478         invalidate();\r
 479 \r
 480         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 481         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 482         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 483         validate();\r
 484 \r
 485         if (av.getWrapAlignment())\r
 486         {\r
 487             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 488             vscroll.setMaximum(max);\r
 489             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 490             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 491         }\r
 492         else\r
 493         {\r
 494             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 495         }\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * DOCUMENT ME!\r
 500      *\r
 501      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 502      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 503      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 504      *\r
 505      * @return DOCUMENT ME!\r
 506      *\r
 507      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 508      */\r
 509     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 510         throws PrinterException\r
 511     {\r
 512         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 513 \r
 514         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 515         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 516 \r
 517         if (av.getWrapAlignment())\r
 518         {\r
 519             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 520         }\r
 521         else\r
 522         {\r
 523             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 524         }\r
 525     }\r
 526 \r
 527     /**\r
 528      * DOCUMENT ME!\r
 529      *\r
 530      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 531      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 532      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 533      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 534      *\r
 535      * @return DOCUMENT ME!\r
 536      *\r
 537      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 538      */\r
 539     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 540         throws PrinterException\r
 541     {\r
 542         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 543         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 544         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 545 \r
 546         pg.setColor(Color.white);\r
 547         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 548         pg.setFont(av.getFont());\r
 549 \r
 550         ////////////////////////////////////\r
 551         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 552         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 553 \r
 554         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 555             1;\r
 556 \r
 557         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 558 \r
 559         /////////////////////////////\r
 560         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 561         int startRes;\r
 562 \r
 563         /////////////////////////////\r
 564         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 565         int endRes;\r
 566 \r
 567         /////////////////////////////\r
 568         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 569         int startSeq;\r
 570 \r
 571         /////////////////////////////\r
 572         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 573         int endSeq;\r
 574         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 575         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 576 \r
 577         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 578         {\r
 579             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 580         }\r
 581 \r
 582         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 583         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 584 \r
 585         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 586         {\r
 587             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 588         }\r
 589 \r
 590         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 591 \r
 592         if (av.showAnnotation)\r
 593         {\r
 594             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 595         }\r
 596 \r
 597         pagesHigh /= pheight;\r
 598 \r
 599         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 600         {\r
 601             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 602         }\r
 603 \r
 604         //draw Scale\r
 605         pg.translate(idWidth, 0);\r
 606         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 607         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 608 \r
 609         ////////////////\r
 610         // Draw the ids\r
 611         Color currentColor = null;\r
 612         Color currentTextColor = null;\r
 613 \r
 614         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 615         {\r
 616             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 617                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 618                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 619             {\r
 620                 currentColor = Color.gray;\r
 621                 currentTextColor = Color.black;\r
 622             }\r
 623             else\r
 624             {\r
 625                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 626                 currentTextColor = Color.black;\r
 627             }\r
 628 \r
 629             pg.setColor(currentColor);\r
 630             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 631                 av.getCharHeight());\r
 632 \r
 633             pg.setColor(currentTextColor);\r
 634 \r
 635             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 636 \r
 637             if (av.getShowFullId())\r
 638             {\r
 639                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 640             }\r
 641 \r
 642             pg.drawString(string, 0,\r
 643                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 644                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 645         }\r
 646 \r
 647         // draw main sequence panel\r
 648         pg.translate(idWidth, 0);\r
 649         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 650             startRes, startSeq, 0);\r
 651 \r
 652         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 653         {\r
 654             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 655             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 656             pg.translate(idWidth, 0);\r
 657             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 658                 1);\r
 659         }\r
 660 \r
 661         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 662     }\r
 663 \r
 664     /**\r
 665      * DOCUMENT ME!\r
 666      *\r
 667      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 668      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 669      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 670      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 671      *\r
 672      * @return DOCUMENT ME!\r
 673      *\r
 674      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 675      */\r
 676     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 677         int pi) throws PrinterException\r
 678     {\r
 679         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 680 \r
 681         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 682                 idWidth);\r
 683         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 684                 1) * av.charHeight;\r
 685 \r
 686         pg.setColor(Color.white);\r
 687         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 688         pg.setFont(av.getFont());\r
 689 \r
 690         ////////////////\r
 691         // Draw the ids\r
 692         pg.setColor(Color.black);\r
 693 \r
 694         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 695 \r
 696         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 697 \r
 698         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 699 \r
 700         do\r
 701         {\r
 702             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 703             {\r
 704                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 705                 String string = s.getName();\r
 706 \r
 707                 if (av.getShowFullId())\r
 708                 {\r
 709                     string = s.getDisplayId();\r
 710                 }\r
 711 \r
 712                 pg.drawString(string, 0,\r
 713                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 714                     (av.charHeight / 5));\r
 715             }\r
 716 \r
 717             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 718         }\r
 719         while (ypos < totalHeight);\r
 720 \r
 721         pg.translate(idWidth, 0);\r
 722 \r
 723         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 724 \r
 725         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 726         {\r
 727             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 728         }\r
 729         else\r
 730         {\r
 731             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 732         }\r
 733     }\r
 734 \r
 735     /**\r
 736      * DOCUMENT ME!\r
 737      */\r
 738     public void makeEPS(File epsFile)\r
 739     {\r
 740         if(epsFile == null)\r
 741         {\r
 742           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 743               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 744                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 745                                  {"eps"},\r
 746                                  new String[]\r
 747                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 748                                  "Encapsulated Postscript");\r
 749           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 750           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 751           chooser.setToolTipText("Save");\r
 752 \r
 753           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 754 \r
 755           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 756           {\r
 757             return;\r
 758           }\r
 759 \r
 760           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 761 \r
 762           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 763                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 764         }\r
 765 \r
 766         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 767         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 768 \r
 769         if (av.getWrapAlignment())\r
 770         {\r
 771           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 772               av.chunkHeight;\r
 773           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 774 \r
 775         }\r
 776 \r
 777 \r
 778         if (av.getShowAnnotation())\r
 779         {\r
 780             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 781         }\r
 782 \r
 783         try\r
 784          {\r
 785             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 786             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 787                     height);\r
 788 \r
 789             if (av.getWrapAlignment())\r
 790             {\r
 791                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 792             }\r
 793             else\r
 794             {\r
 795                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 796             }\r
 797 \r
 798             pg.flush();\r
 799             pg.close();\r
 800         }\r
 801         catch (Exception ex)\r
 802         {\r
 803             ex.printStackTrace();\r
 804         }\r
 805     }\r
 806 \r
 807 \r
 808     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 809     {\r
 810       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 811       //////////////////////////////////////////////\r
 812       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 813       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 814       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 815 \r
 816         // Gen image map\r
 817          //////////////////////////////////\r
 818          if(imgMapFile!=null)\r
 819          {\r
 820            try\r
 821            {\r
 822              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 823              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 824              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 825                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 826                        +"<map name=\"Map\">");\r
 827 \r
 828              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 829              {\r
 830                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 831                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 832                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 833                {\r
 834                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 835                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 836                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 837                  {\r
 838                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 839                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 840                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 841                    if (obj == null)\r
 842                      continue;\r
 843 \r
 844                    String triplet = obj.toString();\r
 845 \r
 846                    out.println(\r
 847                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 848                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 849                        + sy + ","\r
 850                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 851                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 852                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 853                        + alIndex + " " + triplet +\r
 854                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 855                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 856                        + " href=\"#\">");\r
 857                  }\r
 858                }\r
 859              }\r
 860 \r
 861              out.println("</map></body></html>");\r
 862              out.close();\r
 863 \r
 864            }\r
 865            catch (Exception ex)\r
 866            {\r
 867              ex.printStackTrace();\r
 868            }\r
 869          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 870 \r
 871     }\r
 872 \r
 873     /**\r
 874      * DOCUMENT ME!\r
 875      */\r
 876     public void makePNG(File pngFile)\r
 877     {\r
 878       if(pngFile==null)\r
 879       {\r
 880         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 881             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 882                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 883                                {"png"},\r
 884                                new String[]\r
 885                                {"Portable network graphics"},\r
 886                                "Portable network graphics");\r
 887         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 888         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 889         chooser.setToolTipText("Save");\r
 890 \r
 891         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 892 \r
 893         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 894         {\r
 895           return;\r
 896         }\r
 897 \r
 898         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 899 \r
 900         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 901                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 902       }\r
 903 \r
 904 \r
 905 \r
 906       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 907       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 908 \r
 909       if (av.getWrapAlignment())\r
 910       {\r
 911         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 912             av.chunkHeight;\r
 913         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 914 \r
 915       }\r
 916 \r
 917 \r
 918         if (av.getShowAnnotation())\r
 919         {\r
 920             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 921         }\r
 922 \r
 923         try\r
 924         {\r
 925 \r
 926             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 927 \r
 928             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 929                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 930             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 931 \r
 932             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 933                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 934 \r
 935             if (av.getWrapAlignment())\r
 936             {\r
 937                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 938             }\r
 939             else\r
 940             {\r
 941                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 942             }\r
 943 \r
 944             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 945             out.close();\r
 946         }\r
 947         catch(OutOfMemoryError err)\r
 948         {\r
 949           System.out.println("########################\n"\r
 950                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 951                              +"########################");\r
 952         }\r
 953         catch (Exception ex)\r
 954         {\r
 955             ex.printStackTrace();\r
 956         }\r
 957     }\r
 958 }\r
 959 \r
 960 \r
 961 /**\r
 962  * DOCUMENT ME!\r
 963  *\r
 964  * @author $author$\r
 965  * @version $Revision$\r
 966  */\r
 967 class Preview extends JFrame\r
 968 {\r
 969     /**\r
 970      * Creates a new Preview object.\r
 971      *\r
 972      * @param image DOCUMENT ME!\r
 973      */\r
 974     public Preview(Image image)\r
 975     {\r
 976         setResizable(true);\r
 977         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
 978         setVisible(true);\r
 979         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
 980         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
 981         validate();\r
 982         repaint();\r
 983     }\r
 984 }\r
 985 \r
 986 \r
 987 /**\r
 988  * DOCUMENT ME!\r
 989  *\r
 990  * @author $author$\r
 991  * @version $Revision$\r
 992  */\r
 993 class PreviewPanel extends JPanel\r
 994 {\r
 995     Image image;\r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * Creates a new PreviewPanel object.\r
 999      *\r
1000      * @param image DOCUMENT ME!\r
1001      */\r
1002     public PreviewPanel(Image image)\r
1003     {\r
1004         this.image = image;\r
1005     }\r
1006 \r
1007     /**\r
1008      * DOCUMENT ME!\r
1009      *\r
1010      * @param g DOCUMENT ME!\r
1011      */\r
1012     public void paintComponent(Graphics g)\r
1013     {\r
1014         if (image != null)\r
1015         {\r
1016             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1017         }\r
1018         else\r
1019         {\r
1020             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1021         }\r
1022     }\r
1023 }\r