src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 import java.io.*;\r
  11 import java.awt.image.*;\r
  12 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  13 import javax.imageio.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  18 {\r
  19 \r
  20   AlignViewport     av;\r
  21   OverviewPanel overviewPanel;\r
  22   SeqPanel   seqPanel;\r
  23   IdPanel    idPanel;\r
  24   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  25   public AlignFrame alignFrame;\r
  26   ScalePanel scalePanel;\r
  27   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  28   AnnotationLabels alabels;\r
  29 \r
  30   // this value is set false when selection area being dragged\r
  31   boolean fastPaint = true;\r
  32 \r
  33   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  34   {\r
  35     alignFrame = af;\r
  36     this.av         = av;\r
  37     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  38     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  39 \r
  40     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  41 \r
  42     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  44     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  45 \r
  46     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  47     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  48 \r
  49     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  50     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  51     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  52     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  53 \r
  54     Dimension d = calculateIdWidth();\r
  55     d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  56     idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  57     hscrollFillerPanel.setPreferredSize( d );\r
  58 \r
  59     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  60     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  61 \r
  62     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  63      {\r
  64        public void run()\r
  65        {\r
  66          invalidate();\r
  67          setScrollValues(0,0);\r
  68          Dimension d = calculateIdWidth();\r
  69          d.setSize( d.width+4, d.height);\r
  70          idPanel.idCanvas.setPreferredSize( d );\r
  71          RefreshPanels();\r
  72        }\r
  73     });\r
  74 \r
  75 \r
  76     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  77     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  78 \r
  79     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  80    {\r
  81      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  82      {\r
  83           RefreshPanels();\r
  84      }\r
  85    });\r
  86 \r
  87    setFocusable(true);\r
  88    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  89    {\r
  90      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  91      {\r
  92        switch(evt.getKeyCode())\r
  93        {\r
  94          case  27: // escape key\r
  95            av.setSelectionGroup(null);\r
  96            RefreshPanels();\r
  97            break;\r
  98          case KeyEvent.VK_X:\r
  99            if(evt.isControlDown())\r
 100            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 101            break;\r
 102          case KeyEvent.VK_C:\r
 103          if(evt.isControlDown())\r
 104            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
 105            break;\r
 106          case KeyEvent.VK_V:\r
 107           if(evt.isControlDown())\r
 108            alignFrame.paste(true);\r
 109            break;\r
 110          case KeyEvent.VK_A:\r
 111          if(evt.isControlDown())\r
 112            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 113            break;\r
 114         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 115           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 116           break;\r
 117         case KeyEvent.VK_UP:\r
 118           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 119           break;\r
 120         case KeyEvent.VK_F:\r
 121          if(evt.isControlDown())\r
 122           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
 123           break;\r
 124        }\r
 125      }\r
 126    });\r
 127   }\r
 128 \r
 129   Dimension calculateIdWidth()\r
 130   {\r
 131     Graphics g = this.getGraphics();\r
 132     if(g==null)\r
 133     {\r
 134       javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 135       f.addNotify();\r
 136       g = f.getGraphics();\r
 137     }\r
 138 \r
 139     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 140     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 141 \r
 142        int i   = 0;\r
 143        int idWidth = 0;\r
 144        String id;\r
 145        while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)\r
 146        {\r
 147          SequenceI s   = al.getSequenceAt(i);\r
 148          if(av.getShowFullId())\r
 149            id   = s.getDisplayId();\r
 150          else\r
 151            id = s.getName();\r
 152 \r
 153          if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 154            idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 155          i++;\r
 156        }\r
 157 \r
 158        // Also check annotation label widths\r
 159        i=0;\r
 160        if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 161        {\r
 162          fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 163          while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 164          {\r
 165            String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 166            if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 167              idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 168            i++;\r
 169          }\r
 170        }\r
 171 \r
 172        return new Dimension(idWidth, 12);\r
 173   }\r
 174 \r
 175 \r
 176  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 177  {\r
 178    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 179 \r
 180    // do we need to scroll the panel?\r
 181    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 182                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 183                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 184                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 185        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 186 \r
 187 \r
 188  }\r
 189 \r
 190 \r
 191  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 192  {\r
 193    return overviewPanel;\r
 194  }\r
 195 \r
 196  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 197  {\r
 198    overviewPanel = op;\r
 199  }\r
 200 \r
 201 \r
 202   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 203   {\r
 204     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 205     annotationScroller.setVisible(b);\r
 206     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 207      {\r
 208        public void run()\r
 209        {\r
 210          RefreshPanels();\r
 211        }\r
 212     });\r
 213 \r
 214   }\r
 215 \r
 216 \r
 217   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 218   {\r
 219     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 220     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 221     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 222 \r
 223     av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 224     annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 225     annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 226     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 227     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 228      {\r
 229        public void run()\r
 230        {\r
 231          RefreshPanels();\r
 232        }\r
 233     });\r
 234 \r
 235   }\r
 236 \r
 237 \r
 238   public void setColourScheme()\r
 239   {\r
 240     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 241 \r
 242     if(av.getConservationSelected())\r
 243     {\r
 244 \r
 245        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 246        Conservation c = new Conservation("All",\r
 247                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 248                             al.getWidth() );\r
 249 \r
 250        c.calculate();\r
 251        c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 252        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 253 \r
 254        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 255 \r
 256     }\r
 257 \r
 258     RefreshPanels();\r
 259   }\r
 260 \r
 261 \r
 262   public void RefreshPanels()\r
 263   {\r
 264 \r
 265     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 266     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 267     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 268 \r
 269     if (av.getWrapAlignment())\r
 270     {\r
 271       int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 272       vscroll.setValues(0, 1, 0, max);\r
 273     }\r
 274     else\r
 275     {\r
 276       if (overviewPanel != null)\r
 277         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 278       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 279     }\r
 280 \r
 281     validate();\r
 282     repaint();\r
 283   }\r
 284 \r
 285 \r
 286   int hextent = 0;\r
 287   int vextent = 0;\r
 288 \r
 289   // return value is true if the scroll is valid\r
 290   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 291   {\r
 292     if(up)\r
 293     {\r
 294       if(vscroll.getValue()<1)\r
 295         return false;\r
 296       fastPaint  = false;\r
 297       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 298     }\r
 299     else\r
 300     {\r
 301      if(vextent+vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())\r
 302        return false;\r
 303       fastPaint  = false;\r
 304       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 305     }\r
 306     fastPaint = true;\r
 307     return true;\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 311   {\r
 312 \r
 313     if (right)\r
 314     {\r
 315       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 316         return false;\r
 317       fastPaint = false;\r
 318       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 319     }\r
 320     else\r
 321     {\r
 322       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())\r
 323         return false;\r
 324       fastPaint = false;\r
 325       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 326     }\r
 327     fastPaint = true;\r
 328     return true;\r
 329   }\r
 330 \r
 331 \r
 332   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 333   {\r
 334     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth;\r
 335     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.charHeight;\r
 336 \r
 337     if(hextent > av.alignment.getWidth())\r
 338       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 339     if(vextent > av.alignment.getHeight())\r
 340       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 341 \r
 342     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 343       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 344 \r
 345     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 346       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 347 \r
 348     if(y<0)\r
 349       y = 0;\r
 350 \r
 351     if(x<0)\r
 352       x=0;\r
 353 \r
 354     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 355     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 356 \r
 357   }\r
 358 \r
 359 \r
 360   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 361   {\r
 362     int oldX = av.getStartRes();\r
 363     int oldY = av.getStartSeq();\r
 364 \r
 365     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 366     {\r
 367       int x = hscroll.getValue();\r
 368       av.setStartRes(x);\r
 369       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 370     }\r
 371 \r
 372     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 373     {\r
 374       int offy = vscroll.getValue();\r
 375       if (av.getWrapAlignment())\r
 376       {\r
 377         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 378         av.setStartRes( vscroll.getValue() * rowSize );\r
 379         av.setEndRes( (vscroll.getValue()+1) * rowSize );\r
 380       }\r
 381       else\r
 382       {\r
 383         av.setStartSeq(offy);\r
 384         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 385       }\r
 386     }\r
 387 \r
 388 \r
 389     if(overviewPanel!=null)\r
 390       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 391 \r
 392     if(av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 393       repaint();\r
 394     else\r
 395     {\r
 396       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 397                                    av.getStartSeq() - oldY);\r
 398       idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 399       scalePanel.repaint();\r
 400       if (av.getShowAnnotation())\r
 401         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 402     }\r
 403 \r
 404   }\r
 405 \r
 406   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 407   {\r
 408     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 409 \r
 410     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 411     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 412 \r
 413     if (av.getWrapAlignment())\r
 414       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 415     else\r
 416       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 417   }\r
 418 \r
 419   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 420   {\r
 421 \r
 422     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 423 \r
 424 \r
 425     pg.setColor(Color.white);\r
 426     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 427     pg.setFont( av.getFont() );\r
 428 \r
 429     ////////////////////////////////////\r
 430     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 431     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 432     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 433     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 434     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 435 \r
 436     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 437      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 438 \r
 439     /////////////////////////////\r
 440     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 441     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 442     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 443     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 444     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 445       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 446 \r
 447      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 448      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 449      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 450        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 451 \r
 452 \r
 453     ////////////////\r
 454     //draw Scale\r
 455     pg.translate(idWidth,0);\r
 456     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 457 \r
 458     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 459     ////////////////\r
 460     // Draw the ids\r
 461     Color currentColor=null;\r
 462     Color currentTextColor=null;\r
 463     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 464     {\r
 465       if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 466       {\r
 467         currentColor = Color.gray;\r
 468         currentTextColor = Color.black;\r
 469       }\r
 470       else\r
 471       {\r
 472         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 473         currentTextColor = Color.black;\r
 474       }\r
 475 \r
 476       pg.setColor(currentColor);\r
 477       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 478                               idWidth,\r
 479                               av.getCharHeight());\r
 480 \r
 481       pg.setColor(currentTextColor);\r
 482 \r
 483       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 484       if(av.getShowFullId())\r
 485         string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 486 \r
 487       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 488                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 489     }\r
 490 \r
 491     // draw main sequence panel\r
 492     pg.translate(idWidth,0);\r
 493     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 494 \r
 495 \r
 496     if(av.getShowAnnotation())\r
 497       {\r
 498         pg.translate(-idWidth,(endSeq-startSeq)*av.charHeight);\r
 499         alabels.drawComponent((Graphics2D)pg);\r
 500         pg.translate(idWidth,0);\r
 501         annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes+1);\r
 502       }\r
 503 \r
 504     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 505   }\r
 506 \r
 507 \r
 508   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 509   {\r
 510 \r
 511     int idWidth = calculateIdWidth().width+4;\r
 512 \r
 513     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 514       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 515 \r
 516 \r
 517     pg.setColor(Color.white);\r
 518     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 519     pg.setFont( av.getFont() );\r
 520 \r
 521     ////////////////////////////////////\r
 522     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 523     AlignmentI da = av.alignment;\r
 524     int endy   = da.getHeight();\r
 525     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 526     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 527 \r
 528     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 529     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 530 \r
 531     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 532      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 533 \r
 534     ////////////////\r
 535     // Draw the ids\r
 536     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 537 \r
 538     pg.setColor(Color.black);\r
 539 \r
 540     int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 541     // Draw the rest of the panels\r
 542 \r
 543     for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.getEndRes(); row<av.alignment.getWidth();\r
 544         ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 545     {\r
 546       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 547       {\r
 548         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 549         String string = s.getName();\r
 550         if (av.getShowFullId())\r
 551           string = s.getDisplayId();\r
 552 \r
 553         pg.drawString(string, 0,\r
 554                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 555                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 556       }\r
 557     }\r
 558 \r
 559     // draw main sequence panel\r
 560     pg.translate(idWidth,0);\r
 561     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 562 \r
 563 \r
 564     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 565 \r
 566   }\r
 567 \r
 568 \r
 569   public void makeEPS()\r
 570   {\r
 571     int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 572     int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 573 \r
 574     if (!av.getWrapAlignment())\r
 575     {\r
 576       height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 577       width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 578     }\r
 579     if(av.getShowAnnotation())\r
 580    {\r
 581      height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 582    }\r
 583 \r
 584     try\r
 585     {\r
 586       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 587           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"eps"}, "Encapsulated Postscript");\r
 588       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 589       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 590       chooser.setToolTipText("Save");\r
 591 \r
 592       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 593       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 594         return;\r
 595 \r
 596       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 597       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 598       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width, height);\r
 599 \r
 600         if (av.getWrapAlignment())\r
 601           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 602         else\r
 603           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 604 \r
 605 \r
 606         pg.flush();\r
 607         pg.close();\r
 608     }\r
 609     catch (Exception ex)\r
 610     {\r
 611       ex.printStackTrace();\r
 612     }\r
 613   }\r
 614 \r
 615   public void makePNG()\r
 616   {\r
 617       int height = (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth() +1) * av.chunkHeight;\r
 618       int width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 619 \r
 620       if (!av.getWrapAlignment())\r
 621       {\r
 622         height = (av.alignment.getHeight()+1) * av.charHeight + 30;\r
 623         width = idPanel.getWidth() + av.alignment.getWidth() * av.charWidth;\r
 624       }\r
 625 \r
 626       if(av.getShowAnnotation())\r
 627       {\r
 628         height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 629       }\r
 630 \r
 631 \r
 632 System.out.println(width +" "+height);\r
 633 \r
 634     try\r
 635     {\r
 636       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 637           "LAST_DIRECTORY"), new String[]{"png"}, "Portable network graphics");\r
 638       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 639       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 640       chooser.setToolTipText("Save");\r
 641 \r
 642       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 643       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 644         return;\r
 645 \r
 646       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",chooser.getSelectedFile().getPath());\r
 647       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 648 \r
 649       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 650       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 651 \r
 652 \r
 653         if (av.getWrapAlignment())\r
 654           printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 655         else\r
 656           printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 657 \r
 658         ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 659         out.close();\r
 660     }\r
 661     catch (Exception ex)\r
 662     {\r
 663       ex.printStackTrace();\r
 664     }\r
 665   }\r
 666 \r
 667 }\r
 668 \r
 669 \r
 670 \r
 671 \r