src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     adjustAnnotationHeight();\r
  96 \r
  97     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
  98 \r
  99     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 100     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 101 \r
 102     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 103     {\r
 104       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 105       {\r
 106         if(av.cursorMode\r
 107            && evt.getKeyCode()>=KeyEvent.VK_0\r
 108            && evt.getKeyCode()<=KeyEvent.VK_9)\r
 109         {\r
 110           seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 111         }\r
 112 \r
 113         switch (evt.getKeyCode())\r
 114         {\r
 115           case 27: // escape key\r
 116             alignFrame.deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 117 \r
 118             break;\r
 119 \r
 120           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 121             if(av.cursorMode)\r
 122             {\r
 123               seqPanel.moveCursor(0,1);\r
 124             }\r
 125             else\r
 126               alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 127             break;\r
 128 \r
 129           case KeyEvent.VK_UP:\r
 130             if (av.cursorMode)\r
 131             {\r
 132               seqPanel.moveCursor(0,-1);\r
 133             }\r
 134             else\r
 135               alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 136             break;\r
 137 \r
 138           case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 139             if(av.cursorMode)\r
 140             {\r
 141               seqPanel.moveCursor(-1,0);\r
 142             }\r
 143             break;\r
 144 \r
 145           case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 146             if (av.cursorMode)\r
 147             {\r
 148               seqPanel.moveCursor(1,0);\r
 149             }\r
 150             break;\r
 151 \r
 152           case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 153             if(av.cursorMode)\r
 154             {\r
 155               seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 156             }\r
 157             break;\r
 158 \r
 159           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 160           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 161             if(!av.cursorMode)\r
 162             {\r
 163               alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 164             }\r
 165             else\r
 166               seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown());\r
 167 \r
 168             break;\r
 169 \r
 170           case KeyEvent.VK_S:\r
 171             if(av.cursorMode)\r
 172             {\r
 173               seqPanel.setCursorRow();\r
 174             }\r
 175             break;\r
 176           case KeyEvent.VK_C:\r
 177             if(av.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 178             {\r
 179               seqPanel.setCursorColumn();\r
 180             }\r
 181             break;\r
 182           case KeyEvent.VK_P:\r
 183             if(av.cursorMode)\r
 184             {\r
 185               seqPanel.setCursorPosition();\r
 186             }\r
 187             break;\r
 188 \r
 189           case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 190           case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 191             if(av.cursorMode)\r
 192             {\r
 193               seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 194             }\r
 195             break;\r
 196 \r
 197           case KeyEvent.VK_Q:\r
 198             if(av.cursorMode)\r
 199             {\r
 200               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 201             }\r
 202             break;\r
 203           case KeyEvent.VK_M:\r
 204             if(av.cursorMode)\r
 205             {\r
 206               seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 207             }\r
 208             break;\r
 209 \r
 210          case KeyEvent.VK_F2:\r
 211            av.cursorMode = ! av.cursorMode;\r
 212            alignFrame.statusBar.setText("Keyboard editing mode is "+\r
 213                (av.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 214            if(av.cursorMode)\r
 215            {\r
 216              seqPanel.seqCanvas.cursorX = av.startRes;\r
 217              seqPanel.seqCanvas.cursorY = av.startSeq;\r
 218            }\r
 219            seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 220            break;\r
 221 \r
 222           case KeyEvent.VK_F1:\r
 223             try\r
 224             {\r
 225               ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 226               java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 227               javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 228 \r
 229               javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 230               hb.setCurrentID("home");\r
 231               hb.setDisplayed(true);\r
 232             }\r
 233             catch (Exception ex)\r
 234             {\r
 235               ex.printStackTrace();\r
 236             }\r
 237             break;\r
 238           case KeyEvent.VK_H:\r
 239           {\r
 240             SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 241             if(sg!=null && sg.getSize(false)!=av.alignment.getHeight())\r
 242             {\r
 243               alignFrame.hideSelSequences_actionPerformed(null);\r
 244             }\r
 245             else\r
 246               alignFrame.showAllSeqs_actionPerformed(null);\r
 247 \r
 248             if(av.colSel.getSelected().size()>0)\r
 249               alignFrame.hideSelColumns_actionPerformed(null);\r
 250             else\r
 251               alignFrame.showAllColumns_actionPerformed(null);\r
 252 \r
 253             break;\r
 254           }\r
 255 \r
 256         }\r
 257       }\r
 258     });\r
 259   }\r
 260 \r
 261   /**\r
 262    * DOCUMENT ME!\r
 263    */\r
 264   public void fontChanged()\r
 265   {\r
 266     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 267     // to prevent drawing old image\r
 268     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 269 \r
 270     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 271         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 272     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 273         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 274 \r
 275     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 276     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 277     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 278 \r
 279     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 280     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 281     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 282     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 283 \r
 284     if (av.getWrapAlignment())\r
 285     {\r
 286       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 287           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 288       vscroll.setMaximum(max);\r
 289       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 290       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 291     }\r
 292     else\r
 293     {\r
 294       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 295     }\r
 296 \r
 297     if (overviewPanel != null)\r
 298       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 299 \r
 300     repaint();\r
 301   }\r
 302 \r
 303   /**\r
 304    * DOCUMENT ME!\r
 305    *\r
 306    * @return DOCUMENT ME!\r
 307    */\r
 308   public Dimension calculateIdWidth()\r
 309   {\r
 310     Container c = new Container();\r
 311 \r
 312     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 313     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 314 \r
 315     int i = 0;\r
 316     int idWidth = 0;\r
 317     String id;\r
 318 \r
 319     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 320     {\r
 321       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 322 \r
 323       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 324 \r
 325       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 326       {\r
 327         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 328       }\r
 329 \r
 330       i++;\r
 331     }\r
 332 \r
 333     // Also check annotation label widths\r
 334     i = 0;\r
 335 \r
 336     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 337     {\r
 338       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 339 \r
 340       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 341       {\r
 342         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 343 \r
 344         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 345         {\r
 346           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 347         }\r
 348 \r
 349         i++;\r
 350       }\r
 351     }\r
 352 \r
 353     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 354   }\r
 355 \r
 356   /**\r
 357    * DOCUMENT ME!\r
 358    *\r
 359    * @param results DOCUMENT ME!\r
 360    */\r
 361   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 362   {\r
 363     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 364 \r
 365     // do we need to scroll the panel?\r
 366     if (results != null)\r
 367     {\r
 368       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 369       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 370       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 371       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 372 \r
 373       if(!av.wrapAlignment)\r
 374       {\r
 375         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 376            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 377         {\r
 378           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 379         }\r
 380       }\r
 381       else\r
 382       {\r
 383         scrollToWrappedVisible(start);\r
 384       }\r
 385     }\r
 386   }\r
 387 \r
 388   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
 389   {\r
 390     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 391     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 392     {\r
 393       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
 394       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 395     }\r
 396   }\r
 397 \r
 398   /**\r
 399    * DOCUMENT ME!\r
 400    *\r
 401    * @return DOCUMENT ME!\r
 402    */\r
 403   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 404   {\r
 405     return overviewPanel;\r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * DOCUMENT ME!\r
 410    *\r
 411    * @param op DOCUMENT ME!\r
 412    */\r
 413   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 414   {\r
 415     overviewPanel = op;\r
 416   }\r
 417 \r
 418   /**\r
 419    * DOCUMENT ME!\r
 420    *\r
 421    * @param b DOCUMENT ME!\r
 422    */\r
 423   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 424   {\r
 425     if (!av.wrapAlignment)\r
 426     {\r
 427       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 428       annotationScroller.setVisible(b);\r
 429     }\r
 430     repaint();\r
 431   }\r
 432 \r
 433   public void adjustAnnotationHeight()\r
 434   {\r
 435     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 436     {\r
 437       public void run()\r
 438       {\r
 439           while(alignFrame.getHeight()==0)\r
 440           {\r
 441             Thread.yield();\r
 442           }\r
 443 \r
 444         int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 445 \r
 446         if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
 447         {\r
 448           height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
 449         }\r
 450 \r
 451         annotationScroller.setPreferredSize(\r
 452             new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
 453                           height));\r
 454 \r
 455         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
 456             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
 457             height));\r
 458 \r
 459         annotationPanel.repaint();\r
 460       }\r
 461     });\r
 462   }\r
 463 \r
 464   /**\r
 465    * DOCUMENT ME!\r
 466    *\r
 467    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 468    */\r
 469   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 470   {\r
 471     av.startSeq = 0;\r
 472     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 473     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 474     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 475 \r
 476     if (wrap)\r
 477     {\r
 478       annotationScroller.setVisible(false);\r
 479       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 480     }\r
 481     else if (av.showAnnotation)\r
 482     {\r
 483       annotationScroller.setVisible(true);\r
 484       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 485     }\r
 486 \r
 487     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 488 \r
 489     repaint();\r
 490   }\r
 491 \r
 492   // return value is true if the scroll is valid\r
 493   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 494   {\r
 495     if (up)\r
 496     {\r
 497       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 498       {\r
 499         return false;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       fastPaint = false;\r
 503       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 504     }\r
 505     else\r
 506     {\r
 507       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 508       {\r
 509         return false;\r
 510       }\r
 511 \r
 512       fastPaint = false;\r
 513       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 514     }\r
 515 \r
 516     fastPaint = true;\r
 517 \r
 518     return true;\r
 519   }\r
 520 \r
 521   /**\r
 522    * DOCUMENT ME!\r
 523    *\r
 524    * @param right DOCUMENT ME!\r
 525    *\r
 526    * @return DOCUMENT ME!\r
 527    */\r
 528   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 529   {\r
 530     if (!right)\r
 531     {\r
 532       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 533       {\r
 534         return false;\r
 535       }\r
 536 \r
 537       fastPaint = false;\r
 538       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 539     }\r
 540     else\r
 541     {\r
 542       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 543       {\r
 544         return false;\r
 545       }\r
 546 \r
 547       fastPaint = false;\r
 548       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 549     }\r
 550 \r
 551     fastPaint = true;\r
 552 \r
 553     return true;\r
 554   }\r
 555 \r
 556   /**\r
 557    * DOCUMENT ME!\r
 558    *\r
 559    * @param x DOCUMENT ME!\r
 560    * @param y DOCUMENT ME!\r
 561    */\r
 562   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 563   {\r
 564 \r
 565     int width = av.alignment.getWidth();\r
 566     int height = av.alignment.getHeight();\r
 567 \r
 568     if(av.hasHiddenColumns)\r
 569      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
 570 \r
 571     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
 572 \r
 573     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 574     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 575 \r
 576     if (hextent > width)\r
 577     {\r
 578       hextent = width;\r
 579     }\r
 580 \r
 581     if (vextent > height)\r
 582     {\r
 583       vextent = height;\r
 584     }\r
 585 \r
 586     if ( (hextent + x) > width)\r
 587     {\r
 588       x = width - hextent;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     if ( (vextent + y) > height)\r
 592     {\r
 593       y = height - vextent;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     if (y < 0)\r
 597     {\r
 598       y = 0;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     if (x < 0)\r
 602     {\r
 603       x = 0;\r
 604     }\r
 605 \r
 606     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
 607     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
 608   }\r
 609 \r
 610   /**\r
 611    * DOCUMENT ME!\r
 612    *\r
 613    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 614    */\r
 615   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 616   {\r
 617 \r
 618     int oldX = av.getStartRes();\r
 619     int oldY = av.getStartSeq();\r
 620 \r
 621     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 622     {\r
 623       int x = hscroll.getValue();\r
 624       av.setStartRes(x);\r
 625       av.setEndRes( (x +\r
 626                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 627     }\r
 628 \r
 629     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 630     {\r
 631       int offy = vscroll.getValue();\r
 632 \r
 633       if (av.getWrapAlignment())\r
 634       {\r
 635         if(offy>-1)\r
 636         {\r
 637           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 638               seqCanvas.getWidth());\r
 639           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
 640           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
 641         }\r
 642         else\r
 643         {\r
 644           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
 645           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
 646           //as preference setting\r
 647           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 648               {\r
 649                 public void run()\r
 650                 {\r
 651                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 652                 }\r
 653               });\r
 654         }\r
 655       }\r
 656       else\r
 657       {\r
 658         av.setStartSeq(offy);\r
 659         av.setEndSeq(offy +\r
 660                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 661       }\r
 662     }\r
 663 \r
 664     if (overviewPanel != null)\r
 665     {\r
 666       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 667     }\r
 668 \r
 669     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 670     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 671 \r
 672     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 673     {\r
 674       repaint();\r
 675     }\r
 676     else\r
 677     {\r
 678       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 679       // larger than the visible window\r
 680       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 681         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 682       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 683         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 684 \r
 685       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 686       {\r
 687         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 688         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 689                                      scrollY);\r
 690         scalePanel.repaint();\r
 691 \r
 692         if (av.getShowAnnotation())\r
 693         {\r
 694           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 695         }\r
 696       }\r
 697     }\r
 698   }\r
 699 \r
 700   /**\r
 701    * DOCUMENT ME!\r
 702    *\r
 703    * @param g DOCUMENT ME!\r
 704    */\r
 705   public void paintComponent(Graphics g)\r
 706   {\r
 707     invalidate();\r
 708 \r
 709     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 710     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 711     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 712     validate();\r
 713 \r
 714     if (av.getWrapAlignment())\r
 715     {\r
 716       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 717 \r
 718       if (av.hasHiddenColumns)\r
 719         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 720 \r
 721       int max = maxwidth /\r
 722           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +\r
 723           1;\r
 724 \r
 725 \r
 726       vscroll.setMaximum(max);\r
 727       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 728       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 729     }\r
 730     else\r
 731     {\r
 732       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 733     }\r
 734 \r
 735     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
 736         && overviewPanel != null)\r
 737         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 738 \r
 739   }\r
 740 \r
 741   /**\r
 742    * DOCUMENT ME!\r
 743    *\r
 744    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 745    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 746    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 747    *\r
 748    * @return DOCUMENT ME!\r
 749    *\r
 750    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 751    */\r
 752   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 753       throws PrinterException\r
 754   {\r
 755     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 756 \r
 757     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 758     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 759 \r
 760     if (av.getWrapAlignment())\r
 761     {\r
 762       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 763     }\r
 764     else\r
 765     {\r
 766       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 767     }\r
 768   }\r
 769 \r
 770   /**\r
 771    * DOCUMENT ME!\r
 772    *\r
 773    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 774    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 775    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 776    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 777    *\r
 778    * @return DOCUMENT ME!\r
 779    *\r
 780    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 781    */\r
 782   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 783       throws PrinterException\r
 784   {\r
 785     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 786     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 787     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 788 \r
 789     pg.setColor(Color.white);\r
 790     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 791     pg.setFont(av.getFont());\r
 792 \r
 793     ////////////////////////////////////\r
 794     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 795     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 796 \r
 797     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 798         1;\r
 799 \r
 800     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 801 \r
 802     /////////////////////////////\r
 803     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 804     int startRes;\r
 805 \r
 806     /////////////////////////////\r
 807     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 808     int endRes;\r
 809 \r
 810     /////////////////////////////\r
 811     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 812     int startSeq;\r
 813 \r
 814     /////////////////////////////\r
 815     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 816     int endSeq;\r
 817     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 818     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 819 \r
 820     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 821     {\r
 822       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 823     }\r
 824 \r
 825     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 826     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 827 \r
 828     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 829     {\r
 830       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 831     }\r
 832 \r
 833     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 834 \r
 835     if (av.showAnnotation)\r
 836     {\r
 837       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 838     }\r
 839 \r
 840     pagesHigh /= pheight;\r
 841 \r
 842     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 843     {\r
 844       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 845     }\r
 846 \r
 847     //draw Scale\r
 848     pg.translate(idWidth, 0);\r
 849     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 850     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 851 \r
 852     ////////////////\r
 853     // Draw the ids\r
 854     Color currentColor = null;\r
 855     Color currentTextColor = null;\r
 856 \r
 857     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 858                         Font.ITALIC,\r
 859                         av.getFont().getSize()));\r
 860     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 861     {\r
 862       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 863           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 864               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 865       {\r
 866         currentColor = Color.gray;\r
 867         currentTextColor = Color.black;\r
 868       }\r
 869       else\r
 870       {\r
 871         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 872         currentTextColor = Color.black;\r
 873       }\r
 874 \r
 875       pg.setColor(currentColor);\r
 876       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 877                   av.getCharHeight());\r
 878 \r
 879       pg.setColor(currentTextColor);\r
 880 \r
 881       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 882           ( av.getShowJVSuffix());\r
 883 \r
 884       pg.drawString(string, 0,\r
 885                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 886                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 887     }\r
 888 \r
 889     pg.setFont(av.getFont());\r
 890 \r
 891     // draw main sequence panel\r
 892     pg.translate(idWidth, 0);\r
 893     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
 894 \r
 895     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 896     {\r
 897       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 898       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 899       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 900       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 901                                     1);\r
 902     }\r
 903 \r
 904     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 905   }\r
 906 \r
 907   /**\r
 908    * DOCUMENT ME!\r
 909    *\r
 910    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 911    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 912    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 913    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 914    *\r
 915    * @return DOCUMENT ME!\r
 916    *\r
 917    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 918    */\r
 919   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 920                                    int pi)\r
 921       throws PrinterException\r
 922   {\r
 923 \r
 924     int annotationHeight = 0;\r
 925     AnnotationLabels labels = null;\r
 926     if (av.showAnnotation)\r
 927     {\r
 928       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 929       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 930     }\r
 931 \r
 932     int hgap = av.charHeight;\r
 933     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 934       hgap += av.charHeight;\r
 935 \r
 936     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 937         + hgap\r
 938         + annotationHeight;\r
 939 \r
 940     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 941 \r
 942     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
 943     if (av.hasHiddenColumns)\r
 944       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
 945 \r
 946 \r
 947     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 948         idWidth);\r
 949 \r
 950     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
 951 \r
 952     pg.setColor(Color.white);\r
 953     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 954     pg.setFont(av.getFont());\r
 955 \r
 956     ////////////////\r
 957     // Draw the ids\r
 958     pg.setColor(Color.black);\r
 959 \r
 960     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 961 \r
 962     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 963 \r
 964     int ypos = hgap;\r
 965     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 966                            av.getFont().getSize());\r
 967     pg.setFont(italic);\r
 968 \r
 969     do\r
 970     {\r
 971       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 972       {\r
 973         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 974         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 975 \r
 976         pg.drawString(string, 0,\r
 977                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 978                       (av.charHeight / 5));\r
 979       }\r
 980       if (labels != null)\r
 981       {\r
 982         pg.translate(-3,\r
 983                      ypos +\r
 984                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 985 \r
 986         pg.setFont(av.getFont());\r
 987         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 988         pg.setFont(italic);\r
 989         pg.translate(+3,\r
 990                      -ypos -\r
 991                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 992       }\r
 993 \r
 994       ypos += cHeight;\r
 995     }\r
 996     while (ypos < totalHeight);\r
 997 \r
 998     pg.translate(idWidth, 0);\r
 999 \r
1000     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
1001 \r
1002     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
1003     {\r
1004       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
1005 \r
1006     }\r
1007     else\r
1008     {\r
1009       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
1010     }\r
1011   }\r
1012 \r
1013   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
1014   {\r
1015     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1016     if (av.hasHiddenColumns)\r
1017       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
1018 \r
1019     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1020     int width = idPanel.getWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
1021     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
1022     {\r
1023       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
1024     }\r
1025 \r
1026     if (av.getWrapAlignment())\r
1027     {\r
1028       height = getWrappedHeight();\r
1029       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1030           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1031       {\r
1032         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
1033       }\r
1034       else\r
1035         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1036 \r
1037     }\r
1038     else if (av.getShowAnnotation())\r
1039     {\r
1040       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
1041     }\r
1042 \r
1043     jalview.util.ImageMaker im;\r
1044     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
1045       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1046                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
1047                                         "Create PNG image from alignment",\r
1048                                         width, height, file, null);\r
1049     else\r
1050       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
1051                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
1052                                        "Create EPS file from alignment",\r
1053                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
1054 \r
1055     try\r
1056     {\r
1057       if (av.getWrapAlignment())\r
1058       {\r
1059         if(im.getGraphics()!=null)\r
1060         {\r
1061           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1062           im.writeImage();\r
1063         }\r
1064       }\r
1065       else\r
1066       {\r
1067         if(im.getGraphics()!=null)\r
1068         {\r
1069           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
1070           im.writeImage();\r
1071         }\r
1072       }\r
1073     }\r
1074     catch (OutOfMemoryError err)\r
1075     {\r
1076       System.out.println("########################\n"\r
1077                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
1078                          + "########################");\r
1079 \r
1080       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1081                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
1082                                             +\r
1083                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1084                                             , "Out of memory",\r
1085                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1086       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
1087       System.gc();\r
1088 \r
1089     }\r
1090     catch (Exception ex)\r
1091     {\r
1092       ex.printStackTrace();\r
1093     }\r
1094   }\r
1095   /**\r
1096    * DOCUMENT ME!\r
1097    */\r
1098   public void makeEPS(File epsFile)\r
1099   {\r
1100     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
1101   }\r
1102 \r
1103   /**\r
1104    * DOCUMENT ME!\r
1105    */\r
1106   public void makePNG(File pngFile)\r
1107   {\r
1108     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
1109   }\r
1110 \r
1111   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
1112   {\r
1113     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
1114     //////////////////////////////////////////////\r
1115     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1116     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
1117     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
1118 \r
1119     // Gen image map\r
1120     //////////////////////////////////\r
1121     if (imgMapFile != null)\r
1122     {\r
1123       try\r
1124       {\r
1125         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1126             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1127         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1128         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1129         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1130         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1131                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1132                     + "<map name=\"Map\">");\r
1133 \r
1134         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1135         {\r
1136           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1137 \r
1138           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1139           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1140           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1141           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1142           {\r
1143             text = new StringBuffer();\r
1144             Object obj = null;\r
1145             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1146               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1147             else\r
1148               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1149                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1150 \r
1151               if (obj == null)\r
1152                   continue;\r
1153 \r
1154             String triplet = obj.toString();\r
1155             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1156             gSize = groups.length;\r
1157             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1158             {\r
1159               if(text.length()<1)\r
1160               {\r
1161                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1162                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1163                   + sy + ","\r
1164                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1165                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1166                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1167                   + alIndex + " " + triplet );\r
1168               }\r
1169 \r
1170               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1171                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1172             }\r
1173 \r
1174             if (features != null)\r
1175             {\r
1176               if(text.length()<1)\r
1177               {\r
1178                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1179                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1180                   + sy + ","\r
1181                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1182                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1183                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1184                   + alIndex + " " + triplet );\r
1185               }\r
1186                 fSize = features.length;\r
1187                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1188                 {\r
1189 \r
1190                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1191                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1192                   {\r
1193                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1194                     {\r
1195                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1196                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1197                       {\r
1198                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1199                                        features[f].getEnd());\r
1200                       }\r
1201                     }\r
1202                     else\r
1203                     {\r
1204                       text.append("<br>");\r
1205                       text.append(features[f].getType());\r
1206                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1207                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1208 \r
1209                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1210                       {\r
1211                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1212                       }\r
1213                     }\r
1214                   }\r
1215 \r
1216                 }\r
1217               }\r
1218               if(text.length()>1)\r
1219               {\r
1220                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1221                 out.println(text.toString());\r
1222               }\r
1223             }\r
1224           }\r
1225         out.println("</map></body></html>");\r
1226         out.close();\r
1227 \r
1228       }\r
1229       catch (Exception ex)\r
1230       {\r
1231         ex.printStackTrace();\r
1232       }\r
1233     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1234 \r
1235   }\r
1236 \r
1237   int getWrappedHeight()\r
1238   {\r
1239     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1240 \r
1241     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1242     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1243               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1244     {\r
1245       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
1246       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - idWidth;\r
1247     }\r
1248 \r
1249     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1250         seqPanelWidth\r
1251           );\r
1252 \r
1253     int hgap = av.charHeight;\r
1254     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1255       hgap += av.charHeight;\r
1256 \r
1257     int annotationHeight = 0;\r
1258     if (av.showAnnotation)\r
1259     {\r
1260       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1261     }\r
1262 \r
1263     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1264         + hgap\r
1265         + annotationHeight;\r
1266 \r
1267     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1268     if (av.hasHiddenColumns)\r
1269       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1270 \r
1271 \r
1272     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1273 \r
1274     return height;\r
1275   }\r
1276 \r
1277   /**\r
1278    * DOCUMENT ME!\r
1279    *\r
1280    * @author $author$\r
1281    * @version $Revision$\r
1282    */\r
1283   class Preview\r
1284       extends JFrame\r
1285   {\r
1286     /**\r
1287      * Creates a new Preview object.\r
1288      *\r
1289      * @param image DOCUMENT ME!\r
1290      */\r
1291     public Preview(Image image)\r
1292     {\r
1293       setResizable(true);\r
1294       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1295       setVisible(true);\r
1296       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1297       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1298       validate();\r
1299       repaint();\r
1300     }\r
1301   }\r
1302 \r
1303   /**\r
1304    * DOCUMENT ME!\r
1305    *\r
1306    * @author $author$\r
1307    * @version $Revision$\r
1308    */\r
1309   class PreviewPanel\r
1310       extends JPanel\r
1311   {\r
1312     Image image;\r
1313 \r
1314     /**\r
1315      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1316      *\r
1317      * @param image DOCUMENT ME!\r
1318      */\r
1319     public PreviewPanel(Image image)\r
1320     {\r
1321       this.image = image;\r
1322     }\r
1323 \r
1324     /**\r
1325      * DOCUMENT ME!\r
1326      *\r
1327      * @param g DOCUMENT ME!\r
1328      */\r
1329     public void paintComponent(Graphics g)\r
1330     {\r
1331       if (image != null)\r
1332       {\r
1333         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1334       }\r
1335       else\r
1336       {\r
1337         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1338       }\r
1339     }\r
1340   }\r
1341 }\r