src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.awt.image.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.awt.print.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  11 {\r
  12 \r
  13   AlignViewport     av;\r
  14   OverviewPanel overviewPanel;\r
  15   SeqPanel   seqPanel;\r
  16   IdPanel    idPanel;\r
  17   public AlignFrame alignFrame;\r
  18   ScalePanel scalePanel;\r
  19   ScorePanel scorePanel;\r
  20 \r
  21   public boolean    groupEdit = false;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31 \r
  32     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  33     idPanel.addNotify();\r
  34     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  36     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     setScrollValues(0,0);\r
  38 \r
  39     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  40     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  41     selectAll(false);\r
  42 \r
  43     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  44    {\r
  45        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  46      {\r
  47           RefreshPanels();\r
  48      }\r
  49    });\r
  50 \r
  51   }\r
  52 \r
  53   public int countSelected()\r
  54   {\r
  55     return av.getSelection().size();\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void selectAll(boolean flag) {\r
  59     int i = 0;\r
  60     if (flag) {\r
  61       while (i < av.getAlignment().getHeight()) {\r
  62         if (! av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i))) {\r
  63           av.getSelection().addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
  64         }\r
  65         i++;\r
  66       }\r
  67     } else {\r
  68       av.getSelection().clear();\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  73  {\r
  74    return overviewPanel;\r
  75  }\r
  76 \r
  77  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  78  {\r
  79    overviewPanel = op;\r
  80  }\r
  81 \r
  82 \r
  83   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  84   {\r
  85     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  86     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  87     RefreshPanels();\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  91   {\r
  92 \r
  93       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  94       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  95 \r
  96       hscroll.setVisible(!wrap);\r
  97       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
  98       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
  99 \r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void setColourScheme(jalview.schemes.ColourSchemeI cs, boolean conservation)\r
 104   {\r
 105     seqPanel.setColourScheme(cs, conservation);\r
 106     if(overviewPanel!=null)\r
 107       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 108   }\r
 109 \r
 110 \r
 111   public void RefreshPanels()\r
 112   {\r
 113     invalidate();\r
 114     validate();\r
 115     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 116     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 117     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 118     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 119     av.getConsensus(true);\r
 120     repaint();\r
 121 \r
 122     if(overviewPanel!=null)\r
 123       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 124 \r
 125   }\r
 126 \r
 127   int hextent = 0;\r
 128   int vextent = 0;\r
 129 \r
 130   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 131   {\r
 132     hextent = (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth());\r
 133     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 134 \r
 135     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 136       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 137 \r
 138     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 139       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 140 \r
 141     if(y<0)\r
 142       y = 0;\r
 143 \r
 144     if(x<0)\r
 145       x=0;\r
 146 \r
 147     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 148     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 149     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 150     repaint();\r
 151 \r
 152   }\r
 153 \r
 154 \r
 155   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 156   {\r
 157 \r
 158     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 159     {\r
 160       int x = hscroll.getValue();\r
 161       av.setStartRes(x);\r
 162       av.setEndRes(x + (int)(seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1));\r
 163     }\r
 164 \r
 165     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 166     {\r
 167         int offy = vscroll.getValue();\r
 168         av.setStartSeq(offy);\r
 169         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 170     }\r
 171 \r
 172 \r
 173     if(overviewPanel!=null)\r
 174       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 175 \r
 176 \r
 177     repaint();\r
 178   }\r
 179 \r
 180 \r
 181   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 182   {\r
 183 \r
 184     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 185 \r
 186     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 187     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 188     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 189 \r
 190     //BufferedImage printImage = new BufferedImage(pwidth,pheight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 191    // Graphics pg = printImage.getGraphics();\r
 192     pg.setColor(Color.white);\r
 193     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 194     pg.setFont( av.getFont() );\r
 195 \r
 196     ////////////////////////////////////\r
 197     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 198     int totalRes = (int)((pwidth - idWidth)/av.getCharWidth());\r
 199     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 200     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 201     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 202 \r
 203     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 204      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 205 \r
 206     /////////////////////////////\r
 207     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 208     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 209     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 210     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 211     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 212       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 213 \r
 214      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 215      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 216      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 217        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 218 \r
 219 \r
 220     ////////////////\r
 221     //draw Scale\r
 222     pg.translate(idWidth,0);\r
 223     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 224 \r
 225     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 226     ////////////////\r
 227     // Draw the ids\r
 228     Color currentColor=null;\r
 229     Color currentTextColor=null;\r
 230     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 231     {\r
 232       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 233       {\r
 234         currentColor = Color.gray;\r
 235         currentTextColor = Color.black;\r
 236       }\r
 237       else\r
 238       {\r
 239         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 240         currentTextColor = Color.black;\r
 241       }\r
 242 \r
 243       pg.setColor(currentColor);\r
 244       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 245                               getWidth(),\r
 246                               av.getCharHeight());\r
 247 \r
 248       pg.setColor(currentTextColor);\r
 249 \r
 250       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 251       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 252                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 253     }\r
 254 \r
 255     // draw main sequence panel\r
 256     pg.translate(idWidth,0);\r
 257     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 258 \r
 259     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 260   }\r
 261 }\r
 262 \r