src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   public AlignFrame alignFrame;\r
  19   ScalePanel scalePanel;\r
  20   ScorePanel scorePanel;\r
  21 \r
  22   public AlignmentPanel(AlignFrame af, AlignViewport av)\r
  23   {\r
  24     alignFrame = af;\r
  25     this.av         = av;\r
  26     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  27     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  28     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  29     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  30 \r
  31     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  32     idPanel.addNotify();\r
  33     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  36     setScrollValues(0,0);\r
  37 \r
  38     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  39     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  40 \r
  41     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  42    {\r
  43        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  44      {\r
  45           RefreshPanels();\r
  46      }\r
  47    });\r
  48   }\r
  49 \r
  50  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  51  {\r
  52    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  53 \r
  54    // do we need to scroll the panel?\r
  55    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  56                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  57                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  58                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
  59        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  60 \r
  61 \r
  62  }\r
  63 \r
  64 \r
  65  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  66  {\r
  67    return overviewPanel;\r
  68  }\r
  69 \r
  70  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  71  {\r
  72    overviewPanel = op;\r
  73  }\r
  74 \r
  75 \r
  76   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  77   {\r
  78     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
  79     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
  80 \r
  81     RefreshPanels();\r
  82     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
  83     RefreshPanels();\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
  87   {\r
  88       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  89       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
  90 \r
  91       hscroll.setVisible(!wrap);\r
  92       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
  93       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
  94   }\r
  95 \r
  96 \r
  97   public void setColourScheme()\r
  98   {\r
  99     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 100 \r
 101     if(av.getConservationSelected())\r
 102     {\r
 103 \r
 104       Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 105       Conservation c = new Conservation("All",\r
 106                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 107                             al.getWidth() );\r
 108 \r
 109        c.calculate();\r
 110        c.verdict(false, 100);\r
 111        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 112 \r
 113        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 114 \r
 115     }\r
 116     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 117     repaint();\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public void RefreshPanels()\r
 121   {\r
 122 \r
 123     invalidate();\r
 124     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 125     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 126     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 127     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 128     av.getConsensus(true);\r
 129     if(overviewPanel!=null)\r
 130       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 131 \r
 132     validate();\r
 133     repaint();\r
 134   }\r
 135 \r
 136   int hextent = 0;\r
 137   int vextent = 0;\r
 138 \r
 139   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 140   {\r
 141     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 142     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 143 \r
 144     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 145       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 146 \r
 147     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 148       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 149 \r
 150     if(y<0)\r
 151       y = 0;\r
 152 \r
 153     if(x<0)\r
 154       x=0;\r
 155 \r
 156     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 157     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 158 \r
 159 \r
 160     repaint();\r
 161 \r
 162   }\r
 163 \r
 164 \r
 165   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 166   {\r
 167 \r
 168     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 169     {\r
 170       int x = hscroll.getValue();\r
 171       av.setStartRes(x);\r
 172       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 176     {\r
 177         int offy = vscroll.getValue();\r
 178         av.setStartSeq(offy);\r
 179         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 180     }\r
 181 \r
 182 \r
 183     if(overviewPanel!=null)\r
 184       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 185 \r
 186     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 187     repaint();\r
 188   }\r
 189 \r
 190 \r
 191   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 192   {\r
 193 \r
 194     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 195 \r
 196     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 197     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 198     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 199 \r
 200     pg.setColor(Color.white);\r
 201     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 202     pg.setFont( av.getFont() );\r
 203 \r
 204     ////////////////////////////////////\r
 205     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 206     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 207     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 208     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 209     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 210 \r
 211     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 212      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 213 \r
 214     /////////////////////////////\r
 215     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 216     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 217     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 218     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 219     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 220       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 221 \r
 222      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 223      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 224      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 225        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 226 \r
 227 \r
 228     ////////////////\r
 229     //draw Scale\r
 230     pg.translate(idWidth,0);\r
 231     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 232 \r
 233     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 234     ////////////////\r
 235     // Draw the ids\r
 236     Color currentColor=null;\r
 237     Color currentTextColor=null;\r
 238     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 239     {\r
 240       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 241       {\r
 242         currentColor = Color.gray;\r
 243         currentTextColor = Color.black;\r
 244       }\r
 245       else\r
 246       {\r
 247         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 248         currentTextColor = Color.black;\r
 249       }\r
 250 \r
 251       pg.setColor(currentColor);\r
 252       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 253                               idWidth,\r
 254                               av.getCharHeight());\r
 255 \r
 256       pg.setColor(currentTextColor);\r
 257 \r
 258       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 259       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 260                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 261     }\r
 262 \r
 263     // draw main sequence panel\r
 264     pg.translate(idWidth,0);\r
 265     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 266     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 267 \r
 268     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 269   }\r
 270 \r
 271 }\r
 272 \r
 273 \r
 274 \r