src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  17 {\r
  18 \r
  19   AlignViewport     av;\r
  20   OverviewPanel overviewPanel;\r
  21   SeqPanel   seqPanel;\r
  22   IdPanel    idPanel;\r
  23   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  24   public AlignFrame alignFrame;\r
  25   ScalePanel scalePanel;\r
  26   ScorePanel scorePanel;\r
  27 \r
  28   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  29   {\r
  30     alignFrame = af;\r
  31     this.av         = av;\r
  32     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  33     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  34     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  35     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  36     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  37 \r
  38     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  40     idPanel.addNotify();\r
  41     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  42     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     setScrollValues(0,0);\r
  45 \r
  46     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  47     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  48 \r
  49     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  50    {\r
  51      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  52      {\r
  53           RefreshPanels();\r
  54      }\r
  55    });\r
  56 \r
  57 \r
  58    hscroll.setFocusable(false);\r
  59    vscroll.setFocusable(false);\r
  60    setFocusable(true);\r
  61 \r
  62    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  63    {\r
  64      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  65      {\r
  66        switch(evt.getKeyCode())\r
  67        {\r
  68          case  27: // escape key\r
  69            av.setRubberbandGroup(null);\r
  70            RefreshPanels();\r
  71            break;\r
  72          case KeyEvent.VK_X:\r
  73            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  74            break;\r
  75          case KeyEvent.VK_C:\r
  76            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  77            break;\r
  78          case KeyEvent.VK_V:\r
  79            alignFrame.paste(true);\r
  80            break;\r
  81          case KeyEvent.VK_A:\r
  82            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  83            break;\r
  84         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  85           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  86           break;\r
  87         case KeyEvent.VK_UP:\r
  88           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  89           break;\r
  90         case KeyEvent.VK_F:\r
  91           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  92           break;\r
  93        }\r
  94      }\r
  95    });\r
  96   }\r
  97 \r
  98 \r
  99  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 100  {\r
 101    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 102 \r
 103    // do we need to scroll the panel?\r
 104    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 105                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 106                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 107                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 108        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 109 \r
 110 \r
 111  }\r
 112 \r
 113 \r
 114  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 115  {\r
 116    return overviewPanel;\r
 117  }\r
 118 \r
 119  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 120  {\r
 121    overviewPanel = op;\r
 122  }\r
 123 \r
 124 \r
 125   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 126   {\r
 127     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 128     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 129 \r
 130     RefreshPanels();\r
 131     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 132     RefreshPanels();\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 136   {\r
 137     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 138     RefreshPanels();\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 142   {\r
 143     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 144     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 145     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 146 \r
 147     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 148 \r
 149     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 150     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 151 \r
 152     RefreshPanels();\r
 153 \r
 154   }\r
 155 \r
 156 \r
 157   public void setColourScheme()\r
 158   {\r
 159     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 160 \r
 161     if(av.getConservationSelected())\r
 162     {\r
 163 \r
 164        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 165        Conservation c = new Conservation("All",\r
 166                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 167                             al.getWidth() );\r
 168 \r
 169        c.calculate();\r
 170        c.verdict(false, 100);\r
 171        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 172 \r
 173        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 174 \r
 175     }\r
 176 \r
 177     RefreshPanels();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void RefreshPanels()\r
 181   {\r
 182     requestFocus();\r
 183     invalidate();\r
 184     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 185     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 186     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 187 \r
 188     if(av.getWrapAlignment())\r
 189     {\r
 190       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 191 \r
 192       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 193       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 194       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 195     }\r
 196     else\r
 197 \r
 198     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 199     av.getConsensus(true);\r
 200     if(overviewPanel!=null)\r
 201       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 202 \r
 203     validate();\r
 204     repaint();\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   int hextent = 0;\r
 209   int vextent = 0;\r
 210 \r
 211   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 212   {\r
 213     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 214     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 215 \r
 216     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 217       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 218 \r
 219     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 220       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 221 \r
 222     if(y<0)\r
 223       y = 0;\r
 224 \r
 225     if(x<0)\r
 226       x=0;\r
 227 \r
 228     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 229     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 230 \r
 231 \r
 232     repaint();\r
 233 \r
 234   }\r
 235 \r
 236 \r
 237   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 238   {\r
 239 \r
 240     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 241     {\r
 242       int x = hscroll.getValue();\r
 243       av.setStartRes(x);\r
 244       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 245     }\r
 246 \r
 247     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 248     {\r
 249       int offy = vscroll.getValue();\r
 250       if (av.getWrapAlignment())\r
 251       {\r
 252         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 253       }\r
 254       else\r
 255       {\r
 256         av.setStartSeq(offy);\r
 257         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 258       }\r
 259     }\r
 260 \r
 261 \r
 262     if(overviewPanel!=null)\r
 263       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 264 \r
 265     repaint();\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 269   {\r
 270     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 271 \r
 272     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 273     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 274 \r
 275     if (av.getWrapAlignment())\r
 276       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 277     else\r
 278       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 279   }\r
 280 \r
 281   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 282   {\r
 283 \r
 284     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 285 \r
 286 \r
 287     pg.setColor(Color.white);\r
 288     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 289     pg.setFont( av.getFont() );\r
 290 \r
 291     ////////////////////////////////////\r
 292     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 293     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 294     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 295     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 296     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 297 \r
 298     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 299      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 300 \r
 301     /////////////////////////////\r
 302     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 303     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 304     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 305     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 306     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 307       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 308 \r
 309      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 310      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 311      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 312        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 313 \r
 314 \r
 315     ////////////////\r
 316     //draw Scale\r
 317     pg.translate(idWidth,0);\r
 318     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 319 \r
 320     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 321     ////////////////\r
 322     // Draw the ids\r
 323     Color currentColor=null;\r
 324     Color currentTextColor=null;\r
 325     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 326     {\r
 327       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 328       {\r
 329         currentColor = Color.gray;\r
 330         currentTextColor = Color.black;\r
 331       }\r
 332       else\r
 333       {\r
 334         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 335         currentTextColor = Color.black;\r
 336       }\r
 337 \r
 338       pg.setColor(currentColor);\r
 339       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 340                               idWidth,\r
 341                               av.getCharHeight());\r
 342 \r
 343       pg.setColor(currentTextColor);\r
 344 \r
 345       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 346       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 347                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 348     }\r
 349 \r
 350     // draw main sequence panel\r
 351     pg.translate(idWidth,0);\r
 352     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 353     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 354 \r
 355     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 356   }\r
 357 \r
 358 \r
 359   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 360   {\r
 361 \r
 362     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 363 \r
 364     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 365       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 366 \r
 367 \r
 368     pg.setColor(Color.white);\r
 369     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 370     pg.setFont( av.getFont() );\r
 371 \r
 372     ////////////////////////////////////\r
 373     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 374     AlignmentI da = av.alignment;\r
 375     int endy   = da.getHeight();\r
 376     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 377     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 378 \r
 379     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 380     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 381 \r
 382     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 383      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 384 \r
 385     ////////////////\r
 386     // Draw the ids\r
 387     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 388 \r
 389     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 390     pg.setColor(Color.black);\r
 391     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 392         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 393         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 394     {\r
 395       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 396       {\r
 397         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 398         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 399                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 400                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 401       }\r
 402     }\r
 403 \r
 404     // draw main sequence panel\r
 405     pg.translate(idWidth,0);\r
 406     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 407 \r
 408 \r
 409     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 410 \r
 411   }\r
 412 \r
 413   public void makeJPG(int width, int height)\r
 414   {\r
 415     try\r
 416     {\r
 417 \r
 418       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 419                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 420       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
 421 \r
 422       try\r
 423       {\r
 424         if (av.getWrapAlignment())\r
 425           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 426         else\r
 427           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 428       }\r
 429       catch (Exception ex)\r
 430       {}\r
 431 \r
 432       javax.swing.JFileChooser chooser = new javax.swing.JFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 433           "LAST_DIRECTORY"));\r
 434       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
 435       chooser.setToolTipText("Save");\r
 436 \r
 437       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 438       if (value == javax.swing.JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 439       {\r
 440 \r
 441         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 442         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
 443         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
 444         param.setQuality(1.0f, true);\r
 445 \r
 446         jie.encode(bi, param);\r
 447         out.close();\r
 448       }\r
 449 \r
 450     }\r
 451     catch (IOException ex)\r
 452     {\r
 453       System.out.println("ex Writing image ");\r
 454     }\r
 455   }\r
 456 \r
 457 }\r
 458 \r
 459 \r
 460 \r