src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     public AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131                     }\r
 132 \r
 133                 }\r
 134             });\r
 135     }\r
 136 \r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      */\r
 141     public void fontChanged()\r
 142     {\r
 143         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 144         // to prevent drawing old image\r
 145         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 146 \r
 147         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 148                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 149         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 150                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 151 \r
 152         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 153         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 154         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 155 \r
 156         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 157         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 158         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 159         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 160 \r
 161         if (av.getWrapAlignment())\r
 162         {\r
 163           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 164               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 165           vscroll.setMaximum(max);\r
 166           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 167           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 168         }\r
 169         else\r
 170         {\r
 171           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 172         }\r
 173 \r
 174         if(overviewPanel!=null)\r
 175           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 176 \r
 177         repaint();\r
 178     }\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * DOCUMENT ME!\r
 182      *\r
 183      * @return DOCUMENT ME!\r
 184      */\r
 185     public Dimension calculateIdWidth()\r
 186     {\r
 187       Container c = new Container();\r
 188 \r
 189         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 190         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 191 \r
 192         int i = 0;\r
 193         int idWidth = 0;\r
 194         String id;\r
 195 \r
 196         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 197         {\r
 198             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 199 \r
 200             if (av.getShowFullId())\r
 201             {\r
 202                 id = s.getDisplayId();\r
 203             }\r
 204             else\r
 205             {\r
 206                 id = s.getName();\r
 207             }\r
 208 \r
 209             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 210             {\r
 211                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 212             }\r
 213 \r
 214             i++;\r
 215         }\r
 216 \r
 217         // Also check annotation label widths\r
 218         i = 0;\r
 219 \r
 220         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 221         {\r
 222             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 223 \r
 224             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 225             {\r
 226                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 227 \r
 228                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 229                 {\r
 230                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 231                 }\r
 232 \r
 233                 i++;\r
 234             }\r
 235         }\r
 236 \r
 237         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 238     }\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * DOCUMENT ME!\r
 242      *\r
 243      * @param results DOCUMENT ME!\r
 244      */\r
 245     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 246     {\r
 247         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 248 \r
 249         // do we need to scroll the panel?\r
 250         if (results != null)\r
 251         {\r
 252             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 253             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 254             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 255 \r
 256             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 257                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 258                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 259             {\r
 260                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 261             }\r
 262         }\r
 263     }\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * DOCUMENT ME!\r
 267      *\r
 268      * @return DOCUMENT ME!\r
 269      */\r
 270     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 271     {\r
 272         return overviewPanel;\r
 273     }\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * DOCUMENT ME!\r
 277      *\r
 278      * @param op DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 281     {\r
 282         overviewPanel = op;\r
 283     }\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param b DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 291     {\r
 292         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 293         annotationScroller.setVisible(b);\r
 294     }\r
 295 \r
 296     /**\r
 297      * DOCUMENT ME!\r
 298      *\r
 299      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 300      */\r
 301     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 302     {\r
 303         av.startSeq = 0;\r
 304         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 305         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 306         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 307 \r
 308        if(wrap)\r
 309        {\r
 310          annotationScroller.setVisible(false);\r
 311          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 312        }\r
 313        else if(av.showAnnotation)\r
 314        {\r
 315          annotationScroller.setVisible(true);\r
 316          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 317        }\r
 318 \r
 319        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 320 \r
 321         repaint();\r
 322     }\r
 323 \r
 324 \r
 325     // return value is true if the scroll is valid\r
 326     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 327     {\r
 328         if (up)\r
 329         {\r
 330             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 331             {\r
 332                 return false;\r
 333             }\r
 334 \r
 335             fastPaint = false;\r
 336             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 337         }\r
 338         else\r
 339         {\r
 340             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 341             {\r
 342                 return false;\r
 343             }\r
 344 \r
 345             fastPaint = false;\r
 346             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 347         }\r
 348 \r
 349         fastPaint = true;\r
 350 \r
 351         return true;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param right DOCUMENT ME!\r
 358      *\r
 359      * @return DOCUMENT ME!\r
 360      */\r
 361     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 362     {\r
 363         if (right)\r
 364         {\r
 365             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 366             {\r
 367                 return false;\r
 368             }\r
 369 \r
 370             fastPaint = false;\r
 371             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 372         }\r
 373         else\r
 374         {\r
 375             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 376             {\r
 377                 return false;\r
 378             }\r
 379 \r
 380             fastPaint = false;\r
 381             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 382         }\r
 383 \r
 384         fastPaint = true;\r
 385 \r
 386         return true;\r
 387     }\r
 388 \r
 389     /**\r
 390      * DOCUMENT ME!\r
 391      *\r
 392      * @param x DOCUMENT ME!\r
 393      * @param y DOCUMENT ME!\r
 394      */\r
 395     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 396     {\r
 397         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 398             1);\r
 399 \r
 400         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 401         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 402 \r
 403         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 404         {\r
 405             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 406         }\r
 407 \r
 408         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 409         {\r
 410             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 411         }\r
 412 \r
 413         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 414         {\r
 415             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 416         }\r
 417 \r
 418         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 419         {\r
 420             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 421         }\r
 422 \r
 423         if (y < 0)\r
 424         {\r
 425             y = 0;\r
 426         }\r
 427 \r
 428         if (x < 0)\r
 429         {\r
 430             x = 0;\r
 431         }\r
 432 \r
 433         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 434         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 435     }\r
 436 \r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * DOCUMENT ME!\r
 440      *\r
 441      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 442      */\r
 443     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 444     {\r
 445 \r
 446         int oldX = av.getStartRes();\r
 447         int oldY = av.getStartSeq();\r
 448 \r
 449         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 450         {\r
 451             int x = hscroll.getValue();\r
 452             av.setStartRes(x);\r
 453             av.setEndRes((x +\r
 454                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 455         }\r
 456 \r
 457         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 458         {\r
 459             int offy = vscroll.getValue();\r
 460 \r
 461             if (av.getWrapAlignment())\r
 462             {\r
 463                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 464                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 465                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 466             }\r
 467             else\r
 468             {\r
 469                 av.setStartSeq(offy);\r
 470                 av.setEndSeq(offy +\r
 471                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 472             }\r
 473         }\r
 474 \r
 475         if (overviewPanel != null)\r
 476         {\r
 477             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 478         }\r
 479 \r
 480         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 481         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 482 \r
 483         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 484             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 485              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 486              || av.getWrapAlignment()\r
 487              || !fastPaint)\r
 488         {\r
 489           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 490           repaint();\r
 491         }\r
 492         else\r
 493         {\r
 494             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 495             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 496 \r
 497             scalePanel.repaint();\r
 498 \r
 499             if (av.getShowAnnotation())\r
 500             {\r
 501                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 502             }\r
 503         }\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      * DOCUMENT ME!\r
 508      *\r
 509      * @param g DOCUMENT ME!\r
 510      */\r
 511     public void paintComponent(Graphics g)\r
 512     {\r
 513         invalidate();\r
 514 \r
 515         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 516         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 517         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 518         validate();\r
 519 \r
 520         if (av.getWrapAlignment())\r
 521         {\r
 522             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 523             vscroll.setMaximum(max);\r
 524             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 525             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 526         }\r
 527         else\r
 528         {\r
 529             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 530         }\r
 531     }\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * DOCUMENT ME!\r
 535      *\r
 536      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 537      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 538      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 539      *\r
 540      * @return DOCUMENT ME!\r
 541      *\r
 542      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 543      */\r
 544     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 545         throws PrinterException\r
 546     {\r
 547         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 548 \r
 549         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 550         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 551 \r
 552         if (av.getWrapAlignment())\r
 553         {\r
 554             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 555         }\r
 556         else\r
 557         {\r
 558             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 559         }\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * DOCUMENT ME!\r
 564      *\r
 565      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 566      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 567      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 568      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 569      *\r
 570      * @return DOCUMENT ME!\r
 571      *\r
 572      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 573      */\r
 574     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 575         throws PrinterException\r
 576     {\r
 577         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 578         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 579         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 580 \r
 581         pg.setColor(Color.white);\r
 582         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 583         pg.setFont(av.getFont());\r
 584 \r
 585         ////////////////////////////////////\r
 586         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 587         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 588 \r
 589         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 590             1;\r
 591 \r
 592         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 593 \r
 594         /////////////////////////////\r
 595         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 596         int startRes;\r
 597 \r
 598         /////////////////////////////\r
 599         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 600         int endRes;\r
 601 \r
 602         /////////////////////////////\r
 603         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 604         int startSeq;\r
 605 \r
 606         /////////////////////////////\r
 607         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 608         int endSeq;\r
 609         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 610         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 611 \r
 612         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 613         {\r
 614             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 615         }\r
 616 \r
 617         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 618         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 619 \r
 620         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 621         {\r
 622             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 623         }\r
 624 \r
 625         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 626 \r
 627         if (av.showAnnotation)\r
 628         {\r
 629             pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 630         }\r
 631 \r
 632         pagesHigh /= pheight;\r
 633 \r
 634         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 635         {\r
 636             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 637         }\r
 638 \r
 639         //draw Scale\r
 640         pg.translate(idWidth, 0);\r
 641         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 642         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 643 \r
 644         ////////////////\r
 645         // Draw the ids\r
 646         Color currentColor = null;\r
 647         Color currentTextColor = null;\r
 648 \r
 649         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 650         {\r
 651             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 652                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 653                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 654             {\r
 655                 currentColor = Color.gray;\r
 656                 currentTextColor = Color.black;\r
 657             }\r
 658             else\r
 659             {\r
 660                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 661                 currentTextColor = Color.black;\r
 662             }\r
 663 \r
 664             pg.setColor(currentColor);\r
 665             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 666                 av.getCharHeight());\r
 667 \r
 668             pg.setColor(currentTextColor);\r
 669 \r
 670             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 671 \r
 672             if (av.getShowFullId())\r
 673             {\r
 674                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 675             }\r
 676 \r
 677             pg.drawString(string, 0,\r
 678                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 679                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 680         }\r
 681 \r
 682         // draw main sequence panel\r
 683         pg.translate(idWidth, 0);\r
 684         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 685             startRes, startSeq, 0);\r
 686 \r
 687         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 688         {\r
 689             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight +3);\r
 690             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 691             pg.translate(idWidth, 0);\r
 692             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 693                 1);\r
 694         }\r
 695 \r
 696         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 697     }\r
 698 \r
 699     /**\r
 700      * DOCUMENT ME!\r
 701      *\r
 702      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 703      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 704      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 705      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 706      *\r
 707      * @return DOCUMENT ME!\r
 708      *\r
 709      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 710      */\r
 711     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 712         int pi) throws PrinterException\r
 713     {\r
 714 \r
 715       int annotationHeight = 0;\r
 716       if (av.showAnnotation)\r
 717         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 718 \r
 719       int hgap = av.charHeight;\r
 720       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 721         hgap += av.charHeight;\r
 722 \r
 723       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 724           + hgap\r
 725           + annotationHeight;\r
 726 \r
 727 \r
 728       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 729 \r
 730         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 731                 idWidth);\r
 732 \r
 733         int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth +1);\r
 734 \r
 735         pg.setColor(Color.white);\r
 736         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 737         pg.setFont(av.getFont());\r
 738 \r
 739 \r
 740         ////////////////\r
 741         // Draw the ids\r
 742         pg.setColor(Color.black);\r
 743 \r
 744         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 745 \r
 746         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 747 \r
 748         int ypos = hgap;\r
 749 \r
 750         do\r
 751         {\r
 752             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 753             {\r
 754                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 755                 String string = s.getName();\r
 756 \r
 757                 if (av.getShowFullId())\r
 758                 {\r
 759                     string = s.getDisplayId();\r
 760                 }\r
 761 \r
 762                 pg.drawString(string, 0,\r
 763                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 764                     (av.charHeight / 5));\r
 765             }\r
 766 \r
 767             ypos += cHeight;\r
 768         }\r
 769         while (ypos < totalHeight);\r
 770 \r
 771         pg.translate(idWidth, 0);\r
 772 \r
 773         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 774 \r
 775         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 776         {\r
 777             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 778 \r
 779         }\r
 780      else\r
 781         {\r
 782             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 783         }\r
 784     }\r
 785 \r
 786     /**\r
 787      * DOCUMENT ME!\r
 788      */\r
 789     public void makeEPS(File epsFile)\r
 790     {\r
 791       boolean accurateText = true;\r
 792 \r
 793       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 794           "Prompt each time");\r
 795 \r
 796       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 797       // Prompt for EPS rendering style\r
 798       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 799           && !\r
 800           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 801            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 802       {\r
 803         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 804         renderStyle = eps.getValue();\r
 805 \r
 806         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
 807           return;\r
 808 \r
 809         renderStyle = eps.getValue();\r
 810       }\r
 811 \r
 812       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 813       {\r
 814         accurateText = false;\r
 815       }\r
 816 \r
 817 \r
 818         if(epsFile == null)\r
 819         {\r
 820           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 821               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 822                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 823                                  {"eps"},\r
 824                                  new String[]\r
 825                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 826                                  "Encapsulated Postscript");\r
 827           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 828           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 829           chooser.setToolTipText("Save");\r
 830 \r
 831           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 832 \r
 833           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 834           {\r
 835             return;\r
 836           }\r
 837 \r
 838           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 839 \r
 840           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 841                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 842         }\r
 843 \r
 844 \r
 845         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 846         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 847 \r
 848 \r
 849         if (av.getWrapAlignment())\r
 850         {\r
 851           height = getWrappedHeight();\r
 852           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 853         }\r
 854         else if (av.getShowAnnotation())\r
 855         {\r
 856           height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
 857         }\r
 858 \r
 859 \r
 860         try\r
 861          {\r
 862            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 863            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 864                                                 height);\r
 865 \r
 866            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 867 \r
 868            if (av.getWrapAlignment())\r
 869            {\r
 870                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 871             }\r
 872             else\r
 873             {\r
 874                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 875             }\r
 876 \r
 877             pg.flush();\r
 878             pg.close();\r
 879           }\r
 880           catch (OutOfMemoryError err)\r
 881           {\r
 882             System.out.println("########################\n"\r
 883                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
 884                                + "########################");\r
 885 \r
 886             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 887                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
 888                                                   +\r
 889                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 890                                                   , "Out of memory",\r
 891                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 892             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
 893             System.gc();\r
 894           }\r
 895         catch (Exception ex)\r
 896         {\r
 897             ex.printStackTrace();\r
 898         }\r
 899     }\r
 900 \r
 901 \r
 902     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 903     {\r
 904       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 905       //////////////////////////////////////////////\r
 906       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 907       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 908       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 909 \r
 910         // Gen image map\r
 911          //////////////////////////////////\r
 912          if(imgMapFile!=null)\r
 913          {\r
 914            try\r
 915            {\r
 916              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 917              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 918              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 919                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 920                        +"<map name=\"Map\">");\r
 921 \r
 922              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 923              {\r
 924                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 925                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 926                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 927                {\r
 928                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 929                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 930                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 931                  {\r
 932                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 933                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 934                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 935                    if (obj == null)\r
 936                      continue;\r
 937 \r
 938                    String triplet = obj.toString();\r
 939 \r
 940                    out.println(\r
 941                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 942                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 943                        + sy + ","\r
 944                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 945                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 946                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 947                        + alIndex + " " + triplet +\r
 948                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 949                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 950                        + " href=\"#\">");\r
 951                  }\r
 952                }\r
 953              }\r
 954 \r
 955              out.println("</map></body></html>");\r
 956              out.close();\r
 957 \r
 958            }\r
 959            catch (Exception ex)\r
 960            {\r
 961              ex.printStackTrace();\r
 962            }\r
 963          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 964 \r
 965     }\r
 966 \r
 967     int getWrappedHeight()\r
 968     {\r
 969 \r
 970       int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
 971         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 972 \r
 973       int hgap = av.charHeight;\r
 974       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 975         hgap += av.charHeight;\r
 976 \r
 977       int annotationHeight = 0;\r
 978       if (av.showAnnotation)\r
 979       {\r
 980         annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 981       }\r
 982 \r
 983       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 984           + hgap\r
 985           + annotationHeight;\r
 986 \r
 987 \r
 988       int height =  ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
 989 \r
 990       return height;\r
 991     }\r
 992 \r
 993     /**\r
 994      * DOCUMENT ME!\r
 995      */\r
 996     public void makePNG(File pngFile)\r
 997     {\r
 998       if(pngFile==null)\r
 999       {\r
1000         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
1001             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
1002                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
1003                                {"png"},\r
1004                                new String[]\r
1005                                {"Portable network graphics"},\r
1006                                "Portable network graphics");\r
1007         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1008         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
1009         chooser.setToolTipText("Save");\r
1010 \r
1011         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
1012 \r
1013         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1014         {\r
1015           return;\r
1016         }\r
1017 \r
1018         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
1019 \r
1020         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
1021                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
1022       }\r
1023 \r
1024 \r
1025 \r
1026       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
1027       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
1028 \r
1029       if (av.getWrapAlignment())\r
1030       {\r
1031         height = getWrappedHeight();\r
1032         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
1033       }\r
1034       else if (av.getShowAnnotation())\r
1035         {\r
1036             height += annotationPanel.adjustPanelHeight()+3;\r
1037         }\r
1038 \r
1039         try\r
1040         {\r
1041 \r
1042             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1043 \r
1044             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1045                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1046             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1047 \r
1048             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1049                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1050 \r
1051             if (av.getWrapAlignment())\r
1052             {\r
1053                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1054             }\r
1055             else\r
1056             {\r
1057                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1058             }\r
1059 \r
1060             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1061             out.close();\r
1062         }\r
1063         catch (OutOfMemoryError err)\r
1064         {\r
1065           System.out.println("########################\n"\r
1066                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1067                              + "########################");\r
1068 \r
1069           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1070                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1071                                                 +\r
1072                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1073                                                 , "Out of memory",\r
1074                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1075           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1076           System.gc();\r
1077 \r
1078         }\r
1079         catch (Exception ex)\r
1080         {\r
1081             ex.printStackTrace();\r
1082         }\r
1083     }\r
1084 }\r
1085 \r
1086 \r
1087 /**\r
1088  * DOCUMENT ME!\r
1089  *\r
1090  * @author $author$\r
1091  * @version $Revision$\r
1092  */\r
1093 class Preview extends JFrame\r
1094 {\r
1095     /**\r
1096      * Creates a new Preview object.\r
1097      *\r
1098      * @param image DOCUMENT ME!\r
1099      */\r
1100     public Preview(Image image)\r
1101     {\r
1102         setResizable(true);\r
1103         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1104         setVisible(true);\r
1105         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1106         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1107         validate();\r
1108         repaint();\r
1109     }\r
1110 }\r
1111 \r
1112 \r
1113 /**\r
1114  * DOCUMENT ME!\r
1115  *\r
1116  * @author $author$\r
1117  * @version $Revision$\r
1118  */\r
1119 class PreviewPanel extends JPanel\r
1120 {\r
1121     Image image;\r
1122 \r
1123     /**\r
1124      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1125      *\r
1126      * @param image DOCUMENT ME!\r
1127      */\r
1128     public PreviewPanel(Image image)\r
1129     {\r
1130         this.image = image;\r
1131     }\r
1132 \r
1133     /**\r
1134      * DOCUMENT ME!\r
1135      *\r
1136      * @param g DOCUMENT ME!\r
1137      */\r
1138     public void paintComponent(Graphics g)\r
1139     {\r
1140         if (image != null)\r
1141         {\r
1142             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1143         }\r
1144         else\r
1145         {\r
1146             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1147         }\r
1148     }\r
1149 }\r