src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84 \r
  85     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  86     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     fontChanged();\r
  89 \r
  90     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  91     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  92 \r
  93     setScrollValues(0, 0);\r
  94 \r
  95     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  96     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  97                                                  getPreferredSize());\r
  98     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  99                                         getPreferredSize());\r
 100     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 101 \r
 102     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104 \r
 105     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106     {\r
 107       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108       {\r
 109         switch (evt.getKeyCode())\r
 110         {\r
 111           case 27: // escape key\r
 112             av.setSelectionGroup(null);\r
 113             repaint();\r
 114 \r
 115             break;\r
 116 \r
 117           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120             break;\r
 121 \r
 122           case KeyEvent.VK_UP:\r
 123             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125             break;\r
 126 \r
 127           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130             break;\r
 131 \r
 132           case KeyEvent.VK_P:\r
 133             seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 134             break;\r
 135           case KeyEvent.VK_L:\r
 136             seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 137             break;\r
 138         }\r
 139       }\r
 140     });\r
 141   }\r
 142 \r
 143   /**\r
 144    * DOCUMENT ME!\r
 145    */\r
 146   public void fontChanged()\r
 147   {\r
 148     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 149     // to prevent drawing old image\r
 150     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 151 \r
 152     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 153         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 154     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156 \r
 157     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 158     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 159     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 160 \r
 161     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 162     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 163     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 164     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 165 \r
 166     if (av.getWrapAlignment())\r
 167     {\r
 168       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 169           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 170       vscroll.setMaximum(max);\r
 171       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 172       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 173     }\r
 174     else\r
 175     {\r
 176       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 177     }\r
 178 \r
 179     if (overviewPanel != null)\r
 180       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 181 \r
 182     repaint();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   /**\r
 186    * DOCUMENT ME!\r
 187    *\r
 188    * @return DOCUMENT ME!\r
 189    */\r
 190   public Dimension calculateIdWidth()\r
 191   {\r
 192     Container c = new Container();\r
 193 \r
 194     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 195     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 196 \r
 197     int i = 0;\r
 198     int idWidth = 0;\r
 199     String id;\r
 200 \r
 201     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 202     {\r
 203       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 204 \r
 205       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 206 \r
 207       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 208       {\r
 209         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 210       }\r
 211 \r
 212       i++;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     // Also check annotation label widths\r
 216     i = 0;\r
 217 \r
 218     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 219     {\r
 220       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 221 \r
 222       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 223       {\r
 224         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 225 \r
 226         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 227         {\r
 228           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 229         }\r
 230 \r
 231         i++;\r
 232       }\r
 233     }\r
 234 \r
 235     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   /**\r
 239    * DOCUMENT ME!\r
 240    *\r
 241    * @param results DOCUMENT ME!\r
 242    */\r
 243   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 244   {\r
 245     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 246 \r
 247     // do we need to scroll the panel?\r
 248     if (results != null)\r
 249     {\r
 250       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
 251       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
 252       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
 253       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
 254 \r
 255       if(!av.wrapAlignment)\r
 256       {\r
 257         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
 258            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
 259         {\r
 260           setScrollValues(start, seqIndex);\r
 261         }\r
 262       }\r
 263       else\r
 264       {\r
 265         int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 266         if( start<av.getStartRes() || start>(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 267         {\r
 268           vscroll.setValue(start / cwidth);\r
 269           av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
 270         }\r
 271       }\r
 272     }\r
 273   }\r
 274 \r
 275   /**\r
 276    * DOCUMENT ME!\r
 277    *\r
 278    * @return DOCUMENT ME!\r
 279    */\r
 280   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 281   {\r
 282     return overviewPanel;\r
 283   }\r
 284 \r
 285   /**\r
 286    * DOCUMENT ME!\r
 287    *\r
 288    * @param op DOCUMENT ME!\r
 289    */\r
 290   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 291   {\r
 292     overviewPanel = op;\r
 293   }\r
 294 \r
 295   /**\r
 296    * DOCUMENT ME!\r
 297    *\r
 298    * @param b DOCUMENT ME!\r
 299    */\r
 300   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 301   {\r
 302     if (!av.wrapAlignment)\r
 303     {\r
 304       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 305       annotationScroller.setVisible(b);\r
 306     }\r
 307     repaint();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   /**\r
 311    * DOCUMENT ME!\r
 312    *\r
 313    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 314    */\r
 315   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 316   {\r
 317     av.startSeq = 0;\r
 318     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 319     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 320     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 321 \r
 322     if (wrap)\r
 323     {\r
 324       annotationScroller.setVisible(false);\r
 325       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 326     }\r
 327     else if (av.showAnnotation)\r
 328     {\r
 329       annotationScroller.setVisible(true);\r
 330       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 331     }\r
 332 \r
 333     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 334 \r
 335     repaint();\r
 336   }\r
 337 \r
 338   // return value is true if the scroll is valid\r
 339   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 340   {\r
 341     if (up)\r
 342     {\r
 343       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 344       {\r
 345         return false;\r
 346       }\r
 347 \r
 348       fastPaint = false;\r
 349       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 350     }\r
 351     else\r
 352     {\r
 353       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 354       {\r
 355         return false;\r
 356       }\r
 357 \r
 358       fastPaint = false;\r
 359       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 360     }\r
 361 \r
 362     fastPaint = true;\r
 363 \r
 364     return true;\r
 365   }\r
 366 \r
 367   /**\r
 368    * DOCUMENT ME!\r
 369    *\r
 370    * @param right DOCUMENT ME!\r
 371    *\r
 372    * @return DOCUMENT ME!\r
 373    */\r
 374   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 375   {\r
 376     if (right)\r
 377     {\r
 378       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 379       {\r
 380         return false;\r
 381       }\r
 382 \r
 383       fastPaint = false;\r
 384       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 385     }\r
 386     else\r
 387     {\r
 388       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 389       {\r
 390         return false;\r
 391       }\r
 392 \r
 393       fastPaint = false;\r
 394       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 395     }\r
 396 \r
 397     fastPaint = true;\r
 398 \r
 399     return true;\r
 400   }\r
 401 \r
 402   /**\r
 403    * DOCUMENT ME!\r
 404    *\r
 405    * @param x DOCUMENT ME!\r
 406    * @param y DOCUMENT ME!\r
 407    */\r
 408   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 409   {\r
 410     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 411                  1);\r
 412 \r
 413     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 414     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 415 \r
 416     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 417     {\r
 418       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 419     }\r
 420 \r
 421     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 422     {\r
 423       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     if ( (hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 427     {\r
 428       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if ( (vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 432     {\r
 433       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 434     }\r
 435 \r
 436     if (y < 0)\r
 437     {\r
 438       y = 0;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     if (x < 0)\r
 442     {\r
 443       x = 0;\r
 444     }\r
 445 \r
 446     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 447     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 448   }\r
 449 \r
 450   /**\r
 451    * DOCUMENT ME!\r
 452    *\r
 453    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 454    */\r
 455   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 456   {\r
 457 \r
 458     int oldX = av.getStartRes();\r
 459     int oldY = av.getStartSeq();\r
 460 \r
 461     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 462     {\r
 463       int x = hscroll.getValue();\r
 464       av.setStartRes(x);\r
 465       av.setEndRes( (x +\r
 466                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 467     }\r
 468 \r
 469     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 470     {\r
 471       int offy = vscroll.getValue();\r
 472 \r
 473       if (av.getWrapAlignment())\r
 474       {\r
 475         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 476             seqCanvas.getWidth());\r
 477         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 478         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 479       }\r
 480       else\r
 481       {\r
 482         av.setStartSeq(offy);\r
 483         av.setEndSeq(offy +\r
 484                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 485       }\r
 486     }\r
 487 \r
 488     if (overviewPanel != null)\r
 489     {\r
 490       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 491     }\r
 492 \r
 493     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
 494     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
 495 \r
 496     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 497     {\r
 498       repaint();\r
 499     }\r
 500     else\r
 501     {\r
 502       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
 503       // larger than the visible window\r
 504       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
 505         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
 506       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
 507         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
 508 \r
 509       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
 510       {\r
 511         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
 512         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
 513                                      scrollY);\r
 514         scalePanel.repaint();\r
 515 \r
 516         if (av.getShowAnnotation())\r
 517         {\r
 518           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
 519         }\r
 520       }\r
 521     }\r
 522   }\r
 523 \r
 524   /**\r
 525    * DOCUMENT ME!\r
 526    *\r
 527    * @param g DOCUMENT ME!\r
 528    */\r
 529   public void paintComponent(Graphics g)\r
 530   {\r
 531     invalidate();\r
 532 \r
 533     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 534     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 535     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 536     validate();\r
 537 \r
 538     if (av.getWrapAlignment())\r
 539     {\r
 540       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 541           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
 542       vscroll.setMaximum(max);\r
 543       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 544       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 545     }\r
 546     else\r
 547     {\r
 548       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 549     }\r
 550 \r
 551 \r
 552     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds() )\r
 553     {\r
 554       if (overviewPanel != null)\r
 555         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 556     }\r
 557   }\r
 558 \r
 559   /**\r
 560    * DOCUMENT ME!\r
 561    *\r
 562    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 563    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 564    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 565    *\r
 566    * @return DOCUMENT ME!\r
 567    *\r
 568    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 569    */\r
 570   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 571       throws PrinterException\r
 572   {\r
 573     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 574 \r
 575     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 576     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 577 \r
 578     if (av.getWrapAlignment())\r
 579     {\r
 580       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 581     }\r
 582     else\r
 583     {\r
 584       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 585     }\r
 586   }\r
 587 \r
 588   /**\r
 589    * DOCUMENT ME!\r
 590    *\r
 591    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 592    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 593    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 594    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 595    *\r
 596    * @return DOCUMENT ME!\r
 597    *\r
 598    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 599    */\r
 600   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 601       throws PrinterException\r
 602   {\r
 603     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 604     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 605     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 606 \r
 607     pg.setColor(Color.white);\r
 608     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 609     pg.setFont(av.getFont());\r
 610 \r
 611     ////////////////////////////////////\r
 612     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 613     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 614 \r
 615     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 616         1;\r
 617 \r
 618     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 619 \r
 620     /////////////////////////////\r
 621     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 622     int startRes;\r
 623 \r
 624     /////////////////////////////\r
 625     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 626     int endRes;\r
 627 \r
 628     /////////////////////////////\r
 629     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 630     int startSeq;\r
 631 \r
 632     /////////////////////////////\r
 633     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 634     int endSeq;\r
 635     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 636     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 637 \r
 638     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 639     {\r
 640       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 644     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 645 \r
 646     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 647     {\r
 648       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 649     }\r
 650 \r
 651     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 652 \r
 653     if (av.showAnnotation)\r
 654     {\r
 655       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 656     }\r
 657 \r
 658     pagesHigh /= pheight;\r
 659 \r
 660     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 661     {\r
 662       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 663     }\r
 664 \r
 665     //draw Scale\r
 666     pg.translate(idWidth, 0);\r
 667     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 668     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 669 \r
 670     ////////////////\r
 671     // Draw the ids\r
 672     Color currentColor = null;\r
 673     Color currentTextColor = null;\r
 674 \r
 675     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 676                         Font.ITALIC,\r
 677                         av.getFont().getSize()));\r
 678     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 679     {\r
 680       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 681           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 682               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 683       {\r
 684         currentColor = Color.gray;\r
 685         currentTextColor = Color.black;\r
 686       }\r
 687       else\r
 688       {\r
 689         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 690         currentTextColor = Color.black;\r
 691       }\r
 692 \r
 693       pg.setColor(currentColor);\r
 694       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 695                   av.getCharHeight());\r
 696 \r
 697       pg.setColor(currentTextColor);\r
 698 \r
 699       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 700           ( av.getShowJVSuffix());\r
 701 \r
 702       pg.drawString(string, 0,\r
 703                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 704                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 705     }\r
 706 \r
 707     pg.setFont(av.getFont());\r
 708 \r
 709     // draw main sequence panel\r
 710     pg.translate(idWidth, 0);\r
 711     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 712                                  startRes, startSeq, 0);\r
 713 \r
 714     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 715     {\r
 716       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 717       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 718       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 719       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 720                                     1);\r
 721     }\r
 722 \r
 723     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 724   }\r
 725 \r
 726   /**\r
 727    * DOCUMENT ME!\r
 728    *\r
 729    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 730    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 731    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 732    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 733    *\r
 734    * @return DOCUMENT ME!\r
 735    *\r
 736    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 737    */\r
 738   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 739                                    int pi)\r
 740       throws PrinterException\r
 741   {\r
 742 \r
 743     int annotationHeight = 0;\r
 744     AnnotationLabels labels = null;\r
 745     if (av.showAnnotation)\r
 746     {\r
 747       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 748       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 749     }\r
 750 \r
 751     int hgap = av.charHeight;\r
 752     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 753       hgap += av.charHeight;\r
 754 \r
 755     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 756         + hgap\r
 757         + annotationHeight;\r
 758 \r
 759     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 760 \r
 761     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 762         idWidth);\r
 763 \r
 764     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 765 \r
 766     pg.setColor(Color.white);\r
 767     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 768     pg.setFont(av.getFont());\r
 769 \r
 770     ////////////////\r
 771     // Draw the ids\r
 772     pg.setColor(Color.black);\r
 773 \r
 774     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 775 \r
 776     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 777 \r
 778     int ypos = hgap;\r
 779     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 780                            av.getFont().getSize());\r
 781     pg.setFont(italic);\r
 782 \r
 783     do\r
 784     {\r
 785       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 786       {\r
 787         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 788         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 789 \r
 790         pg.drawString(string, 0,\r
 791                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 792                       (av.charHeight / 5));\r
 793       }\r
 794       if (labels != null)\r
 795       {\r
 796         pg.translate(-3,\r
 797                      ypos +\r
 798                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 799 \r
 800         pg.setFont(av.getFont());\r
 801         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 802         pg.setFont(italic);\r
 803         pg.translate(+3,\r
 804                      -ypos -\r
 805                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 806       }\r
 807 \r
 808       ypos += cHeight;\r
 809     }\r
 810     while (ypos < totalHeight);\r
 811 \r
 812     pg.translate(idWidth, 0);\r
 813 \r
 814     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 815 \r
 816     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 817     {\r
 818       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 819 \r
 820     }\r
 821     else\r
 822     {\r
 823       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 824     }\r
 825   }\r
 826 \r
 827   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 828   {\r
 829     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 830     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 831 \r
 832     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
 833     {\r
 834       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
 835     }\r
 836 \r
 837     if (av.getWrapAlignment())\r
 838     {\r
 839       height = getWrappedHeight();\r
 840       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 841     }\r
 842     else if (av.getShowAnnotation())\r
 843     {\r
 844       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 845     }\r
 846 \r
 847     jalview.util.ImageMaker im;\r
 848     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 849       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 850                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 851                                         "Create PNG image from alignment",\r
 852                                         width, height, file, null);\r
 853     else\r
 854       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 855                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 856                                        "Create EPS file from alignment",\r
 857                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 858 \r
 859     try\r
 860     {\r
 861       if (av.getWrapAlignment())\r
 862       {\r
 863         if(im.getGraphics()!=null)\r
 864         {\r
 865           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 866           im.writeImage();\r
 867         }\r
 868       }\r
 869       else\r
 870       {\r
 871         if(im.getGraphics()!=null)\r
 872         {\r
 873           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 874           im.writeImage();\r
 875         }\r
 876       }\r
 877     }\r
 878     catch (OutOfMemoryError err)\r
 879     {\r
 880       System.out.println("########################\n"\r
 881                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 882                          + "########################");\r
 883 \r
 884       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 885                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 886                                             +\r
 887                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 888                                             , "Out of memory",\r
 889                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 890       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 891       System.gc();\r
 892 \r
 893     }\r
 894     catch (Exception ex)\r
 895     {\r
 896       ex.printStackTrace();\r
 897     }\r
 898   }\r
 899   /**\r
 900    * DOCUMENT ME!\r
 901    */\r
 902   public void makeEPS(File epsFile)\r
 903   {\r
 904     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 905   }\r
 906 \r
 907   /**\r
 908    * DOCUMENT ME!\r
 909    */\r
 910   public void makePNG(File pngFile)\r
 911   {\r
 912     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 913   }\r
 914 \r
 915   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 916   {\r
 917     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 918     //////////////////////////////////////////////\r
 919     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 920     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 921     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 922 \r
 923     // Gen image map\r
 924     //////////////////////////////////\r
 925     if (imgMapFile != null)\r
 926     {\r
 927       try\r
 928       {\r
 929         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 930             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 931         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 932         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 933         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 934         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 935                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 936                     + "<map name=\"Map\">");\r
 937 \r
 938         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 939         {\r
 940           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 941 \r
 942           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 943           java.util.Vector features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 944           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 945           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
 946           {\r
 947             text = new StringBuffer();\r
 948             Object obj = null;\r
 949             if(av.alignment.isNucleotide())\r
 950               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
 951             else\r
 952               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 953                     seq.getCharAt(res) + "");\r
 954 \r
 955               if (obj == null)\r
 956                   continue;\r
 957 \r
 958             String triplet = obj.toString();\r
 959             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 960             gSize = groups.length;\r
 961             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 962             {\r
 963               if(text.length()<1)\r
 964               {\r
 965                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 966                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 967                   + sy + ","\r
 968                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 969                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 970                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 971                   + alIndex + " " + triplet );\r
 972               }\r
 973 \r
 974               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
 975                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
 976             }\r
 977 \r
 978             if (features != null)\r
 979             {\r
 980               if(text.length()<1)\r
 981               {\r
 982                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 983                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 984                   + sy + ","\r
 985                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 986                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 987                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 988                   + alIndex + " " + triplet );\r
 989               }\r
 990                 fSize = features.size();\r
 991                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
 992                 {\r
 993                   SequenceFeature sf = (SequenceFeature) features.elementAt(f);\r
 994 \r
 995                   if ( (sf.getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
 996                       (sf.getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
 997                   {\r
 998                     if (sf.getType().equals("disulfide bond"))\r
 999                     {\r
1000                       if (sf.getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1001                           || sf.getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1002                       {\r
1003                         text.append("<br>disulfide bond " + sf.getBegin() + ":" +\r
1004                                        sf.getEnd());\r
1005                       }\r
1006                     }\r
1007                     else\r
1008                     {\r
1009                       text.append("<br>");\r
1010                       text.append(sf.getType());\r
1011                       if (sf.getDescription() != null && !sf.getType().equals(sf.getDescription()))\r
1012                         text.append(" " + sf.getDescription());\r
1013 \r
1014                       if (sf.getStatus() != null && sf.getStatus().length()>0)\r
1015                       {\r
1016                         text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
1017                       }\r
1018                     }\r
1019                   }\r
1020 \r
1021                 }\r
1022               }\r
1023               if(text.length()>1)\r
1024               {\r
1025                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1026                 out.println(text.toString());\r
1027               }\r
1028             }\r
1029           }\r
1030         out.println("</map></body></html>");\r
1031         out.close();\r
1032 \r
1033       }\r
1034       catch (Exception ex)\r
1035       {\r
1036         ex.printStackTrace();\r
1037       }\r
1038     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1039 \r
1040   }\r
1041 \r
1042   int getWrappedHeight()\r
1043   {\r
1044 \r
1045     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1046         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1047 \r
1048     int hgap = av.charHeight;\r
1049     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1050       hgap += av.charHeight;\r
1051 \r
1052     int annotationHeight = 0;\r
1053     if (av.showAnnotation)\r
1054     {\r
1055       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1056     }\r
1057 \r
1058     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1059         + hgap\r
1060         + annotationHeight;\r
1061 \r
1062     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1063 \r
1064     return height;\r
1065   }\r
1066 \r
1067   /**\r
1068    * DOCUMENT ME!\r
1069    *\r
1070    * @author $author$\r
1071    * @version $Revision$\r
1072    */\r
1073   class Preview\r
1074       extends JFrame\r
1075   {\r
1076     /**\r
1077      * Creates a new Preview object.\r
1078      *\r
1079      * @param image DOCUMENT ME!\r
1080      */\r
1081     public Preview(Image image)\r
1082     {\r
1083       setResizable(true);\r
1084       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1085       setVisible(true);\r
1086       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1087       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1088       validate();\r
1089       repaint();\r
1090     }\r
1091   }\r
1092 \r
1093   /**\r
1094    * DOCUMENT ME!\r
1095    *\r
1096    * @author $author$\r
1097    * @version $Revision$\r
1098    */\r
1099   class PreviewPanel\r
1100       extends JPanel\r
1101   {\r
1102     Image image;\r
1103 \r
1104     /**\r
1105      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1106      *\r
1107      * @param image DOCUMENT ME!\r
1108      */\r
1109     public PreviewPanel(Image image)\r
1110     {\r
1111       this.image = image;\r
1112     }\r
1113 \r
1114     /**\r
1115      * DOCUMENT ME!\r
1116      *\r
1117      * @param g DOCUMENT ME!\r
1118      */\r
1119     public void paintComponent(Graphics g)\r
1120     {\r
1121       if (image != null)\r
1122       {\r
1123         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1124       }\r
1125       else\r
1126       {\r
1127         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1128       }\r
1129     }\r
1130   }\r
1131 }\r