src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.image.*;\r
  32 import java.awt.print.*;\r
  33 \r
  34 import java.io.*;\r
  35 \r
  36 import javax.imageio.*;\r
  37 \r
  38 import javax.swing.*;\r
  39 \r
  40 \r
  41 /**\r
  42  * DOCUMENT ME!\r
  43  *\r
  44  * @author $author$\r
  45  * @version $Revision$\r
  46  */\r
  47 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  48     implements AdjustmentListener, Printable\r
  49 {\r
  50     AlignViewport av;\r
  51     OverviewPanel overviewPanel;\r
  52     SeqPanel seqPanel;\r
  53     IdPanel idPanel;\r
  54     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  55 \r
  56     /** DOCUMENT ME!! */\r
  57     public AlignFrame alignFrame;\r
  58     ScalePanel scalePanel;\r
  59     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  60     AnnotationLabels alabels;\r
  61 \r
  62     // this value is set false when selection area being dragged\r
  63     boolean fastPaint = true;\r
  64     int hextent = 0;\r
  65     int vextent = 0;\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  69      *\r
  70      * @param af DOCUMENT ME!\r
  71      * @param av DOCUMENT ME!\r
  72      */\r
  73     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  74     {\r
  75         alignFrame = af;\r
  76         this.av = av;\r
  77         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  78         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  79 \r
  80         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  81 \r
  82         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  83         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  84         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  85 \r
  86         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  87         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  88 \r
  89         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  90         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  91         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  92         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  93 \r
  94         fontChanged();\r
  95 \r
  96         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  97         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         setScrollValues(0, 0);\r
 100 \r
 101         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 102         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 103 \r
 104         setFocusable(true);\r
 105         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 106             {\r
 107                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     switch (evt.getKeyCode())\r
 110                     {\r
 111                     case 27: // escape key\r
 112                         av.setSelectionGroup(null);\r
 113                         repaint();\r
 114 \r
 115                         break;\r
 116 \r
 117                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 118                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 119 \r
 120                         break;\r
 121 \r
 122                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 123                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 124 \r
 125                         break;\r
 126 \r
 127                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 128                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 129                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 130                       break;\r
 131                     }\r
 132 \r
 133                 }\r
 134             });\r
 135     }\r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public void fontChanged()\r
 141     {\r
 142         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 143         // to prevent drawing old image\r
 144         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 145 \r
 146         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 147                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 148         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150 \r
 151         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 152         seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 153         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 154 \r
 155         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 156         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 157         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 158         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 159 \r
 160         if (av.getWrapAlignment())\r
 161         {\r
 162           int max = av.alignment.getWidth() /\r
 163               seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 164           vscroll.setMaximum(max);\r
 165           vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 166           vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 167         }\r
 168         else\r
 169         {\r
 170           setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 171         }\r
 172 \r
 173         if(overviewPanel!=null)\r
 174           overviewPanel.setBoxPosition();\r
 175 \r
 176         repaint();\r
 177     }\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * DOCUMENT ME!\r
 181      *\r
 182      * @return DOCUMENT ME!\r
 183      */\r
 184     public Dimension calculateIdWidth()\r
 185     {\r
 186       Container c = new Container();\r
 187 \r
 188         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 189         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 190 \r
 191         int i = 0;\r
 192         int idWidth = 0;\r
 193         String id;\r
 194 \r
 195         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 196         {\r
 197             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 198 \r
 199             if (av.getShowFullId())\r
 200             {\r
 201                 id = s.getDisplayId();\r
 202             }\r
 203             else\r
 204             {\r
 205                 id = s.getName();\r
 206             }\r
 207 \r
 208             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 209             {\r
 210                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 211             }\r
 212 \r
 213             i++;\r
 214         }\r
 215 \r
 216         // Also check annotation label widths\r
 217         i = 0;\r
 218 \r
 219         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 220         {\r
 221             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 222 \r
 223             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 224             {\r
 225                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 226 \r
 227                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 228                 {\r
 229                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 230                 }\r
 231 \r
 232                 i++;\r
 233             }\r
 234         }\r
 235 \r
 236         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 237     }\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * DOCUMENT ME!\r
 241      *\r
 242      * @param results DOCUMENT ME!\r
 243      */\r
 244     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 245     {\r
 246         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 247 \r
 248         // do we need to scroll the panel?\r
 249         if (results != null)\r
 250         {\r
 251             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 252             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 253             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 254 \r
 255             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 256                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 257                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 258             {\r
 259                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 260             }\r
 261         }\r
 262     }\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * DOCUMENT ME!\r
 266      *\r
 267      * @return DOCUMENT ME!\r
 268      */\r
 269     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 270     {\r
 271         return overviewPanel;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * DOCUMENT ME!\r
 276      *\r
 277      * @param op DOCUMENT ME!\r
 278      */\r
 279     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 280     {\r
 281         overviewPanel = op;\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * DOCUMENT ME!\r
 286      *\r
 287      * @param b DOCUMENT ME!\r
 288      */\r
 289     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 290     {\r
 291         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 292         annotationScroller.setVisible(b);\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * DOCUMENT ME!\r
 297      *\r
 298      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 299      */\r
 300     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 301     {\r
 302         av.startSeq = 0;\r
 303         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 304         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 305         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 306 \r
 307        if(wrap)\r
 308        {\r
 309          annotationScroller.setVisible(false);\r
 310          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 311        }\r
 312        else if(av.showAnnotation)\r
 313        {\r
 314          annotationScroller.setVisible(true);\r
 315          annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 316        }\r
 317 \r
 318        idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 319 \r
 320         repaint();\r
 321     }\r
 322 \r
 323 \r
 324     // return value is true if the scroll is valid\r
 325     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 326     {\r
 327         if (up)\r
 328         {\r
 329             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 330             {\r
 331                 return false;\r
 332             }\r
 333 \r
 334             fastPaint = false;\r
 335             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 336         }\r
 337         else\r
 338         {\r
 339             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 340             {\r
 341                 return false;\r
 342             }\r
 343 \r
 344             fastPaint = false;\r
 345             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 346         }\r
 347 \r
 348         fastPaint = true;\r
 349 \r
 350         return true;\r
 351     }\r
 352 \r
 353     /**\r
 354      * DOCUMENT ME!\r
 355      *\r
 356      * @param right DOCUMENT ME!\r
 357      *\r
 358      * @return DOCUMENT ME!\r
 359      */\r
 360     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 361     {\r
 362         if (right)\r
 363         {\r
 364             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 365             {\r
 366                 return false;\r
 367             }\r
 368 \r
 369             fastPaint = false;\r
 370             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 371         }\r
 372         else\r
 373         {\r
 374             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 375             {\r
 376                 return false;\r
 377             }\r
 378 \r
 379             fastPaint = false;\r
 380             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 381         }\r
 382 \r
 383         fastPaint = true;\r
 384 \r
 385         return true;\r
 386     }\r
 387 \r
 388     /**\r
 389      * DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @param x DOCUMENT ME!\r
 392      * @param y DOCUMENT ME!\r
 393      */\r
 394     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 395     {\r
 396         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 397             1);\r
 398 \r
 399         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 400         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 401 \r
 402         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 403         {\r
 404             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 405         }\r
 406 \r
 407         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 408         {\r
 409             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 410         }\r
 411 \r
 412         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 413         {\r
 414             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 415         }\r
 416 \r
 417         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 418         {\r
 419             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 420         }\r
 421 \r
 422         if (y < 0)\r
 423         {\r
 424             y = 0;\r
 425         }\r
 426 \r
 427         if (x < 0)\r
 428         {\r
 429             x = 0;\r
 430         }\r
 431 \r
 432         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 433         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 434     }\r
 435 \r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * DOCUMENT ME!\r
 439      *\r
 440      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 441      */\r
 442     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 443     {\r
 444 \r
 445         int oldX = av.getStartRes();\r
 446         int oldY = av.getStartSeq();\r
 447 \r
 448         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 449         {\r
 450             int x = hscroll.getValue();\r
 451             av.setStartRes(x);\r
 452             av.setEndRes((x +\r
 453                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 454         }\r
 455 \r
 456         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 457         {\r
 458             int offy = vscroll.getValue();\r
 459 \r
 460             if (av.getWrapAlignment())\r
 461             {\r
 462                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 463                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 464                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 465             }\r
 466             else\r
 467             {\r
 468                 av.setStartSeq(offy);\r
 469                 av.setEndSeq(offy +\r
 470                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 471             }\r
 472         }\r
 473 \r
 474         if (overviewPanel != null)\r
 475         {\r
 476             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 477         }\r
 478 \r
 479         int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 480         int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 481 \r
 482         if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 483             (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 484              || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 485              || av.getWrapAlignment()\r
 486              || !fastPaint)\r
 487         {\r
 488           // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 489           repaint();\r
 490         }\r
 491         else\r
 492         {\r
 493             idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 494             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 495 \r
 496             scalePanel.repaint();\r
 497 \r
 498             if (av.getShowAnnotation())\r
 499             {\r
 500                 annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 501             }\r
 502         }\r
 503     }\r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * DOCUMENT ME!\r
 507      *\r
 508      * @param g DOCUMENT ME!\r
 509      */\r
 510     public void paintComponent(Graphics g)\r
 511     {\r
 512         invalidate();\r
 513 \r
 514         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 515         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 516         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 517         validate();\r
 518 \r
 519         if (av.getWrapAlignment())\r
 520         {\r
 521             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 522             vscroll.setMaximum(max);\r
 523             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 524             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 525         }\r
 526         else\r
 527         {\r
 528             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 529         }\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * DOCUMENT ME!\r
 534      *\r
 535      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 536      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 537      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 538      *\r
 539      * @return DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 544         throws PrinterException\r
 545     {\r
 546         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 547 \r
 548         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 549         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 550 \r
 551         if (av.getWrapAlignment())\r
 552         {\r
 553             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 554         }\r
 555         else\r
 556         {\r
 557             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 558         }\r
 559     }\r
 560 \r
 561     /**\r
 562      * DOCUMENT ME!\r
 563      *\r
 564      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 565      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 566      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 567      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 568      *\r
 569      * @return DOCUMENT ME!\r
 570      *\r
 571      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 572      */\r
 573     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 574         throws PrinterException\r
 575     {\r
 576         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 577         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 578         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 579 \r
 580         pg.setColor(Color.white);\r
 581         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 582         pg.setFont(av.getFont());\r
 583 \r
 584         ////////////////////////////////////\r
 585         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 586         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 587 \r
 588         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 589             1;\r
 590 \r
 591         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 592 \r
 593         /////////////////////////////\r
 594         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 595         int startRes;\r
 596 \r
 597         /////////////////////////////\r
 598         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 599         int endRes;\r
 600 \r
 601         /////////////////////////////\r
 602         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 603         int startSeq;\r
 604 \r
 605         /////////////////////////////\r
 606         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 607         int endSeq;\r
 608         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 609         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 610 \r
 611         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 612         {\r
 613             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 614         }\r
 615 \r
 616         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 617         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 618 \r
 619         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 620         {\r
 621             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 622         }\r
 623 \r
 624         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 625 \r
 626         if (av.showAnnotation)\r
 627         {\r
 628             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 629         }\r
 630 \r
 631         pagesHigh /= pheight;\r
 632 \r
 633         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 634         {\r
 635             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 636         }\r
 637 \r
 638         //draw Scale\r
 639         pg.translate(idWidth, 0);\r
 640         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 641         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 642 \r
 643         ////////////////\r
 644         // Draw the ids\r
 645         Color currentColor = null;\r
 646         Color currentTextColor = null;\r
 647 \r
 648         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 649         {\r
 650             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 651                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 652                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 653             {\r
 654                 currentColor = Color.gray;\r
 655                 currentTextColor = Color.black;\r
 656             }\r
 657             else\r
 658             {\r
 659                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 660                 currentTextColor = Color.black;\r
 661             }\r
 662 \r
 663             pg.setColor(currentColor);\r
 664             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 665                 av.getCharHeight());\r
 666 \r
 667             pg.setColor(currentTextColor);\r
 668 \r
 669             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 670 \r
 671             if (av.getShowFullId())\r
 672             {\r
 673                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 674             }\r
 675 \r
 676             pg.drawString(string, 0,\r
 677                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 678                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 679         }\r
 680 \r
 681         // draw main sequence panel\r
 682         pg.translate(idWidth, 0);\r
 683         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 684             startRes, startSeq, 0);\r
 685 \r
 686         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 687         {\r
 688             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 689             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 690             pg.translate(idWidth, 0);\r
 691             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 692                 1);\r
 693         }\r
 694 \r
 695         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * DOCUMENT ME!\r
 700      *\r
 701      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 702      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 703      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 704      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 705      *\r
 706      * @return DOCUMENT ME!\r
 707      *\r
 708      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 709      */\r
 710     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 711         int pi) throws PrinterException\r
 712     {\r
 713         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 714 \r
 715         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 716                 idWidth);\r
 717         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 718                 1) * av.charHeight;\r
 719 \r
 720         pg.setColor(Color.white);\r
 721         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 722         pg.setFont(av.getFont());\r
 723 \r
 724         ////////////////\r
 725         // Draw the ids\r
 726         pg.setColor(Color.black);\r
 727 \r
 728         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 729 \r
 730         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 731 \r
 732         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 733 \r
 734         do\r
 735         {\r
 736             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 737             {\r
 738                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 739                 String string = s.getName();\r
 740 \r
 741                 if (av.getShowFullId())\r
 742                 {\r
 743                     string = s.getDisplayId();\r
 744                 }\r
 745 \r
 746                 pg.drawString(string, 0,\r
 747                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 748                     (av.charHeight / 5));\r
 749             }\r
 750 \r
 751             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 752         }\r
 753         while (ypos < totalHeight);\r
 754 \r
 755         pg.translate(idWidth, 0);\r
 756 \r
 757         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 758 \r
 759         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 760         {\r
 761             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 762         }\r
 763         else\r
 764         {\r
 765             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 766         }\r
 767     }\r
 768 \r
 769     /**\r
 770      * DOCUMENT ME!\r
 771      */\r
 772     public void makeEPS(File epsFile)\r
 773     {\r
 774       boolean accurateText = true;\r
 775 \r
 776       String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",\r
 777           "Prompt each time");\r
 778 \r
 779       // If we need to prompt, and if the GUI is visible then\r
 780       // Prompt for EPS rendering style\r
 781       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")\r
 782           && !\r
 783           (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 784            && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))\r
 785       {\r
 786         EPSOptions eps = new EPSOptions();\r
 787         renderStyle = eps.getValue();\r
 788 \r
 789         if(eps.cancelled || renderStyle==null)\r
 790           return;\r
 791 \r
 792         renderStyle = eps.getValue();\r
 793       }\r
 794 \r
 795       if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))\r
 796       {\r
 797         accurateText = false;\r
 798       }\r
 799 \r
 800 \r
 801         if(epsFile == null)\r
 802         {\r
 803           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 804               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 805                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 806                                  {"eps"},\r
 807                                  new String[]\r
 808                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 809                                  "Encapsulated Postscript");\r
 810           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 811           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 812           chooser.setToolTipText("Save");\r
 813 \r
 814           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 815 \r
 816           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 817           {\r
 818             return;\r
 819           }\r
 820 \r
 821           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 822 \r
 823           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 824                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 825         }\r
 826 \r
 827         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 828         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 829 \r
 830         if (av.getWrapAlignment())\r
 831         {\r
 832           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 833               av.chunkHeight;\r
 834           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 835 \r
 836         }\r
 837 \r
 838 \r
 839         if (av.getShowAnnotation())\r
 840         {\r
 841             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 842         }\r
 843 \r
 844         try\r
 845          {\r
 846            FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 847            EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 848                                                 height);\r
 849 \r
 850            pg.setAccurateTextMode(accurateText);\r
 851 \r
 852            if (av.getWrapAlignment())\r
 853            {\r
 854                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 855             }\r
 856             else\r
 857             {\r
 858                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 859             }\r
 860 \r
 861             pg.flush();\r
 862             pg.close();\r
 863           }\r
 864           catch (OutOfMemoryError err)\r
 865           {\r
 866             System.out.println("########################\n"\r
 867                                + "OUT OF MEMORY " + epsFile + "\n"\r
 868                                + "########################");\r
 869 \r
 870             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 871                                                   "Out of memory creating EPS file!!"\r
 872                                                   +\r
 873                                                   "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 874                                                   , "Out of memory",\r
 875                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 876             System.out.println("Create EPS: " + err);\r
 877             System.gc();\r
 878           }\r
 879         catch (Exception ex)\r
 880         {\r
 881             ex.printStackTrace();\r
 882         }\r
 883     }\r
 884 \r
 885 \r
 886     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 887     {\r
 888       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 889       //////////////////////////////////////////////\r
 890       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 891       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 892       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 893 \r
 894         // Gen image map\r
 895          //////////////////////////////////\r
 896          if(imgMapFile!=null)\r
 897          {\r
 898            try\r
 899            {\r
 900              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 901              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 902              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 903                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 904                        +"<map name=\"Map\">");\r
 905 \r
 906              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 907              {\r
 908                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 909                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 910                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 911                {\r
 912                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 913                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 914                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 915                  {\r
 916                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 917                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 918                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 919                    if (obj == null)\r
 920                      continue;\r
 921 \r
 922                    String triplet = obj.toString();\r
 923 \r
 924                    out.println(\r
 925                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 926                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 927                        + sy + ","\r
 928                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 929                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 930                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 931                        + alIndex + " " + triplet +\r
 932                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 933                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 934                        + " href=\"#\">");\r
 935                  }\r
 936                }\r
 937              }\r
 938 \r
 939              out.println("</map></body></html>");\r
 940              out.close();\r
 941 \r
 942            }\r
 943            catch (Exception ex)\r
 944            {\r
 945              ex.printStackTrace();\r
 946            }\r
 947          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 948 \r
 949     }\r
 950 \r
 951     /**\r
 952      * DOCUMENT ME!\r
 953      */\r
 954     public void makePNG(File pngFile)\r
 955     {\r
 956       if(pngFile==null)\r
 957       {\r
 958         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 959             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 960                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 961                                {"png"},\r
 962                                new String[]\r
 963                                {"Portable network graphics"},\r
 964                                "Portable network graphics");\r
 965         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 966         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 967         chooser.setToolTipText("Save");\r
 968 \r
 969         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 970 \r
 971         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 972         {\r
 973           return;\r
 974         }\r
 975 \r
 976         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 977 \r
 978         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 979                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 980       }\r
 981 \r
 982 \r
 983 \r
 984       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 985       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 986 \r
 987       if (av.getWrapAlignment())\r
 988       {\r
 989         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 990             av.chunkHeight;\r
 991         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 992 \r
 993       }\r
 994 \r
 995 \r
 996         if (av.getShowAnnotation())\r
 997         {\r
 998             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 999         }\r
1000 \r
1001         try\r
1002         {\r
1003 \r
1004             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
1005 \r
1006             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
1007                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
1008             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
1009 \r
1010             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
1011                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
1012 \r
1013             if (av.getWrapAlignment())\r
1014             {\r
1015                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
1016             }\r
1017             else\r
1018             {\r
1019                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
1020             }\r
1021 \r
1022             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
1023             out.close();\r
1024         }\r
1025         catch (OutOfMemoryError err)\r
1026         {\r
1027           System.out.println("########################\n"\r
1028                              + "OUT OF MEMORY " + pngFile + "\n"\r
1029                              + "########################");\r
1030 \r
1031           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1032                                                 "Out of memory creating PNG!!"\r
1033                                                 +\r
1034                                                 "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
1035                                                 , "Out of memory",\r
1036                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1037           System.out.println("Create PNG: " + err);\r
1038           System.gc();\r
1039 \r
1040         }\r
1041         catch (Exception ex)\r
1042         {\r
1043             ex.printStackTrace();\r
1044         }\r
1045     }\r
1046 }\r
1047 \r
1048 \r
1049 /**\r
1050  * DOCUMENT ME!\r
1051  *\r
1052  * @author $author$\r
1053  * @version $Revision$\r
1054  */\r
1055 class Preview extends JFrame\r
1056 {\r
1057     /**\r
1058      * Creates a new Preview object.\r
1059      *\r
1060      * @param image DOCUMENT ME!\r
1061      */\r
1062     public Preview(Image image)\r
1063     {\r
1064         setResizable(true);\r
1065         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1066         setVisible(true);\r
1067         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1068         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1069         validate();\r
1070         repaint();\r
1071     }\r
1072 }\r
1073 \r
1074 \r
1075 /**\r
1076  * DOCUMENT ME!\r
1077  *\r
1078  * @author $author$\r
1079  * @version $Revision$\r
1080  */\r
1081 class PreviewPanel extends JPanel\r
1082 {\r
1083     Image image;\r
1084 \r
1085     /**\r
1086      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1087      *\r
1088      * @param image DOCUMENT ME!\r
1089      */\r
1090     public PreviewPanel(Image image)\r
1091     {\r
1092         this.image = image;\r
1093     }\r
1094 \r
1095     /**\r
1096      * DOCUMENT ME!\r
1097      *\r
1098      * @param g DOCUMENT ME!\r
1099      */\r
1100     public void paintComponent(Graphics g)\r
1101     {\r
1102         if (image != null)\r
1103         {\r
1104             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1105         }\r
1106         else\r
1107         {\r
1108             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1109         }\r
1110     }\r
1111 }\r