src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 import com.sun.image.codec.jpeg.*;\r
  12 import java.io.*;\r
  13 import java.awt.image.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  17 {\r
  18 \r
  19   AlignViewport     av;\r
  20   OverviewPanel overviewPanel;\r
  21   SeqPanel   seqPanel;\r
  22   IdPanel    idPanel;\r
  23   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  24   public AlignFrame alignFrame;\r
  25   ScalePanel scalePanel;\r
  26   ScorePanel scorePanel;\r
  27 \r
  28   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  29   {\r
  30     alignFrame = af;\r
  31     this.av         = av;\r
  32     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  33     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  34     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  35     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  36     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  37 \r
  38     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  40     idPanel.addNotify();\r
  41     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  42     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  43     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  44     setScrollValues(0,0);\r
  45 \r
  46     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  47     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  48 \r
  49     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  50    {\r
  51      public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  52      {\r
  53           RefreshPanels();\r
  54      }\r
  55    });\r
  56 \r
  57 \r
  58    hscroll.setFocusable(false);\r
  59    vscroll.setFocusable(false);\r
  60    setFocusable(true);\r
  61 \r
  62    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  63    {\r
  64      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  65      {\r
  66        switch(evt.getKeyCode())\r
  67        {\r
  68          case  27: // escape key\r
  69            av.setRubberbandGroup(null);\r
  70            av.getSelection().clear();\r
  71            RefreshPanels();\r
  72            break;\r
  73          case KeyEvent.VK_X:\r
  74            alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
  75            break;\r
  76          case KeyEvent.VK_C:\r
  77            alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
  78            break;\r
  79          case KeyEvent.VK_V:\r
  80            alignFrame.paste(true);\r
  81            break;\r
  82          case KeyEvent.VK_A:\r
  83            alignFrame.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
  84            break;\r
  85         case KeyEvent.VK_DOWN:\r
  86           alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
  87           break;\r
  88         case KeyEvent.VK_UP:\r
  89           alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
  90           break;\r
  91         case KeyEvent.VK_F:\r
  92           alignFrame.findMenuItem_actionPerformed(null);\r
  93           break;\r
  94        }\r
  95      }\r
  96    });\r
  97   }\r
  98 \r
  99 \r
 100  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 101  {\r
 102    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
 103 \r
 104    // do we need to scroll the panel?\r
 105    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
 106                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
 107                         || av.getStartRes()>results[1]\r
 108                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
 109        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
 110 \r
 111 \r
 112  }\r
 113 \r
 114 \r
 115  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 116  {\r
 117    return overviewPanel;\r
 118  }\r
 119 \r
 120  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 121  {\r
 122    overviewPanel = op;\r
 123  }\r
 124 \r
 125 \r
 126   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
 127   {\r
 128     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 129     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 130 \r
 131     RefreshPanels();\r
 132     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 133     RefreshPanels();\r
 134   }\r
 135 \r
 136   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 137   {\r
 138     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 139     RefreshPanels();\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 143   {\r
 144     scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 145     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 146     secondaryPanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 147 \r
 148     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 149 \r
 150     idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 151     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 152 \r
 153     RefreshPanels();\r
 154 \r
 155   }\r
 156 \r
 157 \r
 158   public void setColourScheme()\r
 159   {\r
 160     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 161 \r
 162     if(av.getConservationSelected())\r
 163     {\r
 164 \r
 165        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 166        Conservation c = new Conservation("All",\r
 167                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 168                             al.getWidth() );\r
 169 \r
 170        c.calculate();\r
 171        c.verdict(false, 100);\r
 172        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 173 \r
 174        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 175 \r
 176     }\r
 177 \r
 178     RefreshPanels();\r
 179   }\r
 180 \r
 181   public void RefreshPanels()\r
 182   {\r
 183     requestFocus();\r
 184     invalidate();\r
 185     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 186 \r
 187     if(av.getWrapAlignment())\r
 188     {\r
 189       int max = av.alignment.getWidth()/ (seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.charWidth)+1;\r
 190 \r
 191       int h  = (av.alignment.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 192       vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/h;\r
 193       vscroll.setValues(0,vextent,0,max);\r
 194     }\r
 195     else\r
 196 \r
 197     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 198     av.getConsensus(true);\r
 199     if(overviewPanel!=null)\r
 200       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 201 \r
 202     validate();\r
 203     repaint();\r
 204 \r
 205   }\r
 206 \r
 207   int hextent = 0;\r
 208   int vextent = 0;\r
 209 \r
 210   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 211   {\r
 212     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 213     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 214 \r
 215     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 216       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 217 \r
 218     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 219       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 220 \r
 221     if(y<0)\r
 222       y = 0;\r
 223 \r
 224     if(x<0)\r
 225       x=0;\r
 226 \r
 227     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 228     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 229 \r
 230 \r
 231     repaint();\r
 232 \r
 233   }\r
 234 \r
 235 \r
 236   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 237   {\r
 238 \r
 239     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 240     {\r
 241       int x = hscroll.getValue();\r
 242       av.setStartRes(x);\r
 243       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 247     {\r
 248       int offy = vscroll.getValue();\r
 249       if (av.getWrapAlignment())\r
 250       {\r
 251         av.setStartRes( vscroll.getValue() * av.getChunkWidth());\r
 252       }\r
 253       else\r
 254       {\r
 255         av.setStartSeq(offy);\r
 256         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight());\r
 257       }\r
 258     }\r
 259 \r
 260 \r
 261     if(overviewPanel!=null)\r
 262       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 263 \r
 264     repaint();\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 268   {\r
 269     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 270 \r
 271     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 272     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 273 \r
 274     if (av.getWrapAlignment())\r
 275       return printWrappedAlignment(pg, pwidth,pheight, pi);\r
 276     else\r
 277       return printUnwrapped(pg,pwidth, pheight,pi);\r
 278   }\r
 279 \r
 280   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 281   {\r
 282 \r
 283     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 284 \r
 285 \r
 286     pg.setColor(Color.white);\r
 287     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 288     pg.setFont( av.getFont() );\r
 289 \r
 290     ////////////////////////////////////\r
 291     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 292     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 293     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 294     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 295     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 296 \r
 297     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 298      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 299 \r
 300     /////////////////////////////\r
 301     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 302     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 303     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 304     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 305     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 306       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 307 \r
 308      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 309      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 310      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 311        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 312 \r
 313 \r
 314     ////////////////\r
 315     //draw Scale\r
 316     pg.translate(idWidth,0);\r
 317     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 318 \r
 319     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 320     ////////////////\r
 321     // Draw the ids\r
 322     Color currentColor=null;\r
 323     Color currentTextColor=null;\r
 324     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 325     {\r
 326       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 327       {\r
 328         currentColor = Color.gray;\r
 329         currentTextColor = Color.black;\r
 330       }\r
 331       else\r
 332       {\r
 333         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 334         currentTextColor = Color.black;\r
 335       }\r
 336 \r
 337       pg.setColor(currentColor);\r
 338       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 339                               idWidth,\r
 340                               av.getCharHeight());\r
 341 \r
 342       pg.setColor(currentTextColor);\r
 343 \r
 344       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 345       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 346                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 347     }\r
 348 \r
 349     // draw main sequence panel\r
 350     pg.translate(idWidth,0);\r
 351     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 352     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 353 \r
 354     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 355   }\r
 356 \r
 357 \r
 358   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi) throws PrinterException\r
 359   {\r
 360 \r
 361     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 362 \r
 363     if( seqPanel.seqCanvas.getWidth() < pwidth-idWidth)\r
 364       pwidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth() + idWidth;\r
 365 \r
 366 \r
 367     pg.setColor(Color.white);\r
 368     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 369     pg.setFont( av.getFont() );\r
 370 \r
 371     ////////////////////////////////////\r
 372     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 373     AlignmentI da = av.alignment;\r
 374     int endy   = da.getHeight();\r
 375     int chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 376     int chunkWidth  =   (pwidth-idWidth)/av.charWidth;\r
 377 \r
 378     int noChunksOnPage = pheight / chunkHeight;\r
 379     int totalChunks = da.getWidth() / chunkWidth;\r
 380 \r
 381     if ( pi*noChunksOnPage > totalChunks )\r
 382      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 383 \r
 384     ////////////////\r
 385     // Draw the ids\r
 386     pg.setClip(0,0,pwidth, noChunksOnPage*chunkHeight);\r
 387 \r
 388     int row = pi*noChunksOnPage;\r
 389     pg.setColor(Color.black);\r
 390     for(int ypos=2*av.charHeight;\r
 391         ypos <= pheight && row*chunkWidth<da.getWidth();\r
 392         ypos += chunkHeight, row++ )\r
 393     {\r
 394       for (int i = 0; i < endy; i++)\r
 395       {\r
 396         SequenceI s = da.getSequenceAt(i);\r
 397         pg.drawString(s.getDisplayId(), 0,\r
 398                       AlignmentUtil.getPixelHeight(0, i, av.charHeight) + ypos +\r
 399                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 400       }\r
 401     }\r
 402 \r
 403     // draw main sequence panel\r
 404     pg.translate(idWidth,0);\r
 405     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth-idWidth, pheight, pi*noChunksOnPage*chunkWidth);\r
 406 \r
 407 \r
 408     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 409 \r
 410   }\r
 411 \r
 412   public void makeJPG(int width, int height)\r
 413   {\r
 414     try\r
 415     {\r
 416 \r
 417       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 418                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 419       Graphics pg = bi.getGraphics();\r
 420 \r
 421       try\r
 422       {\r
 423         if (av.getWrapAlignment())\r
 424           printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 425         else\r
 426           printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 427       }\r
 428       catch (Exception ex)\r
 429       {}\r
 430 \r
 431       javax.swing.JFileChooser chooser = new javax.swing.JFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 432           "LAST_DIRECTORY"));\r
 433       chooser.setDialogTitle("Create JPG image from alignment");\r
 434       chooser.setToolTipText("Save");\r
 435 \r
 436       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 437       if (value == javax.swing.JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 438       {\r
 439 \r
 440         FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 441         JPEGImageEncoder jie = JPEGCodec.createJPEGEncoder(out);\r
 442         JPEGEncodeParam param = JPEGCodec.getDefaultJPEGEncodeParam(bi);\r
 443         param.setQuality(1.0f, true);\r
 444 \r
 445         jie.encode(bi, param);\r
 446         out.close();\r
 447       }\r
 448 \r
 449     }\r
 450     catch (IOException ex)\r
 451     {\r
 452       System.out.println("ex Writing image ");\r
 453     }\r
 454   }\r
 455 \r
 456 }\r
 457 \r
 458 \r
 459 \r