src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 import java.awt.print.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * DOCUMENT ME!\r
  38  *\r
  39  * @author $author$\r
  40  * @version $Revision$\r
  41  */\r
  42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  43     implements AdjustmentListener, Printable\r
  44 {\r
  45   public AlignViewport av;\r
  46   OverviewPanel overviewPanel;\r
  47   SeqPanel seqPanel;\r
  48   IdPanel idPanel;\r
  49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public AlignFrame alignFrame;\r
  53   ScalePanel scalePanel;\r
  54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
  55   AnnotationLabels alabels;\r
  56 \r
  57   // this value is set false when selection area being dragged\r
  58   boolean fastPaint = true;\r
  59   int hextent = 0;\r
  60   int vextent = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  64    *\r
  65    * @param af DOCUMENT ME!\r
  66    * @param av DOCUMENT ME!\r
  67    */\r
  68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  69   {\r
  70     alignFrame = af;\r
  71     this.av = av;\r
  72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  74 \r
  75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  76 \r
  77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  83 \r
  84     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  85                                                  getPreferredSize());\r
  86     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  87     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  88     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90     fontChanged();\r
  91 \r
  92     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  93     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  94 \r
  95     setScrollValues(0, 0);\r
  96 \r
  97     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  98     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.\r
  99                                                  getPreferredSize());\r
 100     annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.\r
 101                                         getPreferredSize());\r
 102     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
 103 \r
 104     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 105     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 106 \r
 107     af.addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 108     {\r
 109       public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110       {\r
 111         switch (evt.getKeyCode())\r
 112         {\r
 113           case 27: // escape key\r
 114             av.setSelectionGroup(null);\r
 115             repaint();\r
 116 \r
 117             break;\r
 118 \r
 119           case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 120             alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 121 \r
 122             break;\r
 123 \r
 124           case KeyEvent.VK_UP:\r
 125             alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 126 \r
 127             break;\r
 128 \r
 129           case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 130           case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 131             alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 132             break;\r
 133 \r
 134           case KeyEvent.VK_P:\r
 135             seqPanel.seqCanvas.increaseAARatio();\r
 136             break;\r
 137           case KeyEvent.VK_L:\r
 138             seqPanel.seqCanvas.decreaseAARation();\r
 139             break;\r
 140         }\r
 141       }\r
 142     });\r
 143   }\r
 144 \r
 145   /**\r
 146    * DOCUMENT ME!\r
 147    */\r
 148   public void fontChanged()\r
 149   {\r
 150     // set idCanvas bufferedImage to null\r
 151     // to prevent drawing old image\r
 152     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 153 \r
 154     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 155         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 156     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 157         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 158 \r
 159     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 160     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 161     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 162 \r
 163     Dimension d = calculateIdWidth();\r
 164     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 165     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 166     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 167 \r
 168     if (av.getWrapAlignment())\r
 169     {\r
 170       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 171           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 172       vscroll.setMaximum(max);\r
 173       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 174       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 175     }\r
 176     else\r
 177     {\r
 178       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 179     }\r
 180 \r
 181     if (overviewPanel != null)\r
 182       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 183 \r
 184     repaint();\r
 185   }\r
 186 \r
 187   /**\r
 188    * DOCUMENT ME!\r
 189    *\r
 190    * @return DOCUMENT ME!\r
 191    */\r
 192   public Dimension calculateIdWidth()\r
 193   {\r
 194     Container c = new Container();\r
 195 \r
 196     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 197     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 198 \r
 199     int i = 0;\r
 200     int idWidth = 0;\r
 201     String id;\r
 202 \r
 203     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 204     {\r
 205       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 206 \r
 207       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 208 \r
 209       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 210       {\r
 211         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 212       }\r
 213 \r
 214       i++;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     // Also check annotation label widths\r
 218     i = 0;\r
 219 \r
 220     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 221     {\r
 222       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 223 \r
 224       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 225       {\r
 226         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 227 \r
 228         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 229         {\r
 230           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 231         }\r
 232 \r
 233         i++;\r
 234       }\r
 235     }\r
 236 \r
 237     return new Dimension(idWidth, 12);\r
 238   }\r
 239 \r
 240   /**\r
 241    * DOCUMENT ME!\r
 242    *\r
 243    * @param results DOCUMENT ME!\r
 244    */\r
 245   public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 246   {\r
 247     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 248 \r
 249     // do we need to scroll the panel?\r
 250     if (results != null)\r
 251     {\r
 252       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 253       int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 254       int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 255 \r
 256       if(!av.wrapAlignment)\r
 257       {\r
 258         if ( (av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 259             ( (av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 260              (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 261         {\r
 262           setScrollValues(start, results[0]);\r
 263         }\r
 264       }\r
 265       else\r
 266       {\r
 267         int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 268         if( start<av.getStartRes() || start>(av.getStartRes()+cwidth) )\r
 269         {\r
 270           vscroll.setValue(start / cwidth);\r
 271         }\r
 272       }\r
 273     }\r
 274   }\r
 275 \r
 276   /**\r
 277    * DOCUMENT ME!\r
 278    *\r
 279    * @return DOCUMENT ME!\r
 280    */\r
 281   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 282   {\r
 283     return overviewPanel;\r
 284   }\r
 285 \r
 286   /**\r
 287    * DOCUMENT ME!\r
 288    *\r
 289    * @param op DOCUMENT ME!\r
 290    */\r
 291   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 292   {\r
 293     overviewPanel = op;\r
 294   }\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * DOCUMENT ME!\r
 298    *\r
 299    * @param b DOCUMENT ME!\r
 300    */\r
 301   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 302   {\r
 303     if (!av.wrapAlignment)\r
 304     {\r
 305       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 306       annotationScroller.setVisible(b);\r
 307     }\r
 308     repaint();\r
 309   }\r
 310 \r
 311   /**\r
 312    * DOCUMENT ME!\r
 313    *\r
 314    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 315    */\r
 316   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 317   {\r
 318     av.startSeq = 0;\r
 319     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 320     hscroll.setVisible(!wrap);\r
 321     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 322 \r
 323     if (wrap)\r
 324     {\r
 325       annotationScroller.setVisible(false);\r
 326       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
 327     }\r
 328     else if (av.showAnnotation)\r
 329     {\r
 330       annotationScroller.setVisible(true);\r
 331       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
 332     }\r
 333 \r
 334     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 335 \r
 336     repaint();\r
 337   }\r
 338 \r
 339   // return value is true if the scroll is valid\r
 340   public boolean scrollUp(boolean up)\r
 341   {\r
 342     if (up)\r
 343     {\r
 344       if (vscroll.getValue() < 1)\r
 345       {\r
 346         return false;\r
 347       }\r
 348 \r
 349       fastPaint = false;\r
 350       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 351     }\r
 352     else\r
 353     {\r
 354       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 355       {\r
 356         return false;\r
 357       }\r
 358 \r
 359       fastPaint = false;\r
 360       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 361     }\r
 362 \r
 363     fastPaint = true;\r
 364 \r
 365     return true;\r
 366   }\r
 367 \r
 368   /**\r
 369    * DOCUMENT ME!\r
 370    *\r
 371    * @param right DOCUMENT ME!\r
 372    *\r
 373    * @return DOCUMENT ME!\r
 374    */\r
 375   public boolean scrollRight(boolean right)\r
 376   {\r
 377     if (right)\r
 378     {\r
 379       if (hscroll.getValue() < 1)\r
 380       {\r
 381         return false;\r
 382       }\r
 383 \r
 384       fastPaint = false;\r
 385       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 386     }\r
 387     else\r
 388     {\r
 389       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 390       {\r
 391         return false;\r
 392       }\r
 393 \r
 394       fastPaint = false;\r
 395       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 396     }\r
 397 \r
 398     fastPaint = true;\r
 399 \r
 400     return true;\r
 401   }\r
 402 \r
 403   /**\r
 404    * DOCUMENT ME!\r
 405    *\r
 406    * @param x DOCUMENT ME!\r
 407    * @param y DOCUMENT ME!\r
 408    */\r
 409   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 410   {\r
 411     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 412                  1);\r
 413 \r
 414     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 415     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 416 \r
 417     if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 418     {\r
 419       hextent = av.alignment.getWidth();\r
 420     }\r
 421 \r
 422     if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 423     {\r
 424       vextent = av.alignment.getHeight();\r
 425     }\r
 426 \r
 427     if ( (hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 428     {\r
 429       x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 430     }\r
 431 \r
 432     if ( (vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 433     {\r
 434       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     if (y < 0)\r
 438     {\r
 439       y = 0;\r
 440     }\r
 441 \r
 442     if (x < 0)\r
 443     {\r
 444       x = 0;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 448     vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 449   }\r
 450 \r
 451   /**\r
 452    * DOCUMENT ME!\r
 453    *\r
 454    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 455    */\r
 456   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 457   {\r
 458 \r
 459     int oldX = av.getStartRes();\r
 460     int oldY = av.getStartSeq();\r
 461 \r
 462     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 463     {\r
 464       int x = hscroll.getValue();\r
 465       av.setStartRes(x);\r
 466       av.setEndRes( (x +\r
 467                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 468     }\r
 469 \r
 470     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 471     {\r
 472       int offy = vscroll.getValue();\r
 473 \r
 474       if (av.getWrapAlignment())\r
 475       {\r
 476         int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
 477             seqCanvas.getWidth());\r
 478         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 479         av.setEndRes( (vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 480       }\r
 481       else\r
 482       {\r
 483         av.setStartSeq(offy);\r
 484         av.setEndSeq(offy +\r
 485                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 486       }\r
 487     }\r
 488 \r
 489     if (overviewPanel != null)\r
 490     {\r
 491       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 492     }\r
 493 \r
 494     int xShift = av.getStartRes() - oldX;\r
 495     int yShift = av.getStartSeq() - oldY;\r
 496 \r
 497     if ( (xShift != 0 && yShift != 0) ||\r
 498         (Math.abs(xShift) > av.getEndRes() - av.getStartRes()\r
 499          || Math.abs(yShift) > av.getEndSeq() - av.getStartSeq())\r
 500         || av.getWrapAlignment()\r
 501         || !fastPaint)\r
 502     {\r
 503       // Either no shift at all, or shift greater than visible amount\r
 504       repaint();\r
 505     }\r
 506     else\r
 507     {\r
 508       idPanel.idCanvas.fastPaint(yShift);\r
 509       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(xShift, yShift);\r
 510 \r
 511       scalePanel.repaint();\r
 512 \r
 513       if (av.getShowAnnotation())\r
 514       {\r
 515         annotationPanel.fastPaint(xShift);\r
 516       }\r
 517     }\r
 518   }\r
 519 \r
 520   /**\r
 521    * DOCUMENT ME!\r
 522    *\r
 523    * @param g DOCUMENT ME!\r
 524    */\r
 525   public void paintComponent(Graphics g)\r
 526   {\r
 527     invalidate();\r
 528 \r
 529     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 530     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 531     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 532     validate();\r
 533 \r
 534     if (av.getWrapAlignment())\r
 535     {\r
 536       int max = av.alignment.getWidth() /\r
 537           seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth()) +1;\r
 538       vscroll.setMaximum(max);\r
 539       vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 540       vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 541     }\r
 542     else\r
 543     {\r
 544       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 545     }\r
 546 \r
 547 \r
 548     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds() )\r
 549     {\r
 550       if (overviewPanel != null)\r
 551         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 552     }\r
 553   }\r
 554 \r
 555   /**\r
 556    * DOCUMENT ME!\r
 557    *\r
 558    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 559    * @param pf DOCUMENT ME!\r
 560    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 561    *\r
 562    * @return DOCUMENT ME!\r
 563    *\r
 564    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 565    */\r
 566   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 567       throws PrinterException\r
 568   {\r
 569     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 570 \r
 571     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 572     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 573 \r
 574     if (av.getWrapAlignment())\r
 575     {\r
 576       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 577     }\r
 578     else\r
 579     {\r
 580       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 581     }\r
 582   }\r
 583 \r
 584   /**\r
 585    * DOCUMENT ME!\r
 586    *\r
 587    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 588    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 589    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 590    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 591    *\r
 592    * @return DOCUMENT ME!\r
 593    *\r
 594    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 595    */\r
 596   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 597       throws PrinterException\r
 598   {\r
 599     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 600     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 601     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 602 \r
 603     pg.setColor(Color.white);\r
 604     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 605     pg.setFont(av.getFont());\r
 606 \r
 607     ////////////////////////////////////\r
 608     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 609     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 610 \r
 611     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 612         1;\r
 613 \r
 614     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 615 \r
 616     /////////////////////////////\r
 617     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 618     int startRes;\r
 619 \r
 620     /////////////////////////////\r
 621     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 622     int endRes;\r
 623 \r
 624     /////////////////////////////\r
 625     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 626     int startSeq;\r
 627 \r
 628     /////////////////////////////\r
 629     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 630     int endSeq;\r
 631     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 632     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 633 \r
 634     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 635     {\r
 636       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 637     }\r
 638 \r
 639     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 640     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 641 \r
 642     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 643     {\r
 644       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 645     }\r
 646 \r
 647     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 648 \r
 649     if (av.showAnnotation)\r
 650     {\r
 651       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 652     }\r
 653 \r
 654     pagesHigh /= pheight;\r
 655 \r
 656     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 657     {\r
 658       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 659     }\r
 660 \r
 661     //draw Scale\r
 662     pg.translate(idWidth, 0);\r
 663     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 664     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
 665 \r
 666     ////////////////\r
 667     // Draw the ids\r
 668     Color currentColor = null;\r
 669     Color currentTextColor = null;\r
 670 \r
 671     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
 672                         Font.ITALIC,\r
 673                         av.getFont().getSize()));\r
 674     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 675     {\r
 676       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 677           av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 678               av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 679       {\r
 680         currentColor = Color.gray;\r
 681         currentTextColor = Color.black;\r
 682       }\r
 683       else\r
 684       {\r
 685         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 686         currentTextColor = Color.black;\r
 687       }\r
 688 \r
 689       pg.setColor(currentColor);\r
 690       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 691                   av.getCharHeight());\r
 692 \r
 693       pg.setColor(currentTextColor);\r
 694 \r
 695       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId\r
 696           ( av.getShowJVSuffix());\r
 697 \r
 698       pg.drawString(string, 0,\r
 699                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 700                     (av.getCharHeight() / 5));\r
 701     }\r
 702 \r
 703     pg.setFont(av.getFont());\r
 704 \r
 705     // draw main sequence panel\r
 706     pg.translate(idWidth, 0);\r
 707     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 708                                  startRes, startSeq, 0);\r
 709 \r
 710     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 711     {\r
 712       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
 713       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
 714       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
 715       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 716                                     1);\r
 717     }\r
 718 \r
 719     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 720   }\r
 721 \r
 722   /**\r
 723    * DOCUMENT ME!\r
 724    *\r
 725    * @param pg DOCUMENT ME!\r
 726    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 727    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 728    * @param pi DOCUMENT ME!\r
 729    *\r
 730    * @return DOCUMENT ME!\r
 731    *\r
 732    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 733    */\r
 734   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 735                                    int pi)\r
 736       throws PrinterException\r
 737   {\r
 738 \r
 739     int annotationHeight = 0;\r
 740     AnnotationLabels labels = null;\r
 741     if (av.showAnnotation)\r
 742     {\r
 743       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 744       labels = new AnnotationLabels(av);\r
 745     }\r
 746 \r
 747     int hgap = av.charHeight;\r
 748     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 749       hgap += av.charHeight;\r
 750 \r
 751     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 752         + hgap\r
 753         + annotationHeight;\r
 754 \r
 755     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 756 \r
 757     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 758         idWidth);\r
 759 \r
 760     int totalHeight = cHeight * (av.alignment.getWidth() / resWidth + 1);\r
 761 \r
 762     pg.setColor(Color.white);\r
 763     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 764     pg.setFont(av.getFont());\r
 765 \r
 766     ////////////////\r
 767     // Draw the ids\r
 768     pg.setColor(Color.black);\r
 769 \r
 770     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 771 \r
 772     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 773 \r
 774     int ypos = hgap;\r
 775     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 776                            av.getFont().getSize());\r
 777     pg.setFont(italic);\r
 778 \r
 779     do\r
 780     {\r
 781       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 782       {\r
 783         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 784         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
 785 \r
 786         pg.drawString(string, 0,\r
 787                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 788                       (av.charHeight / 5));\r
 789       }\r
 790       if (labels != null)\r
 791       {\r
 792         pg.translate(-3,\r
 793                      ypos +\r
 794                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 795 \r
 796         pg.setFont(av.getFont());\r
 797         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
 798         pg.setFont(italic);\r
 799         pg.translate(+3,\r
 800                      -ypos -\r
 801                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 802       }\r
 803 \r
 804       ypos += cHeight;\r
 805     }\r
 806     while (ypos < totalHeight);\r
 807 \r
 808     pg.translate(idWidth, 0);\r
 809 \r
 810     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 811 \r
 812     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
 813     {\r
 814       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 815 \r
 816     }\r
 817     else\r
 818     {\r
 819       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 820     }\r
 821   }\r
 822 \r
 823   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
 824   {\r
 825     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 826     int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 827 \r
 828     if (idPanel.getWidth() == 0)\r
 829     {\r
 830       width += calculateIdWidth().getWidth() + 4;\r
 831     }\r
 832 \r
 833     if (av.getWrapAlignment())\r
 834     {\r
 835       height = getWrappedHeight();\r
 836       width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 837     }\r
 838     else if (av.getShowAnnotation())\r
 839     {\r
 840       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
 841     }\r
 842 \r
 843     jalview.util.ImageMaker im;\r
 844     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
 845       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 846                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
 847                                         "Create PNG image from alignment",\r
 848                                         width, height, file, null);\r
 849     else\r
 850       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
 851                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
 852                                        "Create EPS file from alignment",\r
 853                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
 854 \r
 855     try\r
 856     {\r
 857       if (av.getWrapAlignment())\r
 858       {\r
 859         if(im.getGraphics()!=null)\r
 860         {\r
 861           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 862           im.writeImage();\r
 863         }\r
 864       }\r
 865       else\r
 866       {\r
 867         if(im.getGraphics()!=null)\r
 868         {\r
 869           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
 870           im.writeImage();\r
 871         }\r
 872       }\r
 873     }\r
 874     catch (OutOfMemoryError err)\r
 875     {\r
 876       System.out.println("########################\n"\r
 877                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
 878                          + "########################");\r
 879 \r
 880       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 881                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
 882                                             +\r
 883                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 884                                             , "Out of memory",\r
 885                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 886       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
 887       System.gc();\r
 888 \r
 889     }\r
 890     catch (Exception ex)\r
 891     {\r
 892       ex.printStackTrace();\r
 893     }\r
 894   }\r
 895   /**\r
 896    * DOCUMENT ME!\r
 897    */\r
 898   public void makeEPS(File epsFile)\r
 899   {\r
 900     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
 901   }\r
 902 \r
 903   /**\r
 904    * DOCUMENT ME!\r
 905    */\r
 906   public void makePNG(File pngFile)\r
 907   {\r
 908     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
 909   }\r
 910 \r
 911   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 912   {\r
 913     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 914     //////////////////////////////////////////////\r
 915     int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 916     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 917     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 918 \r
 919     // Gen image map\r
 920     //////////////////////////////////\r
 921     if (imgMapFile != null)\r
 922     {\r
 923       try\r
 924       {\r
 925         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
 926             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
 927         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
 928         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 929         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 930         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 931                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 932                     + "<map name=\"Map\">");\r
 933 \r
 934         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 935         {\r
 936           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 937 \r
 938           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 939           java.util.Vector features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 940           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 941           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
 942           {\r
 943             text = new StringBuffer();\r
 944             Object obj = null;\r
 945             if(av.alignment.isNucleotide())\r
 946               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
 947             else\r
 948               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 949                     seq.getCharAt(res) + "");\r
 950 \r
 951               if (obj == null)\r
 952                   continue;\r
 953 \r
 954             String triplet = obj.toString();\r
 955             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 956             gSize = groups.length;\r
 957             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 958             {\r
 959               if(text.length()<1)\r
 960               {\r
 961                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 962                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 963                   + sy + ","\r
 964                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 965                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 966                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 967                   + alIndex + " " + triplet );\r
 968               }\r
 969 \r
 970               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
 971                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
 972             }\r
 973 \r
 974             if (features != null)\r
 975             {\r
 976               if(text.length()<1)\r
 977               {\r
 978                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 979                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 980                   + sy + ","\r
 981                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 982                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 983                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 984                   + alIndex + " " + triplet );\r
 985               }\r
 986                 fSize = features.size();\r
 987                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
 988                 {\r
 989                   SequenceFeature sf = (SequenceFeature) features.elementAt(f);\r
 990 \r
 991                   if ( (sf.getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
 992                       (sf.getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
 993                   {\r
 994                     if (sf.getType().equals("disulfide bond"))\r
 995                     {\r
 996                       if (sf.getBegin() == seq.findPosition(res)\r
 997                           || sf.getEnd() == seq.findPosition(res))\r
 998                       {\r
 999                         text.append("<br>disulfide bond " + sf.getBegin() + ":" +\r
1000                                        sf.getEnd());\r
1001                       }\r
1002                     }\r
1003                     else\r
1004                     {\r
1005                       text.append("<br>");\r
1006                       text.append(sf.getType());\r
1007                       if (sf.getDescription() != null && !sf.getType().equals(sf.getDescription()))\r
1008                         text.append(" " + sf.getDescription());\r
1009 \r
1010                       if (sf.getStatus() != null && sf.getStatus().length()>0)\r
1011                       {\r
1012                         text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
1013                       }\r
1014                     }\r
1015                   }\r
1016 \r
1017                 }\r
1018               }\r
1019               if(text.length()>1)\r
1020               {\r
1021                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1022                 out.println(text.toString());\r
1023               }\r
1024             }\r
1025           }\r
1026         out.println("</map></body></html>");\r
1027         out.close();\r
1028 \r
1029       }\r
1030       catch (Exception ex)\r
1031       {\r
1032         ex.printStackTrace();\r
1033       }\r
1034     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1035 \r
1036   }\r
1037 \r
1038   int getWrappedHeight()\r
1039   {\r
1040 \r
1041     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1042         seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
1043 \r
1044     int hgap = av.charHeight;\r
1045     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1046       hgap += av.charHeight;\r
1047 \r
1048     int annotationHeight = 0;\r
1049     if (av.showAnnotation)\r
1050     {\r
1051       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1052     }\r
1053 \r
1054     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1055         + hgap\r
1056         + annotationHeight;\r
1057 \r
1058     int height = ( (av.alignment.getWidth() / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1059 \r
1060     return height;\r
1061   }\r
1062 \r
1063   /**\r
1064    * DOCUMENT ME!\r
1065    *\r
1066    * @author $author$\r
1067    * @version $Revision$\r
1068    */\r
1069   class Preview\r
1070       extends JFrame\r
1071   {\r
1072     /**\r
1073      * Creates a new Preview object.\r
1074      *\r
1075      * @param image DOCUMENT ME!\r
1076      */\r
1077     public Preview(Image image)\r
1078     {\r
1079       setResizable(true);\r
1080       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1081       setVisible(true);\r
1082       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1083       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1084       validate();\r
1085       repaint();\r
1086     }\r
1087   }\r
1088 \r
1089   /**\r
1090    * DOCUMENT ME!\r
1091    *\r
1092    * @author $author$\r
1093    * @version $Revision$\r
1094    */\r
1095   class PreviewPanel\r
1096       extends JPanel\r
1097   {\r
1098     Image image;\r
1099 \r
1100     /**\r
1101      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1102      *\r
1103      * @param image DOCUMENT ME!\r
1104      */\r
1105     public PreviewPanel(Image image)\r
1106     {\r
1107       this.image = image;\r
1108     }\r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * DOCUMENT ME!\r
1112      *\r
1113      * @param g DOCUMENT ME!\r
1114      */\r
1115     public void paintComponent(Graphics g)\r
1116     {\r
1117       if (image != null)\r
1118       {\r
1119         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1120       }\r
1121       else\r
1122       {\r
1123         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1124       }\r
1125     }\r
1126   }\r
1127 }\r