src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  30 \r
  31 import java.awt.*;\r
  32 import java.awt.event.*;\r
  33 import java.awt.image.*;\r
  34 import java.awt.print.*;\r
  35 \r
  36 import java.io.*;\r
  37 \r
  38 import javax.imageio.*;\r
  39 \r
  40 import javax.swing.*;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * DOCUMENT ME!\r
  45  *\r
  46  * @author $author$\r
  47  * @version $Revision$\r
  48  */\r
  49 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  50     implements AdjustmentListener, Printable\r
  51 {\r
  52     AlignViewport av;\r
  53     OverviewPanel overviewPanel;\r
  54     SeqPanel seqPanel;\r
  55     IdPanel idPanel;\r
  56     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  57 \r
  58     /** DOCUMENT ME!! */\r
  59     public AlignFrame alignFrame;\r
  60     ScalePanel scalePanel;\r
  61     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  62     AnnotationLabels alabels;\r
  63 \r
  64     // this value is set false when selection area being dragged\r
  65     boolean fastPaint = true;\r
  66     int hextent = 0;\r
  67     int vextent = 0;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  71      *\r
  72      * @param af DOCUMENT ME!\r
  73      * @param av DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  76     {\r
  77         alignFrame = af;\r
  78         this.av = av;\r
  79         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  80         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  81 \r
  82         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  83 \r
  84         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  86         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  89         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  90 \r
  91         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  92         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  93         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  94         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         fontChanged();\r
  97 \r
  98         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  99         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 100 \r
 101         setScrollValues(0, 0);\r
 102 \r
 103         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 105 \r
 106         setFocusable(true);\r
 107         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 108             {\r
 109                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110                 {\r
 111                     switch (evt.getKeyCode())\r
 112                     {\r
 113                     case 27: // escape key\r
 114                         av.setSelectionGroup(null);\r
 115                         repaint();\r
 116 \r
 117                         break;\r
 118 \r
 119                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 120                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 121 \r
 122                         break;\r
 123 \r
 124                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 125                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 126 \r
 127                         break;\r
 128                     }\r
 129                 }\r
 130             });\r
 131     }\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * DOCUMENT ME!\r
 135      */\r
 136     public void fontChanged()\r
 137     {\r
 138         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 139         // to prevent drawing old image\r
 140         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 141 \r
 142         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 143                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 144         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 145                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 146 \r
 147         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 148         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 149 \r
 150         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 151         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 152         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 153         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 154         repaint();\r
 155     }\r
 156 \r
 157     /**\r
 158      * DOCUMENT ME!\r
 159      *\r
 160      * @return DOCUMENT ME!\r
 161      */\r
 162     public Dimension calculateIdWidth()\r
 163     {\r
 164         Graphics g = this.getGraphics();\r
 165 \r
 166         if (g == null)\r
 167         {\r
 168             javax.swing.JFrame f = new javax.swing.JFrame();\r
 169             f.addNotify();\r
 170             g = f.getGraphics();\r
 171         }\r
 172 \r
 173         FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);\r
 174         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 175 \r
 176         int i = 0;\r
 177         int idWidth = 0;\r
 178         String id;\r
 179 \r
 180         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 181         {\r
 182             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 183 \r
 184             if (av.getShowFullId())\r
 185             {\r
 186                 id = s.getDisplayId();\r
 187             }\r
 188             else\r
 189             {\r
 190                 id = s.getName();\r
 191             }\r
 192 \r
 193             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 194             {\r
 195                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 196             }\r
 197 \r
 198             i++;\r
 199         }\r
 200 \r
 201         // Also check annotation label widths\r
 202         i = 0;\r
 203 \r
 204         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 205         {\r
 206             fm = g.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 207 \r
 208             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 209             {\r
 210                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 211 \r
 212                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 213                 {\r
 214                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 215                 }\r
 216 \r
 217                 i++;\r
 218             }\r
 219         }\r
 220 \r
 221         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 222     }\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * DOCUMENT ME!\r
 226      *\r
 227      * @param results DOCUMENT ME!\r
 228      */\r
 229     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 230     {\r
 231         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 232 \r
 233         // do we need to scroll the panel?\r
 234         if (results != null)\r
 235         {\r
 236             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 237             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 238             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 239 \r
 240             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 241                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 242                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 243             {\r
 244                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 245             }\r
 246         }\r
 247     }\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      * DOCUMENT ME!\r
 251      *\r
 252      * @return DOCUMENT ME!\r
 253      */\r
 254     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 255     {\r
 256         return overviewPanel;\r
 257     }\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * DOCUMENT ME!\r
 261      *\r
 262      * @param op DOCUMENT ME!\r
 263      */\r
 264     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 265     {\r
 266         overviewPanel = op;\r
 267     }\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * DOCUMENT ME!\r
 271      *\r
 272      * @param b DOCUMENT ME!\r
 273      */\r
 274     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 275     {\r
 276         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 277         annotationScroller.setVisible(b);\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * DOCUMENT ME!\r
 282      *\r
 283      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 284      */\r
 285     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 286     {\r
 287         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 288         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 289         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 290 \r
 291         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 292         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 293         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 294         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 295 \r
 296         repaint();\r
 297     }\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * DOCUMENT ME!\r
 301      */\r
 302     public void setColourScheme()\r
 303     {\r
 304         ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 305 \r
 306         if (av.getConservationSelected())\r
 307         {\r
 308             Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 309             Conservation c = new Conservation("All",\r
 310                     ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 311                     al.getWidth());\r
 312 \r
 313             c.calculate();\r
 314             c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 315 \r
 316             ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 317 \r
 318             av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 319         }\r
 320 \r
 321         repaint();\r
 322     }\r
 323 \r
 324     // return value is true if the scroll is valid\r
 325     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 326     {\r
 327         if (up)\r
 328         {\r
 329             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 330             {\r
 331                 return false;\r
 332             }\r
 333 \r
 334             fastPaint = false;\r
 335             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 336         }\r
 337         else\r
 338         {\r
 339             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 340             {\r
 341                 return false;\r
 342             }\r
 343 \r
 344             fastPaint = false;\r
 345             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 346         }\r
 347 \r
 348         fastPaint = true;\r
 349 \r
 350         return true;\r
 351     }\r
 352 \r
 353     /**\r
 354      * DOCUMENT ME!\r
 355      *\r
 356      * @param right DOCUMENT ME!\r
 357      *\r
 358      * @return DOCUMENT ME!\r
 359      */\r
 360     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 361     {\r
 362         if (right)\r
 363         {\r
 364             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 365             {\r
 366                 return false;\r
 367             }\r
 368 \r
 369             fastPaint = false;\r
 370             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 371         }\r
 372         else\r
 373         {\r
 374             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 375             {\r
 376                 return false;\r
 377             }\r
 378 \r
 379             fastPaint = false;\r
 380             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 381         }\r
 382 \r
 383         fastPaint = true;\r
 384 \r
 385         return true;\r
 386     }\r
 387 \r
 388     /**\r
 389      * DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @param x DOCUMENT ME!\r
 392      * @param y DOCUMENT ME!\r
 393      */\r
 394     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 395     {\r
 396         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 397             1);\r
 398 \r
 399         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 400         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 401 \r
 402         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 403         {\r
 404             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 405         }\r
 406 \r
 407         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 408         {\r
 409             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 410         }\r
 411 \r
 412         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 413         {\r
 414             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 415         }\r
 416 \r
 417         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 418         {\r
 419             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 420         }\r
 421 \r
 422         if (y < 0)\r
 423         {\r
 424             y = 0;\r
 425         }\r
 426 \r
 427         if (x < 0)\r
 428         {\r
 429             x = 0;\r
 430         }\r
 431 \r
 432         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 433         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 434     }\r
 435 \r
 436     public void this_mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 437     {\r
 438       if(e.getWheelRotation()>0)\r
 439         scrollUp(false);\r
 440       else\r
 441         scrollUp(true);\r
 442     }\r
 443 \r
 444 \r
 445     /**\r
 446      * DOCUMENT ME!\r
 447      *\r
 448      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 449      */\r
 450     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 451     {\r
 452         int oldX = av.getStartRes();\r
 453         int oldY = av.getStartSeq();\r
 454 \r
 455         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 456         {\r
 457             int x = hscroll.getValue();\r
 458             av.setStartRes(x);\r
 459             av.setEndRes((x +\r
 460                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 461         }\r
 462 \r
 463         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 464         {\r
 465             int offy = vscroll.getValue();\r
 466 \r
 467             if (av.getWrapAlignment())\r
 468             {\r
 469                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 470                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 471                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 472             }\r
 473             else\r
 474             {\r
 475                 av.setStartSeq(offy);\r
 476                 av.setEndSeq(offy +\r
 477                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 478             }\r
 479         }\r
 480 \r
 481         if (overviewPanel != null)\r
 482         {\r
 483             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 484         }\r
 485 \r
 486         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 487         {\r
 488             repaint();\r
 489         }\r
 490         else\r
 491         {\r
 492             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 493             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 494                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 495 \r
 496             scalePanel.repaint();\r
 497 \r
 498             if (av.getShowAnnotation())\r
 499             {\r
 500                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 501             }\r
 502         }\r
 503     }\r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * DOCUMENT ME!\r
 507      *\r
 508      * @param g DOCUMENT ME!\r
 509      */\r
 510     public void paintComponent(Graphics g)\r
 511     {\r
 512         invalidate();\r
 513 \r
 514         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 515         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 516         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 517         validate();\r
 518 \r
 519         if (av.getWrapAlignment())\r
 520         {\r
 521             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 522             vscroll.setMaximum(max);\r
 523             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 524             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 525         }\r
 526         else\r
 527         {\r
 528             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 529         }\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * DOCUMENT ME!\r
 534      *\r
 535      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 536      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 537      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 538      *\r
 539      * @return DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 544         throws PrinterException\r
 545     {\r
 546         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 547 \r
 548         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 549         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 550 \r
 551         if (av.getWrapAlignment())\r
 552         {\r
 553             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 554         }\r
 555         else\r
 556         {\r
 557             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 558         }\r
 559     }\r
 560 \r
 561     /**\r
 562      * DOCUMENT ME!\r
 563      *\r
 564      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 565      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 566      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 567      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 568      *\r
 569      * @return DOCUMENT ME!\r
 570      *\r
 571      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 572      */\r
 573     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 574         throws PrinterException\r
 575     {\r
 576         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 577         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 578         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 579 \r
 580         pg.setColor(Color.white);\r
 581         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 582         pg.setFont(av.getFont());\r
 583 \r
 584         ////////////////////////////////////\r
 585         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 586         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 587 \r
 588         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 589             1;\r
 590 \r
 591         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 592 \r
 593         /////////////////////////////\r
 594         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 595         int startRes;\r
 596 \r
 597         /////////////////////////////\r
 598         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 599         int endRes;\r
 600 \r
 601         /////////////////////////////\r
 602         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 603         int startSeq;\r
 604 \r
 605         /////////////////////////////\r
 606         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 607         int endSeq;\r
 608         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 609         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 610 \r
 611         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 612         {\r
 613             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 614         }\r
 615 \r
 616         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 617         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 618 \r
 619         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 620         {\r
 621             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 622         }\r
 623 \r
 624         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 625 \r
 626         if (av.showAnnotation)\r
 627         {\r
 628             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 629         }\r
 630 \r
 631         pagesHigh /= pheight;\r
 632 \r
 633         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 634         {\r
 635             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 636         }\r
 637 \r
 638         //draw Scale\r
 639         pg.translate(idWidth, 0);\r
 640         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 641         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 642 \r
 643         ////////////////\r
 644         // Draw the ids\r
 645         Color currentColor = null;\r
 646         Color currentTextColor = null;\r
 647 \r
 648         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 649         {\r
 650             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 651                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 652                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 653             {\r
 654                 currentColor = Color.gray;\r
 655                 currentTextColor = Color.black;\r
 656             }\r
 657             else\r
 658             {\r
 659                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 660                 currentTextColor = Color.black;\r
 661             }\r
 662 \r
 663             pg.setColor(currentColor);\r
 664             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 665                 av.getCharHeight());\r
 666 \r
 667             pg.setColor(currentTextColor);\r
 668 \r
 669             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 670 \r
 671             if (av.getShowFullId())\r
 672             {\r
 673                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 674             }\r
 675 \r
 676             pg.drawString(string, 0,\r
 677                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 678                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 679         }\r
 680 \r
 681         // draw main sequence panel\r
 682         pg.translate(idWidth, 0);\r
 683         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 684             startRes, startSeq, 0);\r
 685 \r
 686         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 687         {\r
 688             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 689             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 690             pg.translate(idWidth, 0);\r
 691             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 692                 1);\r
 693         }\r
 694 \r
 695         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * DOCUMENT ME!\r
 700      *\r
 701      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 702      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 703      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 704      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 705      *\r
 706      * @return DOCUMENT ME!\r
 707      *\r
 708      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 709      */\r
 710     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 711         int pi) throws PrinterException\r
 712     {\r
 713         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 714 \r
 715         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 716                 idWidth);\r
 717         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 718                 1) * av.charHeight;\r
 719 \r
 720         pg.setColor(Color.white);\r
 721         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 722         pg.setFont(av.getFont());\r
 723 \r
 724         ////////////////\r
 725         // Draw the ids\r
 726         pg.setColor(Color.black);\r
 727 \r
 728         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 729 \r
 730         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 731 \r
 732         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 733 \r
 734         do\r
 735         {\r
 736             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 737             {\r
 738                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 739                 String string = s.getName();\r
 740 \r
 741                 if (av.getShowFullId())\r
 742                 {\r
 743                     string = s.getDisplayId();\r
 744                 }\r
 745 \r
 746                 pg.drawString(string, 0,\r
 747                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 748                     (av.charHeight / 5));\r
 749             }\r
 750 \r
 751             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 752         }\r
 753         while (ypos < totalHeight);\r
 754 \r
 755         pg.translate(idWidth, 0);\r
 756 \r
 757         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 758 \r
 759         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 760         {\r
 761             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 762         }\r
 763         else\r
 764         {\r
 765             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 766         }\r
 767     }\r
 768 \r
 769     /**\r
 770      * DOCUMENT ME!\r
 771      */\r
 772     public void makeEPS(File epsFile)\r
 773     {\r
 774         if(epsFile == null)\r
 775         {\r
 776           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 777               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 778                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 779                                  {"eps"},\r
 780                                  new String[]\r
 781                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 782                                  "Encapsulated Postscript");\r
 783           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 784           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 785           chooser.setToolTipText("Save");\r
 786 \r
 787           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 788 \r
 789           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 790           {\r
 791             return;\r
 792           }\r
 793 \r
 794           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 795 \r
 796           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 797                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 798         }\r
 799 \r
 800         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 801         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 802 \r
 803         if (av.getWrapAlignment())\r
 804         {\r
 805           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 806               av.chunkHeight;\r
 807           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 808 \r
 809         }\r
 810 \r
 811 \r
 812         if (av.getShowAnnotation())\r
 813         {\r
 814             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 815         }\r
 816 \r
 817         try\r
 818          {\r
 819             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 820             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 821                     height);\r
 822 \r
 823             if (av.getWrapAlignment())\r
 824             {\r
 825                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 826             }\r
 827             else\r
 828             {\r
 829                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 830             }\r
 831 \r
 832             pg.flush();\r
 833             pg.close();\r
 834         }\r
 835         catch (Exception ex)\r
 836         {\r
 837             ex.printStackTrace();\r
 838         }\r
 839     }\r
 840 \r
 841 \r
 842     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 843     {\r
 844       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 845       //////////////////////////////////////////////\r
 846       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 847       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 848       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 849 \r
 850         // Gen image map\r
 851          //////////////////////////////////\r
 852          if(imgMapFile!=null)\r
 853          {\r
 854            try\r
 855            {\r
 856              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 857              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 858              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 859                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 860                        +"<map name=\"Map\">");\r
 861 \r
 862              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 863              {\r
 864                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 865                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 866                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 867                {\r
 868                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 869                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 870                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 871                  {\r
 872                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 873                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 874                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 875                    if (obj == null)\r
 876                      continue;\r
 877 \r
 878                    String triplet = obj.toString();\r
 879 \r
 880                    out.println(\r
 881                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 882                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 883                        + sy + ","\r
 884                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 885                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 886                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 887                        + alIndex + " " + triplet +\r
 888                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 889                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 890                        + " href=\"#\">");\r
 891                  }\r
 892                }\r
 893              }\r
 894 \r
 895              out.println("</map></body></html>");\r
 896              out.close();\r
 897 \r
 898            }\r
 899            catch (Exception ex)\r
 900            {\r
 901              ex.printStackTrace();\r
 902            }\r
 903          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 904 \r
 905     }\r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * DOCUMENT ME!\r
 909      */\r
 910     public void makePNG(File pngFile)\r
 911     {\r
 912       if(pngFile==null)\r
 913       {\r
 914         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 915             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 916                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 917                                {"png"},\r
 918                                new String[]\r
 919                                {"Portable network graphics"},\r
 920                                "Portable network graphics");\r
 921         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 922         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 923         chooser.setToolTipText("Save");\r
 924 \r
 925         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 926 \r
 927         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 928         {\r
 929           return;\r
 930         }\r
 931 \r
 932         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 933 \r
 934         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 935                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 936       }\r
 937 \r
 938 \r
 939 \r
 940       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 941       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 942 \r
 943       if (av.getWrapAlignment())\r
 944       {\r
 945         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 946             av.chunkHeight;\r
 947         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 948 \r
 949       }\r
 950 \r
 951 \r
 952         if (av.getShowAnnotation())\r
 953         {\r
 954             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 955         }\r
 956 \r
 957         try\r
 958         {\r
 959 \r
 960             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 961 \r
 962             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 963                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 964             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 965 \r
 966             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 967                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 968 \r
 969             if (av.getWrapAlignment())\r
 970             {\r
 971                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 972             }\r
 973             else\r
 974             {\r
 975                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 976             }\r
 977 \r
 978             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 979             out.close();\r
 980         }\r
 981         catch(OutOfMemoryError err)\r
 982         {\r
 983           System.out.println("########################\n"\r
 984                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 985                              +"########################");\r
 986         }\r
 987         catch (Exception ex)\r
 988         {\r
 989             ex.printStackTrace();\r
 990         }\r
 991     }\r
 992 }\r
 993 \r
 994 \r
 995 /**\r
 996  * DOCUMENT ME!\r
 997  *\r
 998  * @author $author$\r
 999  * @version $Revision$\r
1000  */\r
1001 class Preview extends JFrame\r
1002 {\r
1003     /**\r
1004      * Creates a new Preview object.\r
1005      *\r
1006      * @param image DOCUMENT ME!\r
1007      */\r
1008     public Preview(Image image)\r
1009     {\r
1010         setResizable(true);\r
1011         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1012         setVisible(true);\r
1013         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1014         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1015         validate();\r
1016         repaint();\r
1017     }\r
1018 }\r
1019 \r
1020 \r
1021 /**\r
1022  * DOCUMENT ME!\r
1023  *\r
1024  * @author $author$\r
1025  * @version $Revision$\r
1026  */\r
1027 class PreviewPanel extends JPanel\r
1028 {\r
1029     Image image;\r
1030 \r
1031     /**\r
1032      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1033      *\r
1034      * @param image DOCUMENT ME!\r
1035      */\r
1036     public PreviewPanel(Image image)\r
1037     {\r
1038         this.image = image;\r
1039     }\r
1040 \r
1041     /**\r
1042      * DOCUMENT ME!\r
1043      *\r
1044      * @param g DOCUMENT ME!\r
1045      */\r
1046     public void paintComponent(Graphics g)\r
1047     {\r
1048         if (image != null)\r
1049         {\r
1050             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1051         }\r
1052         else\r
1053         {\r
1054             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1055         }\r
1056     }\r
1057 }\r