src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 import java.awt.event.*;\r
   9 import java.awt.print.*;\r
  10 \r
  11 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements AdjustmentListener, Printable\r
  12 {\r
  13 \r
  14   AlignViewport     av;\r
  15   OverviewPanel overviewPanel;\r
  16   SeqPanel   seqPanel;\r
  17   IdPanel    idPanel;\r
  18   SecondaryStructurePanel ssPanel;\r
  19   public AlignFrame alignFrame;\r
  20   ScalePanel scalePanel;\r
  21   ScorePanel scorePanel;\r
  22 \r
  23   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  24   {\r
  25     alignFrame = af;\r
  26     this.av         = av;\r
  27     seqPanel        = new SeqPanel  (av, this);\r
  28     idPanel         = new IdPanel   (av, this);\r
  29     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  30     scorePanel = new ScorePanel(av);\r
  31     ssPanel = new SecondaryStructurePanel(av);\r
  32 \r
  33     secondaryPanelHolder.add(ssPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  34     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  35     idPanel.addNotify();\r
  36     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  37     scorePanelHolder.add(scorePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  38     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  39     setScrollValues(0,0);\r
  40 \r
  41     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  42     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
  43 \r
  44     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  45    {\r
  46        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  47      {\r
  48           RefreshPanels();\r
  49      }\r
  50    });\r
  51 \r
  52    hscroll.setFocusable(false);\r
  53    vscroll.setFocusable(false);\r
  54    setFocusable(true);\r
  55 \r
  56    addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  57    {\r
  58      public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  59      {\r
  60        if(evt.getKeyCode()==27)\r
  61        {\r
  62          av.setRubberbandGroup(null);\r
  63          RefreshPanels();\r
  64        }\r
  65      }\r
  66    });\r
  67 \r
  68 \r
  69   }\r
  70 \r
  71  public void highlightSearchResults(int [] results)\r
  72  {\r
  73    seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults( results );\r
  74 \r
  75    // do we need to scroll the panel?\r
  76    if(results!=null && (av.getStartSeq()>results[0]\r
  77                         || av.getEndSeq()<results[0]\r
  78                         || av.getStartRes()>results[1]\r
  79                         || av.getEndRes()<results[2]))\r
  80        setScrollValues(results[1], results[0]);\r
  81 \r
  82 \r
  83  }\r
  84 \r
  85 \r
  86  public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
  87  {\r
  88    return overviewPanel;\r
  89  }\r
  90 \r
  91  public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
  92  {\r
  93    overviewPanel = op;\r
  94  }\r
  95 \r
  96 \r
  97   public void setGraphPanelVisible(boolean b)\r
  98   {\r
  99     idSpaceFillerPanel.setVisible(b);\r
 100     scorePanelHolder.setVisible(b);\r
 101 \r
 102     RefreshPanels();\r
 103     // bit annoying to call this twice, can you do better?\r
 104     RefreshPanels();\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void setSecondaryStructureVisible(boolean b)\r
 108   {\r
 109     secondaryPanelHolder.setVisible(b);\r
 110     RefreshPanels();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 114   {\r
 115       scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 116       scorePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 117 \r
 118       hscroll.setVisible(!wrap);\r
 119       idSpaceFillerPanel.setVisible(!wrap);\r
 120       idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 121   }\r
 122 \r
 123 \r
 124   public void setColourScheme()\r
 125   {\r
 126     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 127 \r
 128     if(av.getConservationSelected())\r
 129     {\r
 130 \r
 131        Alignment al = (Alignment)av.getAlignment();\r
 132        Conservation c = new Conservation("All",\r
 133                             ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 134                             al.getWidth() );\r
 135 \r
 136        c.calculate();\r
 137        c.verdict(false, 100);\r
 138        ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 139 \r
 140        av.setGlobalColourScheme( ccs );\r
 141 \r
 142     }\r
 143 \r
 144     RefreshPanels();\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void RefreshPanels()\r
 148   {\r
 149     requestFocus();\r
 150     invalidate();\r
 151     seqPanel.seqCanvas.paintFlag = true;\r
 152     idPanel.idCanvas.paintFlag = true;\r
 153     idPanelHolder.setPreferredSize( idPanel.idCanvas.getPreferredSize() );\r
 154     setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 155     av.getConsensus(true);\r
 156     if(overviewPanel!=null)\r
 157       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 158 \r
 159     validate();\r
 160     repaint();\r
 161 \r
 162   }\r
 163 \r
 164   int hextent = 0;\r
 165   int vextent = 0;\r
 166 \r
 167   public void setScrollValues(int x, int y)\r
 168   {\r
 169     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth();\r
 170     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight();\r
 171 \r
 172     if(hextent+x  >  av.getAlignment().getWidth())\r
 173       x =  av.getAlignment().getWidth()- hextent;\r
 174 \r
 175     if(vextent+y > av.getAlignment().getHeight())\r
 176       y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 177 \r
 178     if(y<0)\r
 179       y = 0;\r
 180 \r
 181     if(x<0)\r
 182       x=0;\r
 183 \r
 184     hscroll.setValues(x,hextent,0,av.getAlignment().getWidth());\r
 185     vscroll.setValues(y,vextent,0,av.getAlignment().getHeight() );\r
 186 \r
 187 \r
 188     repaint();\r
 189 \r
 190   }\r
 191 \r
 192 \r
 193   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 194   {\r
 195 \r
 196     if (evt.getSource() == hscroll)\r
 197     {\r
 198       int x = hscroll.getValue();\r
 199       av.setStartRes(x);\r
 200       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getWidth()/av.getCharWidth()-1);\r
 201     }\r
 202 \r
 203     if (evt.getSource() == vscroll)\r
 204     {\r
 205         int offy = vscroll.getValue();\r
 206         av.setStartSeq(offy);\r
 207         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getHeight()/av.getCharHeight());\r
 208     }\r
 209 \r
 210 \r
 211     if(overviewPanel!=null)\r
 212       overviewPanel.setBoxPosition();\r
 213 \r
 214     seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
 215     repaint();\r
 216   }\r
 217 \r
 218 \r
 219   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 220   {\r
 221 \r
 222     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 223 \r
 224     int pwidth = (int)pf.getImageableWidth();\r
 225     int pheight = (int)pf.getImageableHeight();\r
 226     int idWidth = (int)idPanel.idCanvas.getLabelWidth().getWidth();\r
 227 \r
 228     pg.setColor(Color.white);\r
 229     pg.fillRect(0,0,pwidth, pheight);\r
 230     pg.setFont( av.getFont() );\r
 231 \r
 232     ////////////////////////////////////\r
 233     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 234     int totalRes = (pwidth - idWidth)/av.getCharWidth();\r
 235     int totalSeq = (int)((pheight - 30)/av.getCharHeight())-1;\r
 236     int pagesWide = av.getAlignment().getWidth() / totalRes +1;\r
 237     int pagesHigh = av.getAlignment().getHeight() / totalSeq +1;\r
 238 \r
 239     if (pi >= pagesWide*pagesHigh)\r
 240      return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 241 \r
 242     /////////////////////////////\r
 243     /// Only print these sequences and residues on this page\r
 244     int startRes, endRes, startSeq, endSeq;\r
 245     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 246     endRes = startRes + totalRes-1;\r
 247     if(endRes>av.getAlignment().getWidth())\r
 248       endRes = av.getAlignment().getWidth();\r
 249 \r
 250      startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 251      endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 252      if(endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 253        endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 254 \r
 255 \r
 256     ////////////////\r
 257     //draw Scale\r
 258     pg.translate(idWidth,0);\r
 259     scalePanel.scaleCanvas.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth-idWidth);\r
 260 \r
 261     pg.translate(-idWidth, 30);\r
 262     ////////////////\r
 263     // Draw the ids\r
 264     Color currentColor=null;\r
 265     Color currentTextColor=null;\r
 266     for(int i=startSeq; i<endSeq; i++)\r
 267     {\r
 268       if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 269       {\r
 270         currentColor = Color.gray;\r
 271         currentTextColor = Color.black;\r
 272       }\r
 273       else\r
 274       {\r
 275         currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 276         currentTextColor = Color.black;\r
 277       }\r
 278 \r
 279       pg.setColor(currentColor);\r
 280       pg.fillRect(0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight(startSeq, i, av.getCharHeight()),\r
 281                               idWidth,\r
 282                               av.getCharHeight());\r
 283 \r
 284       pg.setColor(currentTextColor);\r
 285 \r
 286       String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 287       pg.drawString(string, 0,  jalview.analysis.AlignmentUtil.getPixelHeight\r
 288                     (startSeq, i, av.getCharHeight()) + av.getCharHeight() - (av.getCharHeight() / 5));\r
 289     }\r
 290 \r
 291     // draw main sequence panel\r
 292     pg.translate(idWidth,0);\r
 293     pg.setClip(0,0,pwidth-idWidth, pheight);\r
 294     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg,startRes,endRes,startSeq,endSeq,startRes,startSeq,0);\r
 295 \r
 296     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 297   }\r
 298 \r
 299 }\r
 300 \r
 301 \r
 302 \r